科研产出
山东省不同地理种群棉铃虫的遗传结构
《植物保护学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为明确棉铃虫Helicoverpa armigera(Hubner)在山东省不同地理种群的遗传分化及遗传多样性,对采集得到的山东省14个棉铃虫种群共109个样本进行线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(mito-chondrial cytochrome oxidase Ⅰ,mt COⅠ)及亚基Ⅱ(mitochondrial cytochrome oxidase Ⅰ,mt COⅡ)基因片段测序,并进行遗传多样性分析,探究其在山东省的种群遗传变异情况.结果表明,棉铃虫mt COⅠ及mt COⅡ基因拼接(1 306 bp)共有18个单倍型Hapl~Hap18,其中Hap2和Hap3单倍型包含的个体数量最多,分别为37个和20个.莱阳种群的单倍型多样性最高,为1.000,莱西种群的核苷酸多态性最高,为0.004 5,14个棉铃虫种群的总体固定系数FST值为0.028,说明棉铃虫种群之间几乎没有遗传分化.GENEPOP分析表明种群间遗传距离和地理距离无显著相关性.表明山东省不同地区棉铃虫遗传分化较低,各地区种群间没有显著的遗传差异.
关键词： 棉铃虫 山东省 地理种群 线粒体基因 遗传多样性 遗传分化
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硫化氢对低温胁迫下甜樱桃柱头和子房线粒体功能的影响
《应用生态学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为探索低温胁迫下外源硫化氢(H2S)对甜樱桃花的柱头和子房线粒体功能的影响,本研究以甜樱桃品种'早大果'花枝为试材,在-2℃低温下喷施0.05 mmol·L-1硫氢化钠(NaHS,H2S供体)和15μmmol·L-1 次牛磺酸(HT、H2S清除剂),测定柱头和子房线粒体中活性氧、抗氧化酶和线粒体膜通透性转换孔(MPTP)开放程度、膜流动性、膜电位和细胞色素(Cyt c/a)比值变化.结果表明:低温胁迫导致线粒体内过氧化氢(H2O2)和丙二醛(MDA)含量显著增加,线粒体MPTP明显增大,膜流动性降低,膜电位和线粒体Cyt c/a吸光度比值、膜H+-ATPase活性显著下降,线粒体结构受到损伤.低温胁迫下,外施0.05 mmol·L-1 NaHS可显著降低低温胁迫下柱头和子房线粒体H2O2和MDA含量,在较长时间内维持较高的超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)、过氧化氢酶(CAT)活性,减小线粒体MPTP开放程度,增强线粒体膜流动性,提高线粒体膜电位、Cyt c/a值和膜H+-ATPase活性;NaHS清除剂HT则抵消NaHS对上述参数的影响.综上所述,外源H2S可以提高低温胁迫下甜樱桃柱头和子房线粒体抗氧化酶活性,减少H2O2和MDA积累,提高膜H+-ATPase活性,稳定线粒体膜结构和功能,进而缓解低温胁迫对花器官的伤害.
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基于种特异性COI标记的花生蚜快速鉴定技术
《花生学报 》 2019 北大核心
摘要：针对花生蚜虫体型小、在田间不易准确快速识别的问题。本文采用基于线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基I(mitochondrial DNA cytochrome coxidase subunit I, mt DNA COI)基因的种特异(species-specificCOI)PCR方法,研究了其快速鉴定的分子技术。研究利用mt DNA COI基因通用型引物F-LCO-1490/R-HCO-700ME获得青岛地区花生蚜虫COI基因序列,并根据测序结果设计六对花生蚜特异引物,同时以同一花生田采集的、与花生蚜同生境节肢动物、线虫、软体动物的166个DNA样本为模板对六对引物的种特异性进行了检测。PCR结果显示,引物AC_F2/AC_R2对花生蚜基因组模板有特异扩增能力,片段长度为299bp;且该对引物在与花生蚜同生境节肢动物、线虫、软体动物样本中均未扩增出条带,显示出此种特异性引物对其他物种不具有交叉反应扩增能力,可用于花生蚜的快速检测及预测预报,同时对本地天敌对花生蚜捕食作用的检测也具有重要意义。
关键词： 花生蚜 线粒体基因 COI基因 种特异性引物 快速鉴定
