科研产出
全基因组关联分析在畜禽中的研究进展
《中国农业科学 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：全基因组关联分析(genome-wide association studies,GWAS)是近几年发展起来的一种复杂性状研究的新方法。在过去几年中,国内外不少研究者对畜禽的重要经济性状、遗传缺陷性疾病、复杂疾病的抗性、品种的某些特征等性状开展了GWAS。这些研究不仅大大丰富了畜禽标记辅助选择中可利用的分子标记,而且为这些性状分子机理的探索研究提供了重要线索。本文对国内外畜禽GWAS中所用的群体、主要分析方法和研究结果进行综述,并对GWAS的研究应用做一展望,以期为进一步利用GWAS进行畜禽各种性状遗传基础的研究提供参考。
关键词： 全基因组关联分析(GWAS) 畜禽 遗传变异 单核苷酸多态性(SNP)
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中国部分板栗品种坚果表型及营养成分遗传变异分析
《西北植物学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：以中国板栗主产区山东等10个省份97个板栗品种为材料,对其坚果表型性状及营养成分进行遗传变异分析。结果显示:(1)97个板栗品种间存在广泛的遗传变异,坚果表型性状及营养成分指标品种间差异均达到极显著水平;遗传变异系数均较大,最大达到0.378,遗传潜力较大;且所有性状重复力均在0.928及以上,受自身遗传因素控制较强。(2)坚果长度等表型性状间呈极显著正相关关系,淀粉含量等营养成分指标间为正相关关系,而表型性状与营养成分指标间表现为负相关关系,据此可将坚果表型性状、品质性状作为两个相互独立又有一定关联的综合因子。(3)进一步利用坚果表型和营养成分8个指标对97个板栗品种进行主成分分析,并结合多重比较结果,综合选出具有单个或多个性状优势的43个品种。研究认为,选出的43个板栗品种具有果粒较大,或营养价值较高,或二者特性兼有,初步选择为果型或品质优良的板栗品种资源材料。
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鸡microRNA基因“seed”区4个SNPs的群体遗传分布
《天津农业科学 》 2011
摘要：采用CRS-RFLP技术研究了rs14076349、rs16681032、rs14934924和rs16681031共4个SNPs位点在蛋肉兼用型、蛋用型和药用观赏型3种经济类型的6个鸡群的遗传多样性。结果表明:rs16681032在所有鸡群中未检测到变异,rs16681031、rs14934924和rs14076349位点具有较高的次等位基因频率,分别为0.4553、0.1173和0.3296。兼用型鸡与药用观赏型鸡在rs16681031位点的基因频率分布差异显著(P<0.05);兼用型鸡与蛋用型鸡在rs14934924位点的基因频率分布差异极显著(P<0.01);rs14076349位点在所有经济类群间的基因频率分布差异极显著(P<0.01)。根据基因频率信息进行聚类分析,大致可将6个鸡群分为3类,聚类结果反映出不同鸡种microRNAs调控通路的差异。研究结果表明,鸡种系特异性microRNA基因可能受到正选择的影响而存在加速进化现象,其"seed"区SNPs位点在不同鸡种的经济表型的形成中可能发挥着重要作用。
关键词： 鸡 MicroRNA seed 单核苷酸多态 遗传变异
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鸡传染性支气管炎病毒S1,M和N基因遗传变异相关性
《浙江农业学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：对山东省1992—2005年分离的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)毒株的纤突蛋白(S1)、膜蛋白(M)和核衣壳蛋白(N)分别进行克隆测序,结合在GenBank中发表的其他具有S1,N和M基因的IBV参考序列,利用DNAStar软件和统计学软件SPSS8.0,对不同毒株的S1,N和M基因分别进行遗传变异和同源性相关分析。结果表明:不同毒株间S1基因与M基因核苷酸遗传变异的相关系数为0.483,S1基因与N基因核苷酸遗传变异的相关系数为0.570,M基因与N基因核苷酸遗传变异的相关系数为0.620,说明S1,M和N基因三者之间的遗传变异既有同步性又有独立性。通过S1,N基因推导的氨基酸系统进化树表明,9株山东野毒株具有较近的亲缘关系,变异方向一致,且与疫苗株的亲缘关系较远,但从M基因推导的氨基酸系统进化树分析,只有3株山东野毒株与部分疫苗株有一定的亲缘关系。由此表明,IBV存在基因重组现象。
