科研产出
软枣猕猴ICE1基因克隆与生物信息学分析
《生物技术 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：[目的]为研究软枣猕猴桃ICE1基因的生物学功能及抗寒分子机制奠定基础.[方法]以4℃低温处理24 h的软枣猕猴桃(Actinidia arguta Planch) c DNA为模板,通过反转录PCR技术克隆ICE1基因.[结果]该基因c DNA长1524 bp,可编码507个氨基酸.生物信息学分析显示ICE1基因是编码MYC2型的b HLH转录因子,编码蛋白是定位于细胞核的非跨膜亲水蛋白.推导的氨基酸序列与中华猕猴桃(Actinidia chinensis var. chinensis)和山葡萄(Vitis amurensis) ICE1存在着较高的同源性.[结论]成功克隆到软枣猕猴桃抗寒转录因子命名为AaICE1.
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石榴查尔酮合成酶蛋白的生物信息学分析
《山东农业科学 》 2019
摘要：本研究用生物信息学方法对石榴及其他19个物种CHS蛋白的系统进化和motif元件进行分析,重点预测分析石榴、巨桉和拟南芥CHS蛋白的理化性质、氨基酸组成、磷酸化位点和二级结构。结果表明,石榴与巨桉亲缘关系最近,与拟南芥最远。石榴、巨桉和拟南芥CHS蛋白由20种氨基酸组成,数量和比例存在差异,石榴和拟南芥中亮氨酸数量最多,巨桉中丙氨酸最多;存在丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸3个磷酸化结合位点,多数发生在苏氨酸和丝氨酸位置上;二级结构由α-螺旋、延伸链、无规则卷曲和β-转角构成,α-螺旋和无规则卷曲占比较高。在20个物种CHS蛋白的motif元件中,石榴CHS蛋白motif数量和位置与巨桉完全一致,与大多数物种相似,与拟南芥差异较大。本研究结果可为深入研究CHS生物学功能及其调控石榴果实呈色的机理提供理论依据。
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蓝莓角鲨烯环氧化酶基因的克隆与表达分析
《山东农业科学 》 2019
摘要：角鲨烯环氧化酶(SQE)催化角鲨烯合成三萜类骨架β-香树酯前体2,3氧化鲨烯,是熊果酸合成途径中的重要限速酶.本研究采用RT-PCR技术从'喜来'蓝莓根中克隆得到VcSQE基因,全长序列1 744 bp,序列分析结果表明,其含有1 620 bp开放阅读框,编码539个氨基酸;氨基酸同源序列分析表明,蓝莓与其它物种SQE蛋白氨基酸序列相似性很高,与山茶科的茶相似性最高,达90.6%,与猕猴桃相似性为89.7%;不同植物SQE蛋白序列分析发现,该类植物SQE含有3个保守结构域,均在VcSQE中存在;荧光定量试验表明,VcSQE基因在叶中表达量最高,根中表达量最低.
关键词： 蓝莓 角鲨烯环氧化酶基因 生物信息学分析 荧光定量
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苹果WUSCHEL-related homeobox (WOX)家族基因的鉴定与分析
《园艺学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：利用生物信息学方法和苹果基因组数据库,鉴定并分析了12个苹果WUSCHEL-related homeobox (WOX)家族基因.系统进化树分析表明,苹果WOX家族和拟南芥WOX家族可被分为现代分支(WUS分支)、中间分支和祖先分支;苹果WOX家族成员均含有1个motif-1,不同分支的成员含有其分支特异的motif;基因结构分析显示,苹果WOX家族基因含有2~4个外显子,染色体定位发现11个基因分别定位在苹果的7条染色体上,1个基因无准确定位.基因表达模式分析表明,12个基因在苹果各组织中均有表达,且在果实中的表达量较高;密码子偏好性分析显示,苹果WOX家族基因的偏好性较弱.
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保加利亚乳杆菌N-乙酰胞壁质酶基因的克隆及生物信息学分析
《江苏农业科学 》 2019 北大核心
摘要：为了研究保加利亚乳杆菌N-乙酰胞壁质酶基因的结构特征及编码蛋白的功能,根据GenBank中其基因的DNA序列设计引物,以保加利亚乳杆菌MN株的基因组为DNA模板,利用PCR技术扩增N-乙酰胞壁质酶基因,将其克隆到pMD-19T载体上,进行测序与生物信息学分析.结果表明,MN株N-乙酰胞壁质酶基因序列编码217个氨基酸,与GenBank中公开的N-乙酰胞壁质酶基因核苷酸序列的同源性为98.8%~100.0%;蛋白质的理论分子质量为24.55 ku,理论等电点为9.83;该蛋白属于亲水性蛋白,二级结构以α-螺旋为主;该蛋白的第16~38位氨基酸残基组成跨膜区,第56~216位氨基酸残基组成LYZ2结构域.研究结果为今后探讨N-乙酰胞壁质酶基因的生物学功能及其功能改造奠定了基础.
