科研产出
桃(Prunus persica [L.] Batsch)转录组SSR信息分析及其分子标记开发
《分子植物育种 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：利用MISA软件筛选桃(Prunus persica[L.]Batsch)转录组数据,获得的109 248条Unigene,检测出24 102个SSR位点,分布于22 689条Unigene中,出现频率为20.76%。SSRs位点中主导类型是以AG/CT(占总SSRs的18.70%)为主的二核苷酸重复,占总SSRs的33%;其次是三核苷酸重复,出现频率为27%;四核苷酸重复,占总SSRs的25%。利用Primer 5共设计出9 657对SSR引物。随机选择50对引物进行PCR扩增,其中20对扩增出清晰可重复的条带,并且在同属材料(苹果试材)中也能获得理想结果,引物多态性检测发现,在15份桃试材中,10对引物具有多态性,利用UPGMA作图,可将15个桃材料很好区分。结果表明,桃转录组测序产生的Unigene是开发SSR标记的有效信息,为SSR标记在桃的遗传分析上提供可靠的标记选择。
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黄河三角洲地区棉田杂草组成及其群落特征
《植物保护 》 2016 北大核心
摘要：采用倒置"W"九点取样法对黄河三角洲棉田杂草种类及其群落结构进行了调查,并进行物种多样性分析。结果表明:黄河三角洲棉田杂草有61种,隶属于19科、47属,其中菊科杂草最多,有13种;其次是禾本科,有9种。优势杂草有马唐、芦苇、马齿苋、牛筋草、鳢肠、打碗花、藜、稗、铁苋菜和白茅10种,区域性优势杂草有6种,常见杂草3种,一般杂草42种。从区域分布来看,垦利、广饶、河口等地杂草丰富度指数、香农指数、辛普森指数、均匀度指数普遍较高。从聚类分析结果来看,该地区棉田杂草群落变化与空间距离、地理环境、种植模式等因素有密切关系。东营和利津两区县聚类分析的欧氏距离最小,为10.5;黄河南岸的高青和黄河三角洲其他县区之间欧氏距离最大,为23.4。
花生根瘤菌遗传多样性及高效固氮菌株的筛选
《花生学报 》 2016
摘要：为揭示花生根瘤菌遗传多样性并筛选高效固氮菌株,本研究从山东省花生研究所莱西试验站的5个样点采集新鲜花生根瘤进行根瘤菌分离,对菌株的16SrRNA基因、持家基因(recA、atpD、glnII)序列进行系统发育分析以确定根瘤菌的系统发育地位,同时对共生基因nifH序列进行系统发育分析,并通过温室盆栽接种实验筛选高效共生固氮根瘤菌菌株。从5个采样点共分离到106株花生根瘤菌菌株,通过持家基因recA序列分析选定7株代表菌株。对代表菌株的16SrRNA基因与持家基因MLSA系统发育分析表明,所分离到的菌株分布于Bradyrhizobium的B.liaoningense、B.yuanmingense、Bradyrhizobiumsp.种群。同时,固氮基因nifH的系统发育分析结果表明,固氮基因高度保守,在系统进化树上分别与B.arachidis CCBAU 051107T、B.yuanmingense CCBAU10071T聚为两支。温室盆栽实验表明7株花生根瘤菌代表菌株均能与花生有效结瘤,其中代表菌株YIC61059共生固氮能力最强。结果分析表明,山东省莱西市花生根瘤菌遗传多样性较为丰富,其中B.liaoningense为优势种群。该地区的花生根瘤菌具有较好的结瘤和共生固氮能力,其中代表菌株YIC61059促生效果比较突出,具有良好的应用前景。
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鲁西黑头羊mtDNA D-loop区遗传多样性与遗传分化研究
《山东农业科学 》 2016
摘要：鲁西黑头羊是一个优良的绵羊培育品种,具备高产肉力和高繁殖力特征。为了评估这个品种线粒体DNA的遗传多样性,同时获得该新品种界定的分子证据,本研究对鲁西黑头羊、杜泊羊和小尾寒羊mtDNA的高变异区进行了测序,分析了它们的遗传多样性和遗传分化,并计算了鲁西黑头羊与其它两个品种间的遗传距离。结果表明:三个品种的遗传多样性较为丰富,遗传分化程度较高(Fst为0.3240~0.5909);鲁西黑头羊与杜泊羊之间的遗传距离为0.1187,达到了种间的遗传距离,与小尾寒羊之间的遗传距离为0.0654,达到了亚种间的水平。以上结果为鲁西黑头羊的品种界定提供了数据支持。
甘肃部分玉米自交系SSR遗传多样性分析
《中国农学通报 》 2016 CSCD
