科研产出
野生种花生GLP家族基因的鉴定与特征分析
《花生学报 》 2020
摘要：GLP是一类普遍存在于植物界的cupin超家族基因,在调控植物生长发育和抗逆反应中起到多种重要作用.本研究从全基因组水平研究野生种花生GLP基因家族,共鉴定出38个GLP基因.结构域分析显示,绝大多数花生GLP都含有保守的cupin保守结构;基因结构和系统发育分析表明38个花生GLP家族基因分成Subfamily I、Subfamily II和Gymosperm subfamily 3个亚家族,分别有20个、10个和8个成员,其中Subfamily I内含子/外显子结构较一致,无显著差异;Gymosperm sub-family中GLP基因内含子长度差异最大,最长达6.3 kb;Subfamily II中的基因内含子数量差异最显著,最多达5个.说明基因结构与系统进化有一定的关系.染色体定位分析显示,花生GLP基因在花生17条染色体中的分布呈不均匀性,存在5个基因簇,其中染色体A06上分布最多,为9个;其次是B06,分布6个.基因表达分析显示,在22个不同的组织中,仅有8个野生种花生GLP家族基因呈现出差异表达,其中6个属于Subfamily II,且表达总量显著高于其他基因,而Subfamily I成员均未检测到表达.该结果将为今后花生GLP家族基因的功能研究与利用提供参考.
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PurH基因在大蒲莲猪及其杂交后代肌肉中表达及其与肌苷酸含量关联分析
《家畜生态学报 》 2020 北大核心
摘要：旨在研究PurH基因在大蒲莲及其杂交组合猪肌肉中的表达差异,并与肌苷酸含量进行相关性分析,为探讨肌苷酸代谢基因PurH与重要风味物质的关系奠定理论基础.选择95.0 kg体重大蒲莲猪(DPL)、长白*大蒲莲猪(LDPL)、杜洛克*长白*大蒲莲猪(DLDPL)各8头,屠宰后取背最长肌,提取总RNA.应用荧光定量PCR(qPCR)对11个常用的候选内参基因和PurH基因表达量进行检测,同时利用高效液相色谱测定肌肉中肌苷酸含量.结果表明:(1)geNorm软件评价分析显示,YWHAZ和RPL4是肌肉中表达最稳定的内参基因,可利用其表达量的几何均值标准化PurH基因表达量;(2)肌肉中肌苷酸含量依次为DPL>LDPL>DLDPL,DPL分别比DLDPL和LDPL提高25.35%(P<0.05)和15.93%(P>0.05),DPL、LDPL肌肉中PurH基因表达量分别比DLDPL增加50.00%和25.00%(P<0.05),DPL肌肉中PurH基因表达量比LDPL增加20%(P>0.05);(3)DPL、LDPL、DLDPL背最长肌中肌苷酸含量与PurH基因表达量变化趋势一致.相关性分析发现,肌苷酸含量与PurH基因表达量显著正相关.研究揭示,肌肉中PurH基因mRNA表达量和肌苷酸含量依次为DPL>LDPL>DLDPL,而且PurH基因表达量与肌肉肌苷酸含量呈显著正相关,为培育富含肌苷酸的优质猪肉提供理论支撑.
