科研产出
保加利亚乳杆菌N-乙酰胞壁质酶基因的克隆及生物信息学分析
《江苏农业科学 》 2019 北大核心
摘要：为了研究保加利亚乳杆菌N-乙酰胞壁质酶基因的结构特征及编码蛋白的功能,根据GenBank中其基因的DNA序列设计引物,以保加利亚乳杆菌MN株的基因组为DNA模板,利用PCR技术扩增N-乙酰胞壁质酶基因,将其克隆到pMD-19T载体上,进行测序与生物信息学分析.结果表明,MN株N-乙酰胞壁质酶基因序列编码217个氨基酸,与GenBank中公开的N-乙酰胞壁质酶基因核苷酸序列的同源性为98.8%~100.0%;蛋白质的理论分子质量为24.55 ku,理论等电点为9.83;该蛋白属于亲水性蛋白,二级结构以α-螺旋为主;该蛋白的第16~38位氨基酸残基组成跨膜区,第56~216位氨基酸残基组成LYZ2结构域.研究结果为今后探讨N-乙酰胞壁质酶基因的生物学功能及其功能改造奠定了基础.
关键词： 保加利亚乳杆菌 N-乙酰胞壁质酶 克隆 生物信息学分析
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一种新的牛支原体膜蛋白p59的表达与鉴定
《中国病原生物学杂志 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：目的寻找新的牛支原体(Mycoplasma bovis)抗原蛋白并进行原核表达,为牛支原体疫苗的制备奠定基础。方法采用生物信息学方法分析牛支原体PG45株基因组,发现一种新的膜蛋白p59,并对其理化性质、蛋白定位、是否存在信号肽及其互作蛋白进行分析预测。通过PCR扩增p59蛋白编码基因,经酶切连接表达载体pET-30a(+)后转化入大肠埃希菌BL21(DE3)感受态细胞,利用IPTG进行诱导表达并进行优化,利用不同浓度咪唑洗脱液来洗脱蛋白。通过Western blot进行鉴定。制备p59重组蛋白兔多抗,通过粘附试验和支原体生长抑制试验验证该重组蛋白的功能。结果生物信息学分析该蛋白可能为ABC转运系统的组成蛋白,其互作蛋白为糖、微量元素摄取的ABC转运系统相关蛋白,可能参与牛支原体摄入营养物质的过程。PCR扩增p59基因,双酶切及测序鉴定pET-30a(+)-p59原核表达载体构建正确,SDS-PAGE分析重组载体转化BL21表达p59重组蛋白,相对分子质量为66×10~3。Western blot鉴定该蛋白为膜蛋白,免疫新西兰兔可刺激产生特异性抗体,即具有抗原性。p59蛋白粘附MDBK细胞试验显示,用p59兔多抗作为一抗时的MDBK(Madin-Darby bovinekidney,牛肾细胞)细胞表面能够粘附更多的P59蛋白,表明p59重组蛋白具有一定的粘附能力。生长抑制试验表明,p59兔多抗能抑制牛支原体在固体培养基中的生长,生长抑制率为45.53%。结论新鉴定的牛支原体膜蛋白p59可能是一种粘附相关蛋白,且具有抗原性,该蛋白多抗血清能抑制支原体的生长,为研究支原体膜蛋白的功能奠定了基础,为牛支原体亚单位疫苗的研制提供了新的靶蛋白。
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栽培种花生FAE1基因的克隆和序列分析
《山东农业科学 》 2018
摘要：脂肪酸链延长酶1(FAE1)是控制脂肪酸延长的关键酶,对芥酸的生物合成有至关重要的作用。本研究从栽培种花生的两个染色体组中分别克隆得到2个FAE1基因,命名为FAE1-A和FAE1-B。FAE1只有一个开放阅读框,无内含子,完整编码区长1 536 bp,编码511个氨基酸。利用相关软件或在线工具对FAE1进行生物信息学分析,结果表明其编码蛋白二级结构以α螺旋为主;无信号肽,表明FAE1蛋白不是分泌蛋白,而是在细胞中发挥作用,且主要存在于内质网上;FAE1蛋白不稳定系数小于40,总平均亲水系数为负数,属于不稳定的亲水性蛋白。本研究可为花生低芥酸育种提供依据。
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核桃JrCOR基因的克隆及表达分析
《山东农业科学 》 2018
摘要：采用RT-PCR和RACE技术从核桃品种‘香玲’叶片中克隆了一个脱水素基因JrCOR,其全长1 156 bp,具有741 bp的开放阅读框,编码由246个氨基酸组成的多肽,具有LEA家族成员的特征多肽序列。以核桃18S rDNA为内参基因,对核桃品种‘香玲’JrCOR基因在4℃胁迫下的表达模式进行初步研究,结果表明低温诱导下叶片中JrCOR基因的表达增加,4℃处理4 h时达到最大值;自然越冬条件下,花芽中JrCOR表达量呈先上升后下降的趋势,在12月份表达量最高,推测JrCOR基因在核桃对低温胁迫响应中发挥重要功能。
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花生FAD基因家族的全基因组鉴定与表达模式分析
《山东农业科学 》 2018
摘要：脂肪酸去饱和酶(FAD)是合成不饱和脂肪酸的关键酶,在植物维持各项生命活动、应对生物与非生物胁迫方面具有重要作用。本研究对花生基因组中的FAD基因家族进行鉴定与生物信息学分析,并利用花生转录组数据对花生FAD(Ah FAD)基因的表达模式及可变剪接形式进行分析。结果显示,在花生基因组中共有31个Ah FAD基因,分为6类,Ah SAD基因亚家族有12条序列,AhFAD2有6条序列,Ah FAD3有4条序列,Ah FAD4/5有3条序列,Ah FAD6有2条序列,Ah FAD7/8有4条序列。聚类分析表明,Ah FAD有两大分支:游离Ah SAD分支和膜结合Ah FAD分支;膜结合Ah FAD分支中Ah FAD4/5起源最早,ω-3 Ah FAD由ω-6Ah FAD进化而来;单双子叶聚类于不同分支。表达模式分析表明,Ah SAD、AhFAD2和Ah FAD3在种子中表达水平较高,Ah FAD4/5、Ah FAD6、Ah FAD7/8在叶中表达量最高。可变剪接分析表明,Ah FAD亚家族之间可变剪接形式差异明显,其中有12个Ah FAD基因发生了可变剪接。TTS和TSS是发生最多的可变剪接事件,其次是IR,最少的是AE和ES。
