科研产出
花生膜联蛋白基因AhAnn1的克隆与表达分析
《华北农学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：为挖掘花生抗逆境胁迫相关基因,克隆抗逆相关膜联蛋白Annexin基因,以花生品种花育25号为试验材料,从已知抑制消减杂交文库中获得花生膜联蛋白Annexin类似基因片段,通过RACE技术获得Annexin基因5'-RACE片段。对5'-RACE序列和抑制消减杂交文库中已知基因片段进行拼接,设计特异引物通过逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增得到该基因,命名为AhAnn1。结果表明,AhAnn1全长为1 277 bp,开放阅读框为951 bp。根据编码区预测AhAnn1编码一条316个氨基酸组成的多肽,预测分子量为36.10 k Da,等电点为7.07。预测该基因编码的蛋白含有膜联蛋白Annexin保守结构域,定位于细胞质中。蛋白序列多重比对和系统发育分析表明,花生与大豆、苜蓿、鹰嘴豆等豆科植物中的膜联蛋白相似性最高,亲缘关系最近。荧光实时定量PCR结果显示,AhAnn1在根系和叶片中的表达量随干旱胁迫程度的增加而增加。由此推测AhAnn1是一种干旱胁迫应答基因,在花生逆境调控中发挥作用。结果为进一步研究花生AhAnn1基因的功能和花生抗逆境胁迫相关分子机理提供了理论基础。
关键词： 花生 膜联蛋白基因 干旱 系统发育分析 荧光定量PCR
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H9N2亚型禽流感荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用
《黑龙江畜牧兽医 》 2017 北大核心
摘要：为了研究H9N2亚型禽流感病毒(AIV)在家禽体内各个器官的分布,试验针对H9N2亚型AIV的HA基因设计1对特异性引物,同时设计1对扩增内参基因β-actin的引物,以阳性重组质粒作为标准品做标准曲线,建立荧光定量RT-PCR检测方法,并对人工感染H9N2的SPF雏鸡气管、胸腺、肺脏、肝脏、脾脏、肾脏、肠等器官进行3次重复检测。结果表明:该法线性关系R值均在0.99以上,检测极限均为10拷贝质粒DNA,比RT-PCR灵敏100倍以上;特异性好,批内和批间重复性试验变异系数均小于1%。通过比较各器官HA相对表达量,得出肠和胰腺中HA相对表达量最高,腺胃次之,脾脏、肝脏、胸腺、法氏囊中含量也比较高,气管、肺脏、肾脏中含量较低,其中肾脏含量最低。说明研究建立的H9N2亚型禽流感病毒荧光定量RT-PCR方法灵敏度高,特异性强。
关键词： H9N2亚型禽流感病毒 HA基因 RT-PCR 检测 病毒分布
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测定猪不同组织基因表达时RT-PCR内参基因的选择
《家畜生态学报 》 2017 北大核心
摘要：以95kg体重育肥猪的不同组织为研究对象,应用实时荧光定量PCR技术,对SDHA、HMBS、TOP2B、ACTB、B2M、PPIA、GAPDH、HPRT1、RPL4、TBP和YWHAZ共11个候选内参基因表达量进行检测,应用geNorm程序对内参基因的稳定性进行分析。结果表明,肌肉组织中稳定表达的内参基因是TBP、RPL4,心脏组织中稳定表达的内参基因是GAPDH、RPL4,肝脏组织中稳定表达的内参基因是TBP、HPRT1,脾脏组织中稳定表达的内参基因是SDHA、ACTB,肺脏组织中稳定表达的内参基因是B2M、HPRT1,肾脏组织中稳定表达的内参基因是B2M、TBP。由此可见,不同组织中最稳定表达的内参基因不同,不同组织中标准化目的基因的内参基因也不一样。
关键词： 猪 实时荧光定量PCR 内参基因选择 geNorm程序 基因表达
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石榴果皮POD基因的克隆与序列分析
《山东农业科学 》 2017
摘要：本研究以‘泰山红’石榴果实为试材,利用RT-PCR和RACE技术克隆果皮中POD基因cDNA片段,利用BLAST和ORF Finder分析其核苷酸序列,并利用Prot Param、SPOMA、DANMAN等软件分析其氨基酸序列。结果表明,克隆得到1 092 bp的cDNA片段,该基因含828 bp的CDS序列,编码276个氨基酸。该基因核苷酸序列与烟草、茜草、花生二倍体杂生种和潘那利番茄等植物的相似性分别为77%、77%、76%和76%;氨基酸序列与荔枝、克莱门柚、苹果和白梨的相似性分别为89%、87%、84%和84%;Gen Bank登录号为KY129694。预测蛋白质理论分子量为30 582.59 D,等电点(p I)为8.83,具有过氧化物酶完整的保守结构域,含有Cd00693和Cl00196两个保守功能域,为亲水性蛋白;蛋白质二级结构主要由无规则卷曲(38.41%)、α-螺旋(37.68%)、延伸链(13.77%)和β-转角(10.14%)组成。该研究结果为揭示石榴果实褐变机理奠定了理论基础。
