科研产出
黄瓜NRT2基因的鉴定和特征分析
《山东农业科学 》 2016
摘要：本研究利用生物信息学方法,从黄瓜基因组中鉴定出3个NRT2基因,并对这些基因的基因组分布、结构、遗传进化和顺式元件进行了系统分析。结果显示,黄瓜的NRT2基因分别位于1号、1号和5号染色体,具有2个或3个外显子,分别与拟南芥的NRT2.4或者NRT2.5直系同源;它们都具有数个植物激素和逆境应答元件,暗示它们不仅在氮素吸收过程中具有一定功能,而且与植物逆境应答有关。该结果为进一步研究黄瓜NRT2的功能提供了线索。
关键词： 黄瓜 硝态氮转运蛋白NRT2 分子特征 系统进化 顺式元件
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黄瓜CBL基因的鉴定和特征分析
《核农学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：植物CBL基因在逆境应答及发育过程中具有重要功能。为了挖掘黄瓜CBL基因并预测CBL的功能,利用生物信息学的方法,从黄瓜基因组中鉴定出6个CBL基因,并对其染色体定位、基因结构、系统进化和顺式调控元件进行了系统分析。结果表明,黄瓜的CBL基因有2个分布在2号染色体上,4个分布在3号染色体上,外显子多为8个,编码区序列为603~759 bp。黄瓜CBL编码的蛋白存在一些保守的位点和基序。在黄瓜CBL基因的上游序列中,存在一些应答多种激素和逆境的顺式元件,且不同成员各不相同。这说明黄瓜CBL家族成员可能具有不同的生物学功能。本试验结果为进一步研究黄瓜CBL基因在逆境应答中的功能提供了科学依据。
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黄瓜NRT3基因的鉴定和特征分析
《中国农学通报 》 2016 CSCD
摘要：旨在探讨黄瓜NRT3基因的遗传进化和功能,为进一步研究黄瓜NRT3基因的功能提供依据。利用生物信息学方法,从黄瓜基因组中鉴定出2个NRT3基因,并对这些基因的基因组分布、结构、遗传进化和顺式元件进行了系统分析。结果显示,黄瓜的NRT3两个基因均位于1号染色体,具有1个或者2个外显子,分别与拟南芥的NRT3.1或者NRT3.2直系同源。NRT3在瓜类作物间编码蛋白的序列非常保守,它们都具有数个植物激素和逆境应答元件,而且黄瓜和甜瓜的直系同源NRT3基因的顺式调控元件存在较大差异。本研究为进一步研究黄瓜NRT3的遗传进化和功能提供了线索。
关键词： 黄瓜 硝态氮转运蛋白3 分子特征 系统进化 顺式元件
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22种植物水孔蛋白理化性质及其结构特征的生物信息学分析
《植物生理学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：水孔蛋白(aquaporins,AQPs)是高效转运水分子的膜内在蛋白,具有丰富的多样性,在调控植物的水分关系中有重要作用。本研究采用Blast、Prot Param、Signal P和Swiss-Model等生物信息学软件,对梨、苹果、黄瓜和番茄等22种植物AQP的理化性质、蛋白结构、系统发生树和功能域等进行了分析。结果表明,AQP蛋白氨基酸长度在284~295 aa之间,理论等电点在7.67~9.30之间,主要定位于质膜上,除红叶藜外均为稳定性蛋白。二级结构由α螺旋、β折叠、无规则卷曲和延伸链等结构元件组成,空间结构高度相似,属于主要内在蛋白(MIP)家族。
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洋葱atp6基因的克隆与系统进化分析
《山东农业科学 》 2014
摘要：细胞质雄性不育(CMS)在作物遗传育种研究中占有重要地位,多种植物的细胞质雄性不育均与线粒体基因结构变异及新嵌合基因的产生有关。为探索线粒体atp6基因与洋葱CMS的关系,以13份不育系和11份保持系为材料克隆洋葱atp6基因编码序列,测序结果表明不同材料atp6基因间存在一个C/A多态性位点,该多态性位点在不育系和保持系间随机出现,而不是不育系与保持系的特征差异。蛋白质分析表明这一多态性位点的变异并未改变atp6蛋白跨膜结构。进一步的蛋白比对分析揭示了atp6蛋白在物种间有一定的保守性,特别是第IV跨膜结构域的Arg在所有物种中是高度保守的,也是H+转运所必需的。基于atp6蛋白序列的系统进化树显示细菌和病毒位于树的基部,其次是真菌、低等藻类以及原生生物,然后高等藻类、苔藓和蕨类,高等绿色开花植物处于树的顶端,单子叶植物处于树的最顶端。
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山东省地方绵羊品种的mtDNA D-loop序列多态性及系统进化研究
《山东农业科学 》 2012
