科研产出
一株鸭源禽流感病毒(H9N2)全基因序列分析及其排毒规律的研究
《中国兽药杂志 》 2018 北大核心
摘要：为研究一株鸭源H9N2亚型禽流感病毒(JN1株)全基因组的分子特征和遗传进化情况以及感染雏鸭后的排毒规律,对其生物学特性、全基因组序列以及遗传进化进行了分析,通过点眼滴鼻方式感染3周龄健康雏鸭,利用建立的实时荧光定量PCR(RT-PCR)检测鸭的排毒规律,并测定血清抗体效价。JNI株的鸡胚半数感染量为10~(-7.54)/0.2mL,鸡胚最小致死量的平均死亡时间为72h,静脉致病指数为0.266,抗原相关系数为0.47。系统发育分析表明,JN1株的HA与CK/HK/G9/97和DK/HK/Y280/97在同一分支上,NA、M、NP、PA、PB1、PB2基因与SH/F/98同源性较高,NS基因则与H5N1亚型禽流感病毒进化关系较近。HA的裂解位点为PSRSSR↓GL,存在6个潜在糖基化位点,在234位的氨基酸残基为L,NA基因颈部存在缺失。雏鸭在感染该病毒后,饮食正常,精神良好,3~17d均有排毒,咽拭子和泄殖腔棉拭子排毒规律基本一致,分别在第3天和第13天出现排毒高峰。该H9N2亚型禽流感病毒属欧亚大陆分支,为低致病性禽流感,病毒可通过呼吸道和泄殖腔向外界排毒,排毒时间较长。
关键词： H9N2亚型禽流感病毒 序列分析 排毒
全文链接
请求原文
猪伪狂犬病病毒山东分离株gE和gD基因的克隆及序列分析
《中国兽医学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：近年来,我国猪场内很多规模化猪场的伪狂犬病病毒野毒呈阳性,大部分中小规模猪场和小养殖场感染情况更为糟糕,使得伪狂犬病病毒的变异率增加,给该病的防控带来了更大的压力。为了深入了解本病的流行情况及研制新型疫苗用于该病的防治,本研究在流行病学调查的基础上从发生疑似伪狂犬病的2个猪场仔猪组织内各分离到1株PRV野毒株,分别命名为LY株和YSH株。参照已发表的PRV gE和gD基因序列,设计合成2对分别扩其全长的引物,使用高保真酶进行PCR扩增,将扩增得到的全长序列克隆到pEASY-Blunt载体中,并转化Trans1-T1感受态细胞,挑取阳性菌落的质粒进行酶切、测序鉴定,并与国内外其他毒株进行比较分析,构建遗传进化关系图。结果表明,2毒株与国内外其他毒株比较,gE、gD基因核苷酸序列的同源性分别为97.7%~100.0%和99.0%~100.0%;氨基酸序列的同源性分别为95.5%~100.0%和98.9%~100.0%,以gE、gD基因氨基酸序列建立的进化树分析结果显示,近3~5年分离的PRVs形成一个相对独立的新分支。经过同源性及进化分析,可知新分离的2株伪狂犬病病毒株与欧美株的亲缘关系远,与亚洲株内中国株的亲缘关系近,初步判定属于国内流行株,并可能存在一定的抗原变异,这为进一步研究山东省猪群伪狂犬病病毒分子流行病学奠定了基础。
全文链接
请求原文
生姜茎基腐病病原鉴定及甲壳胺对其病原菌的抑菌作用
《中国蔬菜 》 2017 北大核心
摘要：通过形态学观察、致病性测定及序列分析,对生姜茎基腐病病原菌进行鉴定;并采用菌丝生长速率法、活体组织法和田间试验研究甲壳胺对生姜茎基腐病病原菌的抑菌活性。结果表明,生姜茎基腐病病原菌为群结腐霉(Pythium myriotylum)、刺腐霉(Pythium spinosum)和林栖腐霉(Pythium sylvaticum)。甲壳胺对3种腐霉菌均有抑制作用,抑制中浓度(EC_(50))分别为422.711 2、401.699 5、446.910 7μg·m L~(-1)。显微观察显示,甲壳胺处理后的腐霉菌丝膨大、扭曲,分枝增多,菌丝内部出现空泡化。活体组织法试验结果表明,甲壳胺可以明显抑制生姜茎基腐病的发生。田间防治试验结果表明,甲壳胺可以明显预防生姜茎基腐病的发生,从而提高生姜产量。
