科研产出
HMGCR基因多态性与肉牛屠宰性状相关性分析
《家畜生态学报 》 2015 北大核心
摘要：MHGCR是胆固醇生物合成过程中的限速酶,在内源胆固醇生物合成过程中起着重要的作用。研究以牛HMGCR基因为候选基因,采用PCR-SSCP和测序技术在利杂牛、利西杂牛、秦川牛、西杂牛和夏西杂牛五个群体共123个个体中检测遗传变异情况。结果表明,检测到AA和AB共2种基因型,没有发现BB基因型,测序分析发现一处SNP多态位点(GenBank:BC153262.1 11137T>C)。不同基因型与屠宰性状的相关性分析显示,在利西杂群体中AA基因型个体与AB基因型个体相比,AA基因型个体的屠宰率和牛柳指标达到了极显著水平(P<0.01),而AA基因型的上脑重显著高于AB基因型(P<0.05),其余各项指标基因型间差异不显著(P>0.05)。因此,HMGCR基因单核苷酸多态性对利西杂牛脂肪沉积有一定的影响,可作为影响屠宰性状的候选基因,指导肉牛的育种工作。
关键词： 肉牛 HMGCR PCR-SSCP 基因多态性 屠宰性状
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基于陆地棉茎尖转录组序列genic-SSR标记的开发与评价
《植物遗传资源学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：利用软件MISA和SSR Locator对陆地棉(Gossypium hirsutum L.)Coker312茎尖转录组测序得到的73515条Unigene序列进行分析,查找到4507个SSR位点,分布于4039条转录本序列中,SSR位点出现频率为5.5%,非编码区的SSR位点要显著高于编码区(2853/1654)。SSR重复基元中,三核苷酸重复基元占主导地位(51.03%),且AAG/CTT(20.08%)类型最多;其次是二核苷酸重复基元(28.76%),主要为AG/CT(55.47%)。利用引物批量设计软件共开发1569对SSR引物,在陆地棉TM-1、海岛棉3-79(G.barbadense L.)、阿非利加棉(G.herbaceum L.)、雷蒙德氏棉(G.raimondii Ulbrich.)4个棉种中进行初步评价,其中1117对引物能在4个棉种间扩增出稳定的条带,扩增率为71.2%。选择650对能稳定扩增出条带的引物,在涉及5个棉种(增加了亚洲棉(G.arboreum L.))的13份材料中进一步筛选,83对引物能在13份材料中扩增出特异性条带,PIC变幅在0.121~0.648之间,平均值为0.422,其中80对引物能在7份陆地棉材料中扩增出特异性条带,平均PIC值为0.336;挑选5对在本实验室作图亲本鲁棉研22和鲁原343间有明显多态的引物进行连锁分析,其中4对成功连锁到本实验室构建的遗传图谱上。本研究丰富了棉属genic-SSR的数量,为棉属遗传作图、性状关联分析提供了更多引物选择。
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粗皮侧耳栽培种EST-SSR分子标记的开发应用及初级核心种质库的构建
《菌物学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：根据已知的粗皮侧耳、灵芝、香菇EST序列开发出9条粗皮侧耳EST-SSR引物、58条灵芝EST-SSR引物和35条香菇EST-SSR引物,从中筛选出4条多态性好、条带清晰的引物,对选取的185株粗皮侧耳栽培种进行扩增分析。共扩增得到59条带,每个引物扩增条带数为12–19条,扩增片段在100–1,100bp之间。根据扩增结果构建了一个含47株粗皮侧耳栽培种的初级核心种质库P-core47。分析得出P-core47占原群体样品数25%,占资源库的13%,有效等位基因数和多态性位点占有率与原群体一致,多样性指数均值比原群体高0.12747,在原群体的低频率等位基因有所增强。P-core47内菌株来源广泛,基本已覆盖各个栽培地区,统计的质量性状和数量性状均可在其中找到代表性菌株。表明了用EST-SSR分子标记构建粗皮侧耳栽培种初级核心种质库的可行性。
关键词： 粗皮侧耳 EST-SSR分子标记 初级核心种质库 有效等位基因 多态性位点
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不同生态区谷子籽粒醇溶蛋白多态性分析
