科研产出
基于SSR标记的石榴品种遗传多样性分析和指纹图谱构建
《山东农业科学 》 2023 北大核心
摘要：为明确国内主产区不同主栽石榴品种的遗传多样性,构建DNA指纹图谱,本研究以 30 个石榴品种为试材,利用琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳筛选多态性引物,建立了石榴品种SSR分子标记鉴定体系,然后利用样品信息与指纹代码配置组合的串联代码,构建了不同石榴品种的DNA指纹图谱.结果表明,从 36 对引物中筛选出扩增产物条带清晰稳定、多态性高的引物 10 对,共检测出 48 个等位基因,平均为4.8个,观察杂合度和期望杂合度平均分别为 0.50 和 0.60,Shannon's 指数和Nei's多样性指数平均分别为 1.11 和 0.59,多态信息含量在 0.33~0.72 之间,平均为 0.53.聚类分析发现,30 个品种被分为 3 组,A组包括 16 个品种,B组包括 8 个品种,C组包括 6 个品种.基于样品、引物和等位基因信息,构建了 30 个品种的特异指纹代码及指纹图谱二维码.本研究结果可为石榴种质资源分子鉴定及开发利用提供理论依据.
关键词： 石榴品种 SSR分子标记 遗传多样性 DNA指纹图谱
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山东省不同地理种群棉铃虫的遗传结构
《植物保护学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为明确棉铃虫Helicoverpa armigera(Hubner)在山东省不同地理种群的遗传分化及遗传多样性,对采集得到的山东省14个棉铃虫种群共109个样本进行线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(mito-chondrial cytochrome oxidase Ⅰ,mt COⅠ)及亚基Ⅱ(mitochondrial cytochrome oxidase Ⅰ,mt COⅡ)基因片段测序,并进行遗传多样性分析,探究其在山东省的种群遗传变异情况.结果表明,棉铃虫mt COⅠ及mt COⅡ基因拼接(1 306 bp)共有18个单倍型Hapl~Hap18,其中Hap2和Hap3单倍型包含的个体数量最多,分别为37个和20个.莱阳种群的单倍型多样性最高,为1.000,莱西种群的核苷酸多态性最高,为0.004 5,14个棉铃虫种群的总体固定系数FST值为0.028,说明棉铃虫种群之间几乎没有遗传分化.GENEPOP分析表明种群间遗传距离和地理距离无显著相关性.表明山东省不同地区棉铃虫遗传分化较低,各地区种群间没有显著的遗传差异.
关键词： 棉铃虫 山东省 地理种群 线粒体基因 遗传多样性 遗传分化
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油莎豆SRAP-PCR体系优化及遗传多样性分析
《山东农业科学 》 2022 北大核心
摘要：以16份油莎豆种质资源为材料,用改良的CTAB法提取基因组DNA,利用单因素试验和正交试验研究引物浓度、混合酶体积和DNA模板含量3个因素对油莎豆SRAP-PCR扩增结果的影响,以优化其SRAP-PCR体系,并对供试油莎豆种质材料的遗传多样性进行分析.结果表明,混合酶体积对SRAP-PCR反应体系影响最大,引物浓度影响最小;油莎豆SRAP-PCR总体系为15μL时,引物浓度为0.5μmol/L、混合酶体积为10.5μmol/L、DNA模板含量为80 ng的扩增效果最佳.利用最佳扩增体系,从102对引物组合中筛选出30对多态性引物,共扩增出289个多态性位点,平均多态性比率为92.82%.进一步对16份油莎豆种质的遗传多样性进行分析,结果显示其遗传一致度范围为0.60~0.93,遗传距离范围为0.07~0.40,表明供试油莎豆种质资源的遗传背景差异较小;UPGMA聚类结果表明,油莎豆种质资源亲缘关系受油莎豆品种特性和地域的影响.本研究结果可为油莎豆种质资源的多样性评价及鉴定提供方法和技术,并为其遗传育种提供依据.