摘要：分析甘肃省部分骨干玉米自交系的遗传多样性并划分群体结构。利用全自动DNA分析仪荧光SSR-PCR技术和66对核心SSR引物研究了148份玉米(Zea mays L.)自交系的遗传多样性,并分别使用模型结构聚类和遗传距离聚类法进行群体结构分析。在148份自交系中,66对SSR标记共检出279个等位变异,每对引物检测到等位基因2~8个,平均4.2273个。多态性信息量(PIC)和标记指数(MI)的平均值分别为0.4879和2.1808。模型结构聚类将148份自交系分为SS群和NSS群;遗传距离聚类分为5个类群,根据常规测验种自交系可将5个类群归并为SS群和NSS群。2种聚类方法所得结果与材料的系谱信息基本一致。甘肃省部分玉米自交系在育种实践中正在向2个相对独立的优势类群转化,2个类群之间的遗传多样性水平存在一定的差异。
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盐碱土类型对花生种子萌发过程中种子际土壤菌群结构的影响
《花生学报 》 2016 北大核心
摘要：本研究以不同含盐量的滨海盐土、内陆盐碱土和中等肥力非盐碱土壤为实验对象,探讨花生种子在吸水膨胀与萌发过程中,不同类型盐碱土对种子际土壤微生物多样性变化的影响。本实验对不同土壤样品中细菌的16SrRNA基因的V3-V4区进行PCR扩增;利用高通量测序的方法对12份V3-V4高变区PCR产物进行测序,并对测序数据进行生物信息学分析。结果显示:(1)东营青坨滨海盐土种子际土壤细菌群落多样性大于聊城高唐内陆盐碱土花生种子际土壤细菌群落多样性。(2)不同类型土壤样本微生物群落结构在纲水平存在明显差异。4种土壤中的种子际细菌共分属于6个菌纲,分别为Proteobacteria、Actinobacteria、Actinobacteria、Bacteroidetes、Acidobacteria和Firmicutes菌纲,并均以Proteobacteria和Actinobacteria菌纲为主要菌纲。全样本菌落结构分析结果表明,4种类型土壤中不同吸胀时间内种子际微生物菌落在门、属水平上的类型和丰度差异最为显著(p<0.05)。(3)beta多样性分析和各样本遗传距离(phylogenetic distances)聚类树图分析表明,4个土壤类型的12个土壤样本种子际土壤中微生物群落均可聚为2大类。上述研究结果为盐碱地花生保全苗、促早发提供了重要的理论依据。
关键词： 花生 盐碱土 种子萌发 种子际 细菌多样性 16SrRNA
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肉鸡气管阻塞呼吸系统细菌多样性分析
《中国兽医学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：采用第2代Miseq高通量测序方法对发病和健康鸡只的肺脏和气管内微生物进行检测,并分析各样品中菌种类别、群落组成、不同样品之间物种差异以及与疾病发生的关系。结果显示:肺脏和气管内共检测到270种细菌,它们隶属于13门23纲39目74科140属;病例气管中细菌数比肺脏高,同时也比健康气管略有增多,而多数病例肺脏内细菌数比健康肺脏少。结果表明:不同样品之间存在一定的物种差异,地域对样品中细菌组成影响较大,引发肉鸡气管阻塞的细菌病原体也存有不同,主要有支原体、大肠杆菌、志贺菌、里氏杆菌、棒状杆菌、葡萄球菌、鸟杆菌和肠球菌等;此外,所占比例较大的乳酸球菌和乳酸杆菌是益生菌。
关键词： 肉鸡气管阻塞 Miseq测序 呼吸系统 细菌多样性 群落组成
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中国重要农业害虫韭菜迟眼蕈蚊多态性EST-SSR标记的开发（英文）
《生物安全学报 》 2016 CSTPCD
摘要：【背景】韭菜迟眼蕈蚊是我国重要的农业害虫,然而它的遗传资源有限。本研究旨在开发韭菜迟眼蕈蚊EST-SSR标记,为研究不同地区的韭菜迟眼蕈蚊种群结构和遗传多样性奠定基础。【方法】从韭菜迟眼蕈蚊的表达序列标签(EST序列)中设计16对简单重复序列(SSR)引物,进一步筛选出9对具有多态性的SSR引物。【结果】从42095条unigene中确定了3383个SSR位点。利用查找到的SSR位点共设计出16对引物,进一步检测筛选发现9对引物具有多态性,引物的每个位点平均有3.33个等位基因。利用9对引物对30头韭菜迟眼蕈蚊进行检测,共获得30个等位基因,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.0000~0.6875和0.0370~0.6877;其中,9个位点中有5个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡。【结论与意义】本研究成功从迟眼蕈蚊EST序列中筛选出9个具有多态性的微卫星位点,这为进一步分析该害虫种群的遗传结构和遗传多样性奠定了基础。
