科研产出
野生种花生GLP家族基因的鉴定与特征分析
《花生学报 》 2020
摘要：GLP是一类普遍存在于植物界的cupin超家族基因,在调控植物生长发育和抗逆反应中起到多种重要作用.本研究从全基因组水平研究野生种花生GLP基因家族,共鉴定出38个GLP基因.结构域分析显示,绝大多数花生GLP都含有保守的cupin保守结构;基因结构和系统发育分析表明38个花生GLP家族基因分成Subfamily I、Subfamily II和Gymosperm subfamily 3个亚家族,分别有20个、10个和8个成员,其中Subfamily I内含子/外显子结构较一致,无显著差异;Gymosperm sub-family中GLP基因内含子长度差异最大,最长达6.3 kb;Subfamily II中的基因内含子数量差异最显著,最多达5个.说明基因结构与系统进化有一定的关系.染色体定位分析显示,花生GLP基因在花生17条染色体中的分布呈不均匀性,存在5个基因簇,其中染色体A06上分布最多,为9个;其次是B06,分布6个.基因表达分析显示,在22个不同的组织中,仅有8个野生种花生GLP家族基因呈现出差异表达,其中6个属于Subfamily II,且表达总量显著高于其他基因,而Subfamily I成员均未检测到表达.该结果将为今后花生GLP家族基因的功能研究与利用提供参考.
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杏基因组全新组装及杏的进化分析
《植物生理学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：杏(Prunus armeniaca)是一种风味独特、具有重要经济和营养价值的果树.选择以杏品种'美华'为试材,利用先进的Illumina、PacBio和Hi-C组合技术,分别获得Illumina数据40.92 Gb、PacBio数据32.56 Gb和Hi-C辅助组装数据36.9 Gb,组装出全新的杏基因组HiC Ver 1.0,其序列叠连群(contig)总长和半总长位置叠连群(N50)大小分别是243.35和1.81 Mb,包含未知碱基的序列叠连群(scaffold)总长和N50大小分别是243.37和30.07 Mb.组装基因组的98.0%挂载到8个假分子形式的染色体.基因组杂合率0.425%,重复序列占47.1%, GC含量37.4%,预测出23 445个蛋白质编码基因.利用12种植物共有的664个单拷贝基因家族构建系统发育树,结果表明杏和梅(P. mume)约在10.7百万年(Ma)前分歧, 5种核果类果树与2种仁果类果树的祖先约在57.2 Ma前分歧.与杏和梅的共同祖先相比,杏有198个基因家族扩张、729个基因家族收缩.与其他4种核果类果树比较,杏有327个特有基因家族(437个特有基因);与其他11种植物比较,杏有90个特有基因家族(187个特有基因).
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全基因组测序技术在细菌耐药性检测中的研究进展
《中国乳品工业 》 2019
摘要：细菌耐药性严重威胁人类健康和公共卫生安全,特别是菌株的多重耐药问题已是全球关注的热点话题.全基因组测序技术作为一种新型技术,在已知耐药基因型检测、耐药表型预测和潜在耐药基因确定等方面具有较好的敏感性和特异性.现将全基因组测序技术在细菌耐药性中的研究进展进行综述.
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鸡传染性支气管炎病毒分离株CK/CH/HD/171018的生物学特性及其全基因组序列分析
《中国动物传染病学报 》 2018 北大核心
摘要：为了明确传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)分离株CK/CH/HD/171018的生物学特性,本研究对所分离IBV CK/CH/HD/171018株首先进行了HA检查阴性、侏儒胚阳性检查及致病性试验;随后设计了23对引物进行全基因组内部序列扩增及使用cDNA末端快速克隆技术获得3'和5'的精准序列,并与不同基因型的参考毒株全基因组进行同源性比对、构建遗传进化树进行基因分型及重组分析。结果显示:该毒株自然状态下无血凝性,接种SPF鸡胚可导致鸡胚发育迟缓并产生典型的侏儒胚现象,对3日龄SPF雏鸡的致死率为100%;CK/CH/HD/171018基因组全长为27 688 bp,结构为5'Cap-Replicase-S-3a-3b-3c/E-M-5a-5b-N-poly(A)3',其中3'有14个A;CK/CH/HD/171018属于QX基因型,该分离株在Gene1的2个位置有QX型野毒株和CK/CH/LSC/99I型野毒株的重组痕迹,属于QX强毒型IBV。本研究丰富了IBV的生物信息数据库,为进一步从分子水平研究IBV的流行情况、变异机制及致病特征等奠定了基础。
关键词： 鸡传染性支气管炎病毒 全基因组 序列分析 生物学特性
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山东栽培豆与野生豆抗裂荚基因SHAT1-5的克隆及序列分析
