科研产出
大白菜LEAFY新基因BrLFY1的生物信息学解析
《山东农业科学 》 2009
摘要：利用比较基因组学的方法从大白菜基因组序列中鉴定出一个新的LEAFY基因BrLFY1,并对它的序列特征、遗传进化和顺式元件进行了分析。结果表明,BrLFY1含有两个内含子,预测编码区为1260 bp,编码一个分子量为46.38 ku的蛋白。在进化上,BrLFY1与萝卜的RsLFY1关系最近,二者预测编码蛋白的序列一致性高达94.79%。另外,在BrLFY1的上游序列中存在多个激素和逆境应答元件。这说明大白菜LEAFY基因BrLFY1的表达可能不仅受多种激素的调节,还受多种逆境因子的影响。本研究为进一步研究BrLFY1在大白菜开花和逆境响应中的功能奠定了基础。
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山东猪种mtDNA D-loop区部分序列遗传多样性及系统进化研究
《畜牧兽医学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：为了解山东省猪种的遗传资源状况,阐明猪种间的亲缘关系,对山东省猪种(莱芜黑猪、大蒲莲黑猪、里岔黑猪、烟台黑猪、沂蒙黑猪、五莲黑猪、昌潍白猪和鲁烟白猪)及引进猪种(杜洛克、大约克和长白猪)共165个样本的mtDNA D-loop区部分序列(1102 bp)进行PCR扩增和序列测定,并采用现代生物信息学软件进行了数据处理分析,结果表明:山东各猪种之间遗传距离较小(0.0005~0.0046),远小于国外猪种杜洛克、长白与山东各猪种间的遗传距离(>0.14),但大约克与山东各猪种的平均遗传距离较小(0.005)。构建的NJ分子系统进化树将所测样本分为2个独立的支系,第一支由山东各猪种和部分大约克构成,另一支全部为引进猪种。莱芜黑猪和大蒲莲黑猪在NJ系统树上分布集中,各自聚为一小类,其它6个猪种都很分散,说明莱芜黑猪和大蒲莲黑猪母源血统单一,其它6个猪种母源血统遗传复杂,彼此之间基因交流多。
关键词： 山东省猪种 mtDNA D-loop区 遗传多样性 系统进化
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沼气发酵液中一株酵母菌菌株的鉴定与系统发育分析
《中国沼气 》 2008
摘要：从沼气发酵液中分离到一株酵母菌,根据形态学特征、生理生化特征和分子生物学方法对其进行了鉴定。克隆了该菌的18S rDNA序列(GenBank接受号:EU784644)和5.8S-ITS rDNA序列(GenBank接受号:EU784645)并进行测序,结果表明18S rDNA全长1739bp,5.8S-ITS rDNA全长569bp。以5.8S-ITS rDNA序列同源性为基础构建了相关属种的系统发育树,结果表明CXF-1与季也蒙毕赤酵母(Pichia guilliermondii)处于同一进化分支中,相似性达99.6%,因此将该菌鉴定为季也蒙毕赤酵母(Pichia guilliermondii)。
关键词： 沼气发酵液 季也蒙毕赤酵母(Pichia guilliermondii) 5.8S-ITS rDNA 系统发育分析
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