科研产出
甘薯褪绿斑病毒山东分离物全基因组扩增及遗传进化分析
《植物病理学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为了解甘薯褪绿斑病毒（sweet potato chlorotic fleck virus, SPCFV）在山东省的发生及遗传进化情况，分别于2019年和2020年采集了131份甘薯样品，针对SPCFV进行病毒检测、全基因序列扩增、序列分析及遗传进化树构建。结果显示：SPCFV两年的检出率分别为7.1%和5.6%,所有SPCFV感染样品中皆为SPCFV与其他病毒的复合侵染。通过RACE和RT-PCR获得CFV-SD1和CFV-SD2两个全基因组序列，全长均为9 105 bp;与已报道分离物核苷酸序列一致性为72.9%～89.5%。全基因组遗传进化分析显示所有SPCFV分离物聚为两簇。且从不同样品中获得6个SPCFV山东分离物的外壳蛋白（coat protein, CP）序列，基于CP氨基酸序列开展遗传进化分析表明，山东分离物均归于亚洲类群的第一簇（Asian isolates 1）。氨基酸偏好性分析显示，CP氨基酸序列N端前35位同样存在多变区。本研究表明了山东省已成为SPCFV的常发区域，且病毒群体存在多样性，研究结果为指导SPCFV的有效防控提供了理论依据。
关键词： 甘薯褪绿斑病毒 山东省 全基因组序列 外壳蛋白 遗传进化分析
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侵染丝瓜的黄瓜绿斑驳花叶病毒山东分离物分子鉴定
《山东农业科学 》 2014
摘要：2013年,在山东泰安采集到疑似感染黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)的丝瓜样品,利用该病毒外壳蛋白(Coat protein,CP)特异引物CG-CPF/CPR对样品进行扩增并测序。所得序列(GenBank登录号:KJ187042)经NCBI BLAST比对,与已登录的CGMMV序列的相似性均大于92.6%,确定为黄瓜绿斑驳花叶病毒。系统进化分析表明,CGMMV山东丝瓜分离物(CGMMV-SDLoofah)与辽宁分离物(CGMMV-LN)等大多数国内CGMMV分离物同聚为一个进化组,从而进一步确定了CGMMV山东丝瓜病毒分离物为黄瓜绿斑驳花叶病毒。这是首次报道黄瓜绿斑驳花叶病毒侵染丝瓜。
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樱桃病毒A外壳蛋白基因克隆及其原核表达
《中国农学通报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：为制备樱桃病毒A(Cherry virusA,CVA)抗血清,克隆CVA外壳蛋白基因(CP),构建原核表达载体,优化蛋白表达条件。根据CVA全基因组序列(NC_003689.1)设计特异引物,RT-PCR方法扩增CVA外壳蛋白基因,克隆、测序,构建原核表达载体pET30a-CVACP,转化大肠杆菌BL21(DE3)株系,采用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导重组蛋白表达。序列分析显示,该区段长为603bp,编码201个氨基酸,与法国分离物PF(HQ267856.1)的同源性为96.8%,与印度分离物JKSPMi-5(FN669548.1)同源性为86.3%。成功构建了原核表达载体pET30a-CVACP,SDS-PAGE电泳分析显示,转pET30a-CVACP载体的BL21(DE3)菌株表达分子量约24kDa的重组蛋白,该重组蛋白在37℃、1.5mmol/L IPTG、诱导4h条件下表达量最大。
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李矮缩病毒外壳蛋白基因克隆及原核表达研究
《中国农学通报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：为制备李矮缩病毒(prunus dwarf virus,PDV)抗血清,克隆PDV外壳蛋白(CP)基因,构建原核表达载体,优化蛋白表达条件。以阳性感病甜樱桃叶片为试验材料,提取总RNA,根据PDV CP基因(L28145.1)设计特异引物,RT-PCR方法扩增,克隆、测序,构建原核表达载体pET30a-PDVCP,在大肠杆菌BL21(DE3)菌株表达。PDV CP基因(GenBank登录号:JF333587.1)全长657 bp,编码217个氨基酸,与GenBank其他PDV分离物CP基因核苷酸序列的同源性为89.2%~93.9%,推导的氨基酸序列同源性为97%~99%。根据完整CP基因核苷酸序列构建系统进化树显示:12个PDV分离物可分为3组,泰安分离物与巴西、土耳其等分离物属于Ⅰ组。成功构建原核表达载体pET30a-PDVCP,并在体外条件下诱导表达出融合蛋白。转pET30a-PDVCP载体的大肠杆菌BL21(DE3)菌株表达分子量约24 kDa的重组蛋白。该重组蛋白在30℃,1.0 mmol/L IPTG、诱导4 h表达量最大。
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山东地区樱桃绿环斑驳病毒(CGRMV)的RT-PCR检测及外壳蛋白基因的克隆
《山东农业大学学报(自然科学版) 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：为调查我省甜樱桃感染樱桃绿环斑驳病毒(Cherry Green Ring Mottle Virus,CGRMV)情况,本研究以甜樱桃(Prunus avium L.)品种"红灯"叶片总RNA为模板,根据CGRMV基因组序列设计特异引物,对山东地区37份甜樱桃"红灯"样品进行RT-PCR检测,共检测出19份阳性样品。利用CGRMV外壳蛋白基因序列引物,从阳性植物样本中分离到约800 bp的目的片段,克隆测序,序列分析显示该片段全长807 bp,编码268个氨基酸,与GenBank中已登录的CGRMV分离物的外壳蛋白基因序列一致性为87%～97%,氨基酸序列相似性为95%～99%。该结果表明山东地区甜樱桃生产园中感染CGRMV的病例较为普遍。
关键词： 甜樱桃 樱桃绿环斑驳病毒 RT-PCR检测 外壳蛋白 基因克隆
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花生条纹病毒外壳蛋白基因cDNA的合成、克隆及全序列测定
《农业生物技术学报 》 1999 CSCD
摘要：自田间采集的花生病叶中提取花生条纹病毒（ ＰＳｔＶ） 总ＲＮＡ，人工合成引物Ｐ１ 、Ｐ２ ，通过ＲＴＰＣＲ 扩增合成ＰＳｔＶｃｐ 的ｃＤＮＡ，并将其克隆到ｐＧＥＭＴ 载体上。经限制酶谱分析后进行全序列测定，结果表明：该基因由１ ０８４ 个核苷酸组成，包含了ＰＳｔＶｃｐ ｃＤＮＡ 完整的８６１ ｂｐ 编码序列（ 编码２８７ 个氨基酸）以及３＇端２２３ ｂｐ 非编码序列，与文献报道的４ 个ＰＳｔＶｃｐ 基因相比同源性均在９６ ％ 以上，且其编码的氨基酸同源性均在９７５ ％ 以上，说明ＰＳｔＶｃｐ 基因具有较高的保守性。
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花生条纹病毒外壳蛋白基因在大肠杆菌中的表达
《花生科技 》 1999 北大核心
摘要：用内切酶Ｂａｍ ＨＩ和ＥｃｏＲＩ将ｐＧＥＭ－ ＳｔＶ 含有的约１１Ｋｂ 大小的ＰＳｔＶ－ ｃｐ 基因切下定向插入到表达质粒ｐＢＶ２２０ 的启动子ＰＲ、ＰＬ的下游，构建了该基因的原核表达载体ｐＢＶ－ ＳｔＶ。ＳＤＳ－ ＰＡＧＥ凝胶电泳结果表明：ＰＳｔＶ－ ｃｐ 基因在大肠杆菌ＤＨ５α中经温度（４０℃）诱导后，可特异地表达３３ｋＤ蛋白。
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