科研产出
鸭肠炎病毒基因组末端的克隆及序列分析
《中国畜牧兽医 》 2010 北大核心
摘要：根据已知的鸭肠炎病毒基因组序列设计2对引物RTLT1、RTLT2,取基因组自连产物进行PCR反应,分别得到全长16071、978 bp的序列。将PCR产物克隆至pMD18-T载体,对重组质粒进行PCR和酶切鉴定,将阳性质粒测序,结果显示2对引物扩增的重叠序列部分完全一致。该段序列G+C含量高达75%,含有大量直接和反向重复序列,并发现4个末端特征序列,分别为具有回文结构的α序列、包含两测末端接合位点的β序列、高度保守序列的γ序列和AnTn序列。将该序列与马疱疹病毒Ⅰ型(EHV-1)、牛疱疹病毒Ⅰ型(BHV-1)、水痘带状疱疹病毒(VZV)、猪伪狂犬病毒(PRV)末端序列进行比较,证实所得到的序列为鸭肠炎病毒基因组末端序列,这些特征序列的发现对进一步了解DEV复制机制有很大帮助。
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花生种皮中一种NBS类抗病基因的克隆与序列分析
《山东农业科学 》 2009
摘要：利用植物抗病基因核苷酸结合位点(NBS)的保守区设计一对特异引物,以抗、感黄曲霉病花生品种J11和金花1012的种皮基因组DNA和RNA为材料进行DNA-PCR和RT-PCR扩增,经克隆、测序,得到一条504 bp的目的片段pnbs1,在GenBank上的登录号为GQ199610。Blast和Blastx分析发现pnbs1核苷酸序列与C8V1G10F抗性蛋白的核苷酸序列的同源性为89%,与抗性蛋白PLTR的氨基酸序列同源性为59%。该片段的氨基酸序列中含有抗病基因NBS区域的3个保守模体:GPGGVGKTT、KKFFIVLDDVW和STILLTTR,推测pnbs1可能是花生NBS类抗性基因的核心区域。
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10株H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因的序列分析
《畜牧兽医学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：为了从分子水平上掌握我国H9亚型禽流感的变异情况和流行规律,本研究汇集近年来从我国部分省市养殖场分离的10株禽流感H9N2亚型毒株,采用RT-PCR技术对其HA和NA基因进行扩增、克隆和测序,并对所得全序列进行同源性和遗传进化分析。结果显示,本试验分离到的10株病毒的HA和NA基因变异程度不大,变异概率大;在遗传进化树中均属于欧亚分支中的类CBJ194亚分支,与CBJ194的HA基因核苷酸同源性在88.8%~95.8%,NA基因核苷酸同源性在93.4%~97.6%,可能与CBJ194由同一毒株进化而来。由于基因突变使ACHB101毒株的HA基因出现了新的糖基化位点,ACHN102毒株的保守受体结合位点发生变异。NA基因推导氨基酸序列中第63、64、65位有T、EI、3个氨基酸的缺失,导致61位糖基化位点的丢失。唾液酸吸附位点上有明显的突变。HA和NA基因的变异可能与频繁的疫苗免疫选择压力有关。
关键词： 禽流感病毒 H9N2亚型 HA基因 NA基因 序列分析
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猪乙型脑炎病毒E基因的克隆与序列分析
《中国畜牧兽医 》 2009 北大核心
摘要：根据GenBank中猪乙型脑炎病毒SA14-14-2基因序列设计2对引物,从分离的猪源乙型脑炎病毒SD-001株的细胞培养物中扩增出包括E基因全长的两段基因,将扩增的目的片段进行克隆与序列分析。结果表明,所克隆的E基因编码结构域(Domain)区段与SA14-14-2、P3、Beijing-1等毒株的核苷酸与氨基酸序列同源性分别达97.2%与96.8%以上,属于Ⅲ型乙型脑炎病毒,与疫苗株SA14-14-2的Domain区相比,共有8个氨基酸位点变异。
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新城疫病毒SGM01分离株F基因多肽重复区的序列分析和初步表达
《山东农业科学 》 2009
