科研产出
丹参基因组SSR的开发及其多态性分析
《时珍国医国药 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：目的通过开发丹参基因组SSR标记并验证其有效性,为丹参的分子标记的开发应用提供依据。方法利用Illumina-HiSeq 2000高通量测序技术对山农丹参1号(SNDS1)进行简化基因组测序,对得到的序列利用生物信息学手段进行拼接后查找开发SSR;利用PCR技术检测引物扩增效率。结果共获得2.40Gb的丹参基因组序列,设计开发重复单元长度为2～6碱基的SSR 6000多个;其中2碱基重复和3碱基重复的微卫星单元较丰富;合成600对SSR引物,在丹参上的有效扩增率达85%,经双亲和杂交子代验证其中53%以上的标记具有多态性。结论开发的基因组SSR具有较高的多态性,这在一定程度上大大丰富了在丹参上可以利用的基因组SSR标记。
关键词： 丹参 基因组SSR HiSeq 2000 微卫星 多态性
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黑腹果蝇和斑翅果蝇肠道可培养的细菌多样性分析
《中国农学通报 》 2019
摘要：为了了解斑翅果蝇Drosophila suzukii和黑腹果蝇D. melanogaster可培养的肠道细菌多样性。本研究将2种果蝇卵中及幼虫、蛹和成虫肠道中的细菌分别分离纯化,并利用16srDNA基因分析的方法鉴定。结果显示,在2种果蝇的不同发育阶段中,卵中的细菌数量最少,而幼虫肠道中最多,且斑翅果蝇中细菌的数量显著多于黑腹果蝇。2种果蝇共分离出31种细菌,以变形菌门细菌为主。斑翅果蝇和黑腹果蝇中细菌的种类分别为20和21种,其中相同种类的细菌为13种。斑翅果蝇肠道内比较稳定的细菌种类为弗氏柠檬酸杆菌Citrobacter freundii、产酸克雷伯菌Klebsiella oxytoca、金黄杆菌属Chryseobacterium sp.、形赖氨酸芽孢杆菌Lysinibacillus fusiformis,黑腹果蝇肠道内比较稳定的细菌种类为醋酸菌Acetobacter thailandicus、类芽孢杆菌Paenibacillus taichungensis、雷氏普罗威登斯Providencia rettgeri、摩氏摩根菌Morganella morganii。因此,不同发育阶段的斑翅果蝇和黑腹果蝇肠道中细菌的数量和种类均有差别。
关键词： 斑翅果蝇 黑腹果蝇 肠道 共生菌 多样性 发育阶段
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不同生草处理对苹果园土壤微生物群落的影响
《应用生态学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：以自然生草为对照,采用高通量测序技术分析种植黑麦草、白三叶、鼠茅草和长柔毛野豌豆对山东省阳谷县苹果园土壤微生物群落的影响,并揭示其与土壤养分含量及理化性质的相关性.结果表明:种植黑麦草可提高土壤中链格孢菌和曲霉的相对丰度,白三叶处理可提高土壤赤霉的相对丰度,鼠茅草处理可增加土壤短梗菌属和毛壳属真菌的相对丰度,长柔毛野豌豆处理可增加土壤亚硝化螺菌和绿僵菌等有益菌的相对丰度,而自然生草则会使土壤青枯菌等病原细菌数量增加.Spearman相关性分析发现,土壤芽孢杆菌与有机质呈极显著正相关;曲霉与速效磷、速效钾和阳离子交换量(CEC)、有机质呈显著负相关;绿僵菌与pH、CEC呈显著正相关.研究表明,苹果园行间种植长柔毛野豌豆,有助于在一定程度上提高土壤有机质及养分含量,改善土壤微生态环境.
