科研产出
2024年监测中心第二季度禽病检测动态
《家禽科学 》 2024
摘要：2024年第二季度实验室共接收家禽临床送检样品1 924份。利用PCR或荧光定量PCR方法对家禽主要疫病病原进行检测，结果发现：鸡病原中，以免疫抑制和呼吸道疾病为主，其中位居前三位的是鸡传染性法氏囊病毒（IBDV）、鸡传染性支气管炎病毒（IBV）和环形病毒属病毒（Gyrovirus），阳性检出率分别为41.12%、19.63%和19.62%。分别对IBDV分离毒株VP2基因和IBV分离毒株S1基因进行遗传进化分析，发现2024年的IBDV流行株以超强毒株和新型变异株为主，GI-19基因型IBV仍是2024年流行的优势流行株。鸭病原中，鸭圆环病毒1型(DCV-1)占首位，阳性检出率为32.31%；其次为鸭新型呼肠孤病毒(D-REOV)和细小病毒（GPV），阳性检出率分别为23.08%和18.46%。鹅病原中，细小病毒（GPV）占居首位，阳性检出率为27.50%；其次为番鸭呼肠孤病毒（MD-REOV）和鹅星状病毒（GastV），阳性检出率分别为25.00%和22.50%。
关键词： 家禽 主要病原 PCR 荧光定量PCR 阳性检出率
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两个家蚕CPFL表皮蛋白基因的鉴定与表达分析
《山东农业科学 》 2024 北大核心
摘要：昆虫CPFL表皮蛋白是一类重要的结构蛋白.本研究通过生物信息学分析从家蚕基因组中鉴定出2 个CPFL基因,命名为BmHCP1 和BmHCP2.氨基酸序列分析发现,2 个蛋白在羧基末端均具有CPFL表皮蛋白典型的保守结构序列YGW以及重复序列AAH、AAPA、AAPV.进化树分析显示,2 个蛋白与鳞翅目昆虫艺神袖蝶(Heliconius erato)和柑橘凤蝶(Papilio xuthus)具有较高同源性.荧光定量PCR分析显示,BmHCP1和BmHCP2 存在组织、时相特异性表达,幼虫期在头部、中肠、表皮等组织中表达量较高;蛹期除翅原基、血淋巴、触角和足等组织外均有较高表达量;成虫期在足、触角、翅原基、表皮等组织中表达量较高;蛹期在大多数组织的表达量明显高于幼虫期和成虫期.研究结果为进一步探明家蚕表皮蛋白基因的功能奠定了基础.
关键词： 家蚕 CPFL表皮蛋白 序列分析 表达分析 荧光定量PCR
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鸡传染性喉气管炎病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用
《山东农业科学 》 2024
摘要：鸡传染性喉气管炎病毒(Infectious laryngotracheitis virus,ILTV)以往多感染蛋鸡,近年来在蛋种鸡、商品肉鸡中连续多发,表明该病毒感染谱有扩大风险,因此有必要加强对ILTV的监测.为建立高效、灵敏的ILTV检测方法,本研究以ILTV的TK基因为靶基因设计引物,扩增并构建pMD18-T-TK质粒标准品,建立SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法和标准曲线,对其特异性、敏感性和重复性进行验证,并对临床疑似病例进行检测.结果发现,该检测方法特异性良好,与其他常见症状相似病原无交叉反应;最低检测浓度为1.55拷贝/μL,灵敏度是普通PCR方法的10倍;重复性好,批内、批间变异系数在0.79%~1.83%之间.表明本研究建立的ILTV实时荧光定量PCR方法特异性强、灵敏度高,可为ILTV的临床诊断和流行病学研究等提供有效的检测方法.
关键词： 鸡喉气管炎病毒 TK基因 实时荧光定量PCR 特异性 敏感性 重复性
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鸭冠状病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用
《病毒学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为建立一种鸭冠状病毒(Duck coronaviruses,DuCoV)的临床快速诊断方法,根据鸭冠状病毒1b基因保守区域设计特异性引物,成功建立了用于检测鸭冠状病毒的特异性SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR方法.该方法特异性强、敏感性高、重复性好,对鸭冠状病毒有特异性扩增,最低检测限为8.04×100拷贝/μL,比普通PCR方法敏感10倍,批内变异系数与批间变异系数分别为0.28%~0.34%、0.25%~0.36%,均小于1%.对临床可疑鸭泄殖腔拭子进行检测,本方法与常规PCR方法的检测结果阳性符合率为100%,阴性符合率为96.43%,样本总符合率为97.62%.本研究建立的鸭冠状病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法,可用于鸭冠状病毒的临床快速诊断及流行病学监测.
