科研产出
1株基因重组猪繁殖与呼吸综合征病毒的新型变异和遗传进化分析
《中国兽医学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：对山东省某地区初诊为猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproduction and respiatory syndrome,PRRS)的猪病料采用RT-PCR进行鉴定,获得1株PRRSV并命名为SD18.对该分离株的第2代细胞培养毒株进行全基因组测序,与其他参考毒株比较同源性并构建遗传进化树.结果显示,SD18毒株属于美洲型高致病性PRRSV变异株,该毒株Nsp2基因具有31个不连续的氨基酸缺失,已明显区别于以JXA1、HUN4、TJ株等为代表的30个不连续缺失高致病性分离株,其中第830位氨基酸位点是最新发现的缺失氨基酸.同时,该毒株的ORF3基因第17位插入1个丝氨酸(S),而ORF5基因编码的第13位和第151位氨基酸均为具有强毒特性的精氨酸(R),第137位则插入了具有野毒特性的丝氨酸(S),这4个氨基酸位点也表现出不同于以往高致病性毒株变异的特征.采用基因重组分析软件RDP4分析表明,该新型缺失株的多个部位发生了基因重组;SD18毒株病毒以美洲经典毒株VR2332作为重组的主要亲本毒株,疫苗株JXA1-R和新型毒株NADC30-like提供重组片段,多数重组变化集中在Nsp2蛋白区域,在非结构蛋白和次要蛋白区域也可见部分重组变化.本研究为深入探索PRRSV的遗传变异规律及相关生物学特性研究积累了数据.综合分析表明,山东地区SD18分离株Nsp2、GP3、GP5相应氨基酸均出现了较大变异,特别是Nsp2出现一个新的氨基酸缺失,可能是该毒株形成了一个新的独立变异分支的重要原因;这些变异也提示该分离毒株在病毒编码蛋白及其免疫原性等方面出现了较大变化.该病毒株的成功分离鉴定与遗传进化分析为PRRSV衍化及流行病学调查积累了最新数据,也为预防控制该病提供参考.
关键词： 猪繁殖与呼吸综合征病毒 变异毒株 遗传衍化 Nsp2基因 基因重组
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山东及周边部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒的变异与遗传演化分析
《畜牧兽医学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为了解中国山东及周边部分地区自2017年以来猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行株的分子流行病学特征、基因组变化规律,作者收集来自山东省、河南省和江苏省的部分猪场采集及送检的疑似PRRS症状猪组织样品70份,利用RT-PCR方法对其进行PRRSV检测。对部分阳性病料中PRRSV的基因重组、决定中国高致病性PRRSV(HP-PRRSV)致病性和复制力的Nsp9第561、586和592位氨基酸等进行分析,以探明该区域PRRSV的遗传演化规律。结果显示,PRRSV检出率为55.7%,从上述样品筛选11株PRRSV分离株。Nsp2序列分析显示,与经典美洲毒株VR-2332相比,7株PRRSV分离株的Nsp2蛋白分别在第481及533-561位发生了30个氨基酸的不连续缺失,这与我国自2006年以来流行的HP-PRRSV的缺失特征相同;2株PRRSV分离株的Nsp2蛋白在481、533-561及595-597位发生了三个部位的共33个不连续氨基酸的缺失;2株PRRSV分离株的Nsp2蛋白在475-518及533-561位出现了两个部位的共73个不连续氨基酸的缺失。该研究中PRRSV分离毒株的Nsp2基因已发生了明显的新型缺失。采用基因重组分析软件RDP4分析显示,以上后4株新型缺失株存在较大的基因重组,且重组部位和重组片段数量不相同;4株病毒均以高致病性毒株JXA1作为重组的主要亲本毒株,多数重组变化集中在Nsp2蛋白区域,在其他非结构蛋白和次要蛋白区域也可见部分重组变化。另外,Nsp9第561、586和592位氨基酸变异分析显示,该4株病毒在上述三个氨基酸位点与中国HP-PRRSV相符。本研究为深入探索PRRSV的遗传变异规律及相关生物学特性研究积累了数据。
关键词： 猪繁殖与呼吸综合征病毒 Nsp2基因 Nsp9基因 新型缺失 基因重组
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PRRS流行毒株与减毒活疫苗TJM-F92株qPCR区分方法的建立与应用
《家畜生态学报 》 2013
摘要：为快速准确区分PRRS流行毒株与减毒活疫苗TJM-F92株以及对流行毒株进行定量检测,按GenBank中发表的美洲型PRRSV SX-1分离株、弱毒疫苗株NSP2基因缺失部位的不同设计了一对特异性引物,通过RT-PCR和体外转录的方法,构建了体外转录RNA作为标准品,并对反应条件和反应体系进行优化,旨在建立一种敏感性高、特异性强、重复性和稳定性良好的qPCR鉴别方法。结果表明,该方法最低能检测出1.0×101拷贝/μL的模板,敏感性比常规PCR高100倍;应用该方法对218份临床样本进行鉴别与定量,qPCR检出率较常规RT-PCR高12.9个百分点。研究表明,qPCR鉴别方法的建立实现了对PRRS流行毒株与疫苗毒株的快速区分以及对流行毒株的定量检测,为PRRS的快速诊断提供了依据。
关键词： 猪繁殖与呼吸综合征 qPCR 体外转录 Nsp2基因
