科研产出
金针菇漆酶基因家族在不同农业废弃物培养基上表达情况
《食用菌学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：测定金针菇（Flammulina filiformis）菌丝在棉籽壳、木屑、玉米芯、玉米秸秆、柠条枝条、甘蔗渣等6种农业废弃物培养基上的生长情况、漆酶活性,并通过实时荧光定量PCR方法检测漆酶基因家族11种漆酶基因表达量。结果显示:与对照（葡萄糖培养基）比较,金针菇菌丝在甘蔗渣培养基上生长速度较慢,在其他农业废弃物培养基上生长速度较快;在玉米秸秆培养基中漆酶活性最高;在棉籽壳、柠条枝条培养基上,Lac4表达量最高;在甘蔗渣培养基上,Lac4表达量较高;在木屑、玉米芯和玉米秸秆培养基上,Lac6表达量最高。
关键词： 金针菇 木质素 漆酶基因 实时荧光定量PCR 表达
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鸭乙型肝炎病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用
《中国动物传染病学报 》 2021
摘要：本研究根据鸭乙型肝炎病毒（DHBV）基因组C基因序列设计一对特异性引物,建立一种快速检测DHBV的SYBR Green荧光定量PCR方法。该方法在7.8×102 copies/μL～7.8×108 copies/μL模板量时,呈现良好的线性关系,相关系数R2为0.999。利用该方法对来自山东不同地区的95份临床样品进行检测。结果显示,该方法特异性好,临床样品检测阳性率与常规PCR方法的符合率为97.9%,且灵敏度高于普通PCR约100倍。将该方法应用于DHBV感染雏鸭的动力学研究,结果表明,DHBV感染雏鸭11 d时病毒含量达到高峰,随后逐渐下降。该方法的建立不仅为临床提供一种对DHBV的快速准确的检测方法,也为药物有效评价时间点的选择提供了理论依据。
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黄河三角洲芦苇根际氨氧化微生物的空间分布
《山东农业科学 》 2020
摘要：芦苇是黄河三角洲常见的典型盐生植物,氨氧化微生物是硝化过程的主要驱动者.本研究以黄河三角洲不同地区的芦苇根际土为研究对象,采用荧光定量PCR技术及MiSeq高通量测序技术,基于arch-amoA及amoA基因对氨氧化古菌(AOA)及氨氧化细菌(AOB)丰度、多样性及群落分布进行比较分析.结果表明,昌邑(CY)、寿光(SG)、东营(DY)、滨州(BZ)4个采样点的芦苇根际土中均以AOA占主导,根际土中AOA丰度显著高于根周土.芦苇根际AOA多样性表现为寿光>滨州>东营>昌邑,AOB多样性表现为昌邑>滨州>寿光>东营.昌邑和寿光两地的芦苇根际AOA和AOB群落结构相似,东营和滨州两地的芦苇根际AOA和AOB群落组成差异较小.其中昌邑和寿光两地芦苇根际土中参与氨氧化过程的主要AOA类群为亚硝化球菌(Nitrososphaera),AOB类群为亚硝化弧菌属(Nitrosovibrio)和亚硝化螺菌属(Nitrosospira);滨州和东营两地的芦苇根际AOA类群主要为Nitrosopumilus,东营芦苇根际中的AOB几乎全为亚硝化螺菌属(Ni-trosospira),滨州芦苇根际中的AOB主要为亚硝化螺菌属(Nitrosospira)和亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas).可见,黄河三角洲芦苇根际氨氧化微生物的组成存在空间分布差异.
