科研产出
花生HSP 20基因家族鉴定及其表达特性分析
《肇庆学院学报 》 2022
摘要：HSP20是一类小分子热激蛋白，在植物抵御逆境胁迫中发挥重要作用.本研究借助花生基因组数据库，通过隐马尔可夫（Hiddne Markov Model,HMM）搜索野生种花生（Arachis duranensis）和（Arachis ipaensis）蛋白质数据库，鉴定出AdHSP 20和AiHSP 20基因各27个，基因长度为946～1 103 bp，不均匀分布在花生9条染色体上.进化树分析显示，这些基因分为11个亚家族.通过对基因结构和保守序列分析表明该基因家族高度保守.表达分析发现，2个野生种花生中各有5个基因在各组织中高表达，大部分基因在果针入土期开始大量表达，具有组织表达特异性，存在多个激素及逆境胁迫相关的顺式作用元件，预示着该基因家族参与花生逆境胁迫响应.
关键词： 花生 HSP 20基因家族 生物信息学 表达特性
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长清茶新梢中细胞色素P 450基因CYP94 B3的季节表达响应
《山东农业科学 》 2022 北大核心
摘要：为探究不同季节对长清茶细胞色素P450基因(CsCYP94B3)表达的影响,本试验通过转录组(登录号PRJNA830980)分析筛选得到了CsCYP94B3,并进行生物信息学分析和实时荧光定量PCR检测,结果发现,茶树CYP94B3蛋白分子量为58.79 kDa,等电点为8.76,为亲水蛋白;蛋白序列比对发现,CsCYP94B3与葡萄、榴莲的CYP94B3相似度在80.41%以上,都具有保守的血红素结构域,说明CsCYP94B3属于细胞色素P450亚家族基因.对茶树与其他26个物种的CYP94B3蛋白构建系统进化树,结果表明,CsCYP94B3与中华猕猴桃、大桉、欧洲木犀榄、小果咖啡、番茄及野生烟草的CYP94B3亲缘关系较近,与其他20个物种的CYP94B3亲缘关系较远.实时荧光定量PCR检测结果显示,CsCYP94B3基因在夏季的相对表达量最高,春秋季相对较低,表现出明显的季节响应趋势.本研究可为下一步改良长清茶栽培管理模式、提高茶叶品质提供一定的理论基础.
关键词： 长清茶 CYP94B3 季节响应 细胞色素P450 表达分析
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大白菜LACS家族基因鉴定与表达分析
《山东农业科学 》 2022 北大核心
摘要：长链脂酰辅酶A合成酶(LACS)能催化游离的脂肪酸形成酰基辅酶A,是脂肪酸激活、转运、氧化及储存脂合成等生化途径的关键酶,在许多生物过程中发挥重要作用.本研究利用生物信息学方法鉴定大白菜LACS家族基因成员,分析其亲缘关系、蛋白质理化性质、染色体定位、共线性关系、基因结构、蛋白保守结构域和基因表达模式.结果表明,从大白菜全基因组共鉴定到13个BrLACS基因成员,分成4组,不均匀地分布在7条染色体和1个Scaffold上.BrLACSs的蛋白长度和分子量分别为199~1072 aa和23.10~121.10 kDa.与拟南芥AtLACS1、AtLACS5和AtLACS6共线性的BrLACS基因发生了扩张,出现了双拷贝(BrLACS5a、BrLACS5b和BrLACS6a、BrLACS6b)及三拷贝(BrLACS1a、BrLACS1b和BrLACS1c).表达模式分析表明,BrLACS4和BrLACS8基因在大白菜不同器官/组织中表达量最高,尤其在控制花器官蜡质性状中起着重要作用,在有蜡粉大白菜中的表达量显著高于无蜡粉大白菜.本研究结果为解析大白菜LACS基因在控制大白菜蜡质性状中的分子机制和指导大白菜亮绿种质资源创新具有重要意义.