关键词： 鸭冠状病毒 检测 SYBR Green Ⅰ 荧光定量PCR
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不同含油量花生品种中二酰甘油酰基转移酶基因的表达分析
《山东农业科学 》 2023
摘要：二酰甘油酰基转移酶(DGAT)在植物油脂合成过程中发挥重要作用.本研究利用实时荧光定量PCR检测方法,以低油低油酸品种花育 17 号、高油高油酸品种花育 910 和高油低油酸品种花育 918 为试材,分析了不同含油量花生品种不同发育时期种子中AhDGAT1-1、AhDGAT1-2 和AhDGAT3-3 基因的表达情况.结果表明:AhDGAT1-1 基因表达峰值出现在低油低油酸品种和高油高油酸品种的荚果发育初期(下针后 30天),而在高油低油酸品种中则出现在荚果发育中期(下针后 40 天);AhDGAT1-2 基因的表达峰值出现在低油低油酸品种的荚果发育初期、高油高油酸品种和高油低油酸品种的籽仁油脂积累快速期;AhDGAT3-3 基因在3 个花生品种中的表达峰值均出现在荚果发育的中后期.推测AhDGAT1-1、AhDGAT1-2 和AhDGAT3-3 基因表达量的增加有利于花生油脂的合成与积累,但其起作用的时期存在种质差异.本研究结果可为花生高油、高油酸品种的选育提供理论依据.
关键词： 花生 二酰甘油酰基转移酶(DGAT) 实时荧光定量PCR 含油量 基因表达
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H13亚型禽流感病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及其应用
《病毒学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：H13亚型禽流感病毒以往只在海鸥、鸭等水禽中被发现,2018年,我们实验室报道了蛋鸡感染H13亚型禽流感病毒的证据,表明H13亚型禽流感病毒存在从水禽中溢出感染陆禽的风险,因而有必要加强对H13亚型禽流感病毒的监测。实时荧光定量PCR由于具有特异性强、灵敏度高、检测时间短等优点,在病原监测工作中得到了广泛应用。本研究以H13亚型禽流感病毒的HA基因作为靶基因,设计了一对特异性荧光定量PCR检测引物,通过特异性试验、敏感性试验等,建立了H13亚型禽流感病毒实时荧光定量PCR检测方法,并应用建立的检测方法对海鸥粪便样品进行核酸检测。实验结果发现,该检测方法的灵敏度为1.60×10~0拷贝/μL;该检测方法对H1、H3、H5、H6、H7和H9等6个亚型的禽流感病毒无交叉反应;该检测方法的敏感性是常规PCR的10倍;海鸥粪便样品中H13亚型禽流感病毒的核酸检测阳性率为18.8%。我们建立的H13亚型禽流感病毒实时荧光定量PCR检测方法具有灵敏度高、特异性强等特点,该检测方法可用于大量临床样品的快速检测,为H13亚型禽流感病毒监测工作的顺利开展提供了技术支撑。
关键词： H13亚型禽流感病毒 荧光定量PCR 检测 HA基因
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金银花炭疽病病原菌的分离鉴定和qPCR检测
《中药材 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：目的:分离鉴定金银花炭疽病病原菌,并建立该病原菌的实时荧光定量PCR(qPCR)检测体系.方法:采集金银花炭疽病病叶标本,对病原菌进行分离和纯化,利用柯赫氏法则检测病原菌的致病性,通过形态学观察结合分子生物学分析鉴定病原菌;基于病原菌的ITS序列设计特异引物和TaqMan荧光探针,并基于该病原菌特异引物的扩增产物制备重组质粒标准品,利用标准品DNA构建qPCR的标准曲线;并对建立的qPCR方法进行特异性、灵敏度和实际样本验证.结果:明确从金银花炭疽病病叶片中分离纯化的菌株为胶孢炭疽菌Colletotrichum gloeos-porioides.建立的qPCR快速检测方法能够特异性检测该病原菌,灵敏度高,最低检测限为2.94×102 copies/μL,比常规PCR检测灵敏度提高100倍.实际样本验证结果显示,在20例金银花病叶中,4例为炭疽病阳性,与DNA测序结果相符.结论:本研究明确胶孢炭疽菌Colletotrichum gloeosporioides为金银花炭疽病的病原菌,所建立的qPCR方法能对金银花炭疽病进行快速、准确的检测,可以为该病害的早期防治提供技术支持.
