科研产出
甘薯IbbZIP22基因克隆与表达分析
《山东农业科学 》 2023 北大核心
摘要：本研究以济薯25为材料，克隆得到IbbZIP22基因。该基因编码区全长1 368 bp,编码455个氨基酸。序列和结构分析发现该基因编码的蛋白上有bZIP＿plant＿RF2保守结构域，推测其属于RF2类bZIP转录因子；对IbbZIP22蛋白进行亚细胞定位预测，推测该蛋白位于细胞核中；系统发育分析表明，IbbZIP22蛋白与三裂叶薯中的ItRF2a-like蛋白亲缘关系最近。采用实时定量PCR技术对济薯25和徐紫薯8号不同部位的IbbZIP22基因表达模式进行分析，发现IbbZIP22基因均在两个品种块根中表达量最高，且济薯25块根中的表达量显著高于徐紫薯8号，推测该基因参与淀粉调控。利用同源克隆技术，从济薯25基因组DNA中克隆IbbZIP22基因的启动子序列，该序列中除包含CAAT-box、TATA-box等核心启动子元件外，还存在多个参与光响应、抗逆和激素应答等元件。本研究结果为探究甘薯抗逆和淀粉调控机制提供了理论依据。
关键词： 甘薯 IbbZIP22基因 克隆 表达分析 启动子 淀粉
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大葱雄性不育系及保持系atp6基因的克隆及表达分析
《分子植物育种 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为进一步研究atp6基因与大葱细胞质雄性不育的关系,以章丘大葱不育系和保持系作为本研究的实验材料,利用同源克隆的方法获得大葱atp6基因序列,并对其在蛋白质二级结构和生长发育各时期atp6基因表达量进行了比较。结果表明:不育系与保持系atp6基因开放阅读框第171碱基处存在一个A/T多态性位点,这一多态性位点使蛋白质二级结构的比例发生了轻微变化,但并未改变ATP6蛋白跨膜结构。利用实时荧光定量聚合酶链反应检测atp6基因苗期、抽薹期、开花期以及开花后期在根系和叶/花蕾中的表达水平,结果表明:在植株整个发育过程中,根系atp6基因表达量表现出先升高后降低的趋势,在开花期达到最大值,保持系是不育系的1.14倍;叶/花atp6基因表达量在整个生育期逐渐降低,苗期最高,保持系是不育系的1.96倍。
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大豆涝渍响应NAC基因的鉴定及GmNAC038的克隆和激素应答分析
《大豆科学 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：NAC是植物特有的转录因子,参与多种非生物胁迫的响应。为了研究NAC转录因子在大豆涝渍胁迫中的响应和调控作用,利用前期获得的耐涝品种齐黄34在涝渍胁迫下的转录组数据,通过分析大豆全基因组内180个NAC基因的表达情况,鉴定出45个持续响应涝渍胁迫的大豆NAC基因。利用PlantCARE在线软件分析发现这些基因的启动子中均至少含有1种逆境或激素应答元件,推测它们可能与大豆的非生物胁迫应答相关。同时,对涝渍胁迫响应程度最大的大豆NAC基因GmNAC038进行克隆和分析。利用在线分析软件CDD分析发现该基因编码的蛋白质含有保守的NAM结构域。qRT-PCR表明GmNAC038不仅受到涝渍胁迫的强烈诱导,还受到脱落酸、乙烯和茉莉酸甲酯的正向调控。研究结果可为今后探索NAC基因在大豆涝渍胁迫响应中的功能提供分子基础,为培育耐涝大豆品种提供基因资源。
关键词： 大豆 涝渍胁迫 NAC转录因子 GmNAC038 克隆 顺式作用元件
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北柴胡成花基因的克隆及时空表达分析
《药学学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：开花是植物生长发育的关键环节,本研究从北柴胡植株中克隆得到4个与成花相关的基因,分别命名为BcSVP、BcPAF1、BcCO、BcFT,并进行了同源性比对;以actin和EF-1α作为双内参,对4个基因在北柴胡植株不同器官和不同发育阶段的时空表达差异进行分析。结果表明,20BcSVP主要在根中表达,相对表达量较低;20BcPAF1和BcCO在不同部位均有较高表达,二者相对表达量伴随花期进程均呈先上升后缓慢下降趋势;20BcFT基因主要在茎中表达,相对表达量在盛花期急剧上升。本文首次克隆并分析了与北柴胡植株成花相关4个基因的相对表达量,为解析柴胡植株成花分子调控机制奠定了基础。
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大豆细胞色素P450基因GmCYP78A69的克隆和生物信息学分析
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：干旱胁迫会影响大豆籽粒发育进而影响产量,但其中的机制尚不明确.本研究通过分析基因表达综合数据库(gene expression omnibus, GEO)中受到干旱胁迫的大豆芯片数据,筛选了3个响应干旱的细胞色素P450 (CYP450)基因,且三者均为CYP78A亚家族成员.该亚家族成员在多种植物中被证明参与种子大小的调控.在大豆品种'齐黄34'中克隆了一个对干旱胁迫响应程度最大的CYP450基因GmCYP78A69.生物信息分析发现该基因含有CYP450家族蛋白的保守结构域,亚细胞定位预测及跨膜结构域分析表明该蛋白定位于内质网,且通过一段跨膜结构域嵌入到内质网膜上.其高级结构以α螺旋和无规则卷曲为主,含有少量的延伸链和β转角.在大豆不同组织中的表达分析表明该基因在各个器官中均有表达,其中在茎尖、花和幼荚中的表达量最高,推测该基因可能与花荚发育有关.本研究为探索GmCYP78A69在抗旱和种子形成等过程中的作用提供了基础,为研究干旱影响大豆种子大小的机制提供了切入点.
