科研产出
两株坦布苏病毒的分离鉴定及全基因组序列分析
《中国动物传染病学报 》 2023 北大核心
摘要：2019年，从山东某地疑似坦布苏病毒（TMUV）感染的发病鸭和发病鹅组织病料中进行病毒分离，并通过RT-PCR、间接免疫荧光试验以及基因序列分析，确定分离到1株鸭源和1株鹅源TMUV，并命名为BZ0162和WS12101。将分离株全基因组进行PCR分段扩增、测序，发现BZ0162和WS12101基因组全长包含10 991个核苷酸。全基因组核苷酸同源性比较结果显示，BZ0162和WS12101之间同源性是99.5%，与其他TMUV参考毒株同源性均大于95.7%。E蛋白核苷酸和氨基酸同源性分别大于95.2%和98.0%。遗传进化分析结果显示，BZ0162和WS12101与GenBank最新公布的CHN-JL中国株以及泰国株DK/TH/CU-1亲缘关系最近，处于同一进化分支上。分别成功分离到1株鸭源和1株鹅源坦布苏病毒，为进一步探究坦布苏病毒遗传变异及跨宿主传播机制提供了材料。
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桃NHX基因家族的全基因组鉴定与表达分析
《山东农业科学 》 2021 北大核心
摘要：本研究利用生物信息学方法从桃全基因组数据库筛选出7个NHX反向转运体,并对其序列特征、基因结构、进化关系、亚细胞定位、组织表达谱和盐胁迫响应性进行综合分析。结果表明,7个桃NHX具有清晰的亲缘远近关系;5个桃NHX（NHX1,NHX4～NHX7）基因在结构等方面具有相似性,亲缘关系较近,而与NHX2和NHX3亲缘关系较远。7个桃NHX蛋白在N端具有明显的跨膜结构区域。顺式元件分析表明,桃NHX基因家族上游启动子区域包含与光信号、激素、逆境胁迫及分生组织表达相关的顺式作用元件。qRT-PCR分析结果显示,大多数桃NHX家族成员在茎中表达较多;所有桃NHX成员对外源盐处理具有响应性。
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全基因组测序技术在细菌耐药性检测中的研究进展
《中国乳品工业 》 2019
摘要：细菌耐药性严重威胁人类健康和公共卫生安全,特别是菌株的多重耐药问题已是全球关注的热点话题.全基因组测序技术作为一种新型技术,在已知耐药基因型检测、耐药表型预测和潜在耐药基因确定等方面具有较好的敏感性和特异性.现将全基因组测序技术在细菌耐药性中的研究进展进行综述.
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鸡传染性支气管炎病毒分离株CK/CH/HD/171018的生物学特性及其全基因组序列分析
《中国动物传染病学报 》 2018 北大核心
摘要：为了明确传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)分离株CK/CH/HD/171018的生物学特性,本研究对所分离IBV CK/CH/HD/171018株首先进行了HA检查阴性、侏儒胚阳性检查及致病性试验;随后设计了23对引物进行全基因组内部序列扩增及使用cDNA末端快速克隆技术获得3'和5'的精准序列,并与不同基因型的参考毒株全基因组进行同源性比对、构建遗传进化树进行基因分型及重组分析。结果显示:该毒株自然状态下无血凝性,接种SPF鸡胚可导致鸡胚发育迟缓并产生典型的侏儒胚现象,对3日龄SPF雏鸡的致死率为100%;CK/CH/HD/171018基因组全长为27 688 bp,结构为5'Cap-Replicase-S-3a-3b-3c/E-M-5a-5b-N-poly(A)3',其中3'有14个A;CK/CH/HD/171018属于QX基因型,该分离株在Gene1的2个位置有QX型野毒株和CK/CH/LSC/99I型野毒株的重组痕迹,属于QX强毒型IBV。本研究丰富了IBV的生物信息数据库,为进一步从分子水平研究IBV的流行情况、变异机制及致病特征等奠定了基础。
关键词： 鸡传染性支气管炎病毒 全基因组 序列分析 生物学特性
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整合REV LTR的自然重组马立克氏病毒GX0101的全基因组序列分析
《中国兽药杂志 》 2017 北大核心
摘要：GX0101是一株整合禽网状内皮组织增生症病毒(REV)长末端重复序列(LTR)的重组马立克氏病病毒(MDV)。基于MDV GX0101的细菌人工染色体感染性克隆利用高通量测序技术完成了对其全基因组的序列分析。GX0101全基因组长178101 bp,其基因组的TRL、UL、IRL、IRS、US和TRS区分别长12758 bp、113572 bp、12741 bp、12700 bp、11695 bp、13134 bp。与Md5不同,GX0101含有一个sorf2基因。同时,GX0101全基因组含有一个REV LTR重组片段,位于其基因组US区的sorf1中,sorf2基因前267 bp碱基处。通过与已发表的近10株MDV的比较,发现GX0101与英国分离株C12/130的两个不同毒力的感染性克隆p C12/130-10和p C12/130-15同源性最高。GX0101的全基因组序列的比较分析,有助于进一步阐明MDV致病性、传播性相关的基因,也有助于揭示不同地域间MDV的遗传变异和演化关系。
