科研产出
四种常见猪肠道病毒多重RT-PCR检测方法的建立及临床应用
《微生物学通报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：【背景】猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）、猪传染性胃肠炎病毒（transmissible gastroenteritis virus,TGEV）、猪δ冠状病毒（porcine deltacoronavirus,PDCoV）和猪轮状病毒（porcinerotavirus,PoRV）是当前导致猪群发生病毒性腹泻的4种主要病原，并且常发生混合感染。【目的】建立一种可鉴别诊断这4种腹泻病毒病的检测方法，对于临床诊断具有重要意义。【方法】针对PEDV的M蛋白基因、TGEV的N蛋白基因、PDCoV的N蛋白基因和PoRV的VP7蛋白基因分别设计特异性引物，进而构建相应的重组质粒标准品。通过对PCR反应条件优化，建立可同时检测PEDV、TGEV、PDCoV和PoRV的多重RT-PCR检测方法。随后通过敏感性、特异性和重复性试验对该方法的有效性进行验证。【结果】敏感性试验结果显示，对PEDV-M、TGEV-N、PDCoV-N和PoRV-VP7重组质粒标准品的最低检测下限分别为1.75×10~2、1.5×10~3、1.6×10~2和1.6×10~2copies/μL；特异性试验结果显示，仅可检出本研究中的4种靶病毒，而猪群常见病毒CSFV、PRRSV、PCV2和PRV未能检出。重复性试验结果显示，选取10~8、10~6和10~4copies/μL3个不同浓度的重组质粒作为模板，其他条件不变，分别进行5次重复试验，5次试验均扩增出清晰、均匀的条带。对山东各地区送检的52份临床腹泻样品通过建立的四重RT-PCR方法进行检测，发现PEDV、TGEV、PDCoV和PoRV的阳性率分别为37%（19份）、6%（3份）、10%（5份）和25%（13份）。其中PEDV和PoRV混合感染2份（4%）,PEDV和TGEV混合感染2份（4%）,PEDV和PDCoV混合感染1份（2%）。通过单重RT-PCR对该多重RT-PCR临床样品检测结果进行重复验证，结果显示多重RT-PCR与常规单重RT-PCR结果符合率为100%。最后随机挑选5个检测为阳性的临床样本进行测序验证，结果均为相应病毒的基因片段。【结论】本研究建立了可同时检测PEDV、TGEV、PDCoV和PoRV的四重RT-PCR检测方法，研究结果为临床4种猪腹泻病毒病的鉴别诊断及流行病学调查提供了技术手段。
关键词： 多重RT-PCR 猪流行性腹泻病毒 猪传染性胃肠炎病毒 猪δ冠状病毒 猪轮状病毒
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苏博美利奴羊毛囊发育不同时期ncRNA调控网络的构建
《中国畜牧杂志 》 2022 北大核心
摘要：为探索苏博美利奴羊毛囊发育相关ncRNA分子调控网络,本研究通过挖掘苏博美利奴羊皮肤组织样本不同时期转录组数据,利用生物信息学方法构建lncRNA-miRNA-mRNA分子调控网络.结果表明:不同时期mRNA与lncRNA及miRNA具有复杂的网络连接.通过GO富集分析发现靶基因主要参与细胞增殖调控、凋亡过程及毛囊形态发生等生物学过程;参与细胞外空间、细胞外泌体、转录因子复合体、质膜的整体成分等细胞组分;参与转录因子活性、结构分子活性、细胞外基质结构组成等分子功能.通过KEGG通路分析发现差异的靶基因主要参与TGF-beta信号通路、癌症途径、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、细胞因子与细胞因子受体的相互作用等多种途径.筛选寻找调控网络中的关键基因,发现G2 vs.G1组中miR-133、miR-433-5p的靶基因TGFβ2和NOTCH1参与毛囊形态发生(GO:0031069)的生物学过程,因此TGFβ2和NOTCH1为毛囊发育的关键基因.通过构建苏博美利奴羊毛囊发育相关ncRNA分子调控网络,解析毛囊发生发育的分子调控机制,从转录组学层面对毛囊生长发育进行探讨,能够对苏博美利奴羊毛囊发育的分子作用机制进行系统性挖掘.