关键词： 生姜 茎基腐病 形态特征 序列分析 甲壳胺 抑菌活性
全文链接
请求原文
新城疫病毒SD强毒株全长cDNA克隆的构建及序列分析
《山东农业科学 》 2017
摘要：将新城疫病毒SD强毒株的全基因组cDNA序列进行分段扩增,并将各个片段通过In-Fusion技术连于克隆载体pBR322上,获得了SD毒株的全基因组cDNA克隆。通过分段PCR扩增鉴定及全长测序分析,结果表明,SD毒株的全基因组cDNA克隆构建成功,并且成功引入T7启动子序列,全长基因组序列与亲本毒氨基酸序列的一致性为99.9%。单个序列比对发现,全基因组cDNA克隆中有11处碱基突变,其中只有2处引起氨基酸序列发生改变;整个序列未出现基因的缺失、插入变化,因此全长氨基酸的位数未发生任何变化。SD毒株全长cDNA克隆的成功构建和序列分析为后续的反向遗传操作奠定了关键的技术基础。
关键词： 新城疫病毒 基因组全长cDNA 重组质粒 序列分析
全文链接
请求原文
洋葱AcPME基因的克隆及序列分析
《山东农业科学 》 2017
摘要：以洋葱花蕾为试材,通过RACE试验获得了Ac PME基因的全长c DNA序列,Gen Bank登录号为JF913196.1。该基因DNA序列包含2 786个碱基,4个外显子,3个内含子,c DNA序列长度为2 228 bp,编码序列长度为2 001 bp,编码666个氨基酸。生物信息学分析显示Ac PME蛋白存在明显的信号肽和跨膜区域(SP/TM)、PMEI结构域和PME结构域,在PME家族分类中属于第Ⅰ类,即含有一个长的N末端前区域(PRO-region)。氨基酸同源比对与系统进化分析表明,Ac PME蛋白与水稻、玉米、高粱等单子叶植物的同源蛋白具有较高的一致性。三维结构模式图显示该蛋白具有一个明显的凹沟,4个果胶结合位点氨基酸残基(T423、Q453、R565和W567),2个活性位点氨基酸残基(D476和D497)。本研究为洋葱Ac PME基因的结构域蛋白互作及功能研究奠定了基础。
关键词： 洋葱 果胶甲酯酶(PME) 克隆 序列分析
全文链接
请求原文
山东省芋花叶病毒病的田间调查及鉴定
《中国蔬菜 》 2017 北大核心
摘要：为明确芋花叶病毒(Dasheen mosaic virus,Ds MV)在山东芋种植区的发生和遗传进化,在山东潍坊、青岛、烟台、日照和临沂等5个芋主栽区进行调查,对采集样品进行病毒病病原鉴定、序列分析和遗传进化分析。结果显示,芋花叶病毒的检出率为55.9%,在5个地区皆有分布。5个Ds MV分离物cp基因的核苷酸序列相似性为88.5%~91.9%,氨基酸序列相似性为93.4%~97.5%;与国内外已报道代表性Ds MV分离物cp基因的核苷酸与氨基酸的序列相似性分别为74.8%~99.4%、79.7%~99.1%。遗传进化分析显示,Ds MV山东分离物与日本分离物(Ds23)、中国分离物(ND和ZAN)和美国分离物(Ds MV-U2)亲缘关系较近,聚在同一分支。综上,Ds MV在山东省芋主栽区发生普遍,其cp基因序列之间变异相对较大。
全文链接
请求原文
石榴果皮POD基因的克隆与序列分析
《山东农业科学 》 2017
摘要：本研究以‘泰山红’石榴果实为试材,利用RT-PCR和RACE技术克隆果皮中POD基因cDNA片段,利用BLAST和ORF Finder分析其核苷酸序列,并利用Prot Param、SPOMA、DANMAN等软件分析其氨基酸序列。结果表明,克隆得到1 092 bp的cDNA片段,该基因含828 bp的CDS序列,编码276个氨基酸。该基因核苷酸序列与烟草、茜草、花生二倍体杂生种和潘那利番茄等植物的相似性分别为77%、77%、76%和76%;氨基酸序列与荔枝、克莱门柚、苹果和白梨的相似性分别为89%、87%、84%和84%;Gen Bank登录号为KY129694。预测蛋白质理论分子量为30 582.59 D,等电点(p I)为8.83,具有过氧化物酶完整的保守结构域,含有Cd00693和Cl00196两个保守功能域,为亲水性蛋白;蛋白质二级结构主要由无规则卷曲(38.41%)、α-螺旋(37.68%)、延伸链(13.77%)和β-转角(10.14%)组成。该研究结果为揭示石榴果实褐变机理奠定了理论基础。