关键词： 保加利亚乳杆菌 N-乙酰胞壁质酶 克隆 生物信息学分析
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海岛棉WRKY转录因子的全基因组鉴定及响应黄萎病菌侵染的表达分析
《植物遗传资源学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：WRKY蛋白是植物中一类重要的转录因子,其在很多生物过程中都发挥有重要作用.目前,关于海岛棉(Gossypium barbadense L.)WRKY转录因子的研究相对较少.本研究利用生物信息学方法在海岛棉基因组中鉴定出180个WRKY转录因子(GbWRKY).根据基因结构及系统进化关系,可将GbWRKY基因分为3组(I~III),II组又可细分为5个亚组(IIa~IIe).GbWRKY基因在染色体上分布不均匀.基因重复事件分析表明,全基因组复制及区段重复事件是GbWRKY基因数量增多的主要原因.表达分析发现,有61个GbWRKY基因在黄萎病菌(Verticillium dahliae)侵染条件下呈现差异表达,表明它们在黄萎病菌胁迫应答过程中发挥作用.本研究结果揭示了海岛棉WRKY转录因子的结构、进化及表达特征,为进一步研究棉花WRKY基因的功能提供了理论指导.
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一种新的牛支原体膜蛋白p59的表达与鉴定
《中国病原生物学杂志 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：目的寻找新的牛支原体(Mycoplasma bovis)抗原蛋白并进行原核表达,为牛支原体疫苗的制备奠定基础。方法采用生物信息学方法分析牛支原体PG45株基因组,发现一种新的膜蛋白p59,并对其理化性质、蛋白定位、是否存在信号肽及其互作蛋白进行分析预测。通过PCR扩增p59蛋白编码基因,经酶切连接表达载体pET-30a(+)后转化入大肠埃希菌BL21(DE3)感受态细胞,利用IPTG进行诱导表达并进行优化,利用不同浓度咪唑洗脱液来洗脱蛋白。通过Western blot进行鉴定。制备p59重组蛋白兔多抗,通过粘附试验和支原体生长抑制试验验证该重组蛋白的功能。结果生物信息学分析该蛋白可能为ABC转运系统的组成蛋白,其互作蛋白为糖、微量元素摄取的ABC转运系统相关蛋白,可能参与牛支原体摄入营养物质的过程。PCR扩增p59基因,双酶切及测序鉴定pET-30a(+)-p59原核表达载体构建正确,SDS-PAGE分析重组载体转化BL21表达p59重组蛋白,相对分子质量为66×10~3。Western blot鉴定该蛋白为膜蛋白,免疫新西兰兔可刺激产生特异性抗体,即具有抗原性。p59蛋白粘附MDBK细胞试验显示,用p59兔多抗作为一抗时的MDBK(Madin-Darby bovinekidney,牛肾细胞)细胞表面能够粘附更多的P59蛋白,表明p59重组蛋白具有一定的粘附能力。生长抑制试验表明,p59兔多抗能抑制牛支原体在固体培养基中的生长,生长抑制率为45.53%。结论新鉴定的牛支原体膜蛋白p59可能是一种粘附相关蛋白,且具有抗原性,该蛋白多抗血清能抑制支原体的生长,为研究支原体膜蛋白的功能奠定了基础,为牛支原体亚单位疫苗的研制提供了新的靶蛋白。
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栽培种花生FAE1基因的克隆和序列分析
《山东农业科学 》 2018
摘要：脂肪酸链延长酶1(FAE1)是控制脂肪酸延长的关键酶,对芥酸的生物合成有至关重要的作用。本研究从栽培种花生的两个染色体组中分别克隆得到2个FAE1基因,命名为FAE1-A和FAE1-B。FAE1只有一个开放阅读框,无内含子,完整编码区长1 536 bp,编码511个氨基酸。利用相关软件或在线工具对FAE1进行生物信息学分析,结果表明其编码蛋白二级结构以α螺旋为主;无信号肽,表明FAE1蛋白不是分泌蛋白,而是在细胞中发挥作用,且主要存在于内质网上;FAE1蛋白不稳定系数小于40,总平均亲水系数为负数,属于不稳定的亲水性蛋白。本研究可为花生低芥酸育种提供依据。
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反油酸诱导人脐静脉内皮细胞转录组学及生物信息学分析
《食品科学 》 2018 EI 北大核心 CSCD
摘要：以反油酸诱导人脐静脉内皮细胞后,结合转录组学分析及其生物信息学分析,在转录水平上对相关差异表达基因进行研究。结果表明:共检测到95条基因显著变化,其中31条基因上调,64条基因下调。并通过生物信息学分析,其中参与生物进程显著性差异表达基因共772条,关于细胞组成的基因显著表达性差异基因共46条,关于分子功能的基因显著表达性差异基因共122条。共检测到93条信号通路,其中显著变化的有11条,其中包括萜类骨架生物合成通路、类固醇生物合成通路和脂肪酸代谢通路等。根据蛋白质基因互作通路图,重点分析了同时参与不同通路的靶基因,包括脂肪酸合成酶、STAT4转录因子及IL-23细胞因子等。
关键词： 反式脂肪酸 反油酸 转录组学 信号通路 生物信息学
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核桃JrCOR基因的克隆及表达分析
《山东农业科学 》 2018
摘要：采用RT-PCR和RACE技术从核桃品种‘香玲’叶片中克隆了一个脱水素基因JrCOR,其全长1 156 bp,具有741 bp的开放阅读框,编码由246个氨基酸组成的多肽,具有LEA家族成员的特征多肽序列。以核桃18S rDNA为内参基因,对核桃品种‘香玲’JrCOR基因在4℃胁迫下的表达模式进行初步研究,结果表明低温诱导下叶片中JrCOR基因的表达增加,4℃处理4 h时达到最大值;自然越冬条件下,花芽中JrCOR表达量呈先上升后下降的趋势,在12月份表达量最高,推测JrCOR基因在核桃对低温胁迫响应中发挥重要功能。
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