科研产出
基于基因组信息的大蒲莲猪遗传多样性和群体结构变化分析
《农业生物技术学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：由于系谱错误、留种不均衡和杂种个体混入等原因，地方猪保种过程中可能会出现群体近交系数增速过快、个体间亲缘关系不明等问题。为分析大蒲莲猪（Sus scrofa）保种群的遗传多样性和群体结构，监测保种群2017～2022年期间基因组信息变化情况，本研究利用高密度SNP芯片对110头大蒲莲猪全基因组SNP进行扫描，对比分析了2017年和2022年大蒲莲猪保种核心群样本的遗传多样性、近交系数、系统发生树以及与引进猪的关系。结果表明：1) 2022年大蒲莲猪样本的观察杂合度（observe heterozygosity, HO）（0.356 vs 0.292）、期望杂合度（expected heterozygosity, HE）（0.342 vs 0.285）和遗传距离（0.270 vs 0.233）均高于2017年样本，血缘同源（identity by descent, IBD）比例（0.108 vs 0.127）和基于纯合性片段（runs of homozygosity, ROH）计算的基因组近交系数FROH（0.108 vs. 0.163）低于2017年样本，系统发生树结构与2017年样本相似但家系间的均衡性增加，说明2022年核心群的遗传多样性比2017年有所提高，群体结构有所改善。2) 2022年样本的HO和HE比值（1.041 vs. 1.025）高于2017年样本，与引进品种的主成分分析（PCA）中，2022年样本比2017年样本更偏向于引进品种猪，说明大蒲莲猪中混有一定的其他群体血缘，且2022年大蒲莲猪群体中其他品种的血缘比2017年有所增加。本研究分析了大蒲莲猪群体变化趋势，为大蒲莲猪进一步的保种与科学利用提供参考依据。
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不同屠宰体重大蒲莲猪胴体性能、肉质性状及其相关关系分析
《养猪 》 2019
摘要：研究分析了46头屠宰体重在80～107 kg阶段的大蒲莲猪的胴体性能、肉质性状及其相关程度和随屠宰体重的变化规律,为确定大蒲莲猪适宜的上市屠宰体重提供参考。结果表明,80～107 kg体重阶段,随屠宰体重增大,胴体重极显著升高,100.5～107 kg体重阶段分别比80～90 kg、90.5～100 kg体重阶段升高17.74%(P<0.01)、5.73%(P<0.01),90.5～100 kg体重阶段比80～90 kg阶段升高11.35%(P<0.01);胴体直长100.5～107 kg和90.5～100 kg体重阶段分别比80～90 kg体重阶段升高6.52%(P<0.01)、3.77%(P<0.05);眼肌面积100.5～107 kg体重阶段分别比90.5～100 kg、80～90 kg体重阶段升高24.35%(P<0.01)、25.36%(P<0.01);瘦肉率100.5～107 kg体重阶段比90.5～100 kg体重阶段升高10.71%(P<0.05);皮脂率100.5～107 kg体重阶段比90.5～100 kg体重阶段降低10.47%(P<0.05);表示肉黄度的b值90.5～100 kg体重阶段比80～90 kg体重阶段降低27.20%(P<0.05);其它指标变化不显著。胴体肉质性状间相关程度有强有弱,相关系数有正有负。相同性状间有较强的正相关,相反性状间有较强的负相关。如3点平均背膘厚与皮脂率极显著正相关,与瘦肉率极显著负相关;瘦肉率与眼肌面积、后腿比例、肌纤维直径极显著正相关,与皮脂率、干物质、肌内脂肪呈极显著负相关等。在80～107 kg阶段,胴体重、胴体直长与体重之间呈极显著的回归关系,胴体斜长、眼肌面积、大理石纹与体重之间呈显著的回归关系,其它指标与体重间的线性相关不显著。综合分析,大蒲莲猪的适宜屠宰体重为100.5～107 kg阶段。
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屠宰体重对大蒲莲猪背最长肌氨基酸和脂肪酸含量的影响及其相关关系分析