关键词： REV LTR 重组MDV 感染性克隆 高通量测序 全基因组
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大白菜InDels标记开发及其在剩余杂合体鉴定中的应用
《农业生物技术学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：大白菜(Brassica rapa ssp.pekinensis)参考基因组序列的公布及测序成本的降低为大规模开发插入/缺失(Insertion/Deletion,In Del)标记提供了可能。本研究以性状差异明显的大白菜自交系He102与06-247为亲本,开展了全基因组重测序、标记开发和验证工作。二者测序深度分别为10×和8×,经筛选共获得330 218个In Dels差异位点,出现频率为1.2个/kb,其中有11 238个差异位点位于编码区,包括5 184个差异基因,每个基因平均包含2.2个差异位点。分别以He102与06-247测序数据中筛选出的多态性In Dels位点为参照,从10条染色体上随机选择933个位点进行了PCR扩增及电泳检测验证。结果表明,测序深度对假阳性率有直接影响,以测序较深的材料中筛选到的差异位点为参照,其验证结果的假阳性率亦较高,反之则较低。本研究中以He102与06-247为参照选择In Dels位点验证的平均假阳性率分别是51.9%和22.5%。从933个位点中共筛选出593个在亲本之间实际表现为多态性的位点,这些差异位点中有375个位于编码区,是潜在的功能性标记。利用上述差异位点,检测了He102与06-247衍生的F7代重组自交系群体,明确了F7代各株系在593个位点的纯/杂合状态,为利用剩余杂合株系精细解析和精准定位大白菜耐抽薹、抗病毒、抗干烧心等重要农艺性状奠定了基础。
关键词： 大白菜 重测序 全基因组 InDels标记 剩余杂合体(RHL)
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山东地区2株基因Ⅶ型新城疫病毒的全基因组测序及其序列分析
《中国兽医学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：测定了基因Ⅶ型新城疫(Newcastle disease,ND)强毒分离株Chicken/China/SD04/2011和Chicken/China/SDWF07/2011的全基因序列,将其与GenBank中已发表的29株基因Ⅶ型新城疫毒株的全基因序列进行比对,同源性在91%～97%之间。2株基因Ⅶ型分离株与中国标准强毒F48E8、国外标准强毒Herts/33及疫苗株chicken/N.Ireland/Ulster/67、B1、Clone30、LaSota、Mukteswar核苷酸序列同源性在83%～87%之间;其F蛋白前体F0裂解位点附近的氨基酸序列均为112 RRQKRF117,符合NDV强毒株的特征;与单抗1E5反应阴性,结合对各蛋白的抗原位点的分析初步推测2株病毒的抗原性可能发生了变化。
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PRRSV山东变异缺失株SX-1的全基因序列分子特征分析
《中国兽医学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：对从山东某发病猪场采集的猪繁殖与呼吸综合征疑似病料中分离到的PRRSV病毒(SX-1株),应用RTPCR方法分段扩增出PRRSV SX-1毒株的各基因片段,扩增后的产物分别克隆于pMD-18T载体鉴定后测序。序列号GQ875656。序列分析结果表明SX-1株基因组全长15 320nt(不包括poly尾),包含9个开放阅读框,5′UTR长189 nt,3′UTR长150 nt;SX-1株在分子遗传演化上属于PRRSV变异毒株,与参考毒株JXA1的核苷酸同源性为98.9%;与CH-1a和VR2332的同源性为94.8%和89.5%;而与LV的同源性仅为59.3%。基因系统发育树分析结果显示,SX-1与JXA1、GDBY1株的亲缘关系很近,与CH-1a亲缘关系较近,与VR2332、CC-1、RespPRRS/Repro MLV等毒株处于不同的分支。
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