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花生生长素抑制蛋白基因AhARP的表达分析
《核农学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：种子休眠性是花生重要的农艺性状。为了挖掘控制花生种子休眠的重要基因,以花育52号为试材,通过转录组测序获得生长素抑制蛋白基因的全长,该基因全长为918bp,开放阅读框为363bp,编码121个氨基酸,推导出的蛋白质分子量为13.44 k Da,理论等电点p I=9.64。序列比对表明,该序列与花生生长素抑制蛋白基因Ah ARP一致,确认该c DNA序列为编码花生生长素抑制蛋白基因的全长c DNA序列。荧光定量PCR结果表明,Ah ARP基因在种子休眠阶段表达量较高,种子休眠解除后表达量降低;乙烯利释放吸涨种子休眠过程中,Ah ARP基因受到明显诱导;说明Ah ARP基因可能与花生种子休眠有关。Ah ARP基因的序列、结构、性质以及功能的初步分析,为进一步研究该基因在花生种子休眠中的功能机制奠定了基础。
猪链球菌2型实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用
《中国畜牧兽医 》 2016 北大核心
摘要：试验根据猪链球菌2型荚膜多糖(CPS)抗原设计CPS2J基因特异性引物,建立猪链球菌2型实时荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法的标准曲线为y=-3.073x+36.87,r=0.995,熔解曲线只有单一的特异峰。敏感性试验显示,该方法可以检测出模板最低浓度为1.0×101拷贝/μL,是普通PCR的10倍;特异性试验显示,对猪链球菌2型具有良好的特异性,能够区分其他血清型猪链球菌和其他细菌;重复性试验变异系数为0.37%~0.63%,均低于2.5%。临床检测显示该方法的敏感性明显高于常规PCR方法和细菌分离的方法。以上结果表明,本研究建立的方法敏感性高、特异性强、重复性好,有利于对猪链球菌2型的快速检测。
关键词： 猪链球菌2型 实时荧光定量PCR 敏感性 特异性 重复性
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鸡三种天然免疫相关受体和配体荧光定量PCR检测方法的建立及应用
《动物医学进展 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：为建立检测鸡天然免疫相关受体(Ch-MDA5、Ch-TLR3和Ch-TLR7)及其相应配体(MAVS、TRIF和MyD88)的荧光定量PCR方法并评价其应用效果,设计和筛选特异性PCR引物,制备各基因的质粒标准品,绘制荧光定量PCR的标准曲线,并对方法的灵敏度、重复性和特异性进行检验。结果表明,所建立的检测方法敏感度高、特异性强、检测线性范围广、重复性好。应用建立的方法检测新城疫油乳剂灭活苗免疫SPF鸡后上述基因表达的变化,发现免疫后6h各基因的表达水平达到峰值,表明疫苗免疫迅速有效地激活了机体的天然免疫应答。建立了与鸡抗病毒感染天然免疫相关的3种细胞受体和相应配体的定量检测方法,可应用于病毒致病机制、鸡用新型疫苗、免疫增强剂以及抗病毒药物的研究与开发。
关键词： 鸡 天然免疫 受体与配体 检测 实时荧光定量PCR
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鸡体抗病毒蛋白基因荧光定量PCR检测方法的建立和初步应用
《山东农业科学 》 2016
摘要：为建立检测鸡干扰素诱生的3种抗病毒蛋白(IFIT5、PKR和OASL)基因表达水平的荧光定量PCR方法,并将其应用于实践,本研究设计和筛选了3个基因的特异性扩增引物,制备了各基因的质粒标准品,绘制了荧光定量PCR的标准曲线,并检测了该方法的灵敏度、重复性和特异性。结果表明所建立的方法敏感度高、特异性强、检测线性范围广、重复性好,应用该方法检测了新城疫病毒感染SPF鸡胚后相关基因的表达情况,发现在病毒感染后IFIT5、PKR与OASL基因的表达水平均迅速提高。
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