《养猪 》 2019
摘要：研究分析了46头屠宰体重在80~107 kg阶段的大蒲莲猪的背最长肌氨基酸、脂肪酸、肌内脂肪、蛋白质含量及其相关程度和随屠宰体重的变化规律,为确定大蒲莲猪适宜的上市屠宰体重提供依据.结果表明,80~107 kg体重阶段,背最长肌丙氨酸、异亮氨酸、酪氨酸含量都以100.5~107 kg体重阶段最高,分别比90.5~100 kg体重阶段提高13.76%(P<0.05)、17.35%(P<0.05)、29.73%(P<0.05);胱氨酸100.5~107 kg体重阶段比80~90 kg体重阶段提高50%(P<0.05);脯氨酸80~90 kg体重阶段比90.5~100 kg体重阶段极显著提高61.54%(P<0.01);棕榈酸、硬脂酸和油酸含量90.5~100 kg体重阶段分别比80~90 kg体重阶段提高35.98%(P<0.01)、31.65%(P<0.05)、46.84%(P<0.01).氨基酸和脂肪酸含量间的相关程度有强有弱,相关系数有正有负.17种氨基酸间相关性较强,4种脂肪酸间相关性极强(硬脂酸与亚油酸间除外),17种氨基酸与棕榈酸、油酸、亚油酸3种脂肪酸间相关性也较强,但与硬脂酸相关性弱,除脯氨酸与硬脂酸有极显著的负相关外,其它16种氨基酸与硬脂酸没有显著的相关性.回归分析表明,大蒲莲猪在80~107 kg体重阶段,背最长肌17种氨基酸和4种脂肪酸含量与体重之间的线性回归关系不显著,复相关系数(R2)在0.000~0.101之间.综合分析,大蒲莲猪的适宜屠宰体重为100.5~107 kg阶段.
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基于GWAS的6个免疫相关基因在大蒲莲猪和长白猪群体内的表达分析
《农业生物技术学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：免疫相关基因的筛选与研究是猪(Sus scrofa)抗病育种的前提与基础。本研究基于课题组前期对仔猪的T淋巴细胞亚群指标进行的全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),对5号染色体上一个1.05 Mb免疫调控区域内包含的6个免疫相关基因:白细胞分化抗原4(cluster of differentiation 4,CD4)、淋巴细胞活化基因-3(lymphocyte activation gene-3,LAG3)、白细胞分化抗原27(cluster of differentiation 27,CD27)、淋巴毒素β-受体(lymphotoxin beta receptor,LTBR)瘤坏死因子受体超家族成员1A(tumor necrosis factor receptor superfamily member 1a,TNFRSF1A)和白细胞分化抗原9(cluster of differentiation 9,CD9)在大蒲莲和长白仔猪群体外周血液中的表达量进行检测,并对各基因开展品种和母猪效应分析,为进一步筛选影响大蒲莲仔猪高抗病力的候选基因提供借鉴。采集大蒲莲猪(104头)和长白猪(171头)35日龄仔猪的外周血,提取总RNA,逆转录为cDNA后,通过qRT-PCR的方法进行上述免疫相关基因和内参基因β2-微球蛋白(beta-2-microglobulin,B_2M)的表达水平检测,在对各免疫基因表达量通过内参基因校正后,对矫正后的表达量ΔCt在大蒲莲猪和长白猪群体内的表达特征、品种和母猪效应进行分析。结果显示,大蒲莲仔猪CD4和CD27基因表达量极显著低于长白仔猪(P<0.01),且母猪效应差异也达到极显著水平(P<0.01);大蒲莲仔猪TNFRSF1A基因表达量显著低于长白仔猪(P<0.05);大蒲莲仔猪CD9基因表达量极显著高于长白仔猪(P<0.01)。本研究对基于GWAS的6个免疫相关基因在大蒲莲猪和长白猪群体内的表达开展分析,其中CD4、CD27、TNFRSF1A和CD9 4个基因在大蒲莲和长白仔猪群体间显著差异表达,这些基因可以考虑作为影响大蒲莲仔猪高抗病力的候选基因,为大蒲莲仔猪高抗病力性状的标记辅助选择研究提供基础。