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2种果蝇(Drosophila melanogaster与D.sechellia)线粒体及NADH dehydrogenase subunit基因的密码子偏好性分析
《安徽农业科学 》 2018
摘要：[目的]分析2种果蝇(Drosophila melanogaster与D.sechellia)线粒体基因组及NADH dehydrogenase subunit基因的密码子偏好性。[方法]利用Codon W1.4计算密码子偏好性参数的相关参数。[结果]2种果蝇线粒体中蛋白编码基因的AT含量比GC含量更高。D.sechellia的线粒体基因组的密码子偏好性比黑腹果蝇D.melanogastera的线粒体基因组的密码子偏好性略强。2种果蝇线粒体基因组中各蛋白编码基因CDs中,RSCU值大于1的密码子都是以A或U结尾,而并不以C或G结尾。2种果蝇线粒体基因组及NADH dehydrogenase subunit基因簇基因的密码子偏好性都可能受到突变压力影响。D.melanogaster线粒体基因组中不存在密码子CGC。NADH dehydrogenase subunit 3基因的密码子偏好性可能比其他NADH dehydrogenase subunit基因更高。此外,尽管大部分NADH dehydrogenase subunit基因偏爱使用A或U结尾的密码子,但是在NADH dehydrogenase subunit 6基因中,有2个AU结尾的密码子(AGA、GCA)的RSCU也为0。[结论]该研究结果为2种果蝇线粒体的进化研究提供了新观点。
关键词： 果蝇 葡萄 线粒体 密码子偏好性 NADH dehydrogenase subunit RSCU
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鲁西黑头羊mtDNA D-loop区遗传多样性与遗传分化研究
《山东农业科学 》 2016
摘要：鲁西黑头羊是一个优良的绵羊培育品种,具备高产肉力和高繁殖力特征。为了评估这个品种线粒体DNA的遗传多样性,同时获得该新品种界定的分子证据,本研究对鲁西黑头羊、杜泊羊和小尾寒羊mtDNA的高变异区进行了测序,分析了它们的遗传多样性和遗传分化,并计算了鲁西黑头羊与其它两个品种间的遗传距离。结果表明:三个品种的遗传多样性较为丰富,遗传分化程度较高(Fst为0.3240~0.5909);鲁西黑头羊与杜泊羊之间的遗传距离为0.1187,达到了种间的遗传距离,与小尾寒羊之间的遗传距离为0.0654,达到了亚种间的水平。以上结果为鲁西黑头羊的品种界定提供了数据支持。
老化处理对大豆种子活力及线粒体抗坏血酸-谷胱甘肽循环的影响
《植物生理学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：以大豆‘中黄13’为材料,研究人工老化后大豆种子活力及线粒体抗坏血酸-谷胱甘肽(ASC-GSH)循环的变化。结果表明,随老化时间的延长,大豆种子的发芽率、发芽势、发芽指数和活力指数均显著下降;老化种子的相对电导率和丙二醛(MDA)含量随着老化时间的延长逐渐增大,超氧阴离子(O_2?~-)产生速率和过氧化氢(H_2O_2)含量呈现先升高后降低的趋势;与对照相比,老化种子中线粒体细胞色素c氧化酶(COX)和苹果酸脱氢酶(MDH)活性显著下降,呼吸速率和呼吸控制率(RCR)显著降低;老化种子中线粒体超氧化物歧化酶(SOD)、抗坏血酸过氧化物酶(APX)、单脱氢抗坏血酸还原酶(MDHAR)、脱氢抗坏血酸还原酶(DHAR)和谷胱甘肽还原酶(GR)的活性以及总ASC和GSH含量显著降低,说明老化导致活性氧(ROS)代谢异常,线粒体呼吸功能及ASC-GSH循环紊乱。ROS的过量积累可能是导致种子活力丧失的主要原因。
关键词： 大豆 人工老化 线粒体 活性氧 抗坏血酸-谷胱甘肽循环
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鲁西黑头羊mtDNAD-loop区遗传多样性与遗传分化研究
《山东农业科学 》 2016 CSCD
摘要：鲁西黑头羊是一个优良的绵羊培育品种,具备高产肉力和高繁殖力特征。为了评估这个品种线粒体DNA的遗传多样性,同时获得该新品种界定的分子证据,本研究对鲁西黑头羊、杜泊羊和小尾寒羊mtDNA的高变异区进行了测序,分析了它们的遗传多样性和遗传分化,并计算了鲁西黑头羊与其它两个品种间的遗传距离。结果表明:三个品种的遗传多样性较为丰富,遗传分化程度较高(Fst为0.3240~0.5909);鲁西黑头羊与杜泊羊之间的遗传距离为0.1187,达到了种间的遗传距离,与小尾寒羊之间的遗传距离为0.0654,达到了亚种间的水平。以上结果为鲁西黑头羊的品种界定提供了数据支持。
