科研产出
马铃薯StKN1基因的cDNA克隆与分析
《山东农业科学 》 2012
摘要：植物同源异型枢基因(Homeobox gene,HBG)广泛存在,是一类重要的转录因子编码基因,在生物进化中具有很强的保守性。利用GenBank登录的拟南芥、苜蓿、豌豆、烟草、番茄等同源异型枢基因保守区序列设计简并引物,通过RT-PCR技术,从马铃薯萌动的幼芽中获得了一个homeobox的cDNA基因,命名为StKN1,GenBank登录号为DQ494855.1。该基因片段长971 bp,经序列分析比对,与其他植物的HBG具有很高的序列相似性。系统进化分析将StKN1基因归入homeobox KNOX基因家族。
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牛种布鲁氏菌SP41基因的克隆及序列分析
《山东农业科学 》 2012
摘要：根据GenBank上发表的牛种布鲁氏菌SP41基因序列,设计合成了一对特异性引物。从牛A19疫苗中提取全基因组DNA作为模板,PCR扩增出SP41基因,连入pEASY-T3载体,测序结果表明,扩增的片段含有1 302个核苷酸,编码433个氨基酸的成熟蛋白,与已报道的布鲁氏菌2308、A-13334、S19、9-941序列的氨基酸同源性为100%;与布鲁氏菌ATCC、CCM4915、M28、M5-90、NI的氨基酸同源性为99.8%。布鲁氏菌SP41基因的克隆,为获得重组SP41蛋白及对其结构和功能的研究奠定了基础。
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山东兔场皮肤真菌病病原rDNA-ITS区序列测定及分析
《中国兽医学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：利用皮肤真菌核糖体内转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS)序列通用引物,对采自山东地区主要兔场的皮肤真菌病的16株分离菌进行了PCR扩增,ITS区的克隆、测序、序列变异及遗传进化关系分析。经与Gen-Bank核酸序列数据库数据比对结果表明:16株病菌分别为须癣毛癣菌(12/16,75%)、犬小孢子菌(2/16,12.5%)、石膏样小孢子菌(2/16,12.5%);不同病原菌的5.8SrDNA序列高度保守,而ITS区的变异性则较高;对该区序列的聚类分析表明,不同种菌株ITS1比ITS2在碱基构成和序列长度上有更大变异;而种内各菌株的ITS1和ITS2在长度上均没有变异,碱基构成上存在微小的变异,可基于该区进行兔皮肤真菌的分类鉴定。该研究确定了兔皮肤病原PCR检测特异引物的靶序列,为兔皮肤真菌病病原的特异性分子鉴定提供了可靠的靶标,为兔皮肤真菌的科学分类提供了分子依据。
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山东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒分子特征
《家畜生态学报 》 2011
摘要：为揭示2009~2010年山东地区流行的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子特征,通过RT-PCR扩增采自山东地区不同猪场病猪组织样本中PRRSV的Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7序列,用DNAStar软件分析所测序列,并与北美洲型VR-2332株、欧洲型LV株及国内分离株进行核苷酸和推导的氨基酸同源性比较。结果表明,Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7核苷酸与北美洲型VR-2332的同源性分别为77%~79.9%、88.3%~89.6%、94.9%~95.8%、93.3%~94.1%,与欧洲型LV株的同源性分别为29.6%~31.6%2、64.1%~64.8%、68.3%~68.6%、66.2%~67.3%,证明山东地区的PRRSV毒株仍属北美洲型。系统进化分析表明它们与国内2006~2010年间的分离株(变异株)亲缘关系较近,而与更早的分离株和疫苗MLV株亲缘关系较远,未发现传统毒株。在Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因上均有不同程度的点突变。本研究揭示了山东地区流行的PRRSV各基因的变异特征,为PRRSV的综合防控提供理论依据。
关键词： PRRSV Nsp2基因 ORF5基因 ORF6基因 ORF7基因 序列分析
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花生中两个CBF-like基因全长的克隆与序列分析
《花生学报 》 2011
摘要：DREB/CBF类转录因子的功能及作用机理在拟南芥、水稻等模式植物中已经得到了较为充分的研究,但是在花生中还没有关于这类基因的报道,其功能也没有得到证实。本研究通过Bi-oedit软件在花生cDNA文库中找到了15个可能编码CBF类蛋白的基因片段,其中有2个基因没有包含完整的开放阅读框。我们通过5'-RACE RT-PCR对这两个基因的全长进行了克隆,得到了包含完整读码框的基因序列,并将序列在GenBank上注册,同时对得到的序列进行了初步分析。
关键词： CBF-like基因 花生 基因克隆 序列分析
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1株鸽新城疫病毒F和HN蛋白的潜在抗原表位分析
《中国兽医学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：从亲水性、抗原性、可塑性、表面可能性、二级结构等5项参数指标来综合预测1株鸽新城疫病毒(Newcastledisease virus,NDV)JN08株F和HN蛋白的潜在B细胞抗原表位,并比较其与疫苗株La Sota抗原表位的差异,同时对F和HN基因序列进行分析。综合预测显示:JN08株F和HN蛋白预测抗原表位分别有21,26处;La Sota F和HN蛋白预测抗原表位分别有19,25处。就F蛋白而言,与La Sota相比JN08毒株在82～87、99～102、411～412aa多出3处抗原表位,而在450～455aa缺失1处抗原表位。其中82～87、99～102aa这2处抗原表位位于裂解位点之前,是否对病毒的抗原性、蛋白水解酶的敏感性、毒力等造成影响还有待于进一步研究。就HN蛋白而言,JN08毒株与La Sota相比在128～132aa多出1处抗原表位,此表位位于HN蛋白的柄状部,该部分存在促进F蛋白融合活性的区域,JN08毒株在此区域多出1处抗原表位可能会对F蛋白的融合活性有一定的影响。
关键词： 鸽新城疫病毒 F蛋白 HN蛋白 抗原表位 序列分析
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一株新城疫病毒的分离鉴定及其F基因的克隆与序列分析
《山东畜牧兽医 》 2011
摘要：本试验对山东某鸡场发生疑似新城疫感染的肉鸡分离得到的一株病毒,经鸡红细胞血凝、血抑试验和动物回归试验,结果表明,该分离株为新城疫病毒。对其毒力学指标进行测定,结果MDT为55.6h,ICPI为1.95,IVPI为2.85,表明该毒株为新城疫强毒株。PCR特异性扩增NDV-SD-02的F基因,大小为1662bp,编码553个氨基酸,F基因裂解位点氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合强毒株氨基酸序列的特点,与生物学特性测定的结果完全相符。对分离株F基因的序列分析表明,与近年来国内外分离得到的Ⅶ型NDV同源性较高,为84.7%~98.9%,该毒株属基因Ⅶ型。
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甜樱桃乙烯转录因子PaEIL1基因的克隆及序列分析
《山东农业科学 》 2011
摘要：根据植物乙烯转录因子EIL(EIN3-like)家族的氨基酸和核苷酸保守区序列设计简并引物,以甜樱桃(Prunus aviumL.)果实的cDNA为模板,通过RT-PCR方法得到了PaEIL1部分序列。随后进一步通过RACE技术克隆得到了PaEIL1全长片段,其大小为2 636 bp,包含一个1 806 bp大小的完整开放阅读框(ORF)及部分非编码区序列,编码蛋白大小约为601个氨基酸。聚类分析结果表明,PaEIL1属于EIN3/EIL家族乙烯转录因子成员。
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