科研产出
柿树的EST-SSR标记开发
《分子植物育种 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：柿树是中国重要经济树种。为了开发柿树SSR标记,从NCBI的EST数据库中共下载14198条柿树EST序列,经过去冗余处理和SSR位点搜索,共筛选到1 320条EST-SSR序列可以用于引物设计。实验中随机选取了314对引物进行合成和筛选,共有127对引物成功扩增出多态性扩增条带,加上从已发表的柿子SSR引物中筛选出的14对多态性较高的引物,共利用141对引物,通过SSR分型检测数据分析,获得了可用于模型分析的异源六倍体柿树全同胞家系共141套分子标记的数据。柿树是一种六倍体树种,多态性标记的开发在柿树的遗传学研究和分子育种上将会有众多的应用,能够促进正对六倍体物种的遗传分析模型的开发,也将对一系列重要的六倍体农作物(小麦,甘蔗,棉花等)的研究有推动作用。
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黑麦草EST-SSR分子标记开发及生物信息学分析
《山东农业科学 》 2016
摘要：为加速分子标记在黑麦草中的应用,利用黑麦草EST数据库(Gen Bank/db EST)开展了黑麦草EST-SSR信息分析、标记开发和EST功能分析研究。在25 752条黑麦草EST序列中,共发现346条SSR序列,占整个EST总数的1.344%。其中,三核苷酸基序最多(39.60%),次之为二核苷酸基序(31.79%)。三核苷酸基序以GGC/CCG出现频率最高,为8.38%,其次是CGC/GCG(7.51%)、GCC/CGG(4.05%)和ATG/TAC(2.02%),二核苷酸基序以CT/GA出现频率最高(14.45%),其次是GA/CT(10.98%)。根据这些含有SSR的EST序列,利用Primer Premier 5.0软件,对346条EST-SSR序列进行引物设计,共设计引物193对,其中分值在90分以上的有113对(32.66%)。利用Gen Bank的Blast N和Blast X程序对相应113条EST进行功能分析,72条EST序列与51种具有生物学功能的蛋白质同源。
关键词： 黑麦草 EST-SSR 信息分析 引物设计 功能分析
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萝卜EST-SSR标记PCR反应体系的建立与优化
《长江蔬菜 》 2012
摘要：采用L16(45)正交试验设计优化了萝卜EST-SSR标记的PCR反应体系,建立了适于20μL PCR技术体系的最佳浓度:DNA模板65 ng/20μL,Mg2+0.8 mmol/L,dNTPs 0.25 mmol/L,引物0.8μmol/L,Taq DNA酶0.4 U/20μL,且Mg2+对该体系的影响最大。利用10对EST-SSR引物对该体系的验证结果表明,本研究建立的萝卜EST-SSR PCR体系重复性好、条带清晰、多态性丰富,对萝卜的种质资源的鉴定与评价、分子标记辅助选择育种等多方面都有重要作用。
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西花蓟马EST-SSR信息分析、标记筛选及其与Genomic-SSR的多态性比较
《昆虫学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：西花蓟马Frankliniella occidentalis是一种世界性入侵昆虫,近年来传入我国并不断扩散蔓延。基于简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs)的西花蓟马种群遗传结构研究对于揭示其传播途径等具有重要的指导价值。本研究对来源于西花蓟马的13839条EST序列进行了uni-EST组装、EST-SSR信息分析以及标记筛选,并比较了EST-SSR与Genomic-SSR在分析遗传多样性方面的差异。结果表明:在7707个singlets中共找到2623个SSR位点,分布于1930个uni-EST中,平均每2.21kb就出现一个SSR位点。重复单元中,以单碱基重复单元为主(83.00%),其次是四碱基重复单元(11.17%),而二、三、五和六碱基重复单元所占比例较低(分别为1.41%,0.80%,2.02%和0.91%)。设计出的22对EST-SSR引物中,4对引物能稳定扩增出清晰的目的条带;荧光标记毛细管电泳发现3对引物表现出多态性。西花蓟马EST-SSR与Genomic-SSR多态性分析表明,这3对多态性EST-SSR引物揭示的多态信息含量(PIC)为0.48～0.69,比5对多态性Genomic-SSR引物揭示的PIC(0.88～0.92)略低。本研究结果可为今后更深入开展西花蓟马的种群遗传结构分析提供帮助。