关键词： 黄河三角洲 芦苇根际 氨氧化微生物 amoA基因 荧光定量PCR 高通量测序
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黄河三角洲芦苇根际固氮微生物的空间分布特征
《河南农业大学学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：以黄河三角洲不同地区芦苇根际土为研究对象,采用荧光定量PCR技术及MiSeq高通量测序技术,对基于nifH基因的固氮菌丰度、多样性及群落分布进行比较分析.结果表明,黄河三角洲地区芦苇根际固氮微生物存在空间分布差异(P<0.001),丰度表现为东营(1.31*108 copies·g-1)>滨州(9.47*107 copies·g-1)>昌邑(2.39*106 copies·g-1)>寿光(1.59*106copies·g-1);α多样性表现为滨州>东营>寿光>昌邑.MiSeq高通量测序显示黄河三角洲芦苇根际固氮菌主要以变形菌门(Proteobacteria)为主,昌邑芦苇根际优势固氮菌属为农杆菌属(Agrobacterium),寿光根际优势固氮菌属为固氮螺菌属(Azospirillum),滨州芦苇根际优势固氮菌属分别为慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium),东营芦苇根际根际优势固氮菌属为慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium),基于UniFrac的聚类树分析发现滨州和东营间固氮菌群落组成以及结构差异较小,寿光与其他样本的差异性较大,总氮、含水量和含盐量是影响黄河三角洲地区芦苇根际固氮菌丰度、群落结构的主要环境因子.
关键词： 芦苇 根际微生物 固氮 荧光定量PCR 高通量测序
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苹果β-淀粉酶基因MdBAM3的克隆和低温响应表达分析
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：淀粉酶(BAM)介导的淀粉降解广泛参与植物生长发育和非生物胁迫响应等生物学过程。从前期苹果低温诱导转录组研究中分离到1个参与淀粉代谢的差异表达基因片段,克隆其cDNA全长并进行序列分析。结果表明该基因与拟南芥AtBAM3同源,命名为MdBAM3 (GenBank登录号:KX276144.1)。该基因开放阅读框长度1 641 bp,编码546个氨基酸。该蛋白含有完整的葡萄糖基水解酶结构域,保守的葡萄糖基水解酶结构域外环和内环结构,以及2个谷氨酸催化残基,该蛋白包含40个氨基酸残基的cTP (Chloroplast transport peptides),表明MdBAM3蛋白是定位于叶绿体的β-淀粉酶。利用实时荧光定量PCR技术分析模拟低温(4℃)和自然低温条件下MdBAM3的表达响应及组织表达模式,该基因受4℃模拟低温诱导快速表达;自然低温下该基因在叶芽、花芽、韧皮部中的表达均显著上调,在叶芽中表达量最高,具有组织特异性,且随植株休眠的进行呈先升后降的趋势,推测MdBAM3在苹果低温胁迫响应中具有重要功能。
关键词： 苹果 β-淀粉酶 基因克隆 低温胁迫 实时荧光定量PCR
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牛传染性鼻气管炎病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立及应用
《中国预防兽医学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为快速定量检测牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV),本研究根据IBRV的gD基因保守序列,设计合成一对特异性引物,建立了能够快速检测IBRV的SYBRGreenⅠ荧光定量PCR方法.特异性试验结果显示,该方法与引起牛消化道和呼吸道疾病的其它几种病毒均无交叉反应,特异性较强;敏感性试验结果显示,该方法对质粒标准品的最低检出限达6.1×101拷贝/μL,敏感性较高且高于普通PCR方法;重复性实验结果显示,批内、批间变异系数均小于3.0%,重复性良好.利用该方法检测了3个规模化奶牛场送检的47份奶牛鼻拭子样品,结果显示检出了12份阳性样品,与常规PCR检测方法的相比,总符合率为97.87%.本研究建立的检测IBRV的SYBRGreenⅠ荧光定量PCR方法准确可靠,为IBRV的早期快速检测和定量分析提供了技术支撑.
