科研产出
鸡传染性支气管炎病毒变异株全基因组序列分析
《病毒学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：为了明确传染性性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)分离株CK/CH/SD09/005的分子特征,以进一步丰富国内IBV的分子流行病学信息。本研究设计了25对引物对其全基因组进行了序列测定,并与参考株进行了同源性比较和S1基因遗传进化分析。结果显示CK/CH/SD09/005基因组为27 691bp(不包括5′端Cap和3′端Poly A)。全基因组同源性比对发现,CK/CH/SD09/005仅与GenBank中广西2009年分离株GX-NN09032各基因高度同源(97%~99%)。除GX-NN09032外,CK/CH/SD09/005基因组5′端复制酶基因(Gene 1)和3′端非转录区(Untranslated region,UTR)与2个QX基因型参考株ck/CH/LDL/091022和SDIB821/2012同源性最高,分别为97%和98%,但是3′端结构蛋白和非结构蛋白基因(S-3a-3b-3c/E-M-5a-5b-N)与这两个毒株同源性较低,仅为72%~90%。其ORF3c/E、5a、5b和N分别与韩国分离株1011、国内分离株CK/CH/LXJ/02I、DK/CH/HN/ZZ2004和YX10同源性最高,分别为97%、96%、99%和96%,而其ORF3a、3b和M与参考株同源性均低于90%。S1基因遗传进化分析发现,CK/CH/SD09/005和国内外39个参考株形成7个进化分支(基因型),CK/CH/SD09/005和2007以来几个分离株属于基因Ⅳ型,与其它6个基因型参考株S1和S2基因同源性为66%~69%和72%~81%,S1基因不仅表现广泛性点突变,而且有多处碱基插入和缺失,S2仅表现点突变。本研究结果表明CK/CH/SD09/005是一个变异株,可能是QX基因型IBV流行株与其它毒株重组进化而来,此外还涉及基因突变、插入和缺失等多种变异机制。
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我国部分水果产区铃木氏果蝇与其他果蝇形态特征比较研究
《生物安全学报 》 2014
摘要：【背景】水果害虫铃木氏果蝇近年来传入许多国家,成为重要的入侵害虫,在我国的危害也呈现上升趋势。在水果生产中,铃木氏果蝇常与其他果蝇混合发生。【方法】在对我国水果产区果蝇进行系统调查的基础上,对分别采自山东威海、云南昆明、山东淄博、山东临沂地区的铃木氏果蝇、黑腹果蝇、海德氏果蝇、伊米果蝇的形态特征进行了比较,并利用线粒体COⅠ基因对所鉴别的果蝇物种进行了进一步验证。【结果】通过观察比较种间雄虫前翅和前足以及雌虫腹部和产卵器形态结构可以快速确定果蝇种类。【结论与意义】本研究认为,在宁德地区,互花米草在7月前侧重分蘖生长,7月后根茎开始快速生长,此结论为优化互花米草防治适期提供了参考。
关键词： 铃木氏果蝇 水果害虫 形态特征 线粒体COⅠ基因 序列分析
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鸽源新城疫病毒全基因组序列分析及致病性研究
《畜牧兽医学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：为了科学理解新城疫病毒(NDV)的遗传进化规律,对鸽源NDV基因组和致病特征进行了鉴定分析。从发病鸽群中分离鉴定1株NDV,命名为Pigeon/China/SDLC/2011,并对其进行全基因组测序分析和致病性评价。测序结果显示Pigeon/China/SDLC/2011基因组为15 192bp,具有NDV强毒株F蛋白裂解位点112 RRQKRF117。遗传进化分析发现Pigeon/China/SDLC/2011属于基因Ⅵ型,其6个结构蛋白氨基酸序列与基因Ⅶ型NDV参考株相比存在不同程度变异,其中P和HN蛋白相似性最低,分别为84.6%~84.8%和90.0%~91.1%。致病性试验结果显示鸽感染后表现瘫痪、翅膀下垂或斜颈等神经症状和排绿色稀粪,病死率为70%~80%;而SPF鸡感染后没有明显的临床症状。试验鸽喉头和泄殖腔病毒检出率明显高于试验鸡。本研究结果显示Pigeon/China/SDLC/2011在分子特性和对SPF鸡致病性方面与基因Ⅶ型NDV存在明显差异。虽然SPF鸡感染Pigeon/China/SDLC/2011后没有发病死亡,但可向体外排毒,因此必须采取有效措施防止鸽源NDV在鸽群和鸡群之间的相互传播。
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小麦Clp蛋白酶基因(TaClpP)的克隆与序列分析
《山东农业科学 》 2014
摘要：Clp蛋白酶(ClpP)普遍存在于各种生物体内,在蛋白质代谢调控过程中发挥着极为重要的作用。本研究利用同源克隆和RACE方法从小麦叶片中获得了TaClpP基因(GenBank No.KJ541961)的全长cDNA序列。序列分析表明,该基因含有897 bp的完整阅读框,编码蛋白含有298个氨基酸,预测相对分子量为32.6 kD,等电点为9.79。该蛋白含有一个保守的S14-ClpP-2结构域,无信号肽,定位于叶绿体。与其他植物Clp蛋白酶的氨基酸序列比对发现,TaClpP与节节麦、乌拉尔图小麦的Clp蛋白酶相似性较高。另外,以小麦基因组DNA为模板,通过PCR扩增获得了TaClpP的基因组序列,长度为3 256 bp,包含9个外显子、8个内含子。
