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萝卜叶绿体及线粒体基因组测序与组装

文献类型： 中文期刊

作者： 段乃彬 1 ; 王俊峰 1 ; 白静 1 ; 谢坤 1 ; 王效睦 1 ;

作者机构： 1.山东省农业科学院农作物种质资源中心

关键词： 萝卜;线粒体;叶绿体;基因组;测序与组装;Kmer分析

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2015 年 13 卷 11 期

页码： 2429-2436

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为从分子水平上探讨萝卜雄性不育机理及育性恢复关系,本研究对4个萝卜雄性不育系及1个雄性不育保持系材料进行了线粒体及叶绿体的基因组测序、组装。测序采用PE90策略,获得Cleandata 1.2 G。通过数据过滤、计算测序深度及Kmer频度分析,确定了组装的mer值及覆盖度参数。我们先用Cleandata组装叶绿体基因组,再用过滤的数据组装线粒体基因组,最后利用Sanger测序填补Gap得到各基因组全长。结果表明参试样品萝卜叶绿体基因组长度在153 352~153 445 bp之间,线粒体基因组长度在239 696~258 853 bp之间,均包括1个LSC,1个SSC及1对反向重复序列。基因注释结果表明叶绿体基因组编码了87个蛋白基因、20个t RNA基因及4个r RNA基因,线粒体基因组则编码了82个蛋白基因,17个t RNA基因及3个r RNA基因。

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