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玉米ZmcpSRP54基因可变剪接分析
《山东农业科学 》 2019
摘要：cpSRP54基因在植物叶绿体发育中发挥重要作用.本研究用生物信息学方法对玉米ZmcpSRP54蛋白进行了进化分析,利用RT-PCR方法对玉米ZmcpSRP54基因全长cDNA进行了克隆,进而对其进行可变剪接分析.结果表明,玉米ZmcpSRP54蛋白与其它7个物种的cpSRP54蛋白有很高的相似性.鉴定到玉米ZmcpSRP54基因25个不同转录本,1个为标准剪接转录本,其它24个为可变剪接转录本.24个可变剪接转录本共使用了17种非标准剪接位点,4种可变剪接方式,主要以可变的3′端位点、可变的5′端位点和外显子跳跃3种可变剪接方式为主.预测出18种不同长度的ORF,编码18种不同长度的多肽.11个多肽其保守结构域氨基酸序列发生部分缺失,6个多肽其保守结构域氨基酸序列发生全部缺失,1个编码全新的多肽.这些结果将为玉米ZmcpSRP54基因的功能研究提供重要信息.
关键词： 玉米 ZmcpSRP54基因 RT-PCR 可变剪接
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牛流行热病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立及应用
《中国兽医科学 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为建立牛流行热病毒(BEFV)的荧光定量PCR检测方法,本研究根据GenBank中已登录的BEFV的G基因保守序列设计了1对特异性引物.结果显示,建立的标准曲线线性关系较好,其相关系数为0.996 3.该方法仅对BEFV检测为阳性,表明其特异性强.该方法的检测下限约为4.0*10~1 copies/μL,比普通PCR敏感性高10倍.重复性试验结果显示,该方法的组内和组间变异系数均小于0.76%.利用本方法分别对45份牛病料样品进行检测,结果检出了11份阳性样品,表明所建立的荧光定量PCR方法准确可靠,可以用于BEFV的快速诊断和定量分析.
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甘薯淀粉合成相关酶基因的克隆与表达分析
《分子植物育种 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为研究甘薯块根淀粉合成酶基因的表达特征,本研究以淀粉含量不同的两个品种为试验材料,利用转录组数据克隆了甘薯颗粒结合淀粉合成酶GBSS、异淀粉酶ISA、淀粉分支酶SBEⅠ、SBEⅡ的cDNA片段,采用实时荧光定量RT-PCR方法对块根不同生长期淀粉合成相关酶基因的表达进行研究。结果表明,在甘薯不同生长时期,淀粉含量从块根形成期开始逐渐积累,到栽插后80 d、110 d时达到高峰,在块根膨大后期,淀粉含量相对稳定。IbGBSSⅠ、IbSBEⅡ、IbISA 3个基因表达量呈双峰曲线变化,IbSBEⅠ表达呈单峰曲线变化。IbGBSSⅠ、IbISA在栽插后70 d和100 d时表达量达到高峰,IbSBEⅠ在栽插后70 d表达量达到最大。在不同类型甘薯品种中,IbGBSSⅠ在高淀粉品种‘漯徐薯8号’中的表达量显著高于‘郑薯20’,低淀粉品种‘郑薯20’的IbISA表达量显著高于‘漯徐薯8号’。
关键词： 甘薯(Ipomoea batatas L.) 淀粉合成相关酶基因 克隆 荧光定量 RT-PCR 基因表达
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牛病毒性腹泻病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用
《山东农业科学 》 2019
摘要：本研究旨在建立一种灵敏度高、特异性强、重复性好,能快速检测牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的方法。根据BVDV的E2基因保守序列,设计合成一对特异性引物,建立了检测BVDV的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。将标准阳性样品10倍梯度稀释检测灵敏度,用能感染奶牛的其它病毒做对照检测特异性,用临床样本检测重复性。结果表明,该方法与能感染奶牛的其它几种病毒均无交叉反应,检出敏感度达4.87×10~1 copies/μL,比常规PCR检测方法高10倍。同时检测了5个规模化奶牛场送检的67份奶牛腹泻样本,其BVDV检出率为46.27%(31/67)。本研究成功建立了BVDV SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,为BVDV的快速诊断和定量分析提供了技术支撑,具有很好的应用前景。
关键词： 牛病毒性腹泻病毒(BVDV) 荧光定量PCR E2基因 检测
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