科研产出
EST-SSR标记在冬小麦品种DUS测试中的应用
《麦类作物学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：为研究EST-SSR标记在应用于冬小麦品种DUS测试中的可行性,本研究利用21对小麦EST-SSR引物对45份黄淮海地区新育成冬小麦品种的遗传多样性进行了分析。在23份新育成品种中,共检测到61个位点,每个位点的等位基因数量为2~8个,平均2.90个;基因遗传多样性指数为0.08~0.79,平均为0.38。23份新育成品种的遗传距离为0.12~0.69,平均为0.40。在23份亲本品种中,共检测到63个位点,每个位点的等位基因数量为2~7个,平均3.00个;基因遗传多样性指数为0.08~0.79,平均为0.43;23份亲本品种的的遗传距离为0.09~0.81,平均为0.46。新育成品种遗传变异水平低于其亲本品种。聚类分析表明,45份品种可分为6个类群,部分申请品种和近似品种聚在一起,但其他申请品种和近似品种并未聚在一起,其中有些甚至距离较远。据此认为,EST-SSR标记用于DUS测试中近似品种的选择是可行的。
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黄淮海地区主要冬小麦品种的EST-SSR遗传多样性分析
《分子植物育种 》 2010 CSCD
摘要：本研究利用21对小麦EST-SSR引物对23份黄淮海地区新育成冬小麦品种及其亲本(近似品种)的遗传多样性进行了分析比较。在23份新育成品种中共检测到61个位点,每个位点的等位基因个数在2～8之间,平均2.90;基因多样性指数在0.08～0.79之间,平均为0.38。23份新育成品种的遗传距离在0.12～0.69之间,平均为0.40。在23份亲本品种中,共检测到63个位点,每个位点的等位基因个数在2～7之间,平均3.00;基因多样性指数在0.08～0.79之间,平均为0.44;23份亲本品种的遗传距离在0.09～0.81之间,平均为0.46。新育成品种遗传多样性低于其亲本品种。
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山羊EST资源的SSR分析
《山东农业科学 》 2009
摘要：为充分利用现有数据库中的EST资源开发山羊的分子标记,以期为研究山羊的遗传多样性和利用分子标记辅助选育山羊品种奠定基础,对NCBI dbEST数据库中13 497个EST进行聚类分析,获得1 999个Contig和5 182个singlets,利用软件MISA对此7 181个uni-EST进行SSR分析,共发现483个EST-SSR,出现频率为6.73%,平均每10 kb就出现一个SSR,这些SSR的长度介于12~174 bp之间,平均长度为20.46bp,其中二核苷酸和三核苷酸SSR是主要的重复类型,占所有EST-SSR的81.99%。山羊EST-SSR一共有59种重复基元,其中出现最多的是AC/GT,占所有EST-SSR的21.5%。表明山羊EST-SSR出现频率高、种类丰富,而且58%的含有SSR的EST编码已知功能的蛋白,具有较高的应用价值。
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NCBI和cDNA文库中栽培花生EST-SSR分子标记的开发及其特点(英文)
《分子植物育种 》 2009 CSCD
摘要：本研究利用NCBI的GenBank数据库中公布的花生86132条EST序列以及利用高油酸品种E12所创建的cDNA文库中的12501条EST序列,对这些序列进行前期处理,总共获得非冗余且拼接较长的singleton11260条,contig9972条。通过MISA软件分析发现两个EST库中共包含有3104个SSR位点,占到总共非冗余序列的11.08%。这些SSR位点被分成二核苷酸重复、三核苷酸重复、四核苷酸重复、五核苷酸重复、六核苷酸重复以及混合核苷酸重复等,其中三核苷酸重复占的比例最多,分别占到NCBI和cDNA文库的43.0%和56.8%,二核苷酸和五核苷酸重复占到所有重复位点的第二位和第三位,六核苷酸重复的比例最少。在所有重复基序中,AG/TC重复的数量最多,分别占到NCBI和cDNA文库的8.65%和13.42%。在三核苷酸重复中,CTT/GAA出现的频率最大,分别占到6.7%和13.42%。所有这些SSR基序的长度在4～51个之间。
关键词： 花生 EST-SSR 开发 特点 NCBI和cDNA文库
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