科研产出
野生花生全基因组抗病相关LOX基因的生物信息学分析
《山东农业科学 》 2015
摘要：脂肪氧合酶(lipoxygenases,LOX)是生物体内一种重要的双加氧酶,其在植物发育以及响应生物和非生物胁迫时发挥重要作用。本研究从Arachis duranensis和Arachis ipaёnsis两个野生花生基因组中各鉴定出18个LOX基因,分别命名为Ad LOX1~18和Ai LOX1~18。在Ad LOX5、Ad LOX7、Ai LOX8和Ai LOX18基因的CDS序列中发现提前终止翻译的终止密码子,而Ai LOX9基因的CDS序列过短,推测这些基因可能是假基因。染色体定位结果显示,Ad LOX和Ai LOX基因主要分布在2、3、6、8、9和10号染色体上,且其直系同源基因分布在两套染色体相同或相近的位置。通过分析Ad LOX和Ai LOX基因与已知功能LOX基因的亲缘关系发现,AdLOX6、Ad LOX9、Ad LOX11、Ad LOX12、Ad LOX17、Ai LOX1、Ai LOX4、Ai LOX6、Ai LOX16和Ai LOX17基因可能参与花生的抗病过程,启动子分析结果也支持这一结论。基因选择压力研究表明,Ad LOX和Ai LOX基因在进化历程中受到纯化选择。
关键词： 野生花生 LOX基因家族 抗病 系统发育 选择压力
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洋葱atp6基因的克隆与系统进化分析
《山东农业科学 》 2014
摘要：细胞质雄性不育(CMS)在作物遗传育种研究中占有重要地位,多种植物的细胞质雄性不育均与线粒体基因结构变异及新嵌合基因的产生有关。为探索线粒体atp6基因与洋葱CMS的关系,以13份不育系和11份保持系为材料克隆洋葱atp6基因编码序列,测序结果表明不同材料atp6基因间存在一个C/A多态性位点,该多态性位点在不育系和保持系间随机出现,而不是不育系与保持系的特征差异。蛋白质分析表明这一多态性位点的变异并未改变atp6蛋白跨膜结构。进一步的蛋白比对分析揭示了atp6蛋白在物种间有一定的保守性,特别是第IV跨膜结构域的Arg在所有物种中是高度保守的,也是H+转运所必需的。基于atp6蛋白序列的系统进化树显示细菌和病毒位于树的基部,其次是真菌、低等藻类以及原生生物,然后高等藻类、苔藓和蕨类,高等绿色开花植物处于树的顶端,单子叶植物处于树的最顶端。
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山东地区2株基因Ⅶ型新城疫病毒的全基因组测序及其序列分析
《中国兽医学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：测定了基因Ⅶ型新城疫(Newcastle disease,ND)强毒分离株Chicken/China/SD04/2011和Chicken/China/SDWF07/2011的全基因序列,将其与GenBank中已发表的29株基因Ⅶ型新城疫毒株的全基因序列进行比对,同源性在91%～97%之间。2株基因Ⅶ型分离株与中国标准强毒F48E8、国外标准强毒Herts/33及疫苗株chicken/N.Ireland/Ulster/67、B1、Clone30、LaSota、Mukteswar核苷酸序列同源性在83%～87%之间;其F蛋白前体F0裂解位点附近的氨基酸序列均为112 RRQKRF117,符合NDV强毒株的特征;与单抗1E5反应阴性,结合对各蛋白的抗原位点的分析初步推测2株病毒的抗原性可能发生了变化。
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日本鼓虾线粒体基因组:真虾下目内部的基因重排与系统发育
《中国科学:生命科学 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：在日本鼓虾线粒体基因组完成的基础上,结合现有线粒体基因组数据,全面揭示了真虾类线粒体基因组的基本特征.日本鼓虾线粒体基因组全长16487bp,包含37个基因,与后生动物线粒体基因组的标准基因组成一致.4个已完成的真虾类(罗氏沼虾、日本沼虾、沼虾Macrobrachium lanchesteri和夏威夷红虾)线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物的原始排列完全相同,过去曾经认为在真虾下目线粒体基因组中没有基因重排现象.然而,鼓虾线粒体基因组中存在1个转运RNA基因(trnE)的易位和反转,这种基因排列方式在其他甲壳动物线粒体基因组中未见报道.同时,脊尾白虾线粒体基因组中存在1个转运RNA基因(trnP或trnT)的易位.分别统计了2种鼓虾(日本鼓虾和鲜明鼓虾)和3种沼虾(罗氏沼虾、日本沼虾和沼虾M.lanchesteri)13个蛋白质编码基因(PCGs)非同义替换与同义替换的比值(Ka/Ks),发现鼓虾和沼虾所有线粒体蛋白质编码基因的Ka/Ks均小于1,显示出强烈的纯化选择.基于线粒体基因组的系统发育分析结果,强烈支持长臂虾科和鼓虾科为单系群,并且其在科级的亲缘关系为:(长臂虾科+鼓虾科)+匙指虾科(BPM=100,BPP=100).
