科研产出
花生SWEET基因全基因组鉴定及表达分析
《作物学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：SWEET(sugars will eventually be exported transporter)蛋白是一类结构保守、不依赖能量的糖转运蛋白,在植物生长发育、响应生物/非生物逆境胁迫等生理过程发挥重要作用.目前,尚未见花生SWEET基因相关报道.本研究首次全基因组挖掘了花生SWEET基因,对其分子特征及表达模式进行了细致分析.结果表明,栽培种花生和2个祖先野生种基因组分别存在55、25、28个SWEET基因,随机不均匀分布在各染色体上.来源于野生种和栽培种的同源基因在染色体位置相近,但也存在个别缺失,这验证了花生野生种和栽培种的进化关系,也暗示了基因组复制加倍过程中存在同源基因的丢失或扩张.基因内含子-外显子数目和位置以及启动子中顺式作用元件种类和数量均存在差异,暗示了花生SWEET基因生物学功能的多样性.系统进化分析将花生SWEET基因分为4个亚家族Clade I~Clade IV,同一亚家族同一分支的基因具有相似的外显子-内含子结构.分析Clevenger等组织表达谱发现部分基因表现为组织优势表达,这为深入了解SWEET基因行使功能部位提供了参考.此外,基于课题组前期发表的干旱和高盐胁迫转录组分析和RT-qPCR验证,我们挖掘出AhSWEET3a和AhSWEET4e等响应花生干旱或高盐胁迫的基因,功能有待进一步鉴定.研究结果为下一步深入分析花生SWEET基因功能提供了理论参考.
关键词： SWEET基因家族 分子特征 表达分析 非生物胁迫 花生
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3株樱桃谷鸭源新型鹅细小病毒的分离及分子特征解析
《中国动物传染病学报 》 2022 北大核心
摘要：为了深入揭示引起樱桃谷鸭短喙与矮小综合征(SBDS)的新型鹅细小病毒(NGPV)的鹅胚增殖特性及分子特征,对从山东省不同地区采集的3份SBDS典型病例在9日龄鹅胚上进行了病毒分离,并对其全基因组序列及编码蛋白序列进行比对.结果成功分离到3株NGPV,分别为SDHT16、SDJN19和SDLC19.3株病毒均能在鹅胚中稳定传代,但致死鹅胚的时间明显长于经典型GPV.3株NGPV之间基因组的同源性高达98.9%~99.7%,而与经典GPV强毒株的同源性则稍低,为95.2%~96.1%.基于3株NGPV与已发表的NGPV毒株和经典GPV强毒株的编码蛋白比对分析显示,与国内经典GPV强毒株相比,NGPV毒株结构蛋白VP1共产生了16个氨基酸点突变,其中9个氨基酸位点与欧洲的B株相同;非结构蛋白Rep1则产生了12个氨基酸位点突变.与经典GPV LH株的末端倒置重复序列(ITR)相比,SDHT16、SDJN19和SDLC19在ITR的回文区茎部分别多出2、4、4个碱基,ITR的同源性达到98.1%~100.0%,而与LH株的同源性为93.0%~94.0%.本研究结果为今后进一步深入研究NGPV的致病机制奠定了基础.
