科研产出
日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组全序列的分析比较
《海洋学报(中文版) 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：首先通过基因组DNA的提取、通用引物PCR扩增和长PCR扩增,从而获得日本鼓虾(Alpheus japonicus)的线粒体DNA;应用鸟枪法和引物步移法测序,获得了日本鼓虾的线粒体基因组全序列。结合GenBank线粒体基因组数据库中鲜明鼓虾(A.distinguendus)的线粒体基因组,比较分析了鼓虾线粒体基因组的基本特征、基因排列、蛋白质编码基因、选择压力和差异位点等。研究结果表明,在日本鼓虾线粒体基因组中共存在9对基因的重叠。日本鼓虾线粒体基因组全长16 487bp,较鲜明鼓虾线粒体基因组(15 700bp)长,主要是由于最大非编码区的长度存在差异。日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组均编码37个基因,且37个基因的基因排列完全一致;与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比,仅出现1个转运RNA基因(trnE)的易位和倒位。2个鼓虾线粒体基因组蛋白质编码基因的起始密码子和终止密码子存在差异。除了cob基因外,其余12个蛋白质编码基因所编码氨基酸的数目均完全相同。鼓虾线粒体基因组13个线粒体蛋白质编码基因的Ka/Ks比值都远远低于1,显示出较强的负选择。在15个主编码基因中,nad5基因的变异位点数最多,其次是nad4基因和lrRNA基因。因此,nad5,nad4和lrRNA基因可以作为备选的分子标记,用于分析鼓虾不同物种和群体之间的生物多样性。
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山东省地方黄牛品种的遗传多样性研究
《南京农业大学学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：测定了山东省地方黄牛品种渤海黑牛和鲁西黄牛19头个体线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-loop)的全序列,结合两个品种已报道的16个序列,用Lasergene、Mega 4.0和Dna SP 4.90软件对所得序列进行分析、构建进化树。结果显示:发现了29个单倍型,83个核苷酸多态性位点,转换/颠换比为4.27。山东黄牛主要有两个母系来源:欧洲牛和印度瘤牛,但受欧洲牛的影响更大一些。表明:山东地方黄牛品种具有丰富的遗传多样性和较高的进化潜力。
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山东省猪种mtDNA CytB基因遗传多样性及系统进化研究
《中国农业科学 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：【目的】利用mtDNA CytB基因为标记,从分子水平探讨12个猪种166个样本(8个山东省猪种,3个引进猪种和梅山猪种)的遗传多样性和各猪种间的亲缘关系,为山东省猪种合理利用以及生物多样性保护提供基础资料。【方法】对各猪种样本mtDNA CytB基因进行PCR扩增和测序,采用现代生物信息学方法进行数据处理分析。【结果】山东8个猪种种内遗传变异和种间遗传距离均较小,有共享单倍型。山东各猪种和梅山猪与大约克的遗传距离也较小,但与引进猪种杜洛克和长白的遗传距离较大。利用分子系统进化树和CytB基因4个SNP位点的分类方法将上述样本分为2个独立的支系,第一支以中国猪种为主,将除鲁烟白猪的一种单倍型在内的所有山东猪种、梅山猪和大约克的两种单倍型聚为一类,第二支以引进猪种为主,将长白、杜洛克、大约克的一种单倍型和鲁烟白猪的一种单倍型聚为一类。【结论】山东猪种有共同的母系祖先,品种内母系遗传多样性较贫乏;外来猪种引入山东后主要是用作父本以提高生产速度和瘦肉率等,对本地猪种未有母系贡献;利用CytB基因4个SNP位点对欧洲单倍型和亚洲单倍型的分类方法,可以方便地估测利用中外猪种结合培育的猪新品种(配套系)的母系血统情况。
关键词： 山东省猪种 mtDNA CytB 遗传多样性 系统进化
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渤海黑牛和日本和牛mtDNAD-loop区遗传变异研究
《中国农业大学学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：研究渤海黑牛和日本和牛线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)的遗传变异。采用DNA测序技术测定了这2个品种17个个体mtDNA D-loop区全序列,从Genbank下载了31头日本和牛、9头渤海黑牛、2头欧洲普通牛、2头瘤牛以及21个其他中外黄牛品种mtDNA D-loop区全序列,用lasergene和Mega 4.0.1软件对所得的渤海黑牛和日本和牛57个个体的序列进行了遗传多样性研究,并对渤海黑牛、日本和牛、欧洲普通牛和瘤牛的mtDNAD-loop区全序列进行了同源性分析。以水牛为外群,对23个中外黄牛品种的聚类分析显示它们聚为2类:欧洲型原牛和瘤牛型原牛。渤海黑牛含有这2类的遗传背景,受到过瘤牛血缘渐渗的影响。而日本和牛则来源于欧洲原牛。结论:渤海黑牛和日本和牛mtDNA D-loop区具有丰富的遗传多样性,二者的亲缘关系很近;渤海黑牛含有普通牛和瘤牛的血统、受到过瘤牛血缘渐渗的影响;日本和牛属普通牛类型,欧洲原牛、朝鲜牛和我国北方的部分牛种对于日本和牛的形成可能都起到丰富种群的作用。
