科研产出
利用已知植物R基因对大豆基因组抗病候选基因的预测
《中国油料作物学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：用已知的52个抗病基因的全长蛋白质序列在GenBank中对大豆(Glycine maxL.)ESTs进行tb lastn检索,得到的ESTs具备Score≥100和E-value≤10-10作为侯选的抗病基因同源ESTs(R-gene-likeESTs),利用Phrap软件进行聚类拼接,聚类后的un igene在GenBank数据库中通过B lastx来证实其可能的抗病功能。通过该方法,得到403条与抗病基因同源的ESTs,其中有33个推导编码产物含有NBS-LRR或TIR-NBS-LRR结构域;102条推导的编码产物含有LRR或PK/LRR结构域;254条推导的编码产物含有PK结构域;其它结构域有14条。证明了应用全长序列进行数据库检索的方法是一种快速高效的基因预测方法,得到的RGA数量多类型丰富,为R基因的克隆提供了一种新思路。
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冬枣两个ACC氧化酶基因的cDNA克隆及其表达模式
《园艺学报 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：根据植物ACC氧化酶(ACO)家族的氨基酸和核苷酸保守区序列设计简并引物,采用3′RACE技术从半红期冬枣果实中分离了两个ACO同源基因片段,随后通过PCR技术进一步获得了两个包含完整开放阅读框(ORF)及3′端非编码区(UTR)序列的ACO基因的cDNA,即ZjACO1和ZjACO2。两个基因序列在GenBank中的登录号为EU216549和EU216550,其大小分别为1115bp和1105bp,编码蛋白大小分别为319个和321个氨基酸。ZjACO1和ZjACO2在核苷酸和氨基酸水平上的同源性分别为79.4%和84.0%。Northern杂交结果表明,这两个基因在冬枣叶片中不表达,在果实不同发育阶段中的表达具有明显差异。
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改进的拟南芥CAPS标记方法
《农业生物技术学报 》 2005 CSCD
摘要：在模式植物拟南芥(A rabidopsis thaliana)的一种生态型Columbia (Col)中,存在大多数CAPS(切割扩增的多态性序列)标记的标记酶识别位点;而用于分析的酶中,只有37.5% ～47.5% 的酶在Col基因组的扩增区段存在酶识别位点,超过半数的酶在大多数CAPS 标记的开发中无作用。因此,建立了一种改进的开发CAPS 标记的方法。首先进行限制性内切酶分析,筛选出在Col基因组的扩增区段存在酶识别位点的候选酶,然后再在候选酶中筛选CA PS 标记酶;只有在候选酶中找不到CAPS标记酶时,才在其它酶中筛选。应用实验结果表明,即使不知道拟南芥的另两种生态型Landsberg erecta (Ler)和Cape Verde Is-lands(Cvi)的基因组序列,也可利用Col基因组序列开发Ler和Cvi的CAPS 标记,可节约超过50% 酶的费用。这种基于基因组的CAPS(geCA PS)方法在其它植物如水稻(O ryza sativa)和茶叶(Cam ellia sinensis)中的应用进行了讨论。
关键词： 植物 拟南芥 基因组 CAPS(切割扩增多态性序列) 分子标记 限制性内切酶
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甘薯羽状斑驳病毒分子生物学研究概况
《山东农业大学学报(自然科学版) 》 2001 北大核心 CSCD
摘要：近些年来甘薯羽状斑驳病毒 (SPFMV)分子生物学有了较深入的研究。如整个基因组的全序列、整个基因组作为一个可译框架 (ORF)的某些精细结构和特点、各个功能蛋白的结构和功能 (如蚜传机理 )、基因组组分与其它马铃薯Y病毒属 (PVY)成员的同源性比较、该病毒在PVY属病毒成员的分类地位等都有所涉及。了解这些为利用分子生物学手段对该种病毒进行鉴定、检测和加强抗SPFMV病毒基因工程的研究 ,开辟甘薯等抗病毒育种新途径具有重要意义
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