关键词： 花生 脂肪酸去饱和酶(FAD) 生物信息学分析 表达模式 可变剪接
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桃已知MADS-box转录因子的生物信息学及花发育表达分析
《核农学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：MADS-box基因家族是研究最广泛的植物转录因子之一,参与调控植物生长和发育的多个过程。本文列举了当前已知的MADS-box(Pp MADS)基因在桃(Prunus persica)功能基因组数据库中的基本信息,对Pp MADS基因的保守结构域、进化关系、内含子与外显子、染色体定位和保守元件进行了详细分析;并利用半定量RT-PCR技术分析了其在不同花器官中和的花的不同发育阶段表达水平。结果表明,Pp MADS在桃不同花器官、花不同发育期中起重要的调控作用,为进一步筛选Pp MADS基因进行功能分析奠定相关理论基础。
麻核桃CBF基因的克隆与生物信息学分析
《山东农业科学 》 2013
摘要：CBF基因是植物CBF抗冷途径的枢纽,对增强植物抗冷能力极为重要。本研究根据已知的核桃CBF基因序列设计通用性引物,对麻核桃cDNA进行PCR扩增,成功获得麻核桃CBF基因全长序列,命名为JhCBF。JhCBF全长820 bp,包含一个645 bp的开放读码框(ORF),编码214个氨基酸。序列分析表明JhCBF与其他物种来源的CBF具有较高的同源性,其中,与桦木科白桦的同源性最高,为61.22%;JhCBF含有一个预测的AP2结构域及CBF特有的两段短肽序列。系统进化树分析表明JhCBF与桦木科白桦的亲缘关系最近,最先聚为一类。
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水稻类受体蛋白激酶基因OsESG1的克隆与生物信息学分析
《生物技术通报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：类受体蛋白激酶(receptor-like protein kinase,RLK)在植物生长发育等多种信号的响应中发挥重要作用。以水稻基因组为模板,通过PCR方法,扩增到一条全长2.2 kb左右的目的片段,序列分析结合RT-PCR表明,该片段由一个完整的开放阅读框组成,无内含子,命名为OsESG1(GenBank登录号:HE 584611),其编码蛋白产物包含749个氨基酸残基。结构分析显示,该蛋白产物包含1个跨膜区、胞外S位点糖蛋白(SLG)、PAN_AP结构域和S_TKc结构域,属于S-结构域型类受体蛋白激酶,推测其在植物生殖发育过程中起作用。
关键词： 水稻 类受体蛋白激酶 OsESG1基因 基因克隆 生物信息学分析
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拟南芥和大白菜LUG蛋白家族的生物信息学分析
《井冈山大学学报(自然科学版) 》 2012
摘要：LUG蛋白属于WD40超家族基因,具有7个重复的WD40结构域,参与花器官的发育。本项研究系统鉴定了7个拟南芥和5个大白菜的LUG基因,并对这些基因编码的蛋白质序列进行了序列保守性和系统进化分析。结果表明,除了AtLUG6含有5个重复的WD40结构域之外,其余所有的LUG蛋白都具有7个重复的WD40结构域。在进化上,LUG蛋白家族可分为两个不同的亚家族,并且这种特征在拟南芥和大白菜分离之前就已经形成。
关键词： 拟南芥(Arabidopsis thaliana) 大白菜(Brassica pekinensis) 生物信息学分析 LUG蛋白 WD40结构
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洋葱伯克霍尔德氏菌CAS19嗜铁素合成相关基因cepR的克隆及生物信息分析
《基因组学与应用生物学 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：本研究采用PCR方法克隆了洋葱伯克霍尔德氏菌CAS19嗜铁素合成相关基因cepR,并对cepR基因编码蛋白的结构和功能进行生物信息学分析和预测。同源性分析表明,CAS19的cepR核苷酸序列与Burkholderia cepacia LMG1222cepR基因的同源性为99%;cepR基因全长768bp,包含一个完整的231bp的开放阅读框架,编码239个氨基酸;该基因编码蛋白分子量为26.59kD,理论的等电点为5.55,含有一个LuxR型HTH结构域,在氨基酸残基的不同区域分布有酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、蛋白激酶C磷酸化位点、酪氨酸激酶磷酸化位点、N-肉豆蔻酰化位点和N-糖基化位点,还有一个明显的跨膜结构。本研究结果将为洋葱伯克霍尔德氏菌嗜铁素合成相关研究提供调控基因信息和参考依据,并为其进一步开发和利用奠定基础。
关键词： 洋葱伯克霍尔德氏菌 cepR基因 基因克隆 生物信息学分析
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