关键词： 大蒲莲猪 免疫相关基因 CD4 CD27 TNFRSF1A CD9
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大蒲莲猪不同发育阶段组织RT-qPCR分析中适宜内参基因筛选
《华北农学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：利用适宜数量且表达稳定的内参基因对目的基因的表达量进行标准化是获得准确、可靠RT-qPCR数据的重要条件。以不同日龄大蒲莲猪8种组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肠组织、肌肉、血液)为试验材料,使用ge Norm、Norm Find软件对8个常用候选内参基因(ACTB、B2M、GAPDH、RPL4、SDHA、TBP、YWHAZ、PPIA)的表达稳定性进行分析,筛选适宜内参基因及其组合。ge Norm、Norm Find软件联合分析结果表明,不同日龄大蒲莲猪心脏中表达最稳定的内参基因为TBP、PPIA和YWHAZ,肝脏、肾脏、肠组织和肌肉中最稳定的内参基因均为TBP和PPIA,脾脏中表达最稳定内参基因为TBP和RPL4,肺脏中表达最稳定内参基因为TBP、RPL4、PPIA和ACTB,血液中表达最稳定内参基因为ACTB、YWHAZ和GAPDH。由于大蒲莲猪8种体组织中最适宜内参基因组合和数量不同,因此内参基因筛选是进行RT-qPCR数据分析的必要条件。结果可为研究大蒲莲猪目的基因表达时适宜内参基因的选择提供帮助。
关键词： 大蒲莲猪 RT-qPCR 内参基因 geNorm NormFind
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杜长蒲和大长蒲猪胴体性能及肉品质比较
《养猪 》 2015
摘要：研究测定了杜长蒲和大长蒲三元猪的胴体品质和肉质特性。结果表明:大长蒲的眼肌面积较大,瘦肉率较高,分别比杜长蒲猪高21.80%(P>0.05)、8.13%(P>0.05),平均背膘厚大长蒲比杜长蒲低10.89%(P>0.05);肉色、大理石纹评分、a值和a24值都以杜长蒲较高,分别比大长蒲猪高10.34%(P>0.05)、14.40%(P>0.05)、12.08%(P>0.05)和7.39%(P>0.05);滴水损失以大长蒲较低,比杜长蒲低15.87%(P>0.05);肌内脂肪含量杜长蒲比大长蒲高10.08%(P>0.05)。背最长肌甘氨酸含量以杜长蒲猪较高,比大长蒲猪高8.11%(P<0.01)。背最长肌脂肪酸含量品种间差异不显著。
关键词： 大蒲莲猪 杂交组合 胴体性能 肉质 氨基酸 脂肪酸
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大蒲莲猪生长肥育性能及胴体肉品质研究
《饲料与畜牧(规模养猪) 》 2014
摘要：研究测定了大蒲莲猪的生长肥育性能、胴体品质和肉质特性。结果表明,试验猪30~100kg平均日增重493.2g,料重比3.74∶1。屠宰体重97.68kg,胴体瘦肉率50.51%;肉质优良,肉色和大理石纹评分分别为4.00、3.38,p H值为6.51,滴水损失较低为1.09%,肌内脂肪含量较高为4.34%。大蒲莲猪每100g背最长肌氨基酸总量18.96g,棕榈酸、硬脂酸、油酸和亚油酸含量分别为23.81%、10.20%、43.86%和8.58%。
关键词： 大蒲莲猪 生长性能 胴体性能 肉品质 氨基酸 脂肪酸
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品种和母猪对仔猪血常规和T淋巴细胞亚群性状的效应分析