《山东农业科学 》 2018
摘要：大豆的裂荚性是影响其产量的重要因素之一,因此栽培豆中豆荚开裂特性的遗传学机制成为国内外研究的热点。本研究以山东栽培豆(山宁11、山宁17、齐黄34、齐黄35和鲁0305-1)及山东野生豆(东营野生豆1、2号和山东野生豆1、2号)作为试验材料,根据已有报道,通过PCR扩增克隆了一个大豆抗裂荚基因SHAT1-5,并对该基因的序列进行多态性分析。结果显示,山东栽培豆和野生豆在SHAT1-5基因区约1 599 bp位置处,各自出现不同倍数的TAA重复。山东栽培豆与野生豆在SHAT1-5基因启动子上游4 kb关键调控区极度保守,栽培豆中不存在20 bp的缺失,这些结果与前人报道的东北栽培豆和野生豆中的情况有所不同。这表明,山东栽培豆与野生豆的裂荚性可能受其他基因的调控。
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炭疽菌属真菌的基因组学研究进展
《山东农业科学 》 2018
摘要：炭疽菌属(Colletotrichum)真菌是一类重要的植物病原真菌,能侵染大多数种植作物,引起炭疽叶枯病和根茎腐烂病,使作物减产甚至绝产,造成严重的经济损失。对引起植物炭疽病的各个物种及其分子机制进行详尽描述和分析研究,可为植物炭疽病的防治策略研发提供重要参考依据。本文从基因组学角度,以7种与农业生产联系紧密的炭疽菌属真菌为对象,阐述了近年来炭疽菌属基因家族的扩展;并从碳水化合物活性酶类(CAZymes)、次生代谢物质(SM)和效应蛋白等三个方面进行了总结,展望了炭疽菌属真菌基因组学信息的开发与利用前景,以期利用基因组测序技术和生物信息学分析手段对该类真菌进行更深入地研究。
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整合REV LTR的自然重组马立克氏病毒GX0101的全基因组序列分析
《中国兽药杂志 》 2017 北大核心
摘要：GX0101是一株整合禽网状内皮组织增生症病毒(REV)长末端重复序列(LTR)的重组马立克氏病病毒(MDV)。基于MDV GX0101的细菌人工染色体感染性克隆利用高通量测序技术完成了对其全基因组的序列分析。GX0101全基因组长178101 bp,其基因组的TRL、UL、IRL、IRS、US和TRS区分别长12758 bp、113572 bp、12741 bp、12700 bp、11695 bp、13134 bp。与Md5不同,GX0101含有一个sorf2基因。同时,GX0101全基因组含有一个REV LTR重组片段,位于其基因组US区的sorf1中,sorf2基因前267 bp碱基处。通过与已发表的近10株MDV的比较,发现GX0101与英国分离株C12/130的两个不同毒力的感染性克隆p C12/130-10和p C12/130-15同源性最高。GX0101的全基因组序列的比较分析,有助于进一步阐明MDV致病性、传播性相关的基因,也有助于揭示不同地域间MDV的遗传变异和演化关系。
关键词： REV LTR 重组MDV 感染性克隆 高通量测序 全基因组
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大白菜InDels标记开发及其在剩余杂合体鉴定中的应用
《农业生物技术学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：大白菜(Brassica rapa ssp.pekinensis)参考基因组序列的公布及测序成本的降低为大规模开发插入/缺失(Insertion/Deletion,In Del)标记提供了可能。本研究以性状差异明显的大白菜自交系He102与06-247为亲本,开展了全基因组重测序、标记开发和验证工作。二者测序深度分别为10×和8×,经筛选共获得330 218个In Dels差异位点,出现频率为1.2个/kb,其中有11 238个差异位点位于编码区,包括5 184个差异基因,每个基因平均包含2.2个差异位点。分别以He102与06-247测序数据中筛选出的多态性In Dels位点为参照,从10条染色体上随机选择933个位点进行了PCR扩增及电泳检测验证。结果表明,测序深度对假阳性率有直接影响,以测序较深的材料中筛选到的差异位点为参照,其验证结果的假阳性率亦较高,反之则较低。本研究中以He102与06-247为参照选择In Dels位点验证的平均假阳性率分别是51.9%和22.5%。从933个位点中共筛选出593个在亲本之间实际表现为多态性的位点,这些差异位点中有375个位于编码区,是潜在的功能性标记。利用上述差异位点,检测了He102与06-247衍生的F7代重组自交系群体,明确了F7代各株系在593个位点的纯/杂合状态,为利用剩余杂合株系精细解析和精准定位大白菜耐抽薹、抗病毒、抗干烧心等重要农艺性状奠定了基础。
关键词： 大白菜 重测序 全基因组 InDels标记 剩余杂合体(RHL)
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