关键词： 鸡传染性支气管炎病毒 S1基因 N基因 M基因 同源性 遗传变异 相关性
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中国水禽新城疫病毒F和HN基因的变异趋势
《畜牧兽医学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：选取中国1996-2005年的8株鹅、鸭等水禽NDV流行株,克隆其融合蛋白(F)和血凝素-神经氨酸酶(HN)基因,参考GenBank中具有F和HN核苷酸全长的16株国内外NDV代表株、16株国内水禽流行株以及12株只具有F基因的水禽毒株序列,参照传统F基因分型方法,分别对F和HN基因进行分型,同时进行相关比较、核苷酸和氨基酸同源性以及系统发育分析。结果表明:16株国内外代表株F和HN基因分型基本一致,但24株水禽NDV流行株中只有15株相同,符合率为62.5%,不同占37.5%(9/24)。系统发育和同源比较发现:水禽NDV流行株HN基因高度同源,同属Ⅶ型,而F基因则分属不同的基因型。通过对24株NDVF和HN基因氨基酸全长以及进行F基因分型的F基因47-420位核苷酸的同源性相关性比较证实:F基因前47-420位核苷酸的遗传变异与F基因氨基酸全长变异密切相关,r=0.916,但与HN基因的氨基酸变异不相关,显示出NDV在演变过程中F和HN基因具有相对的独立性。水禽NDV是家禽NDV的重要储存宿主,应高度重视水禽NDV的变异。
关键词： 新城疫病毒 F基因 HN基因 同源性 遗传变异 相关性
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鸡传染性支气管炎病毒山东株的遗传变异分析
《山地农业生物学报 》 2009
摘要：采用RT-PCR方法对1株传染性支气管炎病毒(Infectious Bronchitis Virus,IBV)Chicken-SD-E-04的S1和N基因进行扩增、克隆测序。通过序列分析发现:该分离株的N基因相对较为保守,与参考毒株的氨基酸同源性在87.1%~91.2%;从N基因的遗传关系树上分析显示Chicken-SD-E-04与其他多数分离株间及疫苗株的遗传距离较远。而就S1基因而言,分离株与参考毒株的氨基酸同源性在73.2%~80.1%;从S1基因的遗传关系树上分析发现Chicken-SD-E-04与疫苗株的遗传距离较远,且处于不同的分支上。其结果说明这株山东分离株具有明显的地域性;而且也从分子水平上证实了目前山东流行毒株与传统疫苗株的遗传距离较远。
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B型烟粉虱的入侵机理与控制基础——国家重点基础研究发展计划“农林危险生物入侵机理与控制基础研究”进展
《中国科学(C辑:生命科学) 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：针对B型烟粉虱入侵后的暴发性及生态系统的可侵入性,开展了B型烟粉虱的入侵机制、成灾机理和控制基础研究.结果显示,目前我国至少存在6种生物型(B,Q,ZHJ-1,ZHJ-2,ZHJ-3,FJ-1),其中B型烟粉虱在我国大部分地区、Q型烟粉虱在我国长江流域已成为优势种群,给蔬菜、花卉和棉花生产造成严重危害.寄主植物、地理环境及杀虫剂可诱导B型烟粉虱产生遗传分化,使其种群遗传结构发生快速演变;黄瓜和南瓜可诱导羧酸酯酶(CarE)和谷胱甘肽S-移酶(GSTs)活性升高,增强B型烟粉虱抗药性;植物次生物可诱导B型烟粉虱解毒酶活性升高.B型烟粉虱所具有的较强的高温胁迫适应能力和热激蛋白基因的表达与响应密切相关.B型烟粉虱可取代土著烟粉虱,B型烟粉虱与土著烟粉虱间的非对称交配干扰及其与植物双生病毒间的互利共生加剧了B型烟粉虱的入侵;特定条件下B型烟粉虱可取代温室粉虱,较强的逆境适应能力、较快的种群增长力可能是B型烟粉虱取代温室粉虱的主要机制;较强的对寄主转换的适应能力与B型烟粉虱寄主谱扩张有关.土著天敌对B型烟粉虱具有较强的控制潜能;B型烟粉虱3,4龄若虫及蜜露可诱导丽蚜小蜂产生强烈的搜索行为,若虫利它素在丽蚜小蜂寄主搜索和定位中具有重要作用.研究结果为阐明B型烟粉虱入侵种群在我国的遗传分化与快速演变机制和分子生态适应机制、探明种群形成与扩张过程中生态对策的调整及其效应提供了理论依据,为B型烟粉虱的生物生态控制途径和持续治理策略提供了保障。
