科研产出
野生鸟类新城疫病毒分离株的生物学特性和系统发育分析
《中国兽医学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：为了掌握野鸟新城疫病毒（NDV）的流行情况，2016年对山东东营黄河口湿地野鸟NDV进行了流行病学调查，共采集了352份健康野鸟的泄殖腔拭子，在鸡胚上进行病毒的分离鉴定，然后对分离株进行了生物学特性和遗传进化分析。结果显示，共分离到9株NDV,其中8个毒株MDT和ICPI分别为>96 h和≤0.5,为低毒力株；1个毒株MDT和ICPI分别为79 h和1.62,为中等毒力株。对F基因测序及序列分析显示9个分离株F蛋白裂解位点处氨基酸序列为112E-R-QE-R-L117或112G-R-Q-G-R-L117,具有典型的弱毒株特征。F基因系统发育分析将9个分离株分为ClassⅠ和ClassⅡ两类，其中6个分离株属于ClassⅠ,3株属于ClassⅡ,进一步分析显示6株ClassⅠ毒株中2株属于基因1.2型，4株属于基因1.1.1型，3株ClassⅡ毒株中1株属于基因Ⅰ型，2株属于基因Ⅱ型。结果表明，野鸟携带NDV非常普遍且基因型较广泛，Ⅰ类NDV仍是野鸟中的优势基因型。分离到2株与疫苗株LaSota同源的毒株，其中虽然1个分离株F蛋白裂解位点氨基酸基序与疫苗株LaSota一致，但生物学特性显示为中等毒力株，该毒株可能是在疫苗的选择压力下进化而来，对环境及家禽存在潜在的威胁。本研究为进一步了解野鸟携带NDV与家禽NDV传播、暴发之间的联系提供了依据。
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InDel在种间进化关系研究中的解析力初探
《花生学报 》 2020
摘要：系统发育分析是揭示物种间进化关系的重要方法.由于插入/缺失(Insertion/Deletion,InDels)变异情况的复杂性,大多数研究进行系统发育分析时往往只考虑单核苷酸碱基替换(Single nucleo-tide polymorphism,SNPs),忽略了InDels的遗传变异信息.为揭示InDels在系统发育分析中的解析力,本研究对花生属13个物种叶绿体基因组全序列的遗传变异信息(SNPs和InDels)进行统计和处理,首先依据全部SNPs变异所构建系统树的拓扑结构,确定的NJ树分支系统关系揭示所需SNPs饱和变异数目.结果显示,当SNP数目达到3000个之后,拓扑结构持续保持稳定.研究发现InDels能够增加系统发育树中某些节点的分辨率,但其解析力低于同等数目的SNP的解析力.综上,InDels作为主要遗传变异形式之一,能够为准确解析系统进化关系提供有力支持.
关键词： 系统发育分析 遗传变异 InDels信息 种间讲化
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黄河三角洲盐碱地花生根层土壤菌群结构多样性
《生态学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：花生属豆科固氮作物,具较强的抗旱耐盐性,土壤微生物在盐碱土生态系统中具有重要的生态功能.以花生平作、花生/棉花间作为对象,通过16S rRNA基因克隆文库技术分析了黄河三角洲滨海盐碱地花生旺盛生长期不同含盐量盐碱地和非盐碱地0-40cm根层非培养土壤微生物群落组成及其多样性,分析了盐碱地花生根层土壤细菌群落与非盐碱地花生根层土壤细菌群落的差异,为揭示盐碱地花生根层土壤微生物的多样性以及土地利用变化与生态环境效应间的关系奠定基础.利用免培养技术直接从土壤样品提取总DNA,针对细菌基因组16S rRNA基因的V3高变区进行PCR扩增;利用焦磷酸测序的方法对V3高变区PCR产物进行高通量测序,并对测序数据进行生物信息学分析.结果 表明,(1)黄河三角洲滨海盐碱土较高含盐量土壤中根层土壤微生物种类、优势种群数量和群落功能多样性较非盐碱土壤较为丰富.(2)盐碱土花生平作或花生//棉花间作两种种植方式基本不影响二者0-40cm根层土壤微生物优势类群;不同土壤类型和种植模式下,花生和棉花根层土壤中优势菌群均为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)和酸杆菌门(Acidobacteria)4种菌群,其总丰度为80%-90%.非盐碱土壤中花生根层的酸杆菌门(Acidobacteria)丰度是盐碱土壤中的3倍以上,嗜热油菌纲(Thermoleophilia)和放线菌纲(Actinomycetales)丰度远高于各种盐碱土壤花生平作和花生//棉花间作两种植模式下的花生根层土壤;非盐碱土平作花生0-40cm土层中Rubellimicrobium、Pontibacter和Lamia细菌则显著缺失.(3)土壤类型对土壤微生物菌群类型影响较大,聚类分析表明,10个土壤样本依据土壤含盐量高低和根系分布深度聚为3类,即非盐碱土壤归为1类,盐碱土壤根系密集分布层0-20cm、20-40cm各归为1类.
