科研产出
山东省济宁青山羊群体遗传多样性分析
《山东农业科学 》 2019
摘要：为了解近年来山东省对济宁青山羊品种资源保护效果,采用微卫星DNA标记技术,对山东省境内的4个济宁青山羊群体进行了遗传多样性和遗传分化分析.结果显示:24个微卫星位点在4个群体135个个体中共检测到159个等位基因,平均每个位点6.6个;4个群体的PIC在0.6016~0.6653之间,群体的He在0.6750~0.7559之间,但是群体的Ho均低于He,LWQ最低(0.5375),JXQ最高(0.6260);群体分化系数(Fst)为0.0774,基因流(Nm)分析表明每世代4个群体间有效迁移个体数为1.8905;遗传距离和遗传相似性指数分析表明,SXQ、HHQ和JXQ群体间具有较近的亲缘关系,而与LWQ群体间遗传距离相对较远.结果表明:济宁青山羊群体遗传多样性丰富,群体间存在一定的基因交流,遗传分化水平较低,但4个群体都存在不同程度的近交,SXQ和LWQ群体的近交程度较高,所以在实际工作中,应注意扩大群体数量,避免近交衰退.
关键词： 济宁青山羊 微卫星 资源保护 遗传多样性 遗传分化
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丹参基因组SSR的开发及其多态性分析
《时珍国医国药 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：目的通过开发丹参基因组SSR标记并验证其有效性,为丹参的分子标记的开发应用提供依据。方法利用Illumina-HiSeq 2000高通量测序技术对山农丹参1号(SNDS1)进行简化基因组测序,对得到的序列利用生物信息学手段进行拼接后查找开发SSR;利用PCR技术检测引物扩增效率。结果共获得2.40Gb的丹参基因组序列,设计开发重复单元长度为2～6碱基的SSR 6000多个;其中2碱基重复和3碱基重复的微卫星单元较丰富;合成600对SSR引物,在丹参上的有效扩增率达85%,经双亲和杂交子代验证其中53%以上的标记具有多态性。结论开发的基因组SSR具有较高的多态性,这在一定程度上大大丰富了在丹参上可以利用的基因组SSR标记。
关键词： 丹参 基因组SSR HiSeq 2000 微卫星 多态性
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4个肉牛品种微卫星多态性分析
《中国畜牧兽医 》 2018 北大核心
摘要：本研究探讨了引进牛种(西门塔尔牛、利木赞牛)和山东地方黄牛(鲁西黄牛、利鲁牛)在20个微卫星位点上的多态性。试验从不同地区的种公牛站采集鲁西黄牛、利鲁牛、利木赞牛和西门塔尔牛的血液或精液样本,分别为56、27、31和30个,共计144个样本,血液样本采用Lab-Aid基因组DNA分离试剂盒提取基因组DNA,精液样本采用高盐法提取基因组DNA。利用20个微卫星标记,采用荧光标记毛细管电泳方法,对4个肉牛品种的DNA多态性进行分析,主要研究了每个群体的遗传变异指标(等位基因数、多态信息含量和杂合度)及群体间的遗传关系(F-统计量和基因流)。结果表明,肉牛基因组DNA条带整齐,无拖尾现象,质量较好,可用于本试验。20个微卫星座位中共检测到211个等位基因,平均等位基因数为10.6个。群体的平均观测杂合度在0.6147~0.7176之间,平均期望杂合度在0.6735~0.7862之间。在所有群体中各位点的多态信息含量在0.4853~0.8714之间,平均为0.7284,但在各个群体内的差异较大。近交系数及基因流分析结果表明,4个肉牛品种近交系数较低,群体间平均近交系数为0.085,每个微卫星位点的基因流均>1。总体来看,所选用的20个微卫星座位多态信息含量高,可作为有效遗传标记用于肉牛品种间遗传多样性分析。
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花生杂交F_1种子真伪的分子鉴定研究
《山东农业科学 》 2018
摘要：杂交是花生新品种选育的重要环节。为选育抗病、特色的花生新品种,我们分别将抗黄曲霉的"GT-C20"与感黄曲霉的"Tifrunner"进行正反杂交、抗青枯病的"J04"和感青枯病的"J62"进行正反杂交、"潍花10号"与黑种皮花生品种"豫花29"进行杂交、大花生品种"丰花1号"与野生资源"SAAS2015ID"进行杂交。本试验利用MITE转座子和SSR标记对各杂交组合的F_1代杂交种进行真伪性检测。根据分子标记检测结果,从254粒杂交F_1中共鉴定出96粒真杂交种,真杂种率为37.79%。本研究证明分子标记可有效地对花生杂交后代进行真实性鉴定。在播种前进行真杂种的鉴定可为后续材料的种植节约时间和成本,为遗传群体构建、新品种选育等奠定基础。
关键词： 花生 分子标记 微卫星 微型反向重复转座元件 杂交种鉴定
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乌头驴和三粉驴微卫星遗传多态性分析
《中国畜牧杂志 》 2017 北大核心