《中国粮油学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：醇溶蛋白是谷子的主要贮藏蛋白,以50%异丙醇提取谷子醇溶蛋白,十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)对来自华北、西北、东北等不同生态区141份谷子籽粒醇溶蛋白进行分析。结果显示在相对分子质量18 400～45 000范围内谷子籽粒醇溶蛋白谱带较丰富,品种之间差异明显。华北平原区安阳、石家庄、济南等地的材料籽粒醇溶蛋白带型丰富度较高,东北平原区吉林市、黄土高原区兰州市的材料带型丰富度较低。聚类分析表明当遗传距离为0.5时,141份材料可以分为5个类群,其中第I类有86份材料,占61.0%,其他类群材料相对较少。不同生态区的材料可以聚为同一类,同一生态区的材料也可以归为不同类群。来自太原、汾阳、兰州、延安、呼和浩特、吉林市、衡水、保定、郑州的材料可聚为1～2个类群,这些地区谷子醇溶蛋白差异相对较小,相似度较大;来自赤峰、长治、安阳、济南的材料分属4个或5个类群,这些地区材料醇溶蛋白差异较大,相似度较小。
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西花蓟马EST-SSR信息分析、标记筛选及其与Genomic-SSR的多态性比较
《昆虫学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：西花蓟马Frankliniella occidentalis是一种世界性入侵昆虫,近年来传入我国并不断扩散蔓延。基于简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs)的西花蓟马种群遗传结构研究对于揭示其传播途径等具有重要的指导价值。本研究对来源于西花蓟马的13839条EST序列进行了uni-EST组装、EST-SSR信息分析以及标记筛选,并比较了EST-SSR与Genomic-SSR在分析遗传多样性方面的差异。结果表明:在7707个singlets中共找到2623个SSR位点,分布于1930个uni-EST中,平均每2.21kb就出现一个SSR位点。重复单元中,以单碱基重复单元为主(83.00%),其次是四碱基重复单元(11.17%),而二、三、五和六碱基重复单元所占比例较低(分别为1.41%,0.80%,2.02%和0.91%)。设计出的22对EST-SSR引物中,4对引物能稳定扩增出清晰的目的条带;荧光标记毛细管电泳发现3对引物表现出多态性。西花蓟马EST-SSR与Genomic-SSR多态性分析表明,这3对多态性EST-SSR引物揭示的多态信息含量(PIC)为0.48～0.69,比5对多态性Genomic-SSR引物揭示的PIC(0.88～0.92)略低。本研究结果可为今后更深入开展西花蓟马的种群遗传结构分析提供帮助。
关键词： 西花蓟马 分子标记 EST-SSR Genomic-SSR 荧光标记毛细管电泳 多态性
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中国荷斯坦牛PPAR-α基因多态性研究及其与耐热性能的关联分析
《中国畜牧兽医 》 2012 北大核心
摘要：本研究采用PCR方法扩增牛过氧化物酶增殖物激活受体(peroxisome proliferator-activated receptors,PPAR-α)基因的内含子3,获得589 bp的片段,利用DNA测序技术发现1个新SNP位点,即44087(G/A);同时利用PCR-RFLP技术对这该SNP位点进行基因型分型,分别分析了771头中国荷斯坦牛、136头鲁西黄牛和37头渤海黑牛PPAR-α基因该位点的多态性。结果表明,在这3个群体中PPAR-α基因44087(G/A)位点普遍表现为GG基因型频率最高,优势等位基因为G;χ2适合性检验结果表明,该位点在中国荷斯坦牛和鲁西黄牛群体中都未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05),在这个基因座位上均有丰富的多态信息含量。对中国荷斯坦奶牛44087(G/A)位点不同基因型与SCS、产奶性能及耐热性能进行最小二乘均值显著性检验结果表明,在PPAR-α基因该位点GA基因型是优良基因型,其个体的SCS值显著低于GG基因型(P<0.05),并且GA基因型乳蛋白率显著高于GG基因型(P<0.05),在炎热环境中产奶下降率显著低于GG基因型(P<0.05)。由此分析GA基因型可能有利于提高中国荷斯坦奶牛的产奶性能。在人工选择的过程中,选择GA基因型的个体,可以降低热应激给奶牛带来的危害,同时又能够提高牛奶品质和产量。
关键词： 中国荷斯坦牛 SNPs PPAR-α基因 多态性 PCR-RFLP