关键词： 土壤微生物群落 16S rRNA基因 系统发育分析
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花生膜联蛋白基因AhAnn1的克隆与表达分析
《华北农学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：为挖掘花生抗逆境胁迫相关基因,克隆抗逆相关膜联蛋白Annexin基因,以花生品种花育25号为试验材料,从已知抑制消减杂交文库中获得花生膜联蛋白Annexin类似基因片段,通过RACE技术获得Annexin基因5'-RACE片段。对5'-RACE序列和抑制消减杂交文库中已知基因片段进行拼接,设计特异引物通过逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增得到该基因,命名为AhAnn1。结果表明,AhAnn1全长为1 277 bp,开放阅读框为951 bp。根据编码区预测AhAnn1编码一条316个氨基酸组成的多肽,预测分子量为36.10 k Da,等电点为7.07。预测该基因编码的蛋白含有膜联蛋白Annexin保守结构域,定位于细胞质中。蛋白序列多重比对和系统发育分析表明,花生与大豆、苜蓿、鹰嘴豆等豆科植物中的膜联蛋白相似性最高,亲缘关系最近。荧光实时定量PCR结果显示,AhAnn1在根系和叶片中的表达量随干旱胁迫程度的增加而增加。由此推测AhAnn1是一种干旱胁迫应答基因,在花生逆境调控中发挥作用。结果为进一步研究花生AhAnn1基因的功能和花生抗逆境胁迫相关分子机理提供了理论基础。
关键词： 花生 膜联蛋白基因 干旱 系统发育分析 荧光定量PCR
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基于全基因组序列的黄瓜绿斑驳花叶病毒重组和系统发育分析
《植物病理学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：通过RT-PCR扩增了黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)济南分离物(CGMMV-JN)的基因组片段。序列测定结果表明CGMMV-JN基因组全长6 424核苷酸(nt),5'-和3'-UTR分别为60和176 nt,含有4个ORF,分别编码129 kDa和186 kDa复制酶相关蛋白、29 kDa移动蛋白及17.4 kDa外壳蛋白。CGMMV-JN与另外29个CGMMV分离物全基因组核苷酸序列一致率为90.0%~99.7%。重组分析发现韩国KOM(AF417243)、以色列EC(KF155231)、印度(DQ767631)和我国河北的CHB(KJ658958)4个分离物在RdRp编码区存在重组。系统发育分析结果表明,这些分离物可分成3个组。选择压力分析结果表明cp基因处于正选择,其它基因处于负选择。本文研究的结果为黄瓜绿斑驳花叶病毒的监测及防控提供了理论依据。
关键词： 黄瓜绿斑驳花叶病毒 重组 系统发育分析 全基因组序列
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花生FUSCA3基因的克隆与表达分析
《核农学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：为了挖掘花生品质性状相关功能基因,本研究以花生品种花育17号为试材,根据c DNA文库中已知的FUSCA3基因全长序列设计引物,通过RT-PCR克隆到该基因,命名为Ah FUSCA3。Ah FUSCA3全长为1 532 bp,开放阅读框ORF为1 134 bp,对应的基因组序列3 892 bp,由6个外显子和5个内含子组成,内含子剪接方式符合GT-AG剪接规则。根据编码区预测Ah FUSCA3编码一条378个氨基酸组成的多肽,预测分子量为42.3 k D,等电点为5.58。预测该基因编码的蛋白含有B3保守结构域,可能定位于细胞核中。蛋白序列比对和进化树分析表明,花生与大豆(Glycine max)、菜豆(Phaseolus vulgaris)、鹰嘴豆(Cicer arietinum)和苜蓿(Medicago truncatula)等豆科植物中的FUSCA3序列相似性最高,亲缘关系最近。荧光定量PCR结果显示,Ah FUSCA3基因表达量在花生荚果、种子发育的过程中呈现先增后降的趋势,推测Ah FUSCA3基因在花生胚胎形成和发育过程中发挥重要作用。本研究为阐明花生胚胎发育过程和油脂代谢机制提供了理论基础,为花生品质改良育种提供了新的基因资源。