关键词： miRNA lncRNA mRNA 毛囊发育 调控网络 苏博美利奴羊
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施氮对不同结瘤特性花生土壤固氮菌多样性和群落组成的影响
《作物学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：施氮对豆科作物土壤固氮菌的影响机理尚不明确。深入研究施氮对花生土壤固氮菌的影响,对花生田高效施氮和农业可持续发展具有重要意义。本研究以结瘤（花育22）和不结瘤（BL）花生为材料,设置N0(不施氮,0kg hm–2)、N60 (减量施氮, 60 kg hm–2)、N120 (常量施氮, 120 kg hm–2)和N180 (过量施氮, 180 kg hm–2) 4个施氮水平,探讨不同施氮水平对不同结瘤特性花生土壤固氮菌的影响。采用实时荧光定量PCR和高通量测序技术,以nif H基因为标靶,分析土壤固氮菌丰度、多样性和群落组成。结果表明:（1）施氮显著提高土壤氮组分含量, N120结瘤花生土壤中微生物量氮和可溶性有机氮显著高于不结瘤花生。不结瘤花生荚果产量随施氮水平呈线性增加,而结瘤花生产量不受施氮影响。（2）施氮条件下,不结瘤花生土壤nif H拷贝数显著降低,而结瘤花生土壤nif H拷贝数随施氮水平增加先降低后增加。（3）施氮对不结瘤花生土壤固氮菌多样性先抑制后促进,而施氮对结瘤花生土壤固氮菌多样性呈先促进后抑制的模式,并在N120达到最大值。（4）施氮显著改变不结瘤花生土壤固氮菌群落组成,不同施氮水平优势属分别为nonrank＿Bacteria （N0）、unclassified＿Cyanobacteria （N60）、nonrank＿Bacteria （N120）和Skermanella （N180）,硝态氮是影响处理间土壤固氮菌群落组成差异的唯一显著因素;结瘤花生土壤各施氮水平固氮菌群落组成相似,除N120外,均以unclassified＿Proteobacteria和Skermanella占优。不结瘤与结瘤花生土壤固氮菌对施氮水平截然不同的响应可能是由于二者分别受到不同氮源的影响（肥料氮vs.根瘤固氮）。本研究中120 kg hm–2是对土壤固氮和花生生产最优的施氮水平。
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不同密度椰林间作荫蔽对花生光合特性的影响
《热带作物学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：花生是我国重要的经济和油料作物,海南岛独特的地理条件和气候优势适合花生生长,发展椰林下间作花生有利于提高海南省花生种植面积,促进花生种植业在海南的发展.花生为喜光作物,为揭示不同光照环境对花生光合特性和产量的影响,以'本红1号'为材料,在单作人工荫蔽和椰林间作自然荫蔽条件下,分析不同荫蔽度与花生叶片叶绿素含量、光合参数、荧光参数和间作花生产量的关系.结果表明,人工荫蔽和自然荫蔽均对花生光合作用有显著影响,2种荫蔽处理均证明荫蔽能促进花生叶片叶绿素含量的增加.在人工荫蔽条件下,随荫蔽度增加至65%,花生叶绿素含量显著上升;在自然荫蔽条件下,25%~35%荫蔽处理下花生叶片的总叶绿素含量显著大于其他荫蔽处理组.在人工荫蔽条件下,25%荫蔽度下花生的净光合速率[Pn,23.06μmol/(m2·s)]、蒸腾速率[Tr,6.61 mmol/(m2·s)]、气孔导度[Gs,606.21 mmol/(m2·s)]最高;在自然荫蔽条件下,15%~25%荫蔽度处理(4 m×6 m椰林)的花生Pn[18.27μmol/(m2·s)]、Tr[7.66 mmol/(m2·s)]、Gs[618.10 mmol/(m2·s)]最大.在人工荫蔽条件下,花生可变荧光和最大荧光先显著增高后显著降低,在自然荫蔽条件下无显著差异.产量结果显示,与花生单作对照相比,不同密度椰林间作荫蔽均能够显著提高花生产量.本研究证明适度荫蔽能够促进花生光合作用,4 m×6 m(15%~25%荫蔽度)为间作花生推荐的椰林种植密度,可为构建高产高效的椰园花生间作模式提供科学参考.
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中国特色蝗灾治理技术体系及应用成效
《植物保护学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：中国有数千年蝗灾发生为害的历史，建国初期在政府的组织领导下，在科研人员和广大群众的努力下，提出并实施了“改治并举”的策略，改造东亚飞蝗发生基地近2/3，同时大规模使用化学农药进行防治，初步形成了以改造蝗虫发生基地为特色的蝗灾治理技术体系，经过长期实践，蝗灾得到有效遏制，保障了我国粮食生产安全和社会稳定，取得了世界瞩目的成绩。自20世纪80年代起，随着利用蝗虫微孢子虫Nosema locustae和绿僵菌Metarhizium spp.等微生物的治蝗技术获得突破性进展，我国已经形成了以生态控制（改造蝗虫发生基地）为基础，以生物防治为核心，以信息技术为辅助的具有中国特色的蝗灾治理技术体系，并走在国际前列。该技术体系的长期大规模应用，不但在有效防治蝗灾保障我国粮食安全生产、避免大规模使用化学农药造成环境污染和生态失衡等方面发挥了重大作用，而且也在支援国际蝗灾治理中做出了贡献。最后对未来蝗灾治理的关键问题和发展方向进行了探讨。
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