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亚洲棉全基因组中NAC类转录因子基因的鉴定与分析

文献类型： 中文期刊

作者： 赵灿 1 ; 刘任重 2 ; 柳展基 2 ; 李菲 2 ; 王立国 2 ; 马骏骏 1 ; 朱新霞 1 ;

作者机构： 1.石河子大学生命科学学院农业生物技术重点实验室

2.山东棉花研究中心

关键词： NAC转录因子;棉花;亚洲棉;生物信息学

期刊名称： 石河子大学学报(自然科学版)

ISSN： 1007-7383

年卷期： 2015 年 33 卷 04 期

页码： 397-404

摘要： 为了开发棉花NAC基因资源,本文利用生物信息学方法在亚洲棉基因组中预测了138个NAC基因,根据其在染色体上的位置关系命名为Ga NAC001-Ga NAC138,所有Ga NAC基因分布于亚洲棉13条染色体上。根据Ga NAC蛋白的序列相似性及系统进化分析,将亚洲棉Ga NAC蛋白分为11个亚家族,每个亚家族的Ga NAC蛋白数目为4-25个。基因结构分析发现,大部分(63.7%)Ga NAC基因含有2个内含子。比较亚洲棉与陆地棉、雷蒙德氏棉NAC蛋白的同源性,发现亚洲棉与雷蒙德氏棉NAC蛋白的匹配程度高于陆地棉,平均序列一致性分别为93.9%和81.2%,一些NAC基因(58/138)在棉属的进化过程中高度保守,一些(37/138)则变异程度较大,可能是生物体为了适应环境的变化产生了新的功能。本研究结果为亚洲棉及陆地棉NAC转录因子基因的后续深入研究提供了重要参考。

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