摘要：为了进一步了解山东省绵羊起源、群体遗传结构、群体遗传关系,利用线粒体DNA(mtDNA)分析了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊3个地方绵羊品种(群体)的遗传多样性和起源进化。通过PCR和测序技术测定了3个绵羊群体82个个体的线粒体D-loop 1182 bp全序列,采用DnaSP 5.0进行多态性分析,并利用MEGA 5.05的邻接法(NJ)构建系统发育树。结果显示,3个绵羊群体mtDNA D-loop碱基组成:A、T、G、C平均含量分别为32.88%、29.33%1、8.28%、19.50%,A+T含量明显高于G+C含量;碱基突变以转换为主,说明绵羊线粒体碱基替换存在转换偏倚现象。mtDNA D-loop区的核苷酸多样度分别为0.03240、0.02455和0.03172;单倍型多样度分别为0.9710、.728和0.932,表明小尾寒羊和洼地绵羊mtDNA D-loop区具有较高的多态性,遗传资源相当丰富,大尾寒羊相对较低,需要加强资源保护。构建的NJ系统发育树表明3,个绵羊品种内、品种间存在基因交流,品种间存在共同的起源。
关键词： 绵羊 mtDNA D-loop 遗传多样性 系统进化
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依据锌指基因内含子序列构建羊、牛种系发生树的研究
《黑龙江畜牧兽医 》 2011 北大核心
摘要：为了研究绵羊和山羊的分歧时间,试验采用PCR方法扩增并克隆测定了大尾寒羊、小尾寒羊、鲁北白山羊、波尔山羊Zfy和Zfx基因最后一个内含子部分片段,结合已发表的欧洲牛的相应序列构建了3种反刍动物种系发生树。结果表明:(1)Zfy基因内含子具有独特遗传特征,可应用种属水平以上的分类阶元的种系发生分析,是研究反刍动物系统进化很有前途的遗传标记;(2)Zfx基因片段可应用于亚科级的分类阶元种系发生分析;(3)依据Zfy基因与Zfx基因的进化速率估算绵羊与山羊的分歧时间分别为200万年、280万年,原则认为Zfy/Zfx基因的最后一个内含子可用于分化时间在200万年以上的系统分化研究。
山东省猪种mtDNA CytB基因遗传多样性及系统进化研究
《中国农业科学 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：【目的】利用mtDNA CytB基因为标记,从分子水平探讨12个猪种166个样本(8个山东省猪种,3个引进猪种和梅山猪种)的遗传多样性和各猪种间的亲缘关系,为山东省猪种合理利用以及生物多样性保护提供基础资料。【方法】对各猪种样本mtDNA CytB基因进行PCR扩增和测序,采用现代生物信息学方法进行数据处理分析。【结果】山东8个猪种种内遗传变异和种间遗传距离均较小,有共享单倍型。山东各猪种和梅山猪与大约克的遗传距离也较小,但与引进猪种杜洛克和长白的遗传距离较大。利用分子系统进化树和CytB基因4个SNP位点的分类方法将上述样本分为2个独立的支系,第一支以中国猪种为主,将除鲁烟白猪的一种单倍型在内的所有山东猪种、梅山猪和大约克的两种单倍型聚为一类,第二支以引进猪种为主,将长白、杜洛克、大约克的一种单倍型和鲁烟白猪的一种单倍型聚为一类。【结论】山东猪种有共同的母系祖先,品种内母系遗传多样性较贫乏;外来猪种引入山东后主要是用作父本以提高生产速度和瘦肉率等,对本地猪种未有母系贡献;利用CytB基因4个SNP位点对欧洲单倍型和亚洲单倍型的分类方法,可以方便地估测利用中外猪种结合培育的猪新品种(配套系)的母系血统情况。
关键词： 山东省猪种 mtDNA CytB 遗传多样性 系统进化
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山东猪种mtDNA D-loop区部分序列遗传多样性及系统进化研究
《畜牧兽医学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：为了解山东省猪种的遗传资源状况,阐明猪种间的亲缘关系,对山东省猪种(莱芜黑猪、大蒲莲黑猪、里岔黑猪、烟台黑猪、沂蒙黑猪、五莲黑猪、昌潍白猪和鲁烟白猪)及引进猪种(杜洛克、大约克和长白猪)共165个样本的mtDNA D-loop区部分序列(1102 bp)进行PCR扩增和序列测定,并采用现代生物信息学软件进行了数据处理分析,结果表明:山东各猪种之间遗传距离较小(0.0005~0.0046),远小于国外猪种杜洛克、长白与山东各猪种间的遗传距离(>0.14),但大约克与山东各猪种的平均遗传距离较小(0.005)。构建的NJ分子系统进化树将所测样本分为2个独立的支系,第一支由山东各猪种和部分大约克构成,另一支全部为引进猪种。莱芜黑猪和大蒲莲黑猪在NJ系统树上分布集中,各自聚为一小类,其它6个猪种都很分散,说明莱芜黑猪和大蒲莲黑猪母源血统单一,其它6个猪种母源血统遗传复杂,彼此之间基因交流多。
关键词： 山东省猪种 mtDNA D-loop区 遗传多样性 系统进化
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