科研产出
一例肉鸡传染性支气管炎与H9亚型禽流感混合感染的病例分析
《家禽科学 》 2024
摘要：2023年山东某鸡场部分肉鸡发生不同程度的呼吸困难,并伴有零星死亡,死鸡剖检可见气管出血、支气管栓塞、部分鸡有尿酸盐沉积.为探究其发病原因,采集病料进行了常见呼吸道病原的PCR检测.结果显示,此鸡场呼吸道传染病是由禽传染性支气管炎病毒(Infectious Bronchitis virus,IBV)与H9亚型禽流感病毒(Avian Influenza virus,AIV)混合感染引起.病料经分离纯化后分别获得一株IBV分离株(SDDZ/202301简称DZ01)和一株H9亚型AIV分离株(SDDZ/202302简称DZ02).分别对DZ01的S1基因和DZ02的HA基因扩增,测序结果发现,DZ01与参考株核苷酸和氨基酸同源性分别为60.2%~96.7%和50.3%~95.6%,确定为GI-19基因型,与同型参考株相比有13个氨基酸发生点突变,裂解位点为HRRRR,并发现15个N-糖基化位点.AIV H9同源性分析显示DZ02与参考株核苷酸和氨基酸同源性为78.1%~95.1%和79.4%~94.2%,为H9.4.2.5分支,属于山东省内优势毒株.本研究明确了该养殖场中出现了IBV和H9亚型AIV的混合感染,这表明该养殖场仍需加强生物安全管理等方面的工作.
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2021-2022年山东省猪繁殖与呼吸综合征病毒分子流行病学调查
《畜牧与兽医 》 2023 北大核心
摘要：为研究2021—2022年猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）在山东地区的流行情况，从疑似发病的猪场采集了103份临床样本，采用RT-PCR方法对样品进行检测，并对阳性样品进行GP5和NSP2基因的序列测定、遗传进化分析以及同源性分析。结果显示：103份样品中检测到21份阳性样品，阳性率为20.38%。最终有5个样品能够同时扩增出GP5和NSP2基因序列，遗传进化分析显示，这5个样品中有2个属于谱系（lineage）1;2个属于lineage 5;1个属于lineage 8。各样品之间GP5基因的核苷酸同源性为81.5%～99.3%,NSP2基因的核苷酸同源性为56.9%～99.4%。本研究表明2021—2022年山东地区的PRRSV传播呈现多样性，为PRRSV毒株的遗传变异、演化分析和防控提供了理论基础。
关键词： 猪繁殖与呼吸综合征病毒 同源性 流行病学 遗传变异 进化分析
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猪流行性腹泻病毒变异毒株的分离鉴定及遗传演化分析
《生物学杂志 》 2022 CSCD
摘要：猪流行性腹泻（PED）是由猪流行性腹泻病毒（PEDV）引起猪的一种急性高度接触性肠道传染病。为了解山东地区PEDV的遗传进化趋势，对2020—2021年收集的疑似猪流行性腹泻的临床病料进行RT-PCR检测。随后将处理好的病料上清液接种于Vero细胞进行PEDV病毒分离，并利用间接免疫荧光（IFA）进行验证，成功分离到一株PEDV毒株，命名为QH-202105。将分离株传代培养至第10代，提取RNA后进行扩增并全基因组测序，结合NCBI下载的参考序列对分离株的全基因组和S基因进行核苷酸同源性比对、系统发育树构建分析，结果显示，分离株与美国分离株USA/Colorado/2013核苷酸同源性最高，为99.1%,与CHM2013株同源性最低，为96.5%。经S基因氨基酸序列分析显示，分离株QH-202105在S基因的N端有60多处突变，两处氨基酸插入（包括第59～62位氨基酸的QGVN 4个氨基酸插入，第145位氨基酸N的插入）和两处氨基酸缺失（第115～118氨基酸的缺失，第167～168氨基酸的缺失）。进化树分析结果显示，分离毒株QH-202105为G2基因群，与CH/HNAY/2015和CH/ZJCX-1/2012亲缘关系最近，属同一进化分支。在此基础上，应用PROVEAN对QH-202105的S蛋白突变氨基酸进行功能预测，结果显示，在1 361处（G→C）被判定为“Deleterious”,可以推测此处的突变对病毒的侵袭力可能存在间接影响。研究结果可为我国PEDV变异株的流行情况及防控提供参考。
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我国鸡传染性支气管炎病毒的遗传变异和进化分析
《家禽科学 》 2021
摘要：本研究测定了2020年以来本实验室从不同地区分离的44个IBV毒株的S1基因序列,并与参考株序列进行比较分析。结果发现分离的44个IBV毒株共占据5个分支。其中:第一分支为QX型,包括25个分离株,QX型分离株又分为ClusterⅠ亚分支（7个）和ClusterⅡ亚分支（18个）;第二分支为4/91型,包括12个分离株;第三分支为LDT3型,包括3个分离株;第四分支为Mass型,包括2个分离株;第五分支为TW型,包括2个分离株。从毒株遗传进化分析结果可以看出,QX型仍是我国IBV流行的主要基因型。
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InDel在种间进化关系研究中的解析力初探
《花生学报 》 2020
摘要：系统发育分析是揭示物种间进化关系的重要方法.由于插入/缺失(Insertion/Deletion,InDels)变异情况的复杂性,大多数研究进行系统发育分析时往往只考虑单核苷酸碱基替换(Single nucleo-tide polymorphism,SNPs),忽略了InDels的遗传变异信息.为揭示InDels在系统发育分析中的解析力,本研究对花生属13个物种叶绿体基因组全序列的遗传变异信息(SNPs和InDels)进行统计和处理,首先依据全部SNPs变异所构建系统树的拓扑结构,确定的NJ树分支系统关系揭示所需SNPs饱和变异数目.结果显示,当SNP数目达到3000个之后,拓扑结构持续保持稳定.研究发现InDels能够增加系统发育树中某些节点的分辨率,但其解析力低于同等数目的SNP的解析力.综上,InDels作为主要遗传变异形式之一,能够为准确解析系统进化关系提供有力支持.
