科研产出
2024年监测中心第二季度禽病检测动态
《家禽科学 》 2024
摘要：2024年第二季度实验室共接收家禽临床送检样品1 924份。利用PCR或荧光定量PCR方法对家禽主要疫病病原进行检测，结果发现：鸡病原中，以免疫抑制和呼吸道疾病为主，其中位居前三位的是鸡传染性法氏囊病毒（IBDV）、鸡传染性支气管炎病毒（IBV）和环形病毒属病毒（Gyrovirus），阳性检出率分别为41.12%、19.63%和19.62%。分别对IBDV分离毒株VP2基因和IBV分离毒株S1基因进行遗传进化分析，发现2024年的IBDV流行株以超强毒株和新型变异株为主，GI-19基因型IBV仍是2024年流行的优势流行株。鸭病原中，鸭圆环病毒1型(DCV-1)占首位，阳性检出率为32.31%；其次为鸭新型呼肠孤病毒(D-REOV)和细小病毒（GPV），阳性检出率分别为23.08%和18.46%。鹅病原中，细小病毒（GPV）占居首位，阳性检出率为27.50%；其次为番鸭呼肠孤病毒（MD-REOV）和鹅星状病毒（GastV），阳性检出率分别为25.00%和22.50%。
关键词： 家禽 主要病原 PCR 荧光定量PCR 阳性检出率
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两个家蚕CPFL表皮蛋白基因的鉴定与表达分析
《山东农业科学 》 2024 北大核心
摘要：昆虫CPFL表皮蛋白是一类重要的结构蛋白.本研究通过生物信息学分析从家蚕基因组中鉴定出2 个CPFL基因,命名为BmHCP1 和BmHCP2.氨基酸序列分析发现,2 个蛋白在羧基末端均具有CPFL表皮蛋白典型的保守结构序列YGW以及重复序列AAH、AAPA、AAPV.进化树分析显示,2 个蛋白与鳞翅目昆虫艺神袖蝶(Heliconius erato)和柑橘凤蝶(Papilio xuthus)具有较高同源性.荧光定量PCR分析显示,BmHCP1和BmHCP2 存在组织、时相特异性表达,幼虫期在头部、中肠、表皮等组织中表达量较高;蛹期除翅原基、血淋巴、触角和足等组织外均有较高表达量;成虫期在足、触角、翅原基、表皮等组织中表达量较高;蛹期在大多数组织的表达量明显高于幼虫期和成虫期.研究结果为进一步探明家蚕表皮蛋白基因的功能奠定了基础.
关键词： 家蚕 CPFL表皮蛋白 序列分析 表达分析 荧光定量PCR
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鸭冠状病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用
《病毒学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为建立一种鸭冠状病毒(Duck coronaviruses,DuCoV)的临床快速诊断方法,根据鸭冠状病毒1b基因保守区域设计特异性引物,成功建立了用于检测鸭冠状病毒的特异性SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR方法.该方法特异性强、敏感性高、重复性好,对鸭冠状病毒有特异性扩增,最低检测限为8.04×100拷贝/μL,比普通PCR方法敏感10倍,批内变异系数与批间变异系数分别为0.28%~0.34%、0.25%~0.36%,均小于1%.对临床可疑鸭泄殖腔拭子进行检测,本方法与常规PCR方法的检测结果阳性符合率为100%,阴性符合率为96.43%,样本总符合率为97.62%.本研究建立的鸭冠状病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法,可用于鸭冠状病毒的临床快速诊断及流行病学监测.
