科研产出
碱蓬PEPCase基因的克隆与分析
《海洋科学 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：采用cDNA末端快速扩增(RACE)技术首次获得碱蓬(Suaeda glauca)中含PEPCase基因完整编码区的cDNA序列,长度为3 038 bp。获得的序列采用生物信息学方法和系统进化方法进行分析。结果表明,获得的cDNA序列包含2 898 bp的完整开放阅读框,编码的966个氨基酸序列含有两个PEPCase活性位点以及6种其他的活性位点;预测蛋白质的相对分子质量为109 785.3,等电点为5.51,属于不稳定的亲水性蛋白;含量相对较多的氨基酸是Leu、Glu、Arg、Asp、Ser,不含Pyl和Sec;不包含跨膜结构和信号肽序列,推断为非分泌性蛋白;二级结构以α螺旋为主,三级结构为紧密球状结构;分析结果还表明获得的碱蓬PEPCase基因应该属于C3型。通过对碱蓬PEPCase基因的克隆及序列分析从而为后期碱蓬PEPCase蛋白表达的研究及获得高油量的转基因碱蓬植株奠定了基础。
关键词： 碱蓬(Suaeda glauca) 磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶基因(PEPCase基因) RACE 基因克隆 序列分析
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枯草芽孢杆菌pgsA基因的克隆及序列分析
《动物医学进展 》 2008 北大核心
摘要：根据GenBank中已发表的枯草芽孢杆菌pgsA的基因序列,设计合成了一对能扩增1 225 bp基因片段的引物。以枯草芽孢杆菌染色体DNA为模板,经PCR扩增得到目的片断,然后将其克隆到pMD18-T载体上,经蓝白斑筛选和酶切鉴定选择阳性克隆进行序列测定。经DNA Star软件将其与Gen-Bank上的pgsA序列进行同源性比较,结果表明,核苷酸同源性均在90%以上,氨基酸同源性为94%以上。核苷酸序列系统进化树分析,发现该试验株与浙江株亲缘关系最近。经ProtScale软件分析表明,该基因所编码蛋白在靠近其N端存在一个跨膜区,为跨膜表达体系的建立和新型口服基因工程疫苗的研制奠定了一定的基础。
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两株高致病性PRRSV ORF6和ORF7基因克隆及序列分析
《中国畜牧兽医 》 2008 北大核心
摘要：应用RT-PCR方法从实验室分离的两株高致病性PRRSV SX、ZQ株中扩增出ORF6和ORF7,将其分别克隆、测序。用DNAStar软件分析所测序列,并与VR-2332株、LV株、周边国家及国内分离株进行核苷酸和推导氨基酸同源性比较,并绘制系统进化树,结果ORF6、ORF7核苷酸与北美洲型的同源性为91.1%~100%,与欧洲型的同源性为66.2%~70.7%,推导氨基酸与北美洲型的同源性为91.2%~100%,与欧洲型的同源性为62.3%~82.3%。证明新分离到的PRRSV SX株、ZQ株仍属北美洲型。SX株ORF6、ORF7核苷酸与国内新分离到的高致病性PRRSV JXA1株同源性分别为99.8%、100%;ZQ株ORF6、ORF7核苷酸与国内新分离到的高致病性PRRSV JXA1株同源性分别为99.6%、99.7%。
关键词： 高致病性PRRSV ORF6 ORF7 克隆 序列分析
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梨α-法尼烯合成酶基因的克隆及其序列分析
《生物技术通报 》 2007 CSCD
摘要：利用RT-PCR技术从鸭梨的果皮中获得了一个全长为1824bp的α-法尼烯合成酶基因(α-Farnesene Synthase,PFS)克隆,该cDNA包含一个由1728个核苷酸组成的开放阅读框架,编码分子量约66kDa的576个氨基酸残基的蛋白质。序列相似性分析结果表明,它与苹果中克隆到的AFS1基因具有很高的同源性,核苷酸序列一致性为97.34%,且具有典型的萜类合成酶基因保守结构域。与来源于黄瓜、杉树、松树的α-法尼烯合成酶基因的同源性较低。
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鹅细小病毒QY分离株NS2基因的克隆及序列分析
《家禽科学 》 2007
摘要：参照GenBank中收录的鹅细小病毒(GPV)B株基因序列设计并合成了扩增广东清远分离株(QY株)NS2基因的一对引物,利用PCR技术扩增出来长约1.5kb的目的片断,将其克隆到PMD18-T载体上,筛选重组质粒并进行了序列测定及分析,测序结果表明,GPV分离株NS2基因由1356个核苷酸组成,编码451个氨基酸。经与B株、DN株、FS株进行同源性比较,核苷酸的同源性分别为99.1%、99%和99%;推导的氨基酸同源性分别为98.7%、98.7%和987%。
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花生△~(12)-脂肪酸脱氢酶基因的克隆及序列分析
《花生学报 》 2007
摘要：根据已报道的△12-脂肪酸脱氢酶基因(FAD)的氨基酸保守序列设计引物进行RT-PCR扩增,得到花生△12-脂肪酸脱氢酶基因881bp部分cDNA序列,然后通过快速扩增cDNA末端技术(RACE),向两端延伸得到1410bp的花生△12-脂肪酸脱氢酶基因全长cDNA序列。序列分析表明有一个长1140bp、编码379个氨基酸残基的开放阅读框,所编码蛋白质的大小约为43kDa。推测的氨基酸序列具有膜整合蛋白酶特异性的3个组氨酸保守区;氨基酸疏水性分析结果表明,所编码的氨基酸序列存在2个具有膜固定蛋白(membrance-anchored protein)重要特征的疏水结构,2个疏水区共跨膜4次,这些特性表明所获得的序列为△12-脂肪酸脱氢酶基因。
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二化螟酯酶基因克隆及序列分析
《江西农业学报 》 2006
摘要：根据已报道其它种类昆虫的酯酶基因设计1对兼并引物,首次从二化螟cDNA中克隆到5个酯酶基因片断,分别命名为:CS_est1、CS_est2、CS_est3、CS_est4、CS_est5,进一步在基因3′端设计接头引物得到CS_est1、CS_est2、CS_est3、CS_est5的3′端全序列。序列分析结果表明,这几个酯酶氨基酸序列具备酯酶家族的特征性氨基酸,与其它昆虫的酯酶同源性较高,为二化螟酯酶基因。其中包括形成催化三联体的3个氨基酸残基Ser、G lu、H is;酶的核心轴为FGESAG。各基因在Genebank上的登录号分别为:DQ401086、DQ401087、DQ401088、DQ401089、DQ401090。
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鸡β-防御素Gal-1 cDNA的克隆及序列分析
《家禽科学 》 2006
摘要：利用细胞总RNA提取试剂盒,从1月龄SPF鸡白细胞中分离提取总RNA,经过反转录PCR(RT-PCR)扩增出鸡β-防御素(Gal-1)cDNA片段。PCR产物经凝胶回收纯化后与pMD18-T载体连接,转化感受态JM109细胞,在含X-gal、IPTG的LB平板上筛选阳性克隆,经菌落PCR与质粒限制性酶切鉴定后,对目的片段进行测序。结果表明RT-PCR扩增出的cDNA片段ORF大小为198bp,用Blast程序进行检索比较表明该序列与Genbank中发表的鸡Gal-1 cDNA编码区序列同源性高达99.5%。该cDNA序列编码65个氨基酸,包括信号肽、前片段和成熟肽,成熟肽由40个氨基酸残基组成。
关键词： β-防御素1(Gal-1) 基因克隆 序列分析
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