玉米ZmcpSRP54基因可变剪接分析

关海英; 何春梅; 王娟; 刘铁山; 董瑞; 刘春晓; 刘强; 汪黎明; 《山东农业科学 》 2019

摘要：cpSRP54基因在植物叶绿体发育中发挥重要作用.本研究用生物信息学方法对玉米ZmcpSRP54蛋白进行了进化分析,利用RT-PCR方法对玉米ZmcpSRP54基因全长cDNA进行了克隆,进而对其进行可变剪接分析.结果表明,玉米ZmcpSRP54蛋白与其它7个物种的cpSRP54蛋白有很高的相似性.鉴定到玉米ZmcpSRP54基因25个不同转录本,1个为标准剪接转录本,其它24个为可变剪接转录本.24个可变剪接转录本共使用了17种非标准剪接位点,4种可变剪接方式,主要以可变的3′端位点、可变的5′端位点和外显子跳跃3种可变剪接方式为主.预测出18种不同长度的ORF,编码18种不同长度的多肽.11个多肽其保守结构域氨基酸序列发生部分缺失,6个多肽其保守结构域氨基酸序列发生全部缺失,1个编码全新的多肽.这些结果将为玉米ZmcpSRP54基因的功能研究提供重要信息.

关键词： 玉米 ZmcpSRP54基因 RT-PCR 可变剪接