关键词： 鸭冠状病毒 检测 SYBR Green Ⅰ 荧光定量PCR
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H13亚型禽流感病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及其应用
《病毒学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：H13亚型禽流感病毒以往只在海鸥、鸭等水禽中被发现,2018年,我们实验室报道了蛋鸡感染H13亚型禽流感病毒的证据,表明H13亚型禽流感病毒存在从水禽中溢出感染陆禽的风险,因而有必要加强对H13亚型禽流感病毒的监测。实时荧光定量PCR由于具有特异性强、灵敏度高、检测时间短等优点,在病原监测工作中得到了广泛应用。本研究以H13亚型禽流感病毒的HA基因作为靶基因,设计了一对特异性荧光定量PCR检测引物,通过特异性试验、敏感性试验等,建立了H13亚型禽流感病毒实时荧光定量PCR检测方法,并应用建立的检测方法对海鸥粪便样品进行核酸检测。实验结果发现,该检测方法的灵敏度为1.60×10~0拷贝/μL;该检测方法对H1、H3、H5、H6、H7和H9等6个亚型的禽流感病毒无交叉反应;该检测方法的敏感性是常规PCR的10倍;海鸥粪便样品中H13亚型禽流感病毒的核酸检测阳性率为18.8%。我们建立的H13亚型禽流感病毒实时荧光定量PCR检测方法具有灵敏度高、特异性强等特点,该检测方法可用于大量临床样品的快速检测,为H13亚型禽流感病毒监测工作的顺利开展提供了技术支撑。
关键词： H13亚型禽流感病毒 荧光定量PCR 检测 HA基因
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山东省盐渍化地区芦苇根际反硝化细菌群落结构研究
《山东农业科学 》 2021 北大核心
摘要：芦苇是山东省盐渍化地区常见的湿地盐生植物,对氮素转化以及氮去除有重要作用,其中微生物介导的反硝化过程被认为是主要的除氮机理。本研究以山东省不同盐渍化地区的芦苇根际土为材料,采用荧光定量PCR技术及高通量测序技术,对nirS、nirK及nosZ 3种基因型反硝化细菌的丰度以及nosZ基因型反硝化细菌的多样性、群落分布进行比较分析。结果表明,山东省盐渍化地区的芦苇根际中nosZ基因的拷贝数最高,昌邑和寿光地区的芦苇根际nirK基因拷贝数高于nirS,东营和滨州的芦苇根际nirS基因拷贝数高于nirK。固氮螺菌属（Azospirillum）是山东省盐渍化地区芦苇根际的优势反硝化细菌,尤其在昌邑（39.1%）和滨州地区（35.1%）,Oligotropha是寿光芦苇根际丰度最高的反硝化菌（27.3%）,假单胞菌属（Pseudomonas）是东营地区芦苇根际丰度最高的反硝化细菌（34.4%）。滨州地区的芦苇根际反硝化细菌多样性最高。昌邑和寿光两地的芦苇根际nosZ反硝化细菌群落结构相似,东营和滨州两地nosZ反硝化细菌群落组成差异较小。土壤的含盐量、Na+含量、含水量、总碳含量、铵盐以及pH值等环境因子均可影响芦苇根际nosZ基因型反硝化细菌的群落结构。
关键词： 芦苇 反硝化细菌 nirS、nirK、nosZ基因 荧光定量PCR 高通量测序
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鸭乙型肝炎病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用
《中国动物传染病学报 》 2021
摘要：本研究根据鸭乙型肝炎病毒（DHBV）基因组C基因序列设计一对特异性引物,建立一种快速检测DHBV的SYBR Green荧光定量PCR方法。该方法在7.8×102 copies/μL～7.8×108 copies/μL模板量时,呈现良好的线性关系,相关系数R2为0.999。利用该方法对来自山东不同地区的95份临床样品进行检测。结果显示,该方法特异性好,临床样品检测阳性率与常规PCR方法的符合率为97.9%,且灵敏度高于普通PCR约100倍。将该方法应用于DHBV感染雏鸭的动力学研究,结果表明,DHBV感染雏鸭11 d时病毒含量达到高峰,随后逐渐下降。该方法的建立不仅为临床提供一种对DHBV的快速准确的检测方法,也为药物有效评价时间点的选择提供了理论依据。
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黄河三角洲芦苇根际氨氧化微生物的空间分布
《山东农业科学 》 2020
摘要：芦苇是黄河三角洲常见的典型盐生植物,氨氧化微生物是硝化过程的主要驱动者.本研究以黄河三角洲不同地区的芦苇根际土为研究对象,采用荧光定量PCR技术及MiSeq高通量测序技术,基于arch-amoA及amoA基因对氨氧化古菌(AOA)及氨氧化细菌(AOB)丰度、多样性及群落分布进行比较分析.结果表明,昌邑(CY)、寿光(SG)、东营(DY)、滨州(BZ)4个采样点的芦苇根际土中均以AOA占主导,根际土中AOA丰度显著高于根周土.芦苇根际AOA多样性表现为寿光>滨州>东营>昌邑,AOB多样性表现为昌邑>滨州>寿光>东营.昌邑和寿光两地的芦苇根际AOA和AOB群落结构相似,东营和滨州两地的芦苇根际AOA和AOB群落组成差异较小.其中昌邑和寿光两地芦苇根际土中参与氨氧化过程的主要AOA类群为亚硝化球菌(Nitrososphaera),AOB类群为亚硝化弧菌属(Nitrosovibrio)和亚硝化螺菌属(Nitrosospira);滨州和东营两地的芦苇根际AOA类群主要为Nitrosopumilus,东营芦苇根际中的AOB几乎全为亚硝化螺菌属(Ni-trosospira),滨州芦苇根际中的AOB主要为亚硝化螺菌属(Nitrosospira)和亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas).可见,黄河三角洲芦苇根际氨氧化微生物的组成存在空间分布差异.
