科研产出
基于新疆乳用型褐牛遗传缺陷基因和致死单倍型检测应用效果研究
《安徽农业科学 》 2024
摘要：为了提升新疆乳用型褐牛选育水平，应用93种牛遗传缺陷基因和致死单倍型的引物组合及试剂盒，随机抽样296头乳用型新疆褐牛遗传缺陷基因(如脊髓性肌萎缩、髓鞘发育不良、蜘蛛腿综合征等)的因果突变位点(SNP、短片段的插入或缺失)及致死单倍型(BH2、BH6、BH14、OH2、OH4等)进行检测，筛选出具有单基因遗传缺陷基因的携带者及致死单倍型携带者的牛，提示BH2、BH6、BH14和脊髓髓鞘发育异常在新疆褐牛母牛群体中存在一定的比例，对携带遗传缺陷基因和致死单倍型牛只繁殖性能和疾病发病统计分析，其比较结果差异显著(P<0.05);对携带牛只采用选种、选配手段繁殖产生正常F1代(未检测出缺陷基因和致死单倍型检),分析其繁殖指标，结果表明繁殖性能有明显提升。有必要定期对携带者母牛进行筛查并合理选种选配，为新疆褐牛乳用性能选育、群体遗传改良和地方品种遗传资源的保护提供依据。
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牦牛基因组拷贝数变异研究进展
《畜牧兽医学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：拷贝数变异（copy number variation, CNV）是基因组结构变异（structural variation, SV）的重要组成部分。与SNP（single nucleotide polymorphism）相比，CNV显示出更丰富的复杂遗传变异，在家畜重要经济性状遗传机理、疾病诱因和物种进化等研究方面具有重要意义。牦牛作为青藏高原的重要牛种，近年来随着高通量测序技术的快速发展和参考基因组的不断升级，其全基因组水平上CNV的研究获得重要进展。本文在阐述基因组CNV的形成原理、作用机制和检测方法基础上，综述了近10年来牦牛基因组CNV的研究现状，分析探究了存在的一些问题与不足，并对其未来的发展和应用趋势进行了展望，以期为深入开展牦牛基因组研究和加速牦牛遗传资源的分子育种进程提供参考。
关键词： 牦牛 基因组 拷贝数变异（CNV）
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非生物胁迫对水稻抽穗期的影响
《分子植物育种 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：水稻（Oryza sativa L.）是重要的粮食作物，其产量与粮食安全和经济发展密切相关。水稻抽穗期是一个重要的农艺性状，对水稻播种季节、产量和适宜种植地区有着极其重要的影响。水稻抽穗期的调控涉及了一系列的基因，而且这些基因彼此之间存在着复杂的相互调控关系。盐、干旱和温度等非生物胁迫严重影响水稻抽穗期，解析非生物胁迫对水稻抽穗期的影响及其分子机理，有助于抗逆水稻新品种的选育。本研究梳理了水稻抽穗期调控的分子机制，以及非生物胁迫对水稻抽穗期的影响，以期为水稻耐逆品种的选育提供理论指导。
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两株坦布苏病毒的分离鉴定及全基因组序列分析
《中国动物传染病学报 》 2023 北大核心
摘要：2019年，从山东某地疑似坦布苏病毒（TMUV）感染的发病鸭和发病鹅组织病料中进行病毒分离，并通过RT-PCR、间接免疫荧光试验以及基因序列分析，确定分离到1株鸭源和1株鹅源TMUV，并命名为BZ0162和WS12101。将分离株全基因组进行PCR分段扩增、测序，发现BZ0162和WS12101基因组全长包含10 991个核苷酸。全基因组核苷酸同源性比较结果显示，BZ0162和WS12101之间同源性是99.5%，与其他TMUV参考毒株同源性均大于95.7%。E蛋白核苷酸和氨基酸同源性分别大于95.2%和98.0%。遗传进化分析结果显示，BZ0162和WS12101与GenBank最新公布的CHN-JL中国株以及泰国株DK/TH/CU-1亲缘关系最近，处于同一进化分支上。分别成功分离到1株鸭源和1株鹅源坦布苏病毒，为进一步探究坦布苏病毒遗传变异及跨宿主传播机制提供了材料。
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桃NHX基因家族的全基因组鉴定与表达分析
《山东农业科学 》 2021 北大核心
