文献类型： 中文期刊

作者： 张志刚 ¹ ; 赵智中 ¹ ; 李巧云 ¹ ; 王晓 ¹ ; 刘栓桃 ¹ ; 王淑芬 ¹ ; 徐文玲 ¹ ; 刘贤娴 ¹ ; 刘辰 ¹ ;

作者机构： 1.山东省农业科学院蔬菜花卉研究所山东省设施蔬菜生物学重点实验室/国家蔬菜改良中心山东分中心

关键词： 大白菜;重测序;全基因组;InDels标记;剩余杂合体(RHL)

期刊名称： 农业生物技术学报

ISSN： 1674-7968

年卷期： 2016 年 24 卷 04 期

页码： 510-518

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 大白菜(Brassica rapa ssp.pekinensis)参考基因组序列的公布及测序成本的降低为大规模开发插入/缺失(Insertion/Deletion,In Del)标记提供了可能。本研究以性状差异明显的大白菜自交系He102与06-247为亲本,开展了全基因组重测序、标记开发和验证工作。二者测序深度分别为10×和8×,经筛选共获得330 218个In Dels差异位点,出现频率为1.2个/kb,其中有11 238个差异位点位于编码区,包括5 184个差异基因,每个基因平均包含2.2个差异位点。分别以He102与06-247测序数据中筛选出的多态性In Dels位点为参照,从10条染色体上随机选择933个位点进行了PCR扩增及电泳检测验证。结果表明,测序深度对假阳性率有直接影响,以测序较深的材料中筛选到的差异位点为参照,其验证结果的假阳性率亦较高,反之则较低。本研究中以He102与06-247为参照选择In Dels位点验证的平均假阳性率分别是51.9%和22.5%。从933个位点中共筛选出593个在亲本之间实际表现为多态性的位点,这些差异位点中有375个位于编码区,是潜在的功能性标记。利用上述差异位点,检测了He102与06-247衍生的F7代重组自交系群体,明确了F7代各株系在593个位点的纯/杂合状态,为利用剩余杂合株系精细解析和精准定位大白菜耐抽薹、抗病毒、抗干烧心等重要农艺性状奠定了基础。