关键词： 油莎豆 SRAP-PCR 扩增体系优化 遗传多样性
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中国板栗品种(系)DNA指纹图谱构建及其遗传多样性分析
《园艺学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：基于SSR荧光分子标记,对中国342个板栗品种(系)构建了 DNA指纹图谱,并解析了各品种群间的亲缘关系和遗传分化特征.结果表明:(1)所有SSR标记多位点匹配后的PI和PIsibs值分别为4.960×10-20和2.395×10-8,显示本试验所选用的标记指纹识别潜力强;对342份品种(系)构建指纹图谱,共获得338个有唯一对应关系的指纹信息,其中舒城大红袍与焦扎、双合大红袍与CSB-1两两共享了一个指纹信息,结合主要植物学性状,推测其为同物异名品种;同时发现存在大于10个位点信息差异的19份同名资源,判定其为同名异物品种.(2)两两品种群的Fst平均值为0.0224(Fst<0.05),表明品种群间遗传分化程度较低;对5个品种群进行了基因流(Nm)和AMOVA分析,遗传变异主要存在于个体内,占总变异的84%,各品种群间的平均基因流为6.592,表明资源间存在着广泛的基因交换,制约了各群体间的分化.(3)利用位点数据进行群体结构、主坐标和聚类树分析表明,板栗品种资源主要被划分为南、北两大品种群,确定了沿大别山山脉的湖北东北部、河南南部和安徽中北部、以及山东南部和江苏北部地区为分界带(混交地带).
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花生属野生资源基因组大小及遗传多样性分析
《山东农业科学 》 2022 北大核心
摘要：栽培花生是异源四倍体,其遗传背景相对狭窄.花生野生种遗传多样性丰富,利用野生种优异的基因资源是花生遗传改良和突破性品种培育的重要途径.然而,花生野生资源遗传多样性和基因组方面的研究相对滞后,制约了其在花生遗传改良中的应用.本研究利用SSR标记对9个野生近缘种和1个栽培种进行遗传多样性分析和聚类分析,共检测到33个变异位点,变幅为3~6个,平均每个标记4.7个;同时,利用流式细胞仪对4个未知基因组大小的野生花生进行测定,结果显示,A.duranensis(PI sesn2848)、A.cardenasis(PI 262141)、A.batizocoi(Grif15032)、A.monticola(PI 468199)的基因组大小分别为1.26、1.61、1.25、2.78 Gb.本研究结果可为野生花生的鉴定和评价、基因组测序、重要性状的遗传解析及在育种中的应用提供了参考.
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不同生态区骨干谷子品种表型鉴定与遗传分析
《核农学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：骨干谷子品种对谷子产业发展发挥了重要的作用,为了解其优异性状遗传基础及利用价值,选用来源于不同生态区的12个骨干谷子品种,进行表型鉴定和遗传差异分析。结果表明,12个来源于不同生态区的骨干品种在株高、穗长、穗粗、穗下节间长、单穗重、生育期以及黄色素含量等方面差异较大。79对SSR多态性标记共检测到258个多态性变异位点,平均3.265 8个;SSR标记多态性（PIC）的变幅为0.141 1～0.711 6,平均为0.510 1;其中PIC>0.5的SSR标记有50对,占多态性标记的63.3%。12份材料的遗传距离变幅为0.140 2～0.801 1,平均为0.473 7;来自华北夏谷区的豫谷1号和沧谷4号遗传距离最近,而沧谷4号和来自内蒙高原的地方品种金香玉距离最远;总体而言,华北夏谷区品种和西北早熟春谷区品种遗传距离相对较大。相似性系数为0.594时,12个品种可聚为两类,华北夏谷区的豫谷1号、矮88、冀谷19号、沧谷4号和济谷12聚为一类,来自西北春谷早熟区、晚熟区和东北春谷区的7个品种聚为一类,聚类分析结果和品种的生态类型具有较高的一致性。群体结构分析和聚类分析的结果相似,华北夏谷区品种和春谷区品种之间存在基因交流。总之,不同生态区来源品种间遗传差异较大,同一生态区来源品种遗传差异较小;华北夏谷区骨干品种之间遗传差异较春谷区品种遗传差异相对较小;华北夏谷区品种和西北早熟春谷区品种间遗传差异较大,丰富华北夏谷区遗传变异,应加强与西北早熟春谷区品种之间的交流。本研究结果为优异谷子品种培育及种质资源利用提供了一定依据。