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山东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒分子特征
《家畜生态学报 》 2011
摘要：为揭示2009~2010年山东地区流行的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子特征,通过RT-PCR扩增采自山东地区不同猪场病猪组织样本中PRRSV的Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7序列,用DNAStar软件分析所测序列,并与北美洲型VR-2332株、欧洲型LV株及国内分离株进行核苷酸和推导的氨基酸同源性比较。结果表明,Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7核苷酸与北美洲型VR-2332的同源性分别为77%~79.9%、88.3%~89.6%、94.9%~95.8%、93.3%~94.1%,与欧洲型LV株的同源性分别为29.6%~31.6%2、64.1%~64.8%、68.3%~68.6%、66.2%~67.3%,证明山东地区的PRRSV毒株仍属北美洲型。系统进化分析表明它们与国内2006~2010年间的分离株(变异株)亲缘关系较近,而与更早的分离株和疫苗MLV株亲缘关系较远,未发现传统毒株。在Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因上均有不同程度的点突变。本研究揭示了山东地区流行的PRRSV各基因的变异特征,为PRRSV的综合防控提供理论依据。
关键词： PRRSV Nsp2基因 ORF5基因 ORF6基因 ORF7基因 序列分析
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PRRSV分离株Nsp2基因和ORF5基因的遗传变异分析
《家畜生态学报 》 2011
摘要：为了解山东省PRRSV流行毒株的遗传变异情况和分子流行病学背景,对2007~2009年分离到的14株山东省内的PRRSV流行毒株进行了Nsp2和ORF5基因序列的测定和分析。结果显示,与参考毒株JXA1相比,14株PRRSV Nsp2与ORF5基因的核苷酸同源性分别达到96.1%~99.8%和98.0%~99.8%,氨基酸序列同源性分别达到92.9%~100%和97.5%~99.5%。序列分析结果表明,14株毒株在Nsp2蛋白内部均存在编码30个氨基酸的碱基对的不连续缺失;ORF5基因编码的GP5蛋白不存在缺失,但存在点突变。遗传进化分析表明,07年分离毒株JQ与参考毒株JXA1亲缘关系很近;09年分离的12株PRRSV,2株仍与国内2006~2007年间的分离株在同一分支,9株已经处在不同分支,1株单独处在一个分支。2007~2009年山东地区流行的PRRSV分离株具有年度特征,无明显的地域特征。
关键词： 猪繁殖与呼吸综合征病毒 分离 Nsp2基因 ORF5基因 变异分析
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猪繁殖与呼吸综合征病毒WF-1株的分离鉴定及NSP2和ORF5基因的变异分析
《西南农业学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：从山东某大型猪场患"猪高热病"的病料中分离到1株病毒,该病毒可在Marc-145细胞上增殖,产生细胞病变。经RT-PCR鉴定证明,该病毒为美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),将其命名为WF-1株。用RT-PCR法分别扩增该分离株的NSP2基因和ORF5基因,并进行核苷酸序列测定和分析。结果表明,PRRSV WF-1株的NSP2发生30个氨基酸的不连续缺失,缺失位置与PRRSV参考变异株JXA1相同;ORF5基因与JXA1、CH-1a、VR2332核苷酸同源性分别为98.0%、94.2%、86.4%,氨基酸同源性分别为97.5%、94.0%、87.5%。基因遗传进化树分析结果显示,WF-1株与2006～2008年期间分离的JXA1、SX-1等高致病性变异株的亲缘关系很近,与1996年分离的中等毒力毒株CH-1a亲缘关系较远,与VR2332、CC-1、MLV等弱毒株或疫苗株处于不同的分支。
关键词： 猪繁殖与呼吸综合征病毒 分离 NSP2基因 ORF5基因 变异分析
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PRRSV SX-1株的分离与NSP2和ORF5基因的克隆及变异分析
《家畜生态学报 》 2009
摘要：从山东莘县恒顺猪场发病猪群中分离到PRRSV病毒(SX-1株)。用RT-PCR法对该分离株的NSP2和ORF5基因进行了扩增和克隆,并对其进行核苷酸序列测定和分析。结果表明,PRRSV SX-1株的NSP2发生30个氨基酸的不连续缺失,缺失位置与JXA1毒株相同;ORF5基因与JXA1、CH-1a、VR2332核苷酸同源性分别为98.8%、94.9%、88.9%,氨基酸同源性分别为99.0%、93%、87.5%。基因系统发育树分析结果显示,SX-1与JXA1、HUN株的亲缘关系很近,与CH-1a亲缘关系较近,与VR2332、CC-1、RespPRRS/ReproMLV等毒株处于不同分支。
关键词： 猪繁殖与呼吸综合征病毒 分离 NSP2基因 ORF5基因 变异分析
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