科研产出
铜绿丽金龟线粒体全基因组及其系统发育分析
《生物技术通报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：铜绿丽金龟Anomala corpulenta是一种重要的农林害虫.本文采用Illumina HiSeq X平台对其进行线粒体基因组测序,对基因组序列进行拼装、注释,并对线粒体基因组结构特征和碱基组成进行分析.基于13个蛋白质编码基因的核苷酸序列,采用最大似然法和贝叶斯法构建金龟科系统发育树.结果表明,铜绿丽金龟线粒体基因组全长为16673 bp,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一段长约1074 bp的A+T富集区.基因排布与已知的其他丽金龟科昆虫完全相同,且遵循祖先模式,未发生基因重排.系统发育分析显示,丽金龟亚科的所有物种聚在同一分支,支持该亚科的单系性;异丽金龟属Anomala与彩丽金龟属Mimela的亲缘关系较其与弧丽金龟Popillia和喙丽金龟属Adoretus更近.本研究获得了第一条丽金龟亚科最大属——异丽金龟属Anomala昆虫的线粒体基因组全序列,有助于加深对丽金龟亚科线粒体基因组学和系统发育关系的理解.
关键词： 丽金龟亚科 异丽金龟属 铜绿丽金龟 线粒体基因组测序 系统发育
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大豆根腐病腐霉病原鉴定
《中国油料作物学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：大豆根腐病是一种严重危害大豆生产的世界性土传病害.大豆根腐病病原复杂,病原鉴定是防治大豆根腐病的前提和基础.2019-2020年从山东省采集大豆根腐病标样432份,采用常规组织分离法对大豆水渍状的根系进行病原菌的分离和纯化,得到了279株菌株,其中52株菌株为腐霉菌(Pythium).对这52株菌株通过形态学特征和ITS、CoxII和β-tubulin序列分析等分子生物学手段鉴定出3种腐霉菌,分别为瓜果腐霉Pythium aphanider?matum、终极腐霉Pythium ultimum和林栖腐霉Pythium sylvaticum.这3种腐霉菌的分离频率分别为:瓜果腐霉P.aphanidermatum占50%,终极腐霉P.ultimum占34.62%,林栖腐霉P.sylvaticum占15.38%,其中瓜果腐霉P.aphanidermatum为优势菌株.对这3种腐霉菌进行了致病性测定,发现3种腐霉菌均可侵染大豆,重复出大豆根腐病的症状.林栖腐霉P.sylvaticum作为大豆成株期根腐病的致病菌在国内是首次报道.研究结果为大豆根腐病的抗病育种及其防治提供了科学依据.
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野生鸟类新城疫病毒分离株的生物学特性和系统发育分析
《中国兽医学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：为了掌握野鸟新城疫病毒（NDV）的流行情况，2016年对山东东营黄河口湿地野鸟NDV进行了流行病学调查，共采集了352份健康野鸟的泄殖腔拭子，在鸡胚上进行病毒的分离鉴定，然后对分离株进行了生物学特性和遗传进化分析。结果显示，共分离到9株NDV,其中8个毒株MDT和ICPI分别为>96 h和≤0.5,为低毒力株；1个毒株MDT和ICPI分别为79 h和1.62,为中等毒力株。对F基因测序及序列分析显示9个分离株F蛋白裂解位点处氨基酸序列为112E-R-QE-R-L117或112G-R-Q-G-R-L117,具有典型的弱毒株特征。F基因系统发育分析将9个分离株分为ClassⅠ和ClassⅡ两类，其中6个分离株属于ClassⅠ,3株属于ClassⅡ,进一步分析显示6株ClassⅠ毒株中2株属于基因1.2型，4株属于基因1.1.1型，3株ClassⅡ毒株中1株属于基因Ⅰ型，2株属于基因Ⅱ型。结果表明，野鸟携带NDV非常普遍且基因型较广泛，Ⅰ类NDV仍是野鸟中的优势基因型。分离到2株与疫苗株LaSota同源的毒株，其中虽然1个分离株F蛋白裂解位点氨基酸基序与疫苗株LaSota一致，但生物学特性显示为中等毒力株，该毒株可能是在疫苗的选择压力下进化而来，对环境及家禽存在潜在的威胁。本研究为进一步了解野鸟携带NDV与家禽NDV传播、暴发之间的联系提供了依据。
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InDel在种间进化关系研究中的解析力初探
《花生学报 》 2020
摘要：系统发育分析是揭示物种间进化关系的重要方法.由于插入/缺失(Insertion/Deletion,InDels)变异情况的复杂性,大多数研究进行系统发育分析时往往只考虑单核苷酸碱基替换(Single nucleo-tide polymorphism,SNPs),忽略了InDels的遗传变异信息.为揭示InDels在系统发育分析中的解析力,本研究对花生属13个物种叶绿体基因组全序列的遗传变异信息(SNPs和InDels)进行统计和处理,首先依据全部SNPs变异所构建系统树的拓扑结构,确定的NJ树分支系统关系揭示所需SNPs饱和变异数目.结果显示,当SNP数目达到3000个之后,拓扑结构持续保持稳定.研究发现InDels能够增加系统发育树中某些节点的分辨率,但其解析力低于同等数目的SNP的解析力.综上,InDels作为主要遗传变异形式之一,能够为准确解析系统进化关系提供有力支持.