关键词： 短喙与矮小综合征 新型鹅细小病毒 分离 分子特征 末端倒置重复序列
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黄瓜NRT2基因的鉴定和特征分析
《山东农业科学 》 2016
摘要：本研究利用生物信息学方法,从黄瓜基因组中鉴定出3个NRT2基因,并对这些基因的基因组分布、结构、遗传进化和顺式元件进行了系统分析。结果显示,黄瓜的NRT2基因分别位于1号、1号和5号染色体,具有2个或3个外显子,分别与拟南芥的NRT2.4或者NRT2.5直系同源;它们都具有数个植物激素和逆境应答元件,暗示它们不仅在氮素吸收过程中具有一定功能,而且与植物逆境应答有关。该结果为进一步研究黄瓜NRT2的功能提供了线索。
关键词： 黄瓜 硝态氮转运蛋白NRT2 分子特征 系统进化 顺式元件
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黄瓜NRT3基因的鉴定和特征分析
《中国农学通报 》 2016 CSCD
摘要：旨在探讨黄瓜NRT3基因的遗传进化和功能,为进一步研究黄瓜NRT3基因的功能提供依据。利用生物信息学方法,从黄瓜基因组中鉴定出2个NRT3基因,并对这些基因的基因组分布、结构、遗传进化和顺式元件进行了系统分析。结果显示,黄瓜的NRT3两个基因均位于1号染色体,具有1个或者2个外显子,分别与拟南芥的NRT3.1或者NRT3.2直系同源。NRT3在瓜类作物间编码蛋白的序列非常保守,它们都具有数个植物激素和逆境应答元件,而且黄瓜和甜瓜的直系同源NRT3基因的顺式调控元件存在较大差异。本研究为进一步研究黄瓜NRT3的遗传进化和功能提供了线索。
关键词： 黄瓜 硝态氮转运蛋白3 分子特征 系统进化 顺式元件
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1株鸡传染性支气管炎病毒变异株的分子特征和抗原性分析
《中国兽医学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：从山东省发病商品鸡群分离鉴定了1株鸡传染性支气管炎病毒,命名为CK/CH/SD09/005。S1基因序列分析发现,该株和同期分离的16个IBV流行株与疫苗株H120和491同源性分别为65.2%和66.0%。BLAST发现,CK/CH/SD09/005株仅与GenBank中3个广东分离株同源性较高(98.6%～98.8%),并形成独立的进化群。分别以H120和491为参考株,除了广泛的点突变,CK/CH/SD09/005S1基因在多个位点发生了插入和缺失,CK/CH/SD09/005N基因仅发生了点突变,没有基因插入和缺失;M基因除了发生点突变之外,分别在16～18和7～18位发生了碱基插入。鸡胚中和试验结果显示,CK/CH/SD09/005与H120和491均有交叉中和性,抗原相关性分别为0.18和0.09,应属于Mass和793/B之外新的血清型。结果表明,IBV S1基因可同时通过点突变、插入和缺失产生变异株,增加了免疫预防的难度。
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蛋鸡输卵管积液中新城疫强毒的分离鉴定与分子特征
《中国兽医杂志 》 2009 北大核心
摘要：从病鸡输卵管积液中分离了一株新城疫病毒(命名为SHY06),经蚀斑纯化后测定其鸡胚平均死亡时间和1日龄雏鸡脑内致病指数分别为52 h和2.0,F蛋白裂解位点氨基酸序列为112-RRQKRF-117,符合强毒NDV的特征。根据F基因(1-374 bp)对SHY06和19个NDV参考毒株进行基因分型结果表明SHY06属于基因Ⅶ型。F基因氨基酸序列同源性比较显示SHY06与基因Ⅶ型NDV分离株同源性为97.5%~99.5%,与基因Ⅸ型NDV(F48E9等)同源性为91.7%~92.4%,与基因Ⅱ型(疫苗株LaSota等)同源性为89.2%。HN基因氨基酸序列同源性比较显示SHY06与近年来分离株同源性较高,为92.1%~99.7%,与疫苗株(LaSota)和标准强毒株(F48E9)同源性较低,分别为87.6%和89.9%。
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山东PRRSV流行株ORF5、ORF6、ORF7基因序列的分子特征
《家畜生态学报 》 2009
摘要：采用RT-PCR技术对2001~2007年分离自山东地区10株(ShanDong-3、SD-JN、SD-ZQ、SD1、SD2、SD3、SD4、SD5、SD6和SD7)猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)进行ORF5、ORF6和ORF7基因的扩增、克隆和测序,与已知序列的毒株的相应片段进行同源性分析比较,并对其分子特征进行分析。结果表明:该10株病毒仍属北美洲型,其中2001~2002年分离的SD1株、SD2株和2006年分离的SD6株核苷酸序列之间的ORF5、ORF6、ORF7同源性分别为99.2%,99.8%,100%,均与北美洲原型代表株(VR-2332株)和疫苗毒MLVRe-spPRRS Repro USA遗传距离较近,同属一大分支;2006~2007年分离的PRRSV ShanDong-3、SD-JN、SD-ZQ、SD3,SD4,SD5,SD7分离株ORF5、ORF6、ORF7同源性分别为97.8%~100%,99.4%~99.8%,99.2%~99.7%,均与国内96年Ch-1a和2002年HB-1株及2006年分离鉴定的国内高致病性分离株(JXA1、Shanghai、HEB1)同属一个大的分支。首次证实目前山东省同时存在高致病性PRRSV和传统PRRSV,并且有由传统PRRSV向高致病性PRRSV演化的趋势。
关键词： PRRSV 高致病性PRRSV ORF5 ORF6 ORF7 克隆 分子特征
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