《畜牧兽医学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：本研究以抗病力强的华北型黑猪大蒲莲猪和抗病力相对较弱的引进猪种长白猪的断奶仔猪为研究对象,利用全自动血液细胞分析仪和流式细胞仪测定了大蒲莲(124头)和长白(187头)仔猪血液的血常规和T淋巴细胞亚群性状,并对这些性状进行了品种和母猪效应分析。结果表明:大多数血常规性状的变化范围较小(平均22.92%),成熟T淋巴细胞各性状的变异系数(平均44.5%)小于非成熟T淋巴细胞各性状的变异系数(平均112.77%)。大蒲莲和长白2个品种间比较,除RBC、HGB、LY、MID和PLT外,其他14个血常规性状的差异均达到极显著(P<0.01)水平;而对于T淋巴细胞亚群性状,除CD4+CD8-CD3-、CD4+CD8+CD3-和CD3+外,其他7个性状的差异均达到显著(P<0.05)或极显著水平(P<0.01)。本研究中的124头大蒲莲仔猪和187头长白仔猪分别来自13窝大蒲莲母猪和28窝长白母猪,母猪窝效应对血常规各性状均具有显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)的影响。本研究大规模测定了大蒲莲猪和长白猪的仔猪血常规和T淋巴细胞亚群各指标,为了解中外不同猪种的差异,挖掘我国地方猪的种质特性奠定基础。
关键词： 大蒲莲猪 长白 血细胞性状 血常规 T淋巴细胞亚群
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大蒲莲猪、长蒲及杜长蒲猪胴体性能和肉品质比较
《养猪 》 2014
摘要：研究测定了大蒲莲猪、长蒲二元猪及杜长蒲三元猪的胴体品质和肉质特性。结果表明,大蒲莲猪眼肌面积最小,分别比长蒲猪和杜长蒲猪低36.45%(P<0.01)、31.04%(P<0.05);后腿比例杜长蒲比大蒲莲猪高8.89%(P<0.05);皮率以大蒲莲猪最高,分别比杜长蒲及长蒲高88.36%(P<0.01)和54.63%(P<0.01);瘦肉率以杜长蒲最高,分别比长蒲和大蒲莲猪高2.75%(P>0.05)和16.19%(P<0.05)。大蒲莲猪肉色评分比长蒲二元猪高14.29%(P<0.05);肌内脂肪含量以大蒲莲猪最高,分别比杜长蒲和长蒲高106.67%(P<0.01)和103.76%(P<0.01)。背最长肌胱氨酸含量以大蒲莲猪最高,分别比杜长蒲和长蒲猪高7.14%(P<0.05)和8.25%(P<0.01);蛋氨酸含量长蒲猪比大蒲莲猪高10.65%(P<0.05)。背最长肌硬脂酸以杜长蒲猪最高,其次是长蒲猪,分别比大蒲莲猪高18.43%(P<0.01)、10.88%(P<0.05);油酸以大蒲莲猪含量最高,分别比杜长蒲和长蒲高10.26%(P<0.05)和7.03%(P>0.05)。
关键词： 大蒲莲猪 杂交组合 胴体性能 肉质 氨基酸 脂肪酸
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大蒲莲猪与杜蒲二元猪生长肥育性能、胴体性能及肉品质比较
《养猪 》 2012
摘要：研究测定大蒲莲猪与杜蒲二元猪的生长肥育性能、胴体品质和肉质特性。结果表明,与大蒲莲猪相比,杜蒲二元猪的30~100 kg平均日增重提高47.25%(P<0.01),料重比降低20.65%(P<0.01);眼肌面积和后腿比例分别提高81.43%(P<0.05)和17.28%(P<0.01),平均背膘厚降低30.03%(P<0.01),皮脂率降低27.45%(P<0.01),瘦肉率提高25.83%(P<0.01)。大蒲莲猪L、a、b值分别比杜蒲二元猪提高13.86%(P<0.01)、56.51%(P<0.01)和54.01%(P<0.01),pH24、大理石纹评分和肌内脂肪含量都以大蒲莲猪较高,分别比杜蒲二元猪提高6.78%(P<0.01)、11.11%(P<0.05)和75.89%(P<0.01)。每100 g背最长肌中氨基酸总量、鲜味氨基酸含量、必需氨基酸含量和必需氨基酸占总氨基酸的比例都以杜蒲二元猪较高,比大蒲莲猪分别提高16.67%(P<0.01)、16.11%(P<0.01)、19.92%(P<0.01)、2.76%(P<0.01);鲜味氨基酸占总氨基酸的比例以大蒲莲猪较高,比杜蒲二元猪提高0.55%(P<0.05)。背最长肌硬脂酸含量以杜蒲二元猪较高,比大蒲莲猪提高11.68%(P<0.05),其它差异不显著。
关键词： 大蒲莲猪 生长性能 胴体性能 肉质 氨基酸 脂肪酸
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