科研产出
MC1R基因多态性与杜黑猪毛色关系研究
《山东农业科学 》 2023
摘要：黑色素皮质素受体 1(MC1R)基因是调控哺乳动物毛色的一个关键基因.为了解杜洛克和枣庄黑盖猪杂交组合(简称杜黑猪)中MC1R基因多态性与毛色表型的关系,本研究以 390 头杜黑猪F2 代个体和 18头枣庄纯种黑盖猪为研究对象,对F2 代群体进行毛色表型类型分组,利用液相芯片捕获测序技术鉴定MC1R基因中影响毛色的 10 个SNP位点的基因型.结果表明,杜黑猪F2 代群体出现了毛色分离,其中,75.13%的个体为全黑色,13.08%的个体为棕红色,其余 11.79%的个体呈现混杂色,包括黑红条纹、棕色偏黄、棕色偏白等.测定的 5 个多态SNP位点中,ED1等位基因 3 个SNP位点(rs45435031、rs45434630、rs45434629)的突变纯合型(GG、GG、TT)个体表现为黑红条纹,野生纯合型(AA、AA、CC)个体表现为棕红色,杂合基因型(GA、GA、TC)个体大部分(80.83%)表现为黑色,少部分(19.17%)为黑色红纹、棕色偏黄和棕色偏白.e等位基因 2 个SNP位点(rs45435032、rs321432333)的突变纯合基因型(AA、TT)个体全部为棕红色,野生纯合基因型(GG、CC)个体全部为黑色毛色,杂合基因型(GA、TC,AA、TC,GA、TT)大部分(80.99%)为黑色毛色,少部分个体(19.01%)毛色为黑红条纹、棕色偏黄和棕色偏白.HaploView单倍型分析表明 5 个SNP高度连锁,位于 1 个单倍型块内.本研究结果表明,杜黑猪毛色黑色对棕红色为不完全显性,利用MC1R基因的 5 个SNP标记进行毛色分子标记辅助选择可快速剔除隐性棕红色等位基因,使杜黑猪新品种的毛色迅速固定为全黑色,以加速新品种培育进程.
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INCENP基因功能性单倍型可调控启动子活性并影响公牛精液品质
《遗传 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：为研究内着丝粒蛋白(Inner centromere protein,INCENP)基因启动子区单核苷酸多态性(SNPs)与精液品质的相关性,本文利用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测了250头中国荷斯坦公牛INCENP基因的基因型。在INCENP基因启动子区鉴定出两个SNPs(g.-556 G>T,rs 136823901和g.-692 C>T,rs 211010999),发现了3种单倍型(CG、TT、TG)。分析两个SNP位点的基因型频率和等位基因频率,各SNP及单倍型组合与中国荷斯坦公牛精液品质的相关性,结果表明SNP位点g.-556 G>T GT基因型个体的鲜精活力显著高于GG基因型个体(P<0.05),单倍型组合H1H1(CCGG)、H1H3(CTGT)、H2H3(TTGT)和H3H3(TTTT)个体的鲜精活力和冻精解冻后活力均显著高于H1H2个体(P<0.05)。为进一步研究g.-556 G>T和g.-692 C>T影响精液品质的可能机理,本文将3种单倍型质粒分别转染小鼠睾丸间质细胞(MLTC-1),结果显示含TG单倍型的载体荧光素酶活性最高。由此推测,g.-556 G>T和g.-692 C>T为启动子区功能性突变位点,可通过调节启动子活性来调控INCENP基因表达,进而影响精液品质。
关键词： INCENP SNP 单倍型 启动子区 精液品质 基因表达
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利用基因芯片技术进行小麦遗传图谱构建及粒重QTL分析
《中国农业科学 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：[目的]小麦遗传图谱是进行小麦染色体分析和研究表型变异的遗传基础。通过利用传统分子标记和现代基因芯片技术相结合,构建高密度遗传图谱,重点开展主要产量主要构成要素——粒重的初级基因定位,确定影响粒重的主效QTL位点,为开发粒重CAPS分子标记及在分子标记辅助育种提供依据和指导,并为利用小麦粒重次级群体进行精细定位和基因挖掘奠定基础。[方法]利用90 K小麦SNP基因芯片、DArt芯片技术及传统的分子标记技术,以包含173个家系的RIL群体(F9:10重组自交系)为材料,构建高密度遗传图谱,并利用QTL network2.0进行了3年共4环境粒重QTL分析。[结果]构建了覆盖小麦21条染色体的高密度遗传图谱,该图谱共含有6 244个多态性标记,其中SNP标记6 001个、DAr T标记216个、SSR标记27个,覆盖染色体总长度4 875.29 c M,标记间平均距离0.78 c M。A、B、D染色体组分别有2 390、3 386和468个标记,分别占总标记数的38.3%、54.3%和7.5%;3个染色体组标记间平均距离分别为0.80、0.75和0.80 c M。用该分子遗传图谱对4个环境下粒重进行QTL分析,检测到位于1B、4B、5B、6A染色体上9个加性QTL,效应值大于10%的QTL位点有QGW4B-17、QGW4B-5、QGW4B-2、QGW6A-344、QGW6A-137;其中QGW4B-17在多个环境下检测到,其贡献率为16%—33.3%,可增加粒重效应值2.30-2.97g,该位点是稳定表达的主效QTL。9个QTL的加性效应均来自大粒母本山农01-35,单个QTL位点加性效应可增加千粒重1.09—2.97 g。[结论]构建的覆盖小麦21条染色体的分子遗传图谱共含有6 241个多态性标记,标记间平均距离为0.77 c M。利用该图谱检测到位于1B、4B、5B、6A染色体上9个控制粒重的加性QTL,其中QGW4B-17是稳定表达的主效QTL位点,贡献率为16.5%—33%,可增加粒重效应值2.30—2.97 g。
关键词： 普通小麦 90K基因芯片 QTL定位 粒重 SNP
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GenBank中花生栽培种基因组DNA及EST序列的SNP分析
《花生学报 》 2010
摘要：下载GenBank数据库中已公布的花生栽培种基因组DNA序列1718条及EST序列85797条,利用DNAStar软件进行叠连群构建,基因组DNA序列构建叠连群161个,长度共计152940bp,直接鉴定出候选SNP位点5496个,SNP平均出现频率为3.59%;EST序列构建10990个叠连群,长度共计10477241bp,由三条及三条序列以上构成的叠连群的总长度为6524329bp,发现候选SNP位点307179个,SNP平均出现频率为4.71%。
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