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燕山葡萄MAPK基因的克隆、亚细胞定位及表达分析
《农业生物技术学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：促分裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase, MAPK)级联途径在植物的生长发育和应答逆境的信号传导中起着重要作用,但有关MAPK家族成员在中国野生葡萄(Vitis sp.)中的作用研究较少。本研究从中国野生燕山葡萄(Vitis yeshanesis)中获得2条MAPK新基因VyMAPK2和VyMAPK3(GenBank No. MK942078; MK942077),对其进行生物信息学及亚细胞定位分析,并进行生长调节剂及干旱、高盐和低温等逆境处理下的表达分析。VyMAPK2和VyMAPK3蛋白序列中包含MAPK家族所特有的11个保守蛋白激酶亚结构域、TEY基序、活化环(activition-loop)、停靠区域(common docking domains)、磷酸化环(P-loop)和催化位点(C-loop)等结构域,分别归属于MAPK家族的B和A亚家族。亚细胞定位分析表明,VyMAPK2蛋白主要分布在细胞核,VyMAPK3蛋白也主要分布在细胞核,但在细胞质中也有分布基因表达分析显示,VyMAPK2表达量在根中最高,VyMAPK3表达量在叶中最高;生长调节剂处理下,生长素、赤霉素、细胞分裂素、乙烯、脱落酸、水杨酸和茉莉酸甲酯均能够显著诱导VyMAPK3基因的表达(P<0.05),而VyMAPK2的表达变化不明显;在逆境下,干旱、高盐和低温均能够显著诱导VyMAPK3基因的表达(P<0.05),而VyMAPK基因仅受干旱的诱导。以上结果表明,VyMAPK3基因在燕山葡萄生长发育和抵御外界逆境胁迫方面起着重要的作用,此研究有助于了解中国野生葡萄的抗逆机制,为葡萄抗逆育种提供基因资源。
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花生生长素响应因子基因AhARF3的克隆与表达分析
《山东农业科学 》 2019
摘要：生长素响应因子(auxin response factor, ARF)是调控生长素响应基因表达和信号转导的一类转录因子,在植物生长发育的各个阶段均起重要的调节作用.本研究基于花生种子萌发前后转录表达差异分析,克隆到1个生长素响应因子基因AhARF3.序列分析结果显示,该基因的ORF区为2 115 bp,编码704个氨基酸,推测相对分子量为72.92 kD,等电点6.86.不同器官表达谱分析结果显示,AhARF3为组成性表达,茎中的表达量最高,根与花中的表达量较低且近似,干种子中最低.种子萌发过程的表达分析显示,萌发10~72 h的种子中AhARF3表达量均比干种子中极显著增加,尤其是萌发48~72 h,AhARF3的表达水平不仅比萌发前期各阶段种子中的大幅上调,与根、茎、叶、花及各发育阶段的种子相比,也具有明显的表达优势.
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苹果WUSCHEL-related homeobox(WOX)家族基因的鉴定与分析
《园艺学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：利用生物信息学方法和苹果基因组数据库,鉴定并分析了12个苹果WUSCHEL-related homeobox(WOX)家族基因。系统进化树分析表明,苹果WOX家族和拟南芥WOX家族可被分为现代分支(WUS分支)、中间分支和祖先分支;苹果WOX家族成员均含有1个motif-1,不同分支的成员含有其分支特异的motif;基因结构分析显示,苹果WOX家族基因含有2～4个外显子,染色体定位发现11个基因分别定位在苹果的7条染色体上,1个基因无准确定位。基因表达模式分析表明,12个基因在苹果各组织中均有表达,且在果实中的表达量较高;密码子偏好性分析显示,苹果WOX家族基因的偏好性较弱。
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花生AhbHLH63基因的克隆与表达分析
《山东农业科学 》 2019
摘要：bHLH转录因子在调节植物生长发育中起着重要作用.本研究利用转录组测序结果从栽培种花生丰花1号中克隆得到AhbHLH63基因.序列分析显示,AhbHLH63基因有两个剪接体AhbHLH63-1.1和AhbHLH63-1.2,其ORF分别长1 188 bp和1 152 bp,分别编码395个氨基酸和383个氨基酸组成的蛋白.亲缘关系分析表明,AhbHLH63蛋白含有一个预测的bHLH结构域,与其他植物的bHLH63具有较高的同源性,与苜蓿等的同源蛋白亲缘关系较近.实时荧光定量PCR分析表明,AhbHLH63-1.1和AhbHLH63-1.2表达模式基本一致,均为组成型表达,在花中表达量最高,茎和叶中次之,在根中表达量最低;在花生种子的不同发育时期,发育中期表达量较高.