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山东省水稻品种(系)的遗传多样性分析
《作物杂志 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：利用全自动DNA分析仪荧光SSR-PCR技术和农业行业标准《水稻品种鉴定技术规程SSR标记法（NY/T1433-2014）》中公布的48对SSR引物,对山东省育成和审定的48个水稻品种（系）进行遗传多样性分析。结果表明,有40对SSR引物在48个品种（系）间表现多态性,多态率为83.3%。检测到等位基因133个,每对引物的等位基因数变幅为1～7个,平均3.32个。SSR引物的多态性信息量（PIC）变化范围为0.0384～0.7333,平均值0.2560。标记指数（MI）的变化范围在0.08～5.13,平均值0.93。48个水稻品种（系）间的遗传相似系数（GSC）在0.6390～0.9859之间,平均值0.7800,89.6%品种（系）的GSC在0.7189～0.9859之间,亲缘关系较近;以GSC为基础,按UPGMA方法在阈值0.75处将48个品种（系）划分为4大类群。由此可见,山东省育成和审定的水稻品种（系）遗传多样性不够丰富,品种（系）间的亲缘关系较近,需要进一步拓宽亲本选择范围,扩大遗传背景。
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基于花生感官品质的核心种质资源构建
《花生学报 》 2020
摘要：以480份花生种质资源为试验材料,按照荚果形状将15个标准化的数据进行分组,取样比例按20%进行,采用欧式距离构建了96份核心种质资源.对构建的核心种质与原始种质的变异范围、平均值、标准差、变异系数和多样性指数的表现进行分析,说明核心种质与原始种质的变异范围、均值基本相同,核心种质的变异系数除蛋白外,均高于原始种质;从核心种质与原始种质各性状的符合率来看,所有性状的变异系数均达到90%以上,多样性指数的符合率平均在89.6%以上,最高符合率达到99.95%,遗传多样性丰富.结果表明,本研究建立的核心种质是有效的,能够代表原始种质.该构建策略为花生感官品质核心种质的高效利用奠定了基础.
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350份小麦种质的SSR遗传多样性分析
《山东农业科学 》 2020
摘要：为了解不同小麦种质资源的遗传多样性,本研究选用37对SSR引物分析了350份2012—2017年间进行新品种保护的小麦种质的遗传多样性.结果表明,37对引物共检测到288个多态性位点,平均每对引物检测到7.784个,变化范围为2~14个;等位基因多样性指数分布范围为0.268~0.807,平均值0.653;引物的多态信息含量平均值为0.608,变幅为0.250~0.785.采用neighbor joining法进行聚类,将350份小麦种质划分为四大类,多为具有相同亲本或亲缘关系相近的材料聚在一起.综上,350份小麦种质具有较大遗传差异,可为小麦育种的亲本选择提供参考.
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山东晚熟桃的SCoT遗传多样性分析
《山东农业科学 》 2020
摘要：SCoT分子标记具有简单易操作、成本低、灵敏度高、多态性好的特点,已经广泛应用于植物遗传多样性分析.本研究利用14条SCoT引物对11个桃品种(系)进行遗传多样性分析,共扩增出170条清晰的条带,其中多态性条带为118条,多态性比率69.41%.11份桃材料之间的遗传相似系数范围在0.37~0.89,平均值是0.69.聚类分析和主坐标分析结果表明,11份桃材料在遗传相似系数为0.72处可将所有材料分为3个类群;这三个类群与果实成熟期具有一定的相关性.SCoT分子标记可揭示桃品种资源的遗传多样性,为桃品种资源的鉴定和分类提供科学依据.
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