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三个花生二酰甘油酰基转移酶基因的克隆与序列分析
《花生学报 》 2014
摘要：二酰甘油酰基转移酶在植物油脂合成途径中具有重要的作用。本研究通过构建花生种子全长cDNA文库,结合大规模EST测序和RACE克隆等方法,从花生中克隆得到了三个DGAT基因,分别命名为AhDGAT1-1、AhDGAT1-2和AhDGAT3-3。其中AhDGAT1-1全长为2020bp,ORF为1539bp,理论分子量为58.6036kD,理论等电点为8.83;AhDGAT1-2全长为2553bp,ORF为1581bp,理论分子量为60.6598kD,理论等电点为8.94;AhDGAT3-3全长为1377bp,ORF为1023bp,理论分子量为36.911kD,理论等电点为8.17。将这三个基因在GenBank上注册,注册号分别为KC736068,KC736069和KC736067。
石榴花类黄酮3′羟化酶基因的克隆及序列分析
《河南农业科学 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：为研究花色苷生物合成途径中类黄酮3′羟化酶基因(F3′H)的序列信息,以泰山红石榴花瓣为试材,提取总RNA后反转录为cDNA,根据GenBank中登录的相关物种F3′H基因的保守序列设计兼并引物,对反转录后的cDNA进行PCR扩增并测序。结果表明:在石榴中克隆到了长度为996bp的F3′H基因cDNA片段,该基因编码331个氨基酸,含有细胞色素P450保守域,属于CYP75B亚家族。该序列在GenBank中的登录号为KC430328。
关键词： 石榴 类黄酮3′羟化酶基因 基因克隆 序列分析
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苹果NADP依赖的苹果酸酶基因克隆、序列和表达分析
《中国农业科学 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：[目的]克隆苹果(Malus*domestica B.)中苹果酸代谢的关键酶基因MdNADP-ME,进行序列特征分析,研究MdNADP-ME在苹果中组织表达的情况.[方法]利用RT-PCR技术获得苹果MdNADP-ME1,2,3全长的cDNA序列.对该序列进行生物信息学分析,采用荧光实时定量PCR技术研究MdNADP-ME1,2,3的组织表达.[结果]测序结果显示,获得的3个NADP-苹果酸酶基因(MdNADP-ME1、MdNADP-ME2和MdNADP-ME3;GenBank登录号为JX971883、JX971884和JX971885),其ORF分别为1 512、1 782和1 926 bp,推测其分别编码503、593和641个氨基酸的多肽.氨基酸序列和结构分析显示,这3个基因均含有5个保守的氨基酸区域(motif I-V),含有2个功能结构域:malic和NADbind1malicenz.进化树分析结果显示,MdNADP-ME1和MdNADP-ME2属于双子叶植物细胞质NADP-ME型,MdNADP-ME3属于双子叶植物质体NADP-ME型.荧光实时定量PCR结果表明,MdNADP-ME1-3在被检测的组织中均有表达,但表达差异明显.[结论]MdNADP-ME1-3属于植物NADP-ME家族,结构高度保守,并且在苹果的不同组织中有不同表达模式.
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‘秋天火焰’槭类黄酮糖基转移酶基因(UFGT)片段的克隆及序列分析
《中国农学通报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：为了从分子层面研究槭树秋季叶片花青苷的合成机理,克隆其花青苷合成相关酶类黄酮糖基转移酶基因(UFGT)全长。以槭树‘秋天火焰’叶片为试材,利用改良的CTAB法提取总RNA,以总RNA为模板,设计简并引物,采用RT-PCR方法扩增出UFGT基因的cDNA片段,该基因片段长397bp,编码132个氨基酸。序列分析结果表明,该cDNA片段与GenBank中报道的荔枝、木薯等物种的氨基酸同源性在50%～60%之间,GenBank登录号为KC140229,试验结果为进一步克隆槭树UFGT基因全长奠定基础。
关键词： 槭树 类黄酮糖基转移酶基因 克隆 序列分析
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核桃GAI基因的克隆和序列分析
《山东农业科学 》 2013
摘要：DELLA蛋白是赤霉素信号传导通路中一类重要的负调节因子。利用RT-PCR技术以香玲核桃叶片为试材,克隆得到核桃DELLA蛋白基因JrGAI。对基因和编码蛋白序列进行分析,结果表明,JrGAI基因开放阅读框(ORF)为1 837 bp,编码612个氨基酸;生物信息学分析表明,JrGAI编码蛋白具有DELLA蛋白的典型结构域;利用BLASTx和DNAMAN软件进行相似性分析发现JrGAI编码蛋白氨基酸序列与其它植物的DELLA蛋白具有较高的同源性,其中与辽宁2号核桃同源性最高,达到99%。核桃JrGAI基因的克隆为其进一步研究应用奠定了基础。
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