野禽新城疫病毒F和HN基因的遗传变异趋势
《家畜生态学报 》 2009
摘要：野禽携带的新城疫病毒是新城疫流行传播的重要的潜在传染源。结合本实验室克隆测序的鸽NDV(PB9601)、企鹅NDV(QE01)以及GenBank下载的44株野禽(包括野鸭、鹦鹉、鸽子、天鹅、鸳鸯、雁、火鸡等)的NDV毒株的融合蛋白(Fusion gene,F)基因和血凝素蛋白(Hemagglutinin-neuraminidase gene,HN)基因分别进行了F蛋白裂解位点、基因分型以及F和HN基因氨基酸全长的遗传距离分析。结果表明:野禽感染NDV F基因的基因型以Ⅶ和Ⅵ为主,同时Ⅰ、Ⅱ、Ⅴ和Ⅸ多种基因型并存。同一种属、同一地区的毒株间的遗传距离较近,具有明显的种属性和区域性,且绝大多数分离株与经典毒株LaSota、V4、B1、TEX-48等的遗传距离相对较远;对HN基因的遗传进化关系分析得出了相似的结论。
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渤海黑牛和日本和牛mtDNAD-loop区遗传变异研究
《中国农业大学学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：研究渤海黑牛和日本和牛线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)的遗传变异。采用DNA测序技术测定了这2个品种17个个体mtDNA D-loop区全序列,从Genbank下载了31头日本和牛、9头渤海黑牛、2头欧洲普通牛、2头瘤牛以及21个其他中外黄牛品种mtDNA D-loop区全序列,用lasergene和Mega 4.0.1软件对所得的渤海黑牛和日本和牛57个个体的序列进行了遗传多样性研究,并对渤海黑牛、日本和牛、欧洲普通牛和瘤牛的mtDNAD-loop区全序列进行了同源性分析。以水牛为外群,对23个中外黄牛品种的聚类分析显示它们聚为2类:欧洲型原牛和瘤牛型原牛。渤海黑牛含有这2类的遗传背景,受到过瘤牛血缘渐渗的影响。而日本和牛则来源于欧洲原牛。结论:渤海黑牛和日本和牛mtDNA D-loop区具有丰富的遗传多样性,二者的亲缘关系很近;渤海黑牛含有普通牛和瘤牛的血统、受到过瘤牛血缘渐渗的影响;日本和牛属普通牛类型,欧洲原牛、朝鲜牛和我国北方的部分牛种对于日本和牛的形成可能都起到丰富种群的作用。
关键词： 渤海黑牛 日本和牛 mtDNA D-loop 遗传变异
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7株鸭肝炎病毒分离株及疫苗株的全基因组序列测定与变异分析
《畜牧兽医学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：为了分析中国鸭肝炎病毒(DHV)的遗传变异和进化关系,作者测定了中国不同地区分离的7株DHV及1株疫苗株的全基因组序列,并与公布的40株DHV序列进行比较分析。结果发现VP1变异程度较大,高变区主要集中在180-194位和213-219位;不同毒株的潜在N-糖基化位点存在较大差异。多数基因的进化分析均表现出一致的结果,测序的8个毒株均分布在同一个遗传谱系,属基因A型,与基因B型和基因C型遗传距离较远,不在同一分支上。而JYZ02株与R85952株的遗传距离最近,属同一个亚支,提示JYZ02株可能由毒株R85952演化而来。结合氨基酸序列相似性分析和代表毒株的血清交叉中和试验结果,表明近年分离并测序的上述7个毒株未发生抗原变异。从多毒株进化分析结果可以看出,血清1型DHV仍是我国流行的优势血清型。
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