科研产出
萝卜EST-SSR标记PCR反应体系的建立与优化
《长江蔬菜 》 2012
摘要：采用L16(45)正交试验设计优化了萝卜EST-SSR标记的PCR反应体系,建立了适于20μL PCR技术体系的最佳浓度:DNA模板65 ng/20μL,Mg2+0.8 mmol/L,dNTPs 0.25 mmol/L,引物0.8μmol/L,Taq DNA酶0.4 U/20μL,且Mg2+对该体系的影响最大。利用10对EST-SSR引物对该体系的验证结果表明,本研究建立的萝卜EST-SSR PCR体系重复性好、条带清晰、多态性丰富,对萝卜的种质资源的鉴定与评价、分子标记辅助选择育种等多方面都有重要作用。
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萝卜EST-SSR反应体系的建立与优化
《山东农业科学 》 2011
摘要：利用正交设计L16(45)对萝卜SSR-PCR反应体系的5因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP、引物)在4个水平上进行优化,获得了最佳反应体系,即20μl反应体系中含有0.10 mmol/L dNTP,3.0 mmol/LMg2+,50 ng模板,0.500μmol/L引物,1.0 U Taq酶。使用优化的反应体系,扩增条带清晰,可满足不同引物组合和萝卜材料的要求。此研究为今后利用SSR技术对萝卜种质资源进行分类、构建遗传图谱和基因定位奠定了基础。
关键词： 萝卜 EST-SSR 正交设计 体系优化 分子标记
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大白菜EST-SSR反应体系优化及引物筛选
《科技导报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：探讨了大白菜EST-SSR反应体系的优化,利用优化的体系筛选部分引物。采用L16(44)正交设计,研究各主要参数的适宜浓度,建立适合大白菜EST-SSR反应的最佳体系。结果表明,各因素不同水平浓度对扩增结果均有一定影响,其中以引物浓度影响最大,其次是dNTP和Taq DNA聚合酶,最小是模板DNA用量。优化后的最佳体系(20μL)为:引物浓度1.0μmol/L,dNTPs0.25mmol/L,Taq酶0.5U,模板DNA70ng。利用优化的体系,根据大白菜EST序列设计引物126对,分别以2对抗、感病毒病的大白菜材料的基因组DNA为模板进行扩增,筛选出至少在一份材料中扩出多态性的引物19对。该优化体系可用于大白菜EST-SSR扩增,初步筛选的引物可用于大白菜病毒病分子标记的进一步研究。
关键词： 大白菜 EST-SSR 正交设计 体系优化 引物筛选
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樱桃SRAP-PCR体系优化及其遗传多样性分析
《果树学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：选取亲缘关系较远的3个不同基因型樱桃资源为试材,对影响SRAP标记PCR反应的模板、Mg2+、dNTPs、Taq酶及引物浓度进行了优化,建立了适合于樱桃SRAP标记的扩增体系。反应体系具体为:模板DNA75ng,dNTPs0.2mmol·L-1,Mg2+2.5mmol·L-1,引物0.3μmol·L-1,Taq酶1.0U,反应总体积20μL。采用优化的扩增体系,对45个樱桃种质材料进行了遗传多样性分析,筛选8对扩增清晰且多态性高的引物组合,检测位点共227个,其中多态性位点192个,占84.6%。应用NTSYS-pc软件进行聚类分析(UPGMA),结果表明45个樱桃品种可分为欧洲甜樱桃和中国樱桃2大类,品种间遗传相似系数在0.52～0.98;其中中国樱桃与甜樱桃种间的相似系数最小,表明2类种质具有不同的遗传背景;而组群内的不同品种资源表现了较高的遗传相似性。SRAP分子标记的聚类分析揭示了樱桃品种间亲缘关系与地理分布以及来源相关。
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平菇ISSR-PCR反应体系影响因素研究
《中国食用菌 》 2009 北大核心
摘要：为提高ISSR分析结果的可靠性和可重复性,以平菇黑丰268为材料对反应体系进行优化,建立平菇ISSR-PCR反应体系。实验结果表明,平菇ISSR-PCR最优体系为体积20μL,其中Mg2+浓度为1.2mmol·L-1,模板浓度为50ng,引物浓度为0.6μmol·L-1,dNTPs浓度为200μmol·L-1,Taq酶浓度为1.2U·20-·1μL-1,1×PCRBuffer。
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