关键词： 系统发育分析 遗传变异 InDels信息 种间讲化
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杏基因组全新组装及杏的进化分析
《植物生理学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：杏(Prunus armeniaca)是一种风味独特、具有重要经济和营养价值的果树.选择以杏品种'美华'为试材,利用先进的Illumina、PacBio和Hi-C组合技术,分别获得Illumina数据40.92 Gb、PacBio数据32.56 Gb和Hi-C辅助组装数据36.9 Gb,组装出全新的杏基因组HiC Ver 1.0,其序列叠连群(contig)总长和半总长位置叠连群(N50)大小分别是243.35和1.81 Mb,包含未知碱基的序列叠连群(scaffold)总长和N50大小分别是243.37和30.07 Mb.组装基因组的98.0%挂载到8个假分子形式的染色体.基因组杂合率0.425%,重复序列占47.1%, GC含量37.4%,预测出23 445个蛋白质编码基因.利用12种植物共有的664个单拷贝基因家族构建系统发育树,结果表明杏和梅(P. mume)约在10.7百万年(Ma)前分歧, 5种核果类果树与2种仁果类果树的祖先约在57.2 Ma前分歧.与杏和梅的共同祖先相比,杏有198个基因家族扩张、729个基因家族收缩.与其他4种核果类果树比较,杏有327个特有基因家族(437个特有基因);与其他11种植物比较,杏有90个特有基因家族(187个特有基因).
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印度块菌在我国东北地区的分布及其生态学意义
《食用菌学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：通过形态学观察和系统发育分析我国东北地区黑龙江省和辽宁省采集的块菌属(Tuber)标本。结果表明:该"黑块菌"在形态特征上与印度块菌(T.indicum)较为相近,在系统发育树上均位于印度块菌复合群所在的分支,但采自黑龙江省齐齐哈尔市和牡丹江市的样品分别位于不同的亚分支,辽宁省朝阳市的样品与齐齐哈尔地区的样品亲缘关系更近。结合宿主植物与地理位置等数据,本文将其定义为印度块菌的不同地理生态型。本研究是印度块菌在黑龙江省的首次发现,拓宽了对印度块菌资源分布范围的认识,对深入研究块菌属生物多样性与地理分布型及指导菌根合成、人工种植均具有较重要的科学意义。
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黄河三角洲盐碱地花生根层土壤菌群结构多样性
《生态学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：花生属豆科固氮作物,具较强的抗旱耐盐性,土壤微生物在盐碱土生态系统中具有重要的生态功能.以花生平作、花生/棉花间作为对象,通过16S rRNA基因克隆文库技术分析了黄河三角洲滨海盐碱地花生旺盛生长期不同含盐量盐碱地和非盐碱地0-40cm根层非培养土壤微生物群落组成及其多样性,分析了盐碱地花生根层土壤细菌群落与非盐碱地花生根层土壤细菌群落的差异,为揭示盐碱地花生根层土壤微生物的多样性以及土地利用变化与生态环境效应间的关系奠定基础.利用免培养技术直接从土壤样品提取总DNA,针对细菌基因组16S rRNA基因的V3高变区进行PCR扩增;利用焦磷酸测序的方法对V3高变区PCR产物进行高通量测序,并对测序数据进行生物信息学分析.结果 表明,(1)黄河三角洲滨海盐碱土较高含盐量土壤中根层土壤微生物种类、优势种群数量和群落功能多样性较非盐碱土壤较为丰富.(2)盐碱土花生平作或花生//棉花间作两种种植方式基本不影响二者0-40cm根层土壤微生物优势类群;不同土壤类型和种植模式下,花生和棉花根层土壤中优势菌群均为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)和酸杆菌门(Acidobacteria)4种菌群,其总丰度为80%-90%.非盐碱土壤中花生根层的酸杆菌门(Acidobacteria)丰度是盐碱土壤中的3倍以上,嗜热油菌纲(Thermoleophilia)和放线菌纲(Actinomycetales)丰度远高于各种盐碱土壤花生平作和花生//棉花间作两种植模式下的花生根层土壤;非盐碱土平作花生0-40cm土层中Rubellimicrobium、Pontibacter和Lamia细菌则显著缺失.(3)土壤类型对土壤微生物菌群类型影响较大,聚类分析表明,10个土壤样本依据土壤含盐量高低和根系分布深度聚为3类,即非盐碱土壤归为1类,盐碱土壤根系密集分布层0-20cm、20-40cm各归为1类.
关键词： 土壤微生物群落 16S rRNA基因 系统发育分析
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花生DGAT基因家族的生物信息学分析
《山东农业科学 》 2018
摘要：含油量是花生最重要的品质性状之一。花生油的主要成分是三酰甘油(TAG),二酰甘油酰基转移酶(DGAT)是催化合成TAG的关键酶类,其活性高低与含油量呈正相关。本研究利用生物信息学方法对花生DGAT(Ah DGAT)基因家族的进化、基因结构特点、表达模式以及可变剪接等进行了分析。进化分析结果显示,Ah DGAT1、Ah DGAT2和Ah DGAT3亲缘关系较近,与Ah WSD/DGAT的亲缘关系稍远。Ah DGAT1具有17~18个外显子,Ah DGAT2具有7~9个外显子,Ah DGAT3具有2~3个外显子,而Ah WSD/DGAT具有3~6个外显子。Ah DGAT1的跨膜区数目为7~11个,Ah DGAT2和Ah WSD/DGAT为0~2个,Ah DGAT3没有跨膜结构。另外,4个亚家族均具有自己特有的保守结构域和表达模式。Ah DGAT1和Ah DGAT2在种子中表达量较高,而Ah DGAT3和Ah WSD/DGAT在根和叶中的表达量较高。Ah DGAT1的可变剪接形式最多,其次为Ah WSD/DGAT。花生的4个Ah DGAT亚家族具有不同的特点,表明它们可能在进化中具有不同的祖先。
关键词： 花生 二酰甘油酰基转移酶(DGAT) 进化 表达模式
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