关键词： 果园生草 高通量测序 相对丰度 多样性指数 土壤养分
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1980s-2010s华北夏谷区主栽谷子品种SSR遗传多样性分析
《植物遗传资源学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：通过对20世纪80年代以来具有代表性的华北夏谷区审(鉴)定的20个主栽谷子品种进行SSR标记多态性分析,研究了华北地区育成谷子品种的遗传多样性。49对引物在20个谷子品种中扩增出具有多态性的条带,共检测出142个等位变异,平均每个位点检测出的等位变异数为2.96个。标记位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.0904～0.6896,平均为0.4168。20份材料间的遗传距离变幅为0.0173～0.9000,聚类分析将其分成3个类群,其中谷丰1号自成一类,表明谷丰1号的遗传距离较其他品种大。不同年代谷子品种间遗传距离分析结果显示,各年代品种之间的平均遗传距离由大到小依次是1980s>1990s>2000s>2010s,表明随着年代的递进育成品种的遗传差异减小,亲缘关系增近。
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“使它隆”对玉米根部不同微生环境细菌群落多样性的影响
《微生物学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】研究除草剂"使它隆"施用后对玉米根部不同微生环境细菌群落结构和多样性的影响。【方法】利用Illumina Miseq高通量测序技术,对玉米根系内生菌、根际和非根际土壤细菌16S rRNA的V4–V5可变区序列进行测定,分析不同生长期喷施除草剂使它隆对玉米土壤细菌及根系内生菌群落结构和多样性的影响。【结果】本研究15个样品共得到544393条有效序列,333565条优质序列。多样本共有OTU分析表明,非根际和根际土壤的群落结构更为相似,在一定程度上说明玉米根部相关细菌的定殖具有选择性并且是从根际到根系逐步专一化。丰度等级曲线和Alpha多样性结果显示非根际和根际土壤群落的丰富度和均匀度较高,而玉米根系内生菌群落的丰富度和均匀度都比较低,且成熟期玉米根系内生菌群落的丰富度在施用除草剂使它隆后下降比较剧烈。群落组成分析发现,使它隆除草后,玉米根部相关细菌各时期在门及属水平上的分布都发生了较大变化。菌群代谢功能预测结果表明玉米生长从苗期到成熟期,微生物的生长压力逐渐加大,需要消耗更多的能量用于新陈代谢和环境适应。【结论】施用除草剂使它隆后会降低玉米根部土壤细菌群落的多样性,使它隆对成熟期玉米根系内生菌群落影响最为显著。
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山东省济宁青山羊群体遗传多样性分析
《山东农业科学 》 2019
摘要：为了解近年来山东省对济宁青山羊品种资源保护效果,采用微卫星DNA标记技术,对山东省境内的4个济宁青山羊群体进行了遗传多样性和遗传分化分析.结果显示:24个微卫星位点在4个群体135个个体中共检测到159个等位基因,平均每个位点6.6个;4个群体的PIC在0.6016~0.6653之间,群体的He在0.6750~0.7559之间,但是群体的Ho均低于He,LWQ最低(0.5375),JXQ最高(0.6260);群体分化系数(Fst)为0.0774,基因流(Nm)分析表明每世代4个群体间有效迁移个体数为1.8905;遗传距离和遗传相似性指数分析表明,SXQ、HHQ和JXQ群体间具有较近的亲缘关系,而与LWQ群体间遗传距离相对较远.结果表明:济宁青山羊群体遗传多样性丰富,群体间存在一定的基因交流,遗传分化水平较低,但4个群体都存在不同程度的近交,SXQ和LWQ群体的近交程度较高,所以在实际工作中,应注意扩大群体数量,避免近交衰退.
关键词： 济宁青山羊 微卫星 资源保护 遗传多样性 遗传分化
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采用ISSR和SRAP综合分析灰树花的遗传多样性
《食用菌学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：通过菌丝拮抗实验观察灰树花(Grifola frondosa)菌株间拮抗反应及其类型和程度,采用简单序列重复区间(inter-simple sequence repeat,ISSR)和序列相关扩增多态性(sequence-related amplified polymor-phism,SRAP)分子标记对灰树花基因组DNA进行PCR扩增,对42株灰树花的遗传多样性进行综合分析.结果表明:拮抗实验将42株灰树花分为17组;筛选出的14条ISSR和11对SRAP引物分别扩增出369条和219条清晰条带,多态性条带平均比率分别为84.01%和81.28%;ISSR和SRAP两种分子标记的综合聚类分析结果较单独分析更准确,当遗传相似系数为0.779时,可将42株灰树花划分为6大类群,表明本研究中选取的42株灰树花菌株的遗传多样性丰富,为杂交育种的亲本选择提供了分子水平的依据.
关键词： 灰树花 拮抗反应 简单序列重复区间 序列相关扩增多态性 遗传多样性
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贮藏期蒜薹表面真菌群落组成分析
《植物保护 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：蒜薹作为一种传统常年供应的蔬菜深受喜爱,由于贮存时间长,贮存过程中会有多种真菌产生,导致蒜薹失去经济价值.本文通过提取贮藏期蒜薹表面真菌的基因组DNA,经Illumina平台对7个样本的ITS扩增子进行测序,共获得2 418 016条raw reads,51个OTUs.通过OTU物种注释和物种丰度聚类,优势真菌属组成为:青霉菌属Penicillium 81.08%,未知子囊菌15.13%,耐冷酵母Mrakia 1.74%,小球壳属Mycosphaerella 1.02%.青霉菌是贮藏蒜薹后期表面的主要真菌.
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棉花不同部位内生真菌群落结构及多样性分析
《中国棉花 》 2019
摘要：对山东省济阳、茌平、曹县、郓城棉花叶、茎、铃的内生真菌群落结构和多样性进行分析。结果表明,棉叶的内生真菌定植率最高。4个地区共分离出79个菌株,归属于16个属。依据内生真菌相对分离率,济阳棉叶的优势属为链格孢属(37.50%)和毛球腔菌属(37.50%),棉茎的优势属为镰刀菌属(28.55%),棉铃的优势属为中国炭疽菌属(100.00%);茌平棉叶、棉茎、棉铃的优势属均为链格孢属(57.14%、33.34%、100.00%);曹县棉叶、棉茎、棉铃优势属均为链格孢属(66.67%、100.00%、100.00%);郓城棉叶、棉茎的优势属为链格孢属(80.00%、100.00%),棉铃的优势属为黑孢子菌属(44.44%)。4个地区叶、茎、铃的Shannon-Weaver指数(H)、Evenness指数(E)、Margalet丰富度指数(R)高低顺序不一致。各地棉花叶、茎、铃的内生真菌相似程度不同。
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