关键词： 渤海黑牛 日本和牛 mtDNA D-loop 遗传变异
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山东猪种mtDNA D-loop区部分序列遗传多样性及系统进化研究
《畜牧兽医学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：为了解山东省猪种的遗传资源状况,阐明猪种间的亲缘关系,对山东省猪种(莱芜黑猪、大蒲莲黑猪、里岔黑猪、烟台黑猪、沂蒙黑猪、五莲黑猪、昌潍白猪和鲁烟白猪)及引进猪种(杜洛克、大约克和长白猪)共165个样本的mtDNA D-loop区部分序列(1102 bp)进行PCR扩增和序列测定,并采用现代生物信息学软件进行了数据处理分析,结果表明:山东各猪种之间遗传距离较小(0.0005~0.0046),远小于国外猪种杜洛克、长白与山东各猪种间的遗传距离(>0.14),但大约克与山东各猪种的平均遗传距离较小(0.005)。构建的NJ分子系统进化树将所测样本分为2个独立的支系,第一支由山东各猪种和部分大约克构成,另一支全部为引进猪种。莱芜黑猪和大蒲莲黑猪在NJ系统树上分布集中,各自聚为一小类,其它6个猪种都很分散,说明莱芜黑猪和大蒲莲黑猪母源血统单一,其它6个猪种母源血统遗传复杂,彼此之间基因交流多。
关键词： 山东省猪种 mtDNA D-loop区 遗传多样性 系统进化
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中国6个地方鸡品种的母系起源
《畜牧兽医学报 》 2007 北大核心 CSCD
摘要：通过对线粒体DNA(mtDNA)D-loop区的测序和比对,探讨了中国6个地方鸡品种的母系起源。结果表明,文昌鸡、鲁西斗鸡、寿光鸡、济宁百日鸡和莱芜黑鸡分别有5、5、5、6和7种单倍型,琅琊鸡只有3种单倍型;6个地方鸡品种聚为3个分支:分支A是1个主要分支,共有17种单倍型,有寿光鸡(10只)、鲁西斗鸡(9只)、文昌鸡(5只)、莱芜黑鸡(6只)、济宁百日鸡(6只)和琅琊鸡(2只),分别占所分析各地方鸡品种个体数的100%、90%、84%、75%、60%和20%,与分布于老挝、云南红原鸡的3个大陆亚种(G.g.gallus、G.g.jabouile和G.g.spadi-ceus)关系较近;分支B中包含8只琅琊鸡(80%)和1只济宁百日鸡(10%);分支C中有1只鲁西斗鸡(10%)、1只文昌鸡(16.7%)、2只莱芜黑鸡(25%)和3只济宁百日鸡(30%);分支B和C分别与来自红原鸡G.g.gallus亚种H19单倍型和H32、H33单倍型聚在一起。推测这6个地方鸡品种分别来自云南、老挝和越南附近地区的红原鸡大陆亚种。基因流是上述品种群体间遗传分化的主要因素。错配分布和Fu’sFs检验表明,分布于山东的5个地方鸡品种未发生群体扩张。
氨基胍对内毒素血症肉鸡肝线粒体自由基代谢的影响
《中国兽医科学 》 2006 北大核心 CSCD
摘要：为探讨自由基在肉鸡内毒素血症发病机理中的作用,将120只30日龄的肉鸡,公母各半,随机分为A、B、C、D共4组,每组30只。A组为对照组,B组为内毒素组,C组为氨基胍治疗组,D组为氨基胍组。分别在处理后第1、3、5、7、9 h每组各宰杀6只提取肝线粒体,检测肝线粒体中的总抗氧化能力(T-AOC)、超氧化物歧化酶(SOD)、谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)和过氧化氢酶(CAT)活性以及丙二醛(MDA)含量的变化。结果显示,内毒素血症时肝线粒体中SOD、GSH-Px和CAT活性降低,MDA含量明显升高,肝线粒体中T-AOC活性下降,而氨基胍治疗组则情况明显好转。结果表明,由于自由基的增多而引起的脂质过氧化损伤在肉鸡内毒素血症发病机理中起着重要的作用,氨基胍可有效拮抗脂质过氧化造成的损伤。
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小麦T、K、V型胞质不育系和杂种mtDNA的RAPD分析及育性相关片段的克隆
《作物学报 》 2001 北大核心 CSCD
摘要：用 RAPD技术对细胞质分别来源于粘果山羊草 (Ae.kotschyi)、偏凸山羊草 (Ae.ventricosa)、提莫菲维小麦 (T.timopheevii)的三种普通小麦雄性不育系 - - K型、 V型、 T型及相应的保持系、恢复系以及杂种 F1代的线粒体 DNA(mt DNA)进行了比较分析。结果如下 :(1)发现在 mt DNA组织结构上 K型、V型、T型不育系之间以及与保持系之间均呈现差异 ,这从 DNA水平上提供了三类不育系胞质来源不同的证据 ;(2 )利用 2 3个引物的扩增结果进行了聚类分析 ,绘制出了 T型、K型、V型三种不育系、保持系和 K、V型共同的恢复系及杂种 F1代树式遗传关系图 ;(3)对两个特异的多态性DNA片段进行了回收 ,克隆、并制备探针 ,Southern杂交结果显示不育系与保持系间存在多态性 ,有两个片段可能与育性有一定的联系。
关键词： 普通小麦(T.aestivum) 细胞质雄性不育 线粒体DNA RAPD分析
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