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荷斯坦种公牛HSF1和HSBP1基因多态性分析
《安徽农业科学 》 2011 北大核心
摘要：[目的]研究荷斯坦种公牛HSF1和HSBP1基因多态性。[方法]通过DNA测序技术对牛HSF1和HSBP1基因进行SNPs位点扫描,利用CRS-PCR和PCR-RFLP方法对4个单核苷酸多态性(SNPs)进行基因型分型,分析162头荷斯坦种公牛HSF1和HSBP1基因的多态性。[结果]扫描结果表明,在HSF1基因1451(G/T)处发现1个新SNP。在HSBP1基因第2内含子上发现3个新SNPs,分别为324(G/C)、589(C/T)和651(C/G)。多态性分析结果表明,HSF1基因1451(G/T)位点的SNP的AA基因型频率最高,优势等位基因为A,而HSBP1基因3个SNP频率最高的基因型分别为AB、AA和BB,优势等位基因589(C/T)为A,而324(G/C)和651(C/G)均为B。χ2适合性检验表明,HSF1基因1451(G/T)位点在荷斯坦种公牛群体中已达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而HSBP1基因324(G/C)、589(C/T)和651(C/G)位点的突变在荷斯坦种公牛群体中均未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05)。[结论]该研究可为HSF1和HSBP1基因的功能研究提供试验依据。
关键词： 牛 SNPs HSF1和HSBP1基因 多态性 CRS-PCR PCR-RFLP
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渤海黑牛MSTN基因多态性位点与体尺性状的关联性分析
《华北农学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：为了研究渤海黑牛MSTN基因多态性与体尺性状的关系,采用PCR-SSCP的方法对578头渤海黑牛的MSTN基因的编码区进行分析,结果显示:外显子1和外显子2处没有发现多态性位点,外显子3处发现两个多态性位点,并且两个多态性位点所导致的基因型只有一种,所扩增的产物经过聚丙烯凝胶电泳发现后,有3种基因型。测序结果表明:外显子3的330 bp处存在一个G→A转换;336 bp处存在一个C→T的转换,AA型个体的序列与Gen-Bank中的序列完全一致,为野生型,BB基因型为突变型。将不同基因型与渤海黑牛体尺性状进行了关联性分析,结果发现,AA基因型所对应的头长最小二乘均值要显著高于AB和BB基因型所对应的最小二乘均值,AA基因型所对应胸围的最小二乘均值极显著的高于AB和BB基因型对应的最小二乘均值,AA基因型对应腰角宽最小二乘均值极显著的高于AB和BB基因型对应的最小二乘均值,并且AB基因型对应腰角宽最小二乘均值极显著的高于BB基因型对应的最小二乘均值,其他体尺性状在这3种基因型上均无显著差异。
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花生AhFAD2基因的多态性及其与籽粒油酸/亚油酸比值间的相关性
《作物学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：高油酸低亚油酸的花生油稳定性好、营养价值高,培育高油酸/亚油酸比值(O/L)的花生品种一直是花生育种的重要目标。为深入了解控制花生O/L比值的遗传基础,提高花生品质育种效率,对鲁花14等13个花生品种Δ12脂肪酸脱氢酶AhFAD2基因的编码区进行了序列分析。结果表明,该基因在13个花生品种中皆存在3类转录本,即AhFAD2A、AhFAD2B和假基因。台山珍珠、台山三粒肉、江田种、Chico、05-21063、白沙1016的基因型是OL1OL1OL2OL2;临桂麻壳、飞龙乡、勾了种、鲁花14、花育19、花育23的基因型是ol1ol1OL2OL2;鲁花11的基因型可能存在OL1ol1杂合等位位点。在个别品种中AhFAD2A基因的若干位置存在多态性;AhFAD2B基因相对保守,所测13个花生品种的核苷酸序列基本相同。结合13个花生栽培品种籽粒中O/L比值测定的结果,初步探讨了基因多态性与O/L比值之间的关系,同时对假基因可能存在的功能进行了讨论。
关键词： 花生 Δ12脂肪酸脱氢酶基因 基因多态性 O/L比值 假基因
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