关键词： 大豆 细胞色素P450 GmCYP78A6 克隆 生物信息学分析
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甘薯淀粉合成相关酶基因的克隆与表达分析
《分子植物育种 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为研究甘薯块根淀粉合成酶基因的表达特征,本研究以淀粉含量不同的两个品种为试验材料,利用转录组数据克隆了甘薯颗粒结合淀粉合成酶GBSS、异淀粉酶ISA、淀粉分支酶SBEⅠ、SBEⅡ的cDNA片段,采用实时荧光定量RT-PCR方法对块根不同生长期淀粉合成相关酶基因的表达进行研究。结果表明,在甘薯不同生长时期,淀粉含量从块根形成期开始逐渐积累,到栽插后80 d、110 d时达到高峰,在块根膨大后期,淀粉含量相对稳定。IbGBSSⅠ、IbSBEⅡ、IbISA 3个基因表达量呈双峰曲线变化,IbSBEⅠ表达呈单峰曲线变化。IbGBSSⅠ、IbISA在栽插后70 d和100 d时表达量达到高峰,IbSBEⅠ在栽插后70 d表达量达到最大。在不同类型甘薯品种中,IbGBSSⅠ在高淀粉品种‘漯徐薯8号’中的表达量显著高于‘郑薯20’,低淀粉品种‘郑薯20’的IbISA表达量显著高于‘漯徐薯8号’。
关键词： 甘薯(Ipomoea batatas L.) 淀粉合成相关酶基因 克隆 荧光定量 RT-PCR 基因表达
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保加利亚乳杆菌N-乙酰胞壁质酶基因的克隆及生物信息学分析
《江苏农业科学 》 2019 北大核心
摘要：为了研究保加利亚乳杆菌N-乙酰胞壁质酶基因的结构特征及编码蛋白的功能,根据GenBank中其基因的DNA序列设计引物,以保加利亚乳杆菌MN株的基因组为DNA模板,利用PCR技术扩增N-乙酰胞壁质酶基因,将其克隆到pMD-19T载体上,进行测序与生物信息学分析.结果表明,MN株N-乙酰胞壁质酶基因序列编码217个氨基酸,与GenBank中公开的N-乙酰胞壁质酶基因核苷酸序列的同源性为98.8%~100.0%;蛋白质的理论分子质量为24.55 ku,理论等电点为9.83;该蛋白属于亲水性蛋白,二级结构以α-螺旋为主;该蛋白的第16~38位氨基酸残基组成跨膜区,第56~216位氨基酸残基组成LYZ2结构域.研究结果为今后探讨N-乙酰胞壁质酶基因的生物学功能及其功能改造奠定了基础.
关键词： 保加利亚乳杆菌 N-乙酰胞壁质酶 克隆 生物信息学分析
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石榴3-脱氢奎尼酸合成酶基因的克隆及表达分析
《湖北农业科学 》 2018
摘要：利用RT-PCR技术从泰山红石榴(Punica granatum L.)果皮中获得3-脱氢奎尼酸合成酶(DHQS)基因cDNA序列,分析了其在不同石榴品种发育期果实中的表达情况。结果表明,DHQS基因cDNA序列长273 bp,编码91个氨基酸,编码蛋白具有典型的DHQ_Fe_ADH超家族保守结构域。该基因核苷酸序列与欧洲山毛榉、梅花和蒺藜苜蓿的相似性分别为91%、87%和88%,氨基酸序列与欧洲山毛榉、苹果、白梨和拟南芥的相似性分别为95%、92%、92%和88%。两个石榴品种发育期果皮中DHQS基因相对表达量逐渐降低,均在7月15日出现峰值。整个发育期,泰山红DHQS基因表达量高于泰山三白甜。
关键词： 石榴(Punica granatum L.) 3-脱氢奎尼酸合成酶 克隆 表达分析
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黑麦热激蛋白ScHsp90-1基因的克隆及表达分析
《山东农业科学 》 2018
摘要：本研究从黑麦中克隆了一个热激蛋白Hsp90基因,暂命名为ScHsp90-1,并对其序列进行分析。结果显示,该基因cDNA序列全长2 103 bp,共计编码700个氨基酸,蛋白质分子量约80.47 k D。序列同源性分析表明,ScHsp90-1与小麦、玉米、水稻等物种的热激蛋白同源性较高;进化树分析表明ScHsp90-1与小麦的Ta Hsp90亲缘关系最近。利用实时荧光定量PCR技术对其表达特性分析表明,ScHsp90-1对高温、低温、高盐、干旱等非生物胁迫均有响应,其可能是黑麦的一个胁迫相关基因。
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石榴果皮DHQ/SDH基因的克隆及序列分析
《江苏农业科学 》 2017 北大核心
摘要：以泰山红石榴果实为试验材料,利用逆转录PCR(RT-PCR)技术扩增出980 bp大小的中间片段,用3'c DNA末端快速扩增PCR(RACE PCR)获得DHQ/SDH基因的3'端,拼接后获得1 585 bp的c DNA片段。结果表明,该基因含有1 265 bp编码序列(CDS),编码421个氨基酸,其氨基酸序列与苹果(注册号:XP_008370537.1)、葡萄(注册号:XP_002270232.1)、白梨(注册号:XP_009335660.1)的同源性分别为82%、84%、82%;蛋白质理论分子质量为133 682.2 u,等电点为5.01,含量最丰富的氨基酸是丙氨酸(Ala)、半胱氨酸(Cys)、甘氨酸(Gly)、苏氨酸(Thr),具有DHQase I、SDH(Aro E)2个保守结构域,为亲水性蛋白;二级结构主要由无规则卷曲(31.12%)、α-螺旋(30.17%)、伸展链(24.94%)和β-转角(13.78%)组成;Gen Bank登录号为KU133479。
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