关键词： 大白菜 LACS家族 蜡质 生物信息学分析 基因表达
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大白菜KCS基因家族鉴定及在蜡粉近等基因系中表达分析
《生物技术通报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：β-酮脂酰辅酶A合成酶(β-ketoacyl-CoA synthase,KCS)是超长链脂肪酸合成中的限速酶,通过对大白菜KCS基因家族鉴定分析,为揭示KCS在控制大白菜蜡质性状中的具体功能研究奠定了基础.利用生物信息学的分析方法鉴定大白菜KCS基因家族成员,分析其亲缘关系、蛋白质理化性质、染色体定位、共线性关系、基因结构、蛋白保守域结构和基因表达模式.从大白菜全基因组共鉴定到32个BrKCS基因成员分成4个亚组,不均匀地分布在10条染色体上.BrKCS氨基酸长度和分子量的范围分别为181-755 aa和20.54-84.83 kD.共线性分析表明BrKCS5、BrKCS8和BrKCS13等7个家族成员与拟南芥共线性的BrKCS基因发生两倍化,1个家族成员(BrKCS9)发生了三倍化.基因结构分析显示,不同成员编码的氨基酸序列外显子数目及位置存在差异.转录组分析表明,BrKCS5、BrKCS6b与BrKCS10b基因在大白菜不同器官/组织尤其在花器官中可能参与蜡粉的合成.qRT-PCR分析结果验证了转录组数据的可靠性.综上所述,从大白菜全基因组共鉴定到32个BrKCS,其中3个基因在蜡粉近等基因系中表达量高且差异显著,为解析BrKCS基因在控制大白菜蜡质性状中的分子机制奠定了基础.
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大豆干旱响应GRAS基因筛选及GmGRAS27的生物信息学和逆境表达分析
《大豆科学 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：GRAS转录因子在植物抵抗非生物胁迫过程中发挥了重要作用,为了研究大豆GRAS基因在干旱胁迫中的响应,以挖掘大豆GRAS转录因子在干旱等非生物胁迫响应中的功能和分子机制提供分子基础,本研究利用基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)筛选响应干旱胁迫的大豆GRAS基因,利用PlantCARE分析其启动子中的顺式作用元件。进一步对在营养生长时期(V6)和盛花期(R2)均受到干旱胁迫强烈诱导的GRAS基因GmGRAS27进行克隆和生物信息学分析,并采用实时荧光定量PCR方法分析干旱、盐和ABA胁迫下GmGRAS27基因的表达情况。结果显示:从大豆117个GRAS基因中筛选出10个响应干旱胁迫的GRAS基因,其启动子序列中均至少含有1个激素或逆境胁迫应答相关元件,GmGRAS27(Glyma.06G265500)基因的启动子同时含有ABRE应答元件和MYB/MYC结合元件。GmGRAS27在V6和R2期均受到干旱胁迫的强烈诱导,其编码的蛋白质GmGRAS27含有典型的GRAS基因家族结构域,高级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。实时荧光定量PCR分析显示GmGRAS27不仅受到干旱胁迫的强烈诱导,还受到盐胁迫和ABA的正向调控。推测GmGRAS27不仅是大豆干旱胁迫的重要候选基因也可能响应其他非生物胁迫。
关键词： 大豆 干旱 GRAS GmGRAS27 生物信息学 逆境胁迫 表达分析
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谷子NCED3基因克隆及生物信息学和表达模式分析
《山东农业科学 》 2022 北大核心
摘要：脱落酸(ABA)在植物生长发育中起着重要作用,9-顺式-环氧类胡萝卜素双加氧酶(NCED)是ABA合成过程中的关键限速酶,关于谷子(Setaria italica)NCED基因研究的报道较少.本研究以济谷22为材料,通过RT-PCR克隆得到SiNCED3,生物信息学分析结果表明,其cDNA全长1836 bp,编码611个氨基酸;SiNCED3蛋白相对分子质量为66.36 kD,等电点为6.15,为稳定蛋白,无信号肽,亚细胞定位预测定位于叶绿体中,含一个NCED基因家族典型结构域RPE65,二级结构主要由无规则卷曲和延伸链构成;启动子顺式作用元件分析表明其受光、ABA、生长素等调控.通过qRT-PCR发现,SiNCED3在谷子根、茎、叶、叶鞘、穗等组织中均有表达,根中的表达量最高;干旱、低温以及盐胁迫都可以不同程度地诱导SiNCED3在谷子幼苗中的表达,表明该基因可能参与调控谷子对不同逆境的响应.