摘要：本研究利用生物信息学方法从桃全基因组数据库筛选出7个NHX反向转运体,并对其序列特征、基因结构、进化关系、亚细胞定位、组织表达谱和盐胁迫响应性进行综合分析。结果表明,7个桃NHX具有清晰的亲缘远近关系;5个桃NHX（NHX1,NHX4～NHX7）基因在结构等方面具有相似性,亲缘关系较近,而与NHX2和NHX3亲缘关系较远。7个桃NHX蛋白在N端具有明显的跨膜结构区域。顺式元件分析表明,桃NHX基因家族上游启动子区域包含与光信号、激素、逆境胁迫及分生组织表达相关的顺式作用元件。qRT-PCR分析结果显示,大多数桃NHX家族成员在茎中表达较多;所有桃NHX成员对外源盐处理具有响应性。
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山东省主要栽培苹果基因组重测序及SNP芯片位点挖掘
《分子植物育种 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为促进苹果品种快速鉴定、种质资源评价及选择利用,本研究对山东省31个栽培苹果开展了重测序及SNP位点挖掘研究。样品DNA提取自叶片,并按照Illumina操作手册制备双端文库。经由Hiseq 4000平台对31个苹果基因组进行重测序,共产生了363 Gb的高质量序列,平均每样品12.5 Gb,这代表了苹果基因组大约15.9倍覆盖度。充分满足重测序分析及SNP位点挖掘的需要。错配率比较试验发现随着错配率逐渐升高,比对率逐渐升高至饱和。其中总比对率、成对数据比对率及单端数据比对率与错配率呈现显著相关（P<0.000 1）,均符合一元四阶方程（回归系数R2>0.99）。随着错配率提高,比对严谨度降低;基因组覆盖度逐渐升高,杂合位点准确度逐渐提高。采用两种算法所得到的位点,根据‘染色体+位点信息’作为特征值取交集,得到高可靠的单碱基SNP位点数据集:共检测到374 404个变异,平均每隔1 896个位点能够检测到一个变异,桑格验证试验准确度高达98.1%。SNP的功能注释分析结果显示在全部373 763个位点中有143 269个（38.27%）位于基因间区,25 047个（6.7%）位于基因编码区,179 426个（47.92%）位于基因上游-下游的2 kb区域。在所有编码区SNP里,有13 422个是非同义变异位点,11 625个是同义变异位点。两种SNP比率为1.15∶1。进一步利用过滤的4DTV位点,采用邻接算法构建的聚类分析结果符合山东省栽培苹果分类的趋势。
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豆科植物种子大小性状相关基因及其研究进展
《基因组学与应用生物学 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：豆科(Fabaceae)植物种类众多，在全世界范围内广泛分布，其中可食用豆类为人类提供了油脂、蛋白质、淀粉和维生素等营养物质，具有重要的社会和经济意义。豆科植物种子大小性状是决定其产量的重要因素，研究控制种子大小的关键基因及其分子调控机理，对豆科作物的高产、优质育种具有重要的理论意义和应用价值。近年来，随着全基因组测序和生物信息等技术的迅速发展，在种子大小调控机制方面取得了很多重要的研究进展，鉴定了一批调控种子大小的基因。本文通过对调控豆科植物种子大小的重要基因进行综述，为这些基因在育种中的应用提供参考。
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表型组学在水稻研究中的应用
《中国水稻科学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：水稻作为重要粮食作物,其重要农艺性状的功能基因组研究是植物生物学研究的热点。植物基因型、表型和环境三者构成了遗传学研究的铁三角。随着高通量测序技术的快速发展,基因型的研究更加简单快速。然而表型研究严重滞后于基因型研究。目前传统的表型信息的获取存在所需劳动量巨大、成本高,所获取表型数据受人工主观因素影响大等诸多难题。高通量表型组学可无损、高通量、精准获取表型信息,对解决以上难题具有关键作用。本文对表型组学在水稻中的研究应用情况进行整理,为今后水稻基因组学和表型组学等多学科相结合的现代研究手段提供理论支撑。
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