科研产出
山东地区2株基因Ⅶ型新城疫病毒的全基因组测序及其序列分析
《中国兽医学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：测定了基因Ⅶ型新城疫(Newcastle disease,ND)强毒分离株Chicken/China/SD04/2011和Chicken/China/SDWF07/2011的全基因序列,将其与GenBank中已发表的29株基因Ⅶ型新城疫毒株的全基因序列进行比对,同源性在91%～97%之间。2株基因Ⅶ型分离株与中国标准强毒F48E8、国外标准强毒Herts/33及疫苗株chicken/N.Ireland/Ulster/67、B1、Clone30、LaSota、Mukteswar核苷酸序列同源性在83%～87%之间;其F蛋白前体F0裂解位点附近的氨基酸序列均为112 RRQKRF117,符合NDV强毒株的特征;与单抗1E5反应阴性,结合对各蛋白的抗原位点的分析初步推测2株病毒的抗原性可能发生了变化。
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大白菜功能基因编码区SSRs的分布规律研究
《天津农业科学 》 2011
摘要：利用数据库中大白菜的部分基因组序列及其注释结果,对大白菜功能基因编码区分布的SSRs类型进行了分析。结果表明,编码区的SSRs以3核苷酸重复的最多,其次为6核苷酸重复的;各种基序的SSRs类型在基因编码区分布的数量有很大差异;另外编码氨基酸的三核苷酸SSRs在11944个基因编码区前100bp、中部及后100bp的分布也有较大差异。说明大白菜基因编码区的SSRs具有相位和极性,其原因在于编码氨基酸的需要。正是这种相位和极性引起大白菜基因编码区SSRs分布的不均一性。
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PRRSV山东变异缺失株SX-1的全基因序列分子特征分析
《中国兽医学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：对从山东某发病猪场采集的猪繁殖与呼吸综合征疑似病料中分离到的PRRSV病毒(SX-1株),应用RTPCR方法分段扩增出PRRSV SX-1毒株的各基因片段,扩增后的产物分别克隆于pMD-18T载体鉴定后测序。序列号GQ875656。序列分析结果表明SX-1株基因组全长15 320nt(不包括poly尾),包含9个开放阅读框,5′UTR长189 nt,3′UTR长150 nt;SX-1株在分子遗传演化上属于PRRSV变异毒株,与参考毒株JXA1的核苷酸同源性为98.9%;与CH-1a和VR2332的同源性为94.8%和89.5%;而与LV的同源性仅为59.3%。基因系统发育树分析结果显示,SX-1与JXA1、GDBY1株的亲缘关系很近,与CH-1a亲缘关系较近,与VR2332、CC-1、RespPRRS/Repro MLV等毒株处于不同的分支。
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新型鸭肝炎病毒分离株JFX08全基因组测定与分析
《中国兽医学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：对我国鸭病毒性肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV)分离株JFX08的全基因组进行了序列测定与分析。结果表明,JFX08毒株的基因组全长为7793nt,包括652nt的5’UTR,6753nt的ORF,366nt的3’UTR以及19nt的poly(A)尾巴。JFX08毒株的ORF编码2251个氨基酸,各基因均与韩国新型毒株的氨基酸序列相似性最高,与1型DHV和台湾新型DHV的序列相似性均较低。其中VP1较1型DHV存在2个氨基酸的插入和较多氨基酸位点的突变,高变区主要集中在180～194位和213～219位。JFX08毒株的非编码区核苷酸序列之间存在大量碱基突变和插入/缺失。多聚蛋白、VP0、VP3、VP1、2C和3D基因进化分析结果均表明,JFX08分离株与韩国新型DHV的遗传距离最近,属基因C型。
关键词： 鸭病毒性肝炎病毒(DHV) 基因组 序列分析
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