科研产出
鲁中肉羊PAPPA2基因多态性与其产羔数的关联分析
《中国草食动物科学 》 2020
摘要：为研究鲁中肉羊PAPPA2基因g.55924884C>G位点的多态性与其产羔数的关联,利用Sequenom MassARRAY~?SNP技术对384只鲁中肉羊进行基因分型,并对结果进行产羔数关联分析。结果表明:g.55924884C>G位点上存在3种基因型,即CC、CG和GG;群体遗传学分析表明,PAPPA2基因的g.55924884C>G位点为低度多态(PIC<0.25);卡方适合性检验分析表明,该群体处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05);关联分析表明,GG基因型和CG基因型之间前3胎产羔数均没有显著差异(P>0.05),CC基因型的产羔数大于GG基因型和CG基因型,推测该位点的CC基因型可能为多羔型。综上所述,推测PAPPA2基因g.55924884C>G位点的C等位基因可能是提高鲁中肉羊产羔数的潜在分子标记。
关键词： 鲁中肉羊 单核苷酸多态性 PAPPA2基因 产羔数
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鲁禽3号麻鸡优良肉质性状分子遗传标记筛选
《中国家禽 》 2016 北大核心
摘要：脂肪酸结合蛋白(FABP)参与细胞内脂肪代谢,在鲁禽3号麻鸡体内不同组织中特异性表达7种FABP基因。试验旨在从7种FABPs中寻找到能够应用于家禽优良肉质性状筛选及育种的分子遗传标记。提取鲁禽3号麻鸡血细胞基因组DNA,分别扩增出FABP1-7基因全部外显子,采用测序与酶切结合的方法检测SNP位点的位置,并进行基因型与生产性状的关联性分析。结果表明:7种FABP基因中存在9个SNP位点,其中在鲁禽3号麻鸡体内能够用作优良肉质筛选与育种的分子遗传标记是FABP1-E2-83(外显子2第83位)、FABP4-E1-51(外显子1第51位)两个SNP位点。
关键词： FABP基因 单核苷酸多态性 分子遗传标记 肉质性状
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鲁西黄牛MSTN基因上游序列多态性对转录表达的影响
《中国畜牧兽医 》 2016 北大核心
摘要：肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因是转化生长因子-β(transforming growth factor-β,TGF-β)超家族的新成员。为了研究鲁西黄牛MSTN基因上游序列多态性与转录表达的关系,本试验提取鲁西黄牛腿肌组织细胞的基因组,扩增出MSTN基因上游序列,构建进化树并通过基因测序确定其上游序列中存在单核苷酸多态位点,多态位点位于起始密码子上游805bp处。构建表达载体,在体外对C2C12细胞进行转染,从而验证MSTN基因上游序列多态位点对转录的影响。结果显示,MSTN基因上游序列中单个核苷酸的改变会影响其下游基因的表达水平。推测在体内MSTN基因上游序列中单核苷酸多态性能够影响基因的转录活性,在调节基因转录的过程中起着重要作用。
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肉牛CAST基因5'UTR和3'UTR多态性分析
《山东农业科学 》 2015
摘要：钙蛋白酶抑制蛋白(Calpastatin,CAST)专一抑制钙蛋白酶(Calpain,CAPN)活性,参与调节牛肉的嫩化及肌内蛋白的水解,其编码基因是肉质性状的主要候选基因。本研究根据牛CAST基因5'UTR区(GenBank No.AY834771)和3'UTR区(Gen Bank No.DQ991097)序列设计两对引物,用PCR-SSCP方法对鲁西黄牛和渤海黑牛共305个样本进行了单核苷酸多态性分析。结果显示,CAST基因5'UTR和3'UTR区存在PCR-SSCP多态,在5'UTR区存在6437(C/T)、6477(G/A)和6614(G/T)3个SNP位点,表现为AA、AB、BB、BC和AD 5种基因型;在3'UTR区存在359(T/C)和366(A/G)2个SNP位点,表现为EE、EF、FF和EG 4种基因型。经检验表明,鲁西黄牛和渤海黑牛均处于非Hardy-Weinberg平衡状态;群体遗传多态性分析表明这两种牛的多态信息含量均为中度多态。
关键词： 鲁西黄牛 渤海黑牛 CAST基因 5'UTR 3'UTR 单核苷酸多态性
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SPEF2基因可变剪切体和功能性SNP鉴定及其与公牛精液性状的相关性研究
《南京农业大学学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：为研究牛精子鞭毛2(SPEF2)基因在中国荷斯坦公牛各组织中的表达调控机制及其与精液品质的相关性,利用RTPCR和克隆测序技术分析SPEF2基因的可变剪切体,同时利用PCR-RFLP(PCR-restriction fragment length polymorphism)技术对中国荷斯坦公牛群体进行基因型检测分析。结果表明:鉴定到1个新转录本,命名为SPEF2-splice variant(SPEF2-SV),此转录本是从外显子2到外显子5之间缺失459 bp的新序列,预测编码1个含有1 618个氨基酸的蛋白。SPEF2基因的参考转录本在睾丸中高表达,而SPEF2-SV呈现低表达。在SPEF2基因第1内含子(邻近剪切位点附近140 bp)筛选到1个单核苷酸多态(SNP)突变位点(g.11043C>T),经ESEfinder 3.0软件预测发现该SNP改变了剪切因子结合蛋白SC35与靶序列的结合,它可能是产生异常转录本的重要原因。此SNP位点与中国荷斯坦公牛精液品质的相关性分析结果表明,其与射精量、精子密度和精子活力无显著相关,而与精子畸形率显著相关(P<0.05),其中等位基因对精子畸形的加性效应、显性和替代效应分别是-1.24%、-2.99%、-0.76%。结论:SPEF2基因表达受可变剪切机制的调控,而且其g.11043C>T突变位点可作为中国荷斯坦公牛精液品质选择的潜在功能性分子标记。