关键词： 黄河三角洲 芦苇根际 氨氧化微生物 amoA基因 荧光定量PCR 高通量测序
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黄河三角洲芦苇根际固氮微生物的空间分布特征
《河南农业大学学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：以黄河三角洲不同地区芦苇根际土为研究对象,采用荧光定量PCR技术及MiSeq高通量测序技术,对基于nifH基因的固氮菌丰度、多样性及群落分布进行比较分析.结果表明,黄河三角洲地区芦苇根际固氮微生物存在空间分布差异(P<0.001),丰度表现为东营(1.31*108 copies·g-1)>滨州(9.47*107 copies·g-1)>昌邑(2.39*106 copies·g-1)>寿光(1.59*106copies·g-1);α多样性表现为滨州>东营>寿光>昌邑.MiSeq高通量测序显示黄河三角洲芦苇根际固氮菌主要以变形菌门(Proteobacteria)为主,昌邑芦苇根际优势固氮菌属为农杆菌属(Agrobacterium),寿光根际优势固氮菌属为固氮螺菌属(Azospirillum),滨州芦苇根际优势固氮菌属分别为慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium),东营芦苇根际根际优势固氮菌属为慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium),基于UniFrac的聚类树分析发现滨州和东营间固氮菌群落组成以及结构差异较小,寿光与其他样本的差异性较大,总氮、含水量和含盐量是影响黄河三角洲地区芦苇根际固氮菌丰度、群落结构的主要环境因子.
关键词： 芦苇 根际微生物 固氮 荧光定量PCR 高通量测序
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牛传染性鼻气管炎病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立及应用
《中国预防兽医学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为快速定量检测牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV),本研究根据IBRV的gD基因保守序列,设计合成一对特异性引物,建立了能够快速检测IBRV的SYBRGreenⅠ荧光定量PCR方法.特异性试验结果显示,该方法与引起牛消化道和呼吸道疾病的其它几种病毒均无交叉反应,特异性较强;敏感性试验结果显示,该方法对质粒标准品的最低检出限达6.1×101拷贝/μL,敏感性较高且高于普通PCR方法;重复性实验结果显示,批内、批间变异系数均小于3.0%,重复性良好.利用该方法检测了3个规模化奶牛场送检的47份奶牛鼻拭子样品,结果显示检出了12份阳性样品,与常规PCR检测方法的相比,总符合率为97.87%.本研究建立的检测IBRV的SYBRGreenⅠ荧光定量PCR方法准确可靠,为IBRV的早期快速检测和定量分析提供了技术支撑.
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牛流行热病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立及应用
《中国兽医科学 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为建立牛流行热病毒(BEFV)的荧光定量PCR检测方法,本研究根据GenBank中已登录的BEFV的G基因保守序列设计了1对特异性引物.结果显示,建立的标准曲线线性关系较好,其相关系数为0.996 3.该方法仅对BEFV检测为阳性,表明其特异性强.该方法的检测下限约为4.0*10~1 copies/μL,比普通PCR敏感性高10倍.重复性试验结果显示,该方法的组内和组间变异系数均小于0.76%.利用本方法分别对45份牛病料样品进行检测,结果检出了11份阳性样品,表明所建立的荧光定量PCR方法准确可靠,可以用于BEFV的快速诊断和定量分析.
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