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花生MAPK13基因的克隆及表达分析研究
《花生学报 》 2019
摘要：为了挖掘花生抗果腐病相关基因,本研究以花生品种花育20号为试验材料,从花生果腐病转录组文库中筛选出促丝裂原活化蛋白激酶13(MAPK13)基因编码区序列设计引物,通过RACE-PCR克隆得到AhMAPK13基因.结果表明AhMAPK13基因序列全长1818 bp,含有3'非编码区593 bp,5'非编码区122 bp,开放阅读框全长1104 bp,编码1条含有368个氨基酸的蛋白序列.预测其分子量为42.5kDa,含有MAPK家族典型的11个结构域,属于MAPK基因家族B组成员.亚细胞定位显示AhMAPK13定位于细胞质和细胞核中.RT-qPCR分析发现AhMAPK13基因在茎中表达量高于其他组织,说明该基因具有组织表达特异性;AhMAPK13基因受干旱、低温、NaCl、ABA诱导时表达量上升,说明该基因可能广泛参与植物非生物胁迫响应过程;AhMAPK13基因受JA、GA、ET、SA诱导时表达量上调,说明该基因可能参与到这些激素介导的抗逆信号转导途径.本研究结果为花生抗果腐病育种研究提供了新的基因资源.
关键词： 花生 促丝裂原蛋白活化激酶基因13 基因克隆 表达分析 亚细胞定位
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集胞藻Synechocystis sp. PCC 6803 slr1501的克隆及原核表达分析
《山东农业科学 》 2019
摘要：组蛋白乙酰基转移酶上调表达与抗逆性有一定相关性。集胞藻Synechocystis sp. PCC 6803 Slr1501是一个未知蛋白,预测其属于组蛋白乙酰基转移酶GNAT家族N-乙酰基转移酶。为了进一步明确slr1501基因功能,本研究从集胞藻6803中克隆slr1501基因,成功构建了pET-28a(+)-slr1501原核表达载体,并转化至大肠杆菌BL21(DE3)进行分析。经1 mmol/L IPTG诱导2 h后Slr1501蛋白成功表达,表达量随诱导时间的延长而增加,且主要以包涵体形式表达。Western blot检测结果显示Slr1501重组蛋白特异性表达。本试验结果为进一步研究该基因的功能奠定了基础。
关键词： 集胞藻6803 乙酰基转移酶 slr1501 原核表达 基因功能
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猪圆环病毒2型Cap蛋白原核表达载体的构建、表达及蛋白纯化
《黑龙江畜牧兽医 》 2019 北大核心
摘要：为了表达并纯化猪圆环病毒2型(Porcine circovirus 2,PCV-2)Cap蛋白,试验将ORF2基因的密码子改造为大肠杆菌嗜好的密码子,但编码的氨基酸序列不变。合成优化后将ORF2基因全部基因序列,克隆于pET-30a原核表达载体并转化至大肠杆菌BL21中,经PCR和测序鉴定阳性克隆后,采用IPTG诱导表达目的蛋白。优化蛋白表达条件,采用Ni-NTA亲和层析胶纯化目的蛋白。结果表明:基因序列合成正确,无点突变。重组质粒成功转化入大肠杆菌BL21中,经诱导表达出现约37 ku的蛋白条带,与预期分子量大小一致。优化表达条件后,加入终浓度为1.2 mmol/L IPTG诱导6 h,表达产物含量最高。经Western-blot检测,能被PCV-2抗体阳性血清结合。说明成功构建了PCV-2 Cap蛋白的原核表达质粒pET-30a-ORF2,优化了表达条件并纯化出目的蛋白。
关键词： 猪圆环病毒2型 Cap蛋白 ORF2 原核表达 优化条件 纯化
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葡萄全基因组WRKY转录因子鉴定和分析
《黑龙江农业科学 》 2019
摘要：为鉴定和分析葡萄全基因组中WRKY家族转录因子基因,利用生物信息学的方法,分析葡萄全基因组WRKY转录因子类型、进化分析、染色体定位、基因结构、保守元件和基因表达模式。结果表明:葡萄全基因组中有56个WRKY转录因子。序列比对和系谱进化表明,分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ三个组,Ⅱ组分为Ⅱ-a、Ⅱ-b、Ⅱ-c、Ⅱ-d和Ⅱ-e五个亚组。染色体定位表明,存在串联复制和分布不均现象,但是在3号染色体上无该家族基因定位。结构域和保守元件分析都说明葡萄WRKY(VvWRKY)家族的WRKY结构域是高度保守的。葡萄叶片中基因表达模式分析表明,VvWRKY家族的部分基因参与非生物胁迫。
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