摘要：实验旨在了解德州驴中乌头驴和三粉驴2个品系的遗传多态性。利用13个微卫星位点,通过建立多重多色毛细管电泳荧光检测方法,对39头三粉驴和16头乌头驴进行遗传多样性分析,对等位基因数、多态信息含量(PIC)、遗传杂合度和有效等位基因数进行统计分析。结果表明:13对微卫星位点三粉驴PIC指数平均值为0.47,乌头驴PIC指数平均值为0.40,德州驴2个品系PIC总的平均值为0.47。其中乌头驴品系平均等位基因数为3.31,平均观测杂合度为0.27,有效等位基因数为2.11。三粉驴品系平均等位基因数为4.46,平均观测杂合度为0.33,有效等位基因数为2.61。由此可见,三粉驴比乌头驴的遗传多态性高,但2个驴品系的遗传杂合度均偏低,遗传变异程度较小。
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中国高粱地方品种遗传多样性评价及中、外高粱遗传变异水平比较(英文)
《作物学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：利用32个高粱(Sorghum bicolorL.)核基因组多态性SSR(simple sequencere peats)位点,以69份国外品种为对照,对12个地区的184份中国高粱地方品种进行了遗传多样性分析。研究结果表明,中国高粱的遗传多样性明显低于国外高粱。中国高粱和国外高粱的等位基因丰度(Rs)和基因多样性(He)分别为9.81、0.629和11.52、0.745。中国高粱的遗传多样性明显低于东非(He=0.732)、北美(He=0.707)和南亚(He=0.712)高粱,与南非高粱相当(He=0.609)。不同地区中国高粱地方品种遗传变异水平存在明显差异,12个地区高粱种质等位基因丰度在3.64~4.88之间,基因多样性值在0.517~0.714之间。吉林高粱地方品种遗传变异最为丰富(He=0.714),与北美、南亚高粱相当。中国高粱与国外高粱之间遗传分化明显,而中国高粱地方品种地区间和类型间分化极弱。主成分分析(PCA)能够明显区分中外高粱种质但不能将中国高粱按地区或类型分开。分子方差分析(AMOVA)表明,中外高粱间的遗传变异占全部参试材料遗传变异的20.43%。中国高粱遗传变异主要存在于地区内材料间(占总变异91.94%)或生态区内材料间(占总变异94.97%)。在品种类型方面,中国高粱绝大部分遗传变异存在于穗型内材料间(占总变异97.93%)。本研究支持中国高粱外来说的观点。
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用微卫星标记研究樱桃品种间的亲缘关系(英文)
《果树学报 》 2007 北大核心 CSCD
摘要：从来自不同地理区域的36个樱桃基因型中筛选了33对不同樱桃品种的微卫星引物,以鉴定和描述他们的基因型并确定亲缘关系。33对微卫星引物中,29对获得了预期的扩增片段,17对引物在所研究的36个基因型中产生了多态性高、稳定扩增片段,17个位点共检测到71个等位基因。微卫星分子标记技术可以准确的鉴别所有樱桃品种的基因型,为微卫星序列的通用性提供强有力的证据,可以用蔷薇科李属的序列来区分樱桃品种的不同基因型,根据不同品种的地理起源及其亲缘关系用UPGMA聚类分析法对其基因型进行分类。
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SSR和STS标记在花生栽培品种鉴定中的应用研究
《植物遗传资源学报 》 2006
摘要：采用10份花生品种材料,对通过数据库查询设计合成的SSR引物和其他作者发表的SSR引物及STS引物进行了评估,并基于品种间简单匹配系数做了聚类分析。获得62个能产生多态性片段的SSR和STS引物对,总共获得427条带,其中291条(68.1%)为多态性带。平均每对引物产生6.88条带,4.69条为多态性带;多态性条带比率为16.7%～100%,PIC值为0.254～0.952,平均为0.760。9对SSR/STS引物,即Lec1、Ah426、Ah44、SsS14、SHPAL1、PG71、PG43、PM36、PG22,对所采用的10份花生品种区分率达到100%。说明SSR和STS标记应用于花生品种鉴定有效。
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查询GenBank核酸数据库鉴定花生微卫星序列(英文)
《花生学报 》 2005
摘要：运用SeqVerter和Tandemrepeats finder软件,通过GenBank数据库查询了1 ,787条花生核酸序列,排除已报导微卫星序列后,获得了24条新的含有微卫星的花生序列。其中19条来自美国农业部Tifton实验站提交的花生未成熟荚果EST。本研究为开发多态性花生微卫星标记用于分子图谱构建提供了候选微卫星序列。
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