科研产出
基于GWAS的6个免疫相关基因在大蒲莲猪和长白猪群体内的表达分析
《农业生物技术学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：免疫相关基因的筛选与研究是猪(Sus scrofa)抗病育种的前提与基础。本研究基于课题组前期对仔猪的T淋巴细胞亚群指标进行的全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),对5号染色体上一个1.05 Mb免疫调控区域内包含的6个免疫相关基因:白细胞分化抗原4(cluster of differentiation 4,CD4)、淋巴细胞活化基因-3(lymphocyte activation gene-3,LAG3)、白细胞分化抗原27(cluster of differentiation 27,CD27)、淋巴毒素β-受体(lymphotoxin beta receptor,LTBR)瘤坏死因子受体超家族成员1A(tumor necrosis factor receptor superfamily member 1a,TNFRSF1A)和白细胞分化抗原9(cluster of differentiation 9,CD9)在大蒲莲和长白仔猪群体外周血液中的表达量进行检测,并对各基因开展品种和母猪效应分析,为进一步筛选影响大蒲莲仔猪高抗病力的候选基因提供借鉴。采集大蒲莲猪(104头)和长白猪(171头)35日龄仔猪的外周血,提取总RNA,逆转录为cDNA后,通过qRT-PCR的方法进行上述免疫相关基因和内参基因β2-微球蛋白(beta-2-microglobulin,B_2M)的表达水平检测,在对各免疫基因表达量通过内参基因校正后,对矫正后的表达量ΔCt在大蒲莲猪和长白猪群体内的表达特征、品种和母猪效应进行分析。结果显示,大蒲莲仔猪CD4和CD27基因表达量极显著低于长白仔猪(P<0.01),且母猪效应差异也达到极显著水平(P<0.01);大蒲莲仔猪TNFRSF1A基因表达量显著低于长白仔猪(P<0.05);大蒲莲仔猪CD9基因表达量极显著高于长白仔猪(P<0.01)。本研究对基于GWAS的6个免疫相关基因在大蒲莲猪和长白猪群体内的表达开展分析,其中CD4、CD27、TNFRSF1A和CD9 4个基因在大蒲莲和长白仔猪群体间显著差异表达,这些基因可以考虑作为影响大蒲莲仔猪高抗病力的候选基因,为大蒲莲仔猪高抗病力性状的标记辅助选择研究提供基础。
关键词： 大蒲莲猪 免疫相关基因 CD4 CD27 TNFRSF1A CD9
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TNFRSF1A基因CpG岛甲基化与基因表达及T淋巴细胞亚群指标的相关性分析
《畜牧兽医学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：旨在探讨TNFRSF1A基因CpG岛的甲基化水平,阐明该基因甲基化与基因表达及T淋巴细胞亚群性状的关系。本研究以抗病力强的华北型黑猪大蒲莲猪和抗病力相对较弱的引进猪种长白猪的仔猪为试验群体,通过亚硫酸氢盐处理后测序法(BSP)探求TNFRSF1A基因上游CpG岛甲基化情况,并将甲基化位点的甲基化频率与基因表达量及T淋巴细胞亚群性状进行相关性分析。结果表明:1)TNFRSF1A基因起始位点附近预测到2个CpG岛(Island),跨这2个CpG岛进行BSP测序后共发现25个CpG位点,其中Island 1和Island 2中各有9个CpG位点,其余位于2个CpG岛之间。Island 1的甲基化频率在大蒲莲和长白猪两群体间差异不显著(P>0.05),Island 2的甲基化频率大蒲莲猪群体显著高于长白猪群体(P<0.05)。2)Island 2中甲基化频率与ΔCt值成正相关,即甲基化频率与基因表达量成负相关,其中+126、+128、+159、+162和+164是重要的甲基化位点。3)两个猪群体中位于Island 2的+159和+164位点与CD4+CD8+CD3+指标显著正相关(P<0.05)。Island 2中+159和+164位点甲基化频率与基因表达量成负相关,而且这2个位点又与T淋巴细胞亚群CD4+CD8+CD3+显著正相关,笔者推测,大蒲莲仔猪TNFRSF1A基因+159和+164位点的甲基化频率增加,可能导致TNFRSF1A基因表达量下降,影响T淋巴细胞亚群性状,从而影响机体的免疫水平。
关键词： TNFRSF1A 甲基化 T淋巴细胞亚群 相关性分析 大蒲莲仔猪
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