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山东省盐渍化地区芦苇根际反硝化细菌群落结构研究
《山东农业科学 》 2021 北大核心
摘要：芦苇是山东省盐渍化地区常见的湿地盐生植物,对氮素转化以及氮去除有重要作用,其中微生物介导的反硝化过程被认为是主要的除氮机理。本研究以山东省不同盐渍化地区的芦苇根际土为材料,采用荧光定量PCR技术及高通量测序技术,对nirS、nirK及nosZ 3种基因型反硝化细菌的丰度以及nosZ基因型反硝化细菌的多样性、群落分布进行比较分析。结果表明,山东省盐渍化地区的芦苇根际中nosZ基因的拷贝数最高,昌邑和寿光地区的芦苇根际nirK基因拷贝数高于nirS,东营和滨州的芦苇根际nirS基因拷贝数高于nirK。固氮螺菌属（Azospirillum）是山东省盐渍化地区芦苇根际的优势反硝化细菌,尤其在昌邑（39.1%）和滨州地区（35.1%）,Oligotropha是寿光芦苇根际丰度最高的反硝化菌（27.3%）,假单胞菌属（Pseudomonas）是东营地区芦苇根际丰度最高的反硝化细菌（34.4%）。滨州地区的芦苇根际反硝化细菌多样性最高。昌邑和寿光两地的芦苇根际nosZ反硝化细菌群落结构相似,东营和滨州两地nosZ反硝化细菌群落组成差异较小。土壤的含盐量、Na+含量、含水量、总碳含量、铵盐以及pH值等环境因子均可影响芦苇根际nosZ基因型反硝化细菌的群落结构。
关键词： 芦苇 反硝化细菌 nirS、nirK、nosZ基因 荧光定量PCR 高通量测序
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花生脂磷酸磷酸酶基因家族的克隆与表达分析
《核农学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为探究脂磷酸磷酸酶(LPP)基因家族在花生中的功能,本研究从花生中克隆得到8个LPP基因,分别命名为AhLPP1、AhLPP2、AhLPP4、AhLPPβ1、AhLPPβ2、AhLPPγ、AhLPPδ、AhLPPε,分别编码335、322、284、228、198、227、403和293个氨基酸,均属于LPPs蛋白质家族.随后对克隆的基因进行序列相似性比对和系统发育分析;同时通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测AhLPP基因在花生不同组织、不同发育时期、5种激素和4类非生物逆境胁迫下的表达情况.结果显示,这些基因与其他植物的LPPs蛋白有较高的相似性,可能参与花生种子油脂的合成.在5种激素与4类非生物胁迫处理下AhLPP2、AhLPPγ、AhLPPε基因均显著诱导表达,其余LPP基因在部分处理下显著诱导表达.本研究为阐明LPP类基因在花生油脂合成和逆境胁迫抗性的功能奠定了理论基础,丰富了花生品种改良的基因资源.
关键词： 花生 脂磷酸磷酸酶(LPP) 基因克隆 实时荧光定量PCR 非生物胁迫
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新型鸭呼肠孤病毒山东株的分离鉴定及致病性分析
《中国兽医杂志 》 2021 北大核心
摘要：本试验采用病毒分离培养、RT-PCR扩增、测序分析、致病性试验等方法,以探索山东菏泽地区商品肉鸭养殖场内樱桃谷鸭脾脏坏死、瘸腿症状的病因。结果显示,鸡胚培养发病鸭的肝脏和脾脏组织悬液分离出1株病毒;该病毒株S1基因与新型鸭呼肠孤病毒的同源性为94%～96%,与鹅呼肠孤病毒的同源性为95%,与番鸭呼肠孤病毒的同源性为49%～50%,与禽呼肠孤病毒同源性为44%～48%,从而确定该病毒株为新型鸭呼肠孤病毒;该病毒株经尿囊腔接种于7日龄SPF鸡胚后,胚体在72～96h内集中死亡,出现水肿、出血症状;该病毒株在Vero细胞上可产生明显的空泡化病变;该病毒株在1日龄雏鸭可回归出与临床一致的脾脏坏死,攻毒后第8周,可观察到50%的鸭发生瘸腿,同时肌肉和关节处可剖检到干酪样物。由此判断,新型鸭呼肠孤病毒感染是导致该养殖场鸭脾脏坏死和瘸腿的主要原因。
关键词： 新型鸭呼肠孤病毒 脾脏坏死 瘸腿 分离鉴定 RT-PCR
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