萝卜叶绿体及线粒体基因组测序与组装
《分子植物育种 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：为从分子水平上探讨萝卜雄性不育机理及育性恢复关系,本研究对4个萝卜雄性不育系及1个雄性不育保持系材料进行了线粒体及叶绿体的基因组测序、组装。测序采用PE90策略,获得Cleandata 1.2 G。通过数据过滤、计算测序深度及Kmer频度分析,确定了组装的mer值及覆盖度参数。我们先用Cleandata组装叶绿体基因组,再用过滤的数据组装线粒体基因组,最后利用Sanger测序填补Gap得到各基因组全长。结果表明参试样品萝卜叶绿体基因组长度在153 352~153 445 bp之间,线粒体基因组长度在239 696~258 853 bp之间,均包括1个LSC,1个SSC及1对反向重复序列。基因注释结果表明叶绿体基因组编码了87个蛋白基因、20个t RNA基因及4个r RNA基因,线粒体基因组则编码了82个蛋白基因,17个t RNA基因及3个r RNA基因。
关键词： 萝卜 线粒体 叶绿体 基因组 测序与组装 Kmer分析
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茄腐镰孢(Fusarium solani)线粒体基因组密码子偏好性分析
《基因组学与应用生物学 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：密码子使用偏好性作为功能基因组重要的进化特征而被广泛报道,但是有关真菌线粒体基因组密码子使用偏好性的研究相对较少。本试验以茄腐镰孢线粒体基因组为研究对象,运用Codon W软件及RSCU在线软件对所筛选到的22条编码基因密码子3个位置上的GC含量、有效密码子数、同义密码子使用频率和最优密码子进行了分析。同时,确定了茄腐镰孢线粒体基因组的最优密码子,并探讨了影响密码子偏性形成的相关因素。分析结果表明,茄腐镰孢线粒体密码子3位的GC含量为GC1(32.7%)>GC2(28.0%)>GC3(19.7%),第3位GC含量明显小于第1、2位,表现出对以A或者T结尾的密码子发生较强烈的偏向使用;且确定的21个最优密码子中有20个以A或者T结尾。通过中性绘图及ENC分析得出茄腐镰孢线粒体基因组密码子的使用偏好受到选择作用和突变压力的共同影响,选择作用为主要影响因素。
关键词： 茄腐镰孢 真菌 线粒体基因组 密码子偏好性 最优密码子
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日本鼓虾线粒体基因组:真虾下目内部的基因重排与系统发育
《中国科学:生命科学 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：在日本鼓虾线粒体基因组完成的基础上,结合现有线粒体基因组数据,全面揭示了真虾类线粒体基因组的基本特征.日本鼓虾线粒体基因组全长16487bp,包含37个基因,与后生动物线粒体基因组的标准基因组成一致.4个已完成的真虾类(罗氏沼虾、日本沼虾、沼虾Macrobrachium lanchesteri和夏威夷红虾)线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物的原始排列完全相同,过去曾经认为在真虾下目线粒体基因组中没有基因重排现象.然而,鼓虾线粒体基因组中存在1个转运RNA基因(trnE)的易位和反转,这种基因排列方式在其他甲壳动物线粒体基因组中未见报道.同时,脊尾白虾线粒体基因组中存在1个转运RNA基因(trnP或trnT)的易位.分别统计了2种鼓虾(日本鼓虾和鲜明鼓虾)和3种沼虾(罗氏沼虾、日本沼虾和沼虾M.lanchesteri)13个蛋白质编码基因(PCGs)非同义替换与同义替换的比值(Ka/Ks),发现鼓虾和沼虾所有线粒体蛋白质编码基因的Ka/Ks均小于1,显示出强烈的纯化选择.基于线粒体基因组的系统发育分析结果,强烈支持长臂虾科和鼓虾科为单系群,并且其在科级的亲缘关系为:(长臂虾科+鼓虾科)+匙指虾科(BPM=100,BPP=100).
关键词： 十足目 真虾下目 线粒体基因组 基因排列 系统发育
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