科研产出
苹果果实可溶性固形物含量相关基因的全基因组筛选与分析
《植物生理学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：可溶性固形物含量是苹果果实品质的重要指标。在果实成熟期对苹果杂交后代的果实可溶性固形物含量进行测定,从中选择6个可溶性固形物含量低和4个含量高的植株分成2组,在转录组水平上对其果实的基因表达进行比较分析。结果筛选出14个差异表达基因,其中包括蛋白激酶基因和甲基转移酶基因,表明蛋白质磷酸化和甲基化可能和苹果果实可溶性固形物含量相关。另外,差异表达基因还包括转录因子、细胞色素b6-f复合体亚单元7、形成素类蛋白和1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶等基因。这些结果为通过深入研究找出影响苹果果实可溶性固形物含量的关键基因提供了线索,苹果果实可溶性固形物含量和上述这些基因的关系值得进一步研究。本研究还初步证实了基于转录组测序技术的数量性状集群分离分析法是可行的。
全文链接
请求原文
萝卜叶绿体及线粒体基因组测序与组装
《分子植物育种 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：为从分子水平上探讨萝卜雄性不育机理及育性恢复关系,本研究对4个萝卜雄性不育系及1个雄性不育保持系材料进行了线粒体及叶绿体的基因组测序、组装。测序采用PE90策略,获得Cleandata 1.2 G。通过数据过滤、计算测序深度及Kmer频度分析,确定了组装的mer值及覆盖度参数。我们先用Cleandata组装叶绿体基因组,再用过滤的数据组装线粒体基因组,最后利用Sanger测序填补Gap得到各基因组全长。结果表明参试样品萝卜叶绿体基因组长度在153 352~153 445 bp之间,线粒体基因组长度在239 696~258 853 bp之间,均包括1个LSC,1个SSC及1对反向重复序列。基因注释结果表明叶绿体基因组编码了87个蛋白基因、20个t RNA基因及4个r RNA基因,线粒体基因组则编码了82个蛋白基因,17个t RNA基因及3个r RNA基因。
关键词： 萝卜 线粒体 叶绿体 基因组 测序与组装 Kmer分析
全文链接
请求原文
一个新的玉米黄绿叶突变体ygl-m的初步研究
《生物信息学 》 2015
摘要：在田间选育系谱过程中发现了一份黄绿叶突变体ygl-m,该突变体叶片在苗期自发地表现黄绿色,待植株长到6周大左右植株叶片开始恢复绿色,最后整个植株叶片都恢复正常的绿色。苗期ygl-m与野生型植株B73相比,叶片总叶绿素、叶绿素a、叶绿素b含量均显著下降,叶绿素a/b比值显著升高;苗期叶片叶绿体中基粒类囊体片层较少,排列不规则,结构松散。遗传分析表明,突变体ygl-m的黄绿叶表型由隐性单基因控制。本研究将为开展ygl-m基因的分子标记定位和进一步探讨其利用潜力奠定基础。
全文链接
请求原文
桃已知MADS-box转录因子的生物信息学及花发育表达分析
《核农学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：MADS-box基因家族是研究最广泛的植物转录因子之一,参与调控植物生长和发育的多个过程。本文列举了当前已知的MADS-box(Pp MADS)基因在桃(Prunus persica)功能基因组数据库中的基本信息,对Pp MADS基因的保守结构域、进化关系、内含子与外显子、染色体定位和保守元件进行了详细分析;并利用半定量RT-PCR技术分析了其在不同花器官中和的花的不同发育阶段表达水平。结果表明,Pp MADS在桃不同花器官、花不同发育期中起重要的调控作用,为进一步筛选Pp MADS基因进行功能分析奠定相关理论基础。
苹果生长素响应因子(ARF)基因家族全基因组鉴定及表达分析
《植物生理学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：生长素响应因子(auxin response factor,ARF)基因在调控生长素响应基因和生长素信号转导途径以及其它多个生长发育过程具有重要作用。本研究利用Blast P程序比对并获得苹果ARF基因家族,通过DNAMAN 6.0、MEGA 5.0、Web Logo3、Map Inspect和MEME软件对苹果ARF基因进行分析,采用RT-PCR技术研究基因组织表达情况。结果表明,苹果基因组存在29个ARF基因,进化上可分为I、II、III、IV和V组,每组成员数目分别是4、5、10、6和4个。内含子和外显子结构分析表明,该基因家族由2~15个外显子构成。染色体分布结果显示,Md ARF基因在染色体上分布不均匀。分别鉴定出4对和2对Md ARF基因经历了串联复制和片段复制,14个Md ARF基因经历了全基因组复制。保守元件分析表明,苹果ARF基因家族DBD区域、ARF区域、III元件和IV元件结构高度保守。半定量结果表明,大多数Md ARF基因在根、茎、叶、花和果中均有表达。
全文链接
请求原文
新城疫病毒非编码序列的遗传演化趋势
《微生物学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探讨新城疫病毒全基因序列中非编码序列的分子演化规律。【方法】结合本研究室2012年自产蛋下降鸭群中分离测序的一株鸭源新城疫病毒全序列,从GenBank下载35株不同基因型新城疫病毒全长cDNA序列,获取非编码序列,分别绘制引导序列、尾随序列、F-HN及HN-L基因间隔序列(IGS)的遗传进化树,比较编码基因内5’及3’UTR序列核苷酸序列替代特点。【结果】非编码序列的长度及位置高度保守,而其核苷酸基因序列在不断发生变异,且变异趋势与编码基因序列相一致。【结论】新城疫病毒在整个基因组上编码和非编码序列同步发生变异。
全文链接
请求原文
鸡传染性支气管炎病毒变异株全基因组序列分析
《病毒学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：为了明确传染性性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)分离株CK/CH/SD09/005的分子特征,以进一步丰富国内IBV的分子流行病学信息。本研究设计了25对引物对其全基因组进行了序列测定,并与参考株进行了同源性比较和S1基因遗传进化分析。结果显示CK/CH/SD09/005基因组为27 691bp(不包括5′端Cap和3′端Poly A)。全基因组同源性比对发现,CK/CH/SD09/005仅与GenBank中广西2009年分离株GX-NN09032各基因高度同源(97%~99%)。除GX-NN09032外,CK/CH/SD09/005基因组5′端复制酶基因(Gene 1)和3′端非转录区(Untranslated region,UTR)与2个QX基因型参考株ck/CH/LDL/091022和SDIB821/2012同源性最高,分别为97%和98%,但是3′端结构蛋白和非结构蛋白基因(S-3a-3b-3c/E-M-5a-5b-N)与这两个毒株同源性较低,仅为72%~90%。其ORF3c/E、5a、5b和N分别与韩国分离株1011、国内分离株CK/CH/LXJ/02I、DK/CH/HN/ZZ2004和YX10同源性最高,分别为97%、96%、99%和96%,而其ORF3a、3b和M与参考株同源性均低于90%。S1基因遗传进化分析发现,CK/CH/SD09/005和国内外39个参考株形成7个进化分支(基因型),CK/CH/SD09/005和2007以来几个分离株属于基因Ⅳ型,与其它6个基因型参考株S1和S2基因同源性为66%~69%和72%~81%,S1基因不仅表现广泛性点突变,而且有多处碱基插入和缺失,S2仅表现点突变。本研究结果表明CK/CH/SD09/005是一个变异株,可能是QX基因型IBV流行株与其它毒株重组进化而来,此外还涉及基因突变、插入和缺失等多种变异机制。
全文链接
请求原文