关键词： 十足目 真虾下目 线粒体基因组 基因排列 系统发育
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山东省地方绵羊品种的mtDNA D-loop序列多态性及系统进化研究
《山东农业科学 》 2012
摘要：为了进一步了解山东省绵羊起源、群体遗传结构、群体遗传关系,利用线粒体DNA(mtDNA)分析了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊3个地方绵羊品种(群体)的遗传多样性和起源进化。通过PCR和测序技术测定了3个绵羊群体82个个体的线粒体D-loop 1182 bp全序列,采用DnaSP 5.0进行多态性分析,并利用MEGA 5.05的邻接法(NJ)构建系统发育树。结果显示,3个绵羊群体mtDNA D-loop碱基组成:A、T、G、C平均含量分别为32.88%、29.33%1、8.28%、19.50%,A+T含量明显高于G+C含量;碱基突变以转换为主,说明绵羊线粒体碱基替换存在转换偏倚现象。mtDNA D-loop区的核苷酸多样度分别为0.03240、0.02455和0.03172;单倍型多样度分别为0.9710、.728和0.932,表明小尾寒羊和洼地绵羊mtDNA D-loop区具有较高的多态性,遗传资源相当丰富,大尾寒羊相对较低,需要加强资源保护。构建的NJ系统发育树表明3,个绵羊品种内、品种间存在基因交流,品种间存在共同的起源。
关键词： 绵羊 mtDNA D-loop 遗传多样性 系统进化
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依据锌指基因内含子序列构建羊、牛种系发生树的研究
《黑龙江畜牧兽医 》 2011 北大核心
摘要：为了研究绵羊和山羊的分歧时间,试验采用PCR方法扩增并克隆测定了大尾寒羊、小尾寒羊、鲁北白山羊、波尔山羊Zfy和Zfx基因最后一个内含子部分片段,结合已发表的欧洲牛的相应序列构建了3种反刍动物种系发生树。结果表明:(1)Zfy基因内含子具有独特遗传特征,可应用种属水平以上的分类阶元的种系发生分析,是研究反刍动物系统进化很有前途的遗传标记;(2)Zfx基因片段可应用于亚科级的分类阶元种系发生分析;(3)依据Zfy基因与Zfx基因的进化速率估算绵羊与山羊的分歧时间分别为200万年、280万年,原则认为Zfy/Zfx基因的最后一个内含子可用于分化时间在200万年以上的系统分化研究。
基于线粒体COI基因序列的挂墩稻弄蝶分类地位研究
《华南农业大学学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：对稻弄蝶属Parnara4种20个样本的线粒体COI基因序列(1380 bp)的特征、遗传距离进行了分析,并以2种谷弄蝶Pelopidas为外群,采用最大简约法(MP)和贝叶斯法(BI)构建系统树.结果表明:种间最小序列差异为3.3%,种内个体间最大序列差异为0.9%;系统树显示挂墩稻弄蝶Parnara batta与直纹稻弄蝶Parnara guttata是2个明显不同的分支;其种间的平均遗传距离为3.5%.综合地理分布与形态差异,挂墩稻弄蝶应该是一个独立的种.
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山东省猪种mtDNA CytB基因遗传多样性及系统进化研究
《中国农业科学 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：【目的】利用mtDNA CytB基因为标记,从分子水平探讨12个猪种166个样本(8个山东省猪种,3个引进猪种和梅山猪种)的遗传多样性和各猪种间的亲缘关系,为山东省猪种合理利用以及生物多样性保护提供基础资料。【方法】对各猪种样本mtDNA CytB基因进行PCR扩增和测序,采用现代生物信息学方法进行数据处理分析。【结果】山东8个猪种种内遗传变异和种间遗传距离均较小,有共享单倍型。山东各猪种和梅山猪与大约克的遗传距离也较小,但与引进猪种杜洛克和长白的遗传距离较大。利用分子系统进化树和CytB基因4个SNP位点的分类方法将上述样本分为2个独立的支系,第一支以中国猪种为主,将除鲁烟白猪的一种单倍型在内的所有山东猪种、梅山猪和大约克的两种单倍型聚为一类,第二支以引进猪种为主,将长白、杜洛克、大约克的一种单倍型和鲁烟白猪的一种单倍型聚为一类。【结论】山东猪种有共同的母系祖先,品种内母系遗传多样性较贫乏;外来猪种引入山东后主要是用作父本以提高生产速度和瘦肉率等,对本地猪种未有母系贡献;利用CytB基因4个SNP位点对欧洲单倍型和亚洲单倍型的分类方法,可以方便地估测利用中外猪种结合培育的猪新品种(配套系)的母系血统情况。
关键词： 山东省猪种 mtDNA CytB 遗传多样性 系统进化
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山东猪种mtDNA D-loop区部分序列遗传多样性及系统进化研究
《畜牧兽医学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：为了解山东省猪种的遗传资源状况,阐明猪种间的亲缘关系,对山东省猪种(莱芜黑猪、大蒲莲黑猪、里岔黑猪、烟台黑猪、沂蒙黑猪、五莲黑猪、昌潍白猪和鲁烟白猪)及引进猪种(杜洛克、大约克和长白猪)共165个样本的mtDNA D-loop区部分序列(1102 bp)进行PCR扩增和序列测定,并采用现代生物信息学软件进行了数据处理分析,结果表明:山东各猪种之间遗传距离较小(0.0005~0.0046),远小于国外猪种杜洛克、长白与山东各猪种间的遗传距离(>0.14),但大约克与山东各猪种的平均遗传距离较小(0.005)。构建的NJ分子系统进化树将所测样本分为2个独立的支系,第一支由山东各猪种和部分大约克构成,另一支全部为引进猪种。莱芜黑猪和大蒲莲黑猪在NJ系统树上分布集中,各自聚为一小类,其它6个猪种都很分散,说明莱芜黑猪和大蒲莲黑猪母源血统单一,其它6个猪种母源血统遗传复杂,彼此之间基因交流多。
关键词： 山东省猪种 mtDNA D-loop区 遗传多样性 系统进化
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