科研产出
流产布氏杆菌BPE123基因的克隆表达及生物信息学分析
《中国兽医科学 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：根据GenBank中流产布氏杆菌BPE123基因序列(登录号:NC_006933.1),设计引物,以布氏杆菌病疫苗菌A19全基因组DNA为模板扩增BPE123基因,将目的基因克隆入pEASY-T3载体,测序正确后,双酶切pEASY-T3-BPE123,目的片段BPE123连入pET-32a(+)表达载体,构建表达质粒pET-32a(+)-BPE123,转化大肠杆菌BL21(DE3),IPTG诱导表达;对BPE123基因进行生物信息学分析。结果显示,成功构建了重组菌pET-32a(+)-BPE123-BL21(DE3),诱导表达了融合蛋白BPE123。生物信息学分析显示,BPE123基因N端25个氨基酸是其信号肽,与其相互作用的蛋白大都与菌毛相关,它们是flgF、fliI、motA、BruAb2_0155、BruAb2_0121和BruAb2_0125。布氏杆菌属内BPE123基因序列的同源性高达99%。本研究获得了BPE123蛋白并预测了BPE123基因的相关生物学功能,为进一步探索该蛋白的免疫原性和在布氏杆菌胞内寄生过程中的作用奠定了基础。
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亚洲棉全基因组中NAC类转录因子基因的鉴定与分析
《石河子大学学报(自然科学版) 》 2015
摘要：为了开发棉花NAC基因资源,本文利用生物信息学方法在亚洲棉基因组中预测了138个NAC基因,根据其在染色体上的位置关系命名为Ga NAC001-Ga NAC138,所有Ga NAC基因分布于亚洲棉13条染色体上。根据Ga NAC蛋白的序列相似性及系统进化分析,将亚洲棉Ga NAC蛋白分为11个亚家族,每个亚家族的Ga NAC蛋白数目为4-25个。基因结构分析发现,大部分(63.7%)Ga NAC基因含有2个内含子。比较亚洲棉与陆地棉、雷蒙德氏棉NAC蛋白的同源性,发现亚洲棉与雷蒙德氏棉NAC蛋白的匹配程度高于陆地棉,平均序列一致性分别为93.9%和81.2%,一些NAC基因(58/138)在棉属的进化过程中高度保守,一些(37/138)则变异程度较大,可能是生物体为了适应环境的变化产生了新的功能。本研究结果为亚洲棉及陆地棉NAC转录因子基因的后续深入研究提供了重要参考。
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玉米全基因组中NAC基因家族的鉴定与分析
《山东农业科学 》 2015
摘要：本试验利用生物信息学方法预测了玉米NAC基因家族成员、基因结构、染色体定位和系统进化关系。结果表明,玉米NAC基因家族包含128个成员,依据其在染色体上的位置系统命名为Zm NAC001~Zm NAC128;Zm NAC分布在10条染色体上,且分布不均;Zm NAC基因与拟南芥NAC基因具有一定相似性,可分为13个亚家族;基因结构分析发现绝大多数Zm NAC基因含有1~3个内含子;miRNA靶基因预测发现7个Zm NAC基因为miRNA164的靶基因。
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玉米TCP家族基因生物信息学鉴定与分析
《山东农业科学 》 2014
摘要：TCP家族是一类与植物器官三维形态发育或细胞周期调控相关的转录因子。本研究通过SeqHunter2软件,在玉米基因组范围内进行TCP家族基因的搜索和鉴定。共鉴定了7个玉米TCP家族基因,并根据进化树拓扑结构将其分为两大类:ClassⅠ和ClassⅡ。通过玉米、拟南芥和水稻TCP家族的进化分析推测,玉米发生了特有的TCP家族基因扩增事件,这些物种分化后进化出的基因可能参与了玉米特有的生命活动或与玉米特有的生物特征相关。玉米7个TCP转录因子的保守基序在组成上存在差异,但均含有TCP家族中最保守的两个基序。
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石榴等观赏植物DFR基因生物信息学分析
《山东农业科学 》 2013
摘要：根据GenBank中已登录的红花石榴、粉花石榴、姜荷花、芍药、水母雪莲、大丽花、瓜叶菊和兰花等植物二氢黄酮醇4-还原酶(DFR)基因的核苷酸序列和氨基酸序列,应用生物信息学软件对其核苷酸序列的外显子、氨基酸序列的理化性质、疏水性/亲水性和跨膜结构等进行了预测。结果表明,这几种植物DFR基因均存在1个外显子,含量最丰富的氨基酸是Ala、Gly、Cys和Thr;除红花石榴和粉花石榴DFR属于不稳定蛋白外,其余植物均属于稳定蛋白。这几种植物DFR蛋白均为亲水性蛋白,存在明显的疏水区和亲水区以及跨膜结构等。
关键词： 石榴 二氢黄酮醇4-还原酶(DFR) 生物信息学 理化性质 跨膜结构
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花生CEM1基因的克隆及表达载体构建
《山东农业科学 》 2013
摘要：通过规模测序和生物信息学分析,从花生荚果不同发育时期全长cDNA文库中筛选出MADSbox家族的一个cDNA全长序列,命名为CEM1基因(GenBank登录号为EY396043)。该基因全长1 061 bp,包含762 bp的开放阅读框,编码253个氨基酸,蛋白质的分子量为29.405 ku,等电点(pI)为9.18。蛋白质信号肽分析和疏水性分析表明,该基因编码的蛋白质信号肽剪切的可能性很小,具有亲水性。同时构建CEM1基因的VIGS表达载体,为进一步研究该基因的功能奠定了基础。
关键词： 花生 荚果发育 CEM1基因 生物信息学 载体构建
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向日葵抗坏血酸过氧化物酶的电子克隆和生物信息学分析
《山东农业科学 》 2012
摘要：利用电子克隆技术得到长753 bp的向日葵抗坏血酸过氧化物酶(HaAPX)cDNA。通过生物信息学分析发现,HaAPX在核酸水平和蛋白质水平上都与常见物种的APX非常相似,具有极其保守的酶活作用域Peroxidase-1(-divtlsggHtl-)和Peroxidase-2(-aplmlRlawHsa-),且配体结合位点和金属结合位点完全保守。HaAPX与甘薯(Ipomoea batatas)APX亲缘关系很近,其编码蛋白由250个氨基酸组成,分子量为2.7 ku,无信号肽和跨膜区,二级结构由37.6%α-螺旋、13.2%β-折叠、9.2%β-转角和40%无规则卷曲组成,三维构象与豌豆APX的非常相似。
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花生NBS-LRR类抗病基因的克隆及原核表达
《中国农业科技导报 》 2010
摘要：根据已知抗病基因的NBS保守区域设计引物,利用PCR技术从花生基因组DNA中克隆得到一个NBS-LRR类抗病基因,序列长539bp,命名为PnAG3。蛋白质序列同源性分析表明多个植物抗病相关蛋白与之有一定的同源性,其中同源性最高的是花生C8_V_253抗性蛋白序列(97%)。将PnAG3基因编码区构建原核表达载体,表达产物分布于包涵体中,大小为47.26KDa,1mmol/LIPTG诱导4h可获得最大表达量。为花生抗黄曲霉品种选育奠定了基础。
关键词： 花生抗病基因 NBS-LRR 生物信息学 原核表达
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