关键词： 西花蓟马 分子标记 EST-SSR Genomic-SSR 荧光标记毛细管电泳 多态性
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大白菜抗芜菁花叶病毒(TuMV)EST-SSR信息分析与引物筛选
《中国农学通报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：为了研究大白菜抗芜菁花叶病毒(TuMV),对大白菜及芸薹属中与抗性有关的EST序列进行了搜索和SSR筛选,并根据SSR两端的序列设计引物,以1对大白菜TuMV抗、感材料的基因组DNA为模板,对上述引物进行了筛选。结果表明,在132条大白菜EST和895条芸薹属抗性EST序列中,共筛选出166个符合条件的SSR(16.2%)。其中包含6种核苷酸重复基元,占主导地位的分别是二核苷酸重复(33.7%)和三核苷酸重复(50.0%),其余重复类型所占比例较小。根据上述SSR两翼的序列,共设计引物196对。引物筛选结果表明,能够进行成功扩增的有156对,占79.6%,其中35对引物在2份材料中具有多态性。因此,利用芸薹属中抗性有关的EST序列设计SSR引物,可用于大白菜TuMV抗性有关基因的标记。
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萝卜EST-SSR反应体系的建立与优化
《山东农业科学 》 2011
摘要：利用正交设计L16(45)对萝卜SSR-PCR反应体系的5因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP、引物)在4个水平上进行优化,获得了最佳反应体系,即20μl反应体系中含有0.10 mmol/L dNTP,3.0 mmol/LMg2+,50 ng模板,0.500μmol/L引物,1.0 U Taq酶。使用优化的反应体系,扩增条带清晰,可满足不同引物组合和萝卜材料的要求。此研究为今后利用SSR技术对萝卜种质资源进行分类、构建遗传图谱和基因定位奠定了基础。
关键词： 萝卜 EST-SSR 正交设计 体系优化 分子标记
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大白菜EST-SSR反应体系优化及引物筛选
《科技导报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：探讨了大白菜EST-SSR反应体系的优化,利用优化的体系筛选部分引物。采用L16(44)正交设计,研究各主要参数的适宜浓度,建立适合大白菜EST-SSR反应的最佳体系。结果表明,各因素不同水平浓度对扩增结果均有一定影响,其中以引物浓度影响最大,其次是dNTP和Taq DNA聚合酶,最小是模板DNA用量。优化后的最佳体系(20μL)为:引物浓度1.0μmol/L,dNTPs0.25mmol/L,Taq酶0.5U,模板DNA70ng。利用优化的体系,根据大白菜EST序列设计引物126对,分别以2对抗、感病毒病的大白菜材料的基因组DNA为模板进行扩增,筛选出至少在一份材料中扩出多态性的引物19对。该优化体系可用于大白菜EST-SSR扩增,初步筛选的引物可用于大白菜病毒病分子标记的进一步研究。
关键词： 大白菜 EST-SSR 正交设计 体系优化 引物筛选
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高羊茅EST-SSR标记的开发及品种鉴定
《山东农业科学 》 2010
摘要：利用EST-SSR分子标记对11份高羊茅(Festuca arundinacea)材料进行了品种鉴定研究。在优化DNA提取方法、扩增体系的基础上对50对EST-SSR引物进行筛选,结果表明:有42对引物可以在高羊茅上得到有效扩增,对11份高羊茅品种的鉴定结果表明,其中12对引物具有良好的多态性,占28.6%;共检测到86个等位基因,平均每个位点的等位基因数为4.5个,变幅为3~12。从谱带类型上看:S3和S44引物扩增的谱带类型最少(2种),多态性百分率最低,为18.2%;S11引物扩增的谱带类型最多(9种),多态性百分率最高,为81.8%;共扩增到多态性谱带65种,平均多态百分率为59.1%。
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