关键词： 系统发育分析 遗传变异 InDels信息 种间讲化
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山东地区新型鸭呼肠孤病毒致病特点与变异分析
《中国动物传染病学报 》 2018 北大核心
摘要：本研究将2011~2018年从山东地区分离到的8株新型鸭呼肠孤病毒进行了毒力和致病性试验,结果显示,8株毒株对鸭胚、鸭胚成纤维细胞、雏鸭的致病性基本一致,鸭胚毒价为10-5.00~10-6.00/0.1 m L,鸭胚成纤维细胞的毒价为10-5.33~10-6.30/0.1 m L;对8株毒株的主要抗原σC蛋白核苷酸和氨基酸序列进行比对分析,结果显示,核苷酸同源性为94.5%~99.6%,氨基酸同源性为95.0%~99.4%;通过绘制遗传进化树发现,与全国其他地区毒株相比,山东地区分离的这8株分离株处于一个独立分支,并且这8株分离株的遗传进化与时间有着密切的相关性,暗示山东地区新型鸭呼肠孤病毒随着时间的推移在不断发生着变异。
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山东地区猪流行性腹泻病毒遗传变异分析及其单克隆抗体的制备
《中国兽医学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：为了分析猪流行腹泻病毒(PEDV)在山东地区的流行和遗传变异情况,对2013—2015年收集的临床腹泻样品,参照GenBank中已经发表的PEDV毒株的N基因序列,设计1对特异性引物,利用RT-PCR技术检测PEDV抗原,并对其中的16份阳性样品进行病毒分离与S1基因测序分析。将含有PEDV流行株S1基因其中1个抗原表位(83~276aa)的重组蛋白免疫BALB/c小鼠,通过杂交瘤细胞融合技术,筛选获得2株针对PEDV S蛋白抗原表位的杂交瘤细胞,其中1株(1E5)可以区分PEDV经典毒株和流行毒株。临床检测结果表明:PEDV临床检出率由2013年的57.8%提高到2015年的75.68%,PEDV在山东地区的发病季节除春冬季节,近年夏季也呈高发趋势,且各地区均有不同程度的感染。PEDV S1基因序列分析结果表明:分离到的16株PEDV毒株间的S1基因的核苷酸序列同源性为91%~99.8%,氨基酸序列同源性为87.8%~99.7%;山东分离毒株与15个国内外参考毒株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为90.5%~100%和88.4%~99.9%。对S基因分子流行病学分析发现,7个国外参考毒株、8个国内参考毒株与本次分离到的16个PEDV毒株被分为2个不同的进化分支G1和G2。在2013-2015年分离到的16株毒株中,有3株位于G1中,且距离CV777经典毒株较近;剩余的13株位于G2中,G2则以近年流行毒株为主,而山东分离株主要在G2分支中,这也解释了现有CV777疫苗毒株在山东地区的免疫保护力不佳的原因。本研究结果不仅从分子流行病学角度分析了山东地区PEDV的流行和变异情况,为指导该地区PEDV疫病防制提供了新的参考,并且制备了能够区分PEDV经典毒株和流行毒株的S蛋白单克隆抗体,为本病的实验室鉴别诊断提供了有效的检测工具和重要的理论基础。
关键词： 猪流行腹泻病毒 S1基因 遗传变异 单克隆抗体 鉴别诊断
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拷贝数变异的研究方法及其在畜禽中的研究进展
《农业生物技术学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：拷贝数变异(copy number variation,CNV)是近年来发展起来的和SNP互补的一种重要的基因组遗传变异形式.它不仅与畜禽的疾病及发育异常有关,还与许多体型外貌特征及经济重要性状相关联.联合使用SNP和CNV这两种遗传标记,将为深入理解畜禽复杂性状的分子机制和遗传基础提供新的思路,并在标记辅助育种中有着广阔的应用前景.全基因组范围内的CNV研究的技术方法主要有比较基因组杂交芯片(CGH)、高密度SNP分型芯片及基于近年来正在兴起的新一代测序技术的全基因组重测序,对于已经检测出的CNV,根据序列特点可以采用基于PCR和杂交的技术方法对其基因型进行判定.2008年以来,利用CGH芯片、高密度SNP芯片和新一代测序等技术对畜禽的基因组CNV开展了一系列研究.本文综述了目前全基因组范围内CNV检测方法及特定CNV的分型方法,并列举了CNV在畜禽中的所取得的一系列研究进展,为从事同类研究的人员提供一定的参考资料.
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