关键词： 精子鞭毛2基因 剪切增强子 单核苷酸多态性 公牛 精液品质
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牛补体C6基因SNPs与奶牛乳腺炎的关联性
《济南大学学报(自然科学版) 》 2014 北大核心
摘要：以469头中国荷斯坦奶牛为样本,利用DNA测序及多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)技术等方法检测牛C6基因中单核苷酸多态性(SNP)位点。经序列比对发现4个单核苷酸多态性位点(SNPs):第2外显子上g.+2235G>A(G突变为A),第8外显子上g.+32881C>A(C突变为A)和g.+32925C>T(C突变为T),第17外显子上g.+69060T>C(T突变为C)。经SAS软件统计分析发现:g.+32881C>A突变的群体,CA基因型的个体体细胞评分显著高于CC基因型的个体(p<0.05),且其产奶量显著低于CC个体(p<0.05);发生g.+69060T>C突变的个体,CC基因型的个体产奶量极显著高于TT基因型个体(p<0.01),同时其乳蛋白率显著高于TT基因型个体(p<0.05)。
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核桃JrCBF基因的克隆与表达和单核苷酸多态性分析
《植物遗传资源学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：根据CBF基因氨基酸保守序列设计简并引物,运用cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆核桃JrCBF基因cDNA全长序列。用实时荧光定量PCR分析JrCBF基因在低温胁迫下的表达模式,并分析JrCBF基因的单核苷酸多态性。结果获得长度为879 bp的CBF基因cDNA全长序列,编码214个氨基酸,命名为JrCBF;低温能诱导JrCBF基因的表达,4℃处理2 h后表达量开始增加,8 h后达到最大值;自然越冬条件下,JrCBF基因在花芽中表达量呈现先上升后下降的趋势,在寒冬时期(1月份)表达量最高;单核苷酸多态性分析JrCBF基因序列中有28个SNPs位点和7个Indels标记,存在2个突变热点区;单倍型分析显示15份材料可分为9个单倍型,单倍型多样性为0.9238。本研究为通过基因工程手段培育抗寒核桃品种和分子标记辅助育种提供了帮助。
关键词： 核桃 基因克隆 实时荧光定量PCR 单核苷酸多态性
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核桃Y_2SK_2型脱水素基因JrDHN的克隆、表达和单核苷酸多态性分析
《园艺学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：采用RT-PCR和RACE技术从‘香玲’核桃(Juglans regia L.‘Xiangling’)叶片中克隆了1个脱水素基因JrDHN(GenBank登录号KC503061.1),其全长1 056 bp,具有528 bp的开放阅读框,编码175个氨基酸组成的多肽,具有LEA家族成员的特征多肽序列,属于典型的Y2SK2型脱水素。以核桃18S基因为内参,对‘香玲’核桃JrDHN在4℃胁迫下的表达模式进行了初步的研究,结果表明低温诱导下叶片中JrDHN的表达增加,4℃处理4 h后达到最大值;自然越冬条件下,花芽中JrDHN表达量呈先上升后下降的趋势,在12月份表达量最高,推测JrDHN在核桃对低温胁迫响应中发挥重要功能。‘香玲’JrDHN在雌花中表达量高,其次是叶片和树皮,在花芽中最低。单核苷酸多态性分析JrDHN序列中有30个SNPs位点和11个Indels;单倍型分析显示12份核桃材料可分为10个单倍型,单倍型多样性为0.9697。
关键词： 核桃 脱水素基因 定量RT-PCR 单核苷酸多态性
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磷脂酶C-zeta基因(PLCz)多态性与中国荷斯坦公牛精液性状相关性研究
《农业生物技术学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：睾丸特异性磷脂酶C-zeta(PLCz)在哺乳动物的精卵融合过程及胚胎发育过程中发挥重要作用,主要是激发精卵融合过程中钙波的震荡。本实验选取3个种公牛站的424头中国荷斯坦公牛个体作为实验材料,通过提取种公牛精液中的全基因组DNA,运用DNA测序、PCR-RFLP技术对PLCz基因的全序列进行了单核苷酸多态性分析。实验发现8个新的SNPs位点,其中g.27529T>A和g.27597T>C位于内含子7,g.47969G>A、g.48020T>C、g.48079G>A、g.48127G>T和g.48384G>T位于内含子12,而位于外显子8的多态位点g.27768G>C发生突变后可以导致第337位的氨基酸丙氨酸改变为脯氨酸,故而此突变为非同义突变。此外,连锁不平衡分析表明g.27529T>A、g.27597T>C和g.27768G>C3个位点完全连锁,以SNP1g.27597T>C代表;g.47969G>A、g.48020T>C、g.48079G>A、g.48127G>T和g.48384G>T5个位点完全连锁,以SNP2g.47969A>B代表。通过与公牛精液品质相关性分析表明,SNP2位点与精子畸形率显著相关(P<0.05),SNP1则与公牛精液品质无显著关联性。然而,突变体SNP1和SNP2所构建的9种单倍型组合与公牛精液品质性状显著相关,单倍型组合TTAB的射精量(P<0.05)、鲜精密度(P<0.01)和冻后活力(P<0.05)显著高于其他单倍型组合,鲜精活力显著高于单倍型组合TTBB(P<0.05),畸形率则显著低于单倍型组合CTAB(P<0.05)。结果表明,单倍型组合TTAB可以作为中国荷斯坦公牛高精液品质的有效分子标记。
关键词： PLCz基因 中国荷斯坦公牛 单核苷酸多态性 完全连锁 单倍型组合
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