全文链接
请求原文
一株鸭源H_9亚型禽流感病毒的分离鉴定及HA基因序列分析
《家禽科学 》 2017
摘要：本研究从发生产蛋下降疫情的山东某种鸭场采集病料,分离得到一株病毒。经血凝(HA)试验、血凝抑制(HI)试验、测序分析,鉴定该毒株为H_9亚型禽流感病毒。对分离株HA基因进行测序及序列分析,结果显示该分离株HA基因的裂解位点为333PARSSR↓GLF339,符合低致病性AIV的特征;与参考毒株的HA基因组序列进行比较发现,核苷酸的同源性为93.7%~99.3%,推导的氨基酸的同源性为96.4%~98.6%,与Shandong/YT5/2010(H_9N_2)株同源性最高。
关键词： H_9亚型禽流感病毒 HA基因 序列分析
全文链接
请求原文
石榴果皮DHQ/SDH基因的克隆及序列分析
《江苏农业科学 》 2017 北大核心
摘要：以泰山红石榴果实为试验材料,利用逆转录PCR(RT-PCR)技术扩增出980 bp大小的中间片段,用3'c DNA末端快速扩增PCR(RACE PCR)获得DHQ/SDH基因的3'端,拼接后获得1 585 bp的c DNA片段。结果表明,该基因含有1 265 bp编码序列(CDS),编码421个氨基酸,其氨基酸序列与苹果(注册号:XP_008370537.1)、葡萄(注册号:XP_002270232.1)、白梨(注册号:XP_009335660.1)的同源性分别为82%、84%、82%;蛋白质理论分子质量为133 682.2 u,等电点为5.01,含量最丰富的氨基酸是丙氨酸(Ala)、半胱氨酸(Cys)、甘氨酸(Gly)、苏氨酸(Thr),具有DHQase I、SDH(Aro E)2个保守结构域,为亲水性蛋白;二级结构主要由无规则卷曲(31.12%)、α-螺旋(30.17%)、伸展链(24.94%)和β-转角(13.78%)组成;Gen Bank登录号为KU133479。
全文链接
请求原文
杜梨2个MYB转录因子基因的克隆及序列分析
《果树学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：【目的】克隆杜梨(Pyrus betulifolia Bunge)MYB家族的2个基因(Pb3RMYB和Pb4RMYB),分析其序列特征,为研究其调控的分子机制奠定基础。【方法】利用RT-PCR和RACE技术克隆杜梨Pb3RMYB和Pb4RMYB的c DNA序列全长;利用BLAST和ORF Finder对核酸序列进行分析,利用CDD、Prot Param、TMHMM、Signal P、Plant-m Ploc、SPOMA、DANMAN、MEGA6等软件对氨基酸序列进行分析。【结果】克隆得到Pb3RMYB和Pb4RMYB基因全长,Gen Bank登录号分别为KX272614和KX272615。2者均含有MYB保守结构域,二级结构均以无规则卷曲、α-螺旋、延伸链和β-折叠为主,亚细胞定位分析表明2者均定位于细胞核中。其中,Pb3RMYB属于3R-MYB亚家族,全长2 355 bp,ORF长1 710bp,编码569个氨基酸,蛋白分子质量约为62 077.3 Da,等电点为7.08;BLAST分析表明Pb3RMYB与已报道的其他物种3RMYB具有较高的相似度。Pb4RMYB属于4R-MYB亚家族,全长3 625 bp,ORF长2 913 bp,编码970个氨基酸,蛋白分子质量约为109 600.6 Da,等电点为7.41。【结论】获得了2个杜梨MYB基因Pb3RMYB和Pb4RMYB,分别属于3RMYB和4R-MYB亚家族。
全文链接
请求原文