关键词： 谷子 SiNCED3 基因克隆 生物信息学分析 表达分析
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饲粮中添加不同水平锌对生长獭兔脂肪沉积及脂肪代谢相关基因表达的影响
《动物营养学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：本试验旨在研究饲粮中添加不同水平锌对獭兔脂肪沉积及相关基因表达的影响。选择体重相近的3月龄獭兔160只,随机分为4组（每组40个重复,每个重复1只兔）,分别饲喂添加0（对照组）、40、80和120 mg/kg锌（硫酸锌形式）的饲粮,预试期7 d,正试期49 d。结果显示:1)随着饲粮中锌添加水平的升高,生长獭兔肩胛脂肪沉积量没有显著变化（P>0.05）,肾周脂肪沉积量呈现降低的趋势（P=0.095 3）。2)饲粮中添加不同水平锌对肩胛脂肪和肾周脂肪中乙酰辅酶A羧化酶（ACC）、脂肪酸合成酶（FAS）、过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPARγ）和脂肪酸转运蛋白（FATP）以及肾周脂肪中过氧化物酶体增殖物激活受体α（PPARα）、脂肪酸结合蛋白（FABP）mRNA相对表达量均没有显著影响（P>0.05）。与对照组相比,饲粮中添加120 mg/kg锌显著提高了肩胛脂肪和肾周脂肪中肉碱脂酰转移酶1（CPT1）、激素敏感脂酶（HSL）以及肩胛脂肪中FABP mRNA相对表达量（P<0.05）,显著降低了肩胛脂肪和肾周脂肪中LPL mRNA相对表达量（P<0.05）。综上所述,饲粮中添加120 mg/kg锌（硫酸锌形式）上调了生长獭兔脂质分解过程中相关基因的表达,增加了脂肪分解和脂肪酸氧化进程,从而使脂肪沉积有降低的趋势。
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花生AOC基因家族的鉴定和表达分析
《分子植物育种 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：茉莉酸（jasmonic acid, JA）已被认定为新型植物激素,广泛参与植物的生长发育和胁迫响应等过程,丙二烯氧化物环化酶（AOC）是茉莉酸合成途径中的关键酶。为探明花生基因组中AOC基因信息及表达特征,本研究利用生物信息学方法鉴定了花生AOC基因家族,并分析其理化性质、系统进化树、染色体分布、结构特征以及在22个不同组织中和胁迫下的表达模式。结果表明,花生栽培种含有9个AOC基因,野生种各含有4个AOC基因。这些基因不均匀分布在不同染色体的两端,进化树分析显示17个基因聚为4组,且同组基因具有相似的基因结构、外显子数量、基序数量、类型和顺序,但与拟南芥和水稻经历了不同的进化过程。表达分析表明,AOC基因在22个组织中均有表达,在根、雌蕊、果壳中显著高于其他组织,AdAOC3和AiAOC1可被盐处理和干旱处理高度诱导表达,AhAOC在根中表达量高于茎和叶片且被干旱处理高度诱导表达。本研究为进一步探讨花生AOC基因的功能奠定了基础。
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花生TCP转录因子的全基因组鉴定及组织表达特性分析
《作物杂志 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：TCP基因家族是植物中一类重要的转录因子,参与植物整个生长发育阶段的调控,尤其在花器官和分生组织中发挥重要作用。目前,在花生中尚无TCP相关基因的报道。为研究花生各TCP转录因子的生物调控作用,以及为进一步分析花生TCP基因提供参考信息,利用生物信息学方法在全基因组水平对花生TCP家族基因进行鉴定,分析其染色体定位、系统进化、基因结构、保守基序和基因表达模式。结果分别从花生野生种和栽培种鉴定出19个和32个TCP基因,不均匀分布在9个野生种染色体和14个栽培种染色体上。系统进化分析表明,51个花生TCP基因可划分为亚家族Ⅰ（PCF）和亚家族Ⅱ两个亚类,其中亚家族Ⅱ包括2个分支,CIN和CYC/TB1。这些基因都含有高度保守的bHLH结构域,但其内含子结构存在较大差异,内含子数量及长度分布与基因的系统进化有较大关系,其中亚家族Ⅰ成员的内含子较少,亚家族Ⅱ内含子较多,且长度差异较大。表达谱分析显示,仅有7个基因在各组织中呈现显著差异性表达,其中有6个基因的差异表达与分生组织和花器官有关,推测其在花生茎尖和花的生长发育过程中起重要作用。
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