花生果糖-1,6-二磷酸醛缩酶基因AhFBA1的克隆与表达
《作物学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：以花生品种花育33为试材,根据cDNA文库中已知的果糖-1,6-二磷酸醛缩酶(fructose-1,6-bisphosphate aldolase,FBA)基因全长序列设计引物,通过RT-PCR克隆到该基因,命名为AhFBA1。AhFBA1全长为1489 bp,开放阅读框为1200 bp,编码400个氨基酸。预测该基因编码的蛋白含有Glycolytic保守结构域,可能定位于叶绿体中。蛋白序列比对和进化树分析表明,花生与大豆(Glycine max)、苜蓿(Medicago truncatula)、鹰嘴豆(Cicer arietinum)和菜豆(Phaseolus vulgaris)等豆科植物中的FBA序列相似性最高,亲缘关系最近。荧光定量PCR结果显示,在高盐和干旱胁迫下,AhFBA1在花生叶和根中的表达均受明显诱导,说明该基因可能参与花生对高盐和干旱胁迫的适应性调控;AhFBA1在花生根和叶中均受ABA的明显诱导,说明该基因对花生非生物胁迫的调控可能是依赖ABA的。
关键词： 花生 果糖-1,6-二磷酸醛缩酶 克隆 系统发育分析 非生物胁迫 荧光定量PCR
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花生果糖-1;6-二磷酸醛缩酶基因AhFBA1的克隆与表达
《作物学报 》 2014 CSCD
摘要：以花生品种花育33为试材,根据cDNA文库中已知的果糖-1,6-二磷酸醛缩酶(fructose-1,6-bisphosphatealdolase,FBA)基因全长序列设计引物,通过RT-PCR克隆到该基因,命名为AhFBA1。AhFBA1全长为1489bp,开放阅读框为1200bp,编码400个氨基酸。预测该基因编码的蛋白含有Glycolytic保守结构域,可能定位于叶绿体中。蛋白序列比对和进化树分析表明,花生与大豆(Glycinemax)、苜蓿(Medicagotruncatula)、鹰嘴豆(Cicerarietinum)和菜豆(Phaseolusvulgaris)等豆科植物中...
铃木氏果蝇不同地理种群中Wolbachia的检测和系统发育分析
《昆虫学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：铃木氏果蝇Drosophila suzukii是原产于东南亚地区的重要果树害虫,近年来传入北美和欧洲等地区造成严重的危害。本研究利用Wolbachia的16S rDNA和wsp基因特异引物(分别为16S-F/16S-R和81F/691R)对铃木氏果蝇7个地理种群(中国的5个种群、韩国的1个种群和美国的1个种群)的Wolbachia进行了PCR检测并对检测结果进行了比较;对感染个体体内Wolbachia的16S rDNA基因片段进行测序,确定了我国铃木氏果蝇体内Wolbachia的分类地位。基于Wolbachia的16S rDNA基因特异引物检测结果发现,我国5个铃木氏果蝇种群广泛感染Wolbachia(感染率36.7%～80.0%),而韩国和美国2个种群均未检测到该菌的感染。而利用wsp基因特异引物无法检测到该菌。基于Wolbachia的16S rDNA基因构建系统发育树表明,我国铃木氏果蝇种群感染的Wolbachia全部属于A组。这些结果为研究Wolbachia感染对铃木氏果蝇生物学及生态学的影响奠定了基础。
关键词： 铃木氏果蝇 地理种群 内共生菌 Wolbachia 16S rDNA wsp 系统发育分析
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布氏乳杆菌PG-7去除胆固醇和抗氧化能力的研究
《山东农业科学 》 2013
摘要：从糖蒜中筛选分离到的一株具有降胆固醇和抗氧化能力的产乳酸菌株PG-7,该菌对胆固醇的去除率为58.1%,对DPPH自由基和超氧自由基的清除率分别为91.7%和16.2%。克隆了PG-7的16S rD-NA序列,并以其同源性为基础构建了相关属种的系统发育树。结果表明,该菌16S rDNA序列全长1 638 bp,BLAST显示该菌株与乳杆菌属同源;PG-7菌株在进化关系上与布氏乳杆菌属(Lactobacillus buchneri)聚成一族。将其鉴定为布氏乳杆菌属,命名为:Lactobacillus buchneri PG-7。
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