摘要：从新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)SGM01强毒分离株的F基因克隆出两段七肽重复序列(Heptad Repeat Region,HR)HR1和HR2,通过氨基酸序列分析显示:SGM01分离株的HR1区与F48E9、La-Sota的同源性分别为95.2%、93.7%;HR2区与F48E9、LaSota的同源性分别为89.1%、85.5%。将HR1和HR2分别插入融合表达载体pGEX-6p-1,在大肠杆菌BL21(DE3)中表达,得到预期大小的目的蛋白。这为研究HR1和HR2的结构以及其在F蛋白融合过程中所起的作用奠定了基础。
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牛Nramp1基因5′调控区序列的克隆及序列分析
《中国兽医学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：采用LA-PCR技术扩增牛Nramp1基因2 515 bp的5′调控区序列,构建了重组克隆载体pEASY-T3-Nramp1,对阳性克隆进行了PCR扩增、限制性酶切鉴定、DNA测序及生物信息学分析。结果表明,试验成功构建了包含Nramp1基因5′调控区的重组质粒。经同源性比对发现,Nramp1基因5′调控区在不同物种中具有一定的保守性,在转录起始位点近端的启动子区域,牛与人、鼠、猪、羊的同源性分别是60.50%,58.52%,72.18%,81.95%。经预测,该调控区富含GR、SP1、c-Ets-1、NF-W2等转录因子结合位点。本研究为进一步确定牛Nramp1基因核心启动子区域及该基因的表达调控奠定了理论基础。
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小球藻Δ12脂肪酸去饱和酶基因的克隆与序列分析
《海洋科学 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：利用已报道的Δ12脂肪酸去饱和酶基因序列的保守区域,设计简并引物,通过RT-PCR的方法获得了小球藻NJ-7的内质网型Δ12脂肪酸去饱和酶基因(CvFAD2)的部分序列,然后采用RACE的方法分别克隆到5′片段和3′片段,拼接后设计特异引物扩增到全长cDNA。该基因全长为2 032 bp,ORF为1 158 bp,编码385个氨基酸,分子质量约为44 ku。根据已经得到的CvFAD2序列推导成氨基酸序列与一些已知物种的FAD2氨基酸序列相比较,同源性分别为普通小球藻(Chlorella vulgaris)75%,莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)57%,石榴(Punica granatum)57%,麻疯树(Jatropha curcas)52%。系统发育分析表明,南极小球藻CvFAD2基因与真核微藻(衣藻和普通小球藻)的FAD2基因聚在一起,介于真菌与高等植物之间,并且真核微藻FAD2基因与高等植物的同源性更高,推测其在进化上与高等植物的亲源关系更近。
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渤海黑牛和日本和牛MSTN基因的比较分析
《家畜生态学报 》 2009
摘要：利用PCR扩增及测序的方法,分别对渤海黑牛和日本和牛的MSTN基因编码序列进行分析。结果显示:与日本和牛相比,渤海黑牛MSTN基因外显子1的111 bp处存在一个突变位点,在其外显子2和外显子3处进行比较分析,发现与NCBI上牛的序列一致,没有发生改变的位点。
关键词： 肌肉生长抑制素MSTN 渤海黑牛 日本和牛 序列分析
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桃果实乙烯反应因子PpERF1基因的克隆及序列分析
《中国农学通报 》 2009 北大核心
摘要：以成熟肥城桃果实的cDNA为模板,根据EST库中的核苷酸序列,设计2条特异引物分别与B26进行PCR扩增,结果得到了该基因下游包括3′端非编码区的765bp大小的cDNA片段。PpERF1基因全长为1263bp,包含一个708bp大小的完整开放阅读框(ORF)。序列分析表明,PpERF1与番茄、拟南芥、苹果和葡萄等在DNA结合功能域的约57个氨基酸中,同源性可达68.4%～100%,且在该区域中存在1个α-螺旋和3个反平行链构成的β-折叠结构。经同源性分析,该序列与拟南芥、葡萄、豌豆等植物的氨基酸